单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-16	IAP dependency of T-cell prolymphocytic leukemia identified by high-throughput drug screening 2025-May-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027171 PMID:39869826	研究论文	通过高通量药物筛选发现T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）对IAP抑制剂的依赖性	首次报道T-PLL对自噬靶向药物、核输出抑制剂和IAP抑制剂的敏感性，并揭示IAP抑制剂诱导的细胞死亡主要为坏死性凋亡且依赖TNF-α	研究样本量较小（30例原代患者样本），且仅限于体外实验	发现T-PLL的新治疗靶点	T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）细胞	血液肿瘤学	T细胞前淋巴细胞白血病	高通量药物筛选、RNA测序（bulk和单细胞）、光谱流式细胞术	NA	药物敏感性数据、RNA测序数据、流式细胞术数据	30例原代T-PLL患者样本
262	2025-05-16	Zn-Based Multi-Active Framework Nanoparticles TSA-CAN-Zn Inhibit Skin Glycation via Dual Blockade of HMGB1/RAGE and AGEs/RAGE Pathways 2025-May-15, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500664 PMID:40370206	研究论文	本研究设计了一种基于锌的多活性框架纳米颗粒TSA-CAN-Zn，通过双重阻断HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE通路来抑制皮肤糖基化损伤	首次将Theasinensin A (TSA)和L-肌肽(CAN)结合到锌基纳米颗粒中，同时抑制HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE两条通路	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米材料来减轻糖基化引起的皮肤损伤	皮肤糖基化损伤机制及治疗	纳米医学	皮肤疾病	分子对接、单细胞RNA测序	小鼠皮肤糖基化模型	体外实验数据、测序数据	HaCaT细胞系和小鼠模型
263	2025-05-16	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	research paper	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究淋巴肌肉细胞独特的收缩特性的细胞和分子基础	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、全组织免疫染色、活体成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
264	2025-05-16	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	research paper	该研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴肌细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用介导的淋巴收缩失调新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限	探究TRPV4通道在淋巴管功能调控中的作用及其与淋巴系统疾病的关联	小鼠收集淋巴管及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、细胞内钙活性测量	Trpv4fx/fx转基因小鼠	基因表达数据、图像数据、生理功能数据	小鼠收集淋巴管样本及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织
265	2025-05-16	SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm 2025-May-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750 PMID:40371535	research paper	该研究探讨了SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	揭示了SM22α谱系基质细胞中PGC-1α通过调节YAP信号通路影响血管周围脂肪组织（PVAT）的成脂和成肌纤维分化平衡，进而促进动脉瘤发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管周围基质细胞在腹主动脉瘤发病机制中的作用	年轻和老年小鼠的血管周围基质细胞，人类动脉瘤样本	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序，功能获得和缺失实验，转录组分析	Ang II诱导和脱氧皮质酮乙酸酯/盐诱导的AAA小鼠模型	RNA测序数据，影像数据	年轻（2-3月龄）和老年（18-20月龄）小鼠，人类动脉瘤样本
266	2025-05-16	Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine 2025-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204277 PMID:40371707	research paper	该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制	揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制	研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性	理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制	大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs）	分子生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
267	2025-05-16	Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70095 PMID:40371813	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物	利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄	研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型	开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型	人类和小鼠的小胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督频率汇总模型	单细胞转录组数据	三个不同的单细胞数据集
268	2025-05-16	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化	首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异	样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心	分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织	数字病理学	白塞氏综合征	单细胞RNA测序	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	转录组数据	6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者）
269	2025-05-16	Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain 2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异	研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系	31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本	分子生物学	阿尔茨海默病	酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31个大脑样本（包括AD和ND）
270	2025-05-16	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May-14, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌的上皮-间质转化，并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT过程，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	寻找弥漫型胃癌的特异性生物标志物和治疗靶点	弥漫型胃癌(DGC)及其微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组化染色、单细胞RNA测序、类器官培养、共培养系统	数学模型	基因组数据、组织微阵列、单细胞数据	三个基因组数据库(TCGA、GSE62254和GSE26253)的数据，以及组织微阵列和患者血液样本
271	2025-05-16	Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics 2025-May-14, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00845-y PMID:40369312	review	本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择	提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法	NA	探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展	空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
272	2025-05-16	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-May-14, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的机制，并发现其可作为肺腺癌免疫治疗的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学机制及其免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）、巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、组织样本	NA（未明确说明样本数量）
273	2025-05-16	Canonical Wnt Pathway Enhanced Dental Pulp Mesenchymal Stem Cells-Mediated Cementum Regeneration 2025-May-14, Journal of oral rehabilitation IF:3.1Q1 DOI:10.1111/joor.14001 PMID:40369784	研究论文	本研究探讨了Wnt信号通路在牙骨质、牙髓和牙周韧带中的表达差异，并阐明了Wnt3a在促进牙髓间充质干细胞（DPSCs）牙骨质再生中的作用	揭示了DPSCs中非经典Wnt信号通路限制牙骨质再生效率的现象，并发现Wnt3a可通过激活经典Wnt通路提高DPSCs介导的牙骨质再生效果	研究未涉及Wnt3a在其他类型干细胞或组织再生中的作用	阐明Wnt信号通路在牙骨质再生中的分子机制，提高DPSCs介导的牙骨质再生效率	牙髓间充质干细胞（DPSCs）	组织工程与再生医学	牙周疾病	RNA Smart转录组测序、单细胞RNA测序、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
274	2025-05-16	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-May-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络	首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络	研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因	牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天）
275	2025-05-16	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-May-13, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制	首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷	研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响	探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制	抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型	神经科学	自身免疫性脑炎	免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序	动物模型	电生理数据、基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG
276	2025-05-16	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，并验证了其在免疫治疗反应和预后预测中的有效性	首次结合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建前列腺癌预后模型，并利用机器学习优化模型性能，同时在单细胞和空间转录组水平验证了模型的生物学机制	研究主要基于TCGA数据集，需要在更多独立队列中进行外部验证	开发前列腺癌的预后预测模型并探索个性化治疗策略	前列腺癌患者	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
277	2025-05-16	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-May-13, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	首次整合网络毒理学与单细胞测序技术揭示PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的分子机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏体内外实验验证	阐明多溴联苯醚诱导皮肤毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联靶点	网络毒理学	银屑病	单细胞测序、分子对接分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据	139个PBDEs与银屑病的重叠靶点
278	2025-05-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-May-13, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的途径，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠	病毒学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但设置了生存和致死模型组及细菌性败血症对照组
279	2025-05-16	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-May-13, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究探讨了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移（CRLM）进展的机制	揭示了LCA通过TGR5-CCL3-MDSCs轴促进CRLM的新机制，并发现MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明CRLM进展的免疫抑制机制并探索新的免疫治疗策略	结直肠癌肝转移（CRLM）小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、代谢组数据、免疫组化数据	四个小鼠队列（CRC、CRLM、LCA-fed CRC、LCA-fed CRLM）
280	2025-05-16	KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073378446250417123724 PMID:40370232	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义	宫颈癌患者样本和细胞系	生物信息学	宫颈癌	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集