单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-11	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，并开发了一个易于使用的在线平台	未明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或算法性能的局限性	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型，来自13个物种
262	2025-07-11	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	该研究通过利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)靶向递送GLUT1抑制剂BAY-876，结合抗PD-L1治疗，重塑肿瘤微环境(TME)并抑制肿瘤生长	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为载体靶向递送GLUT1抑制剂，结合抗PD-L1治疗实现协同抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向肿瘤微环境代谢重塑来提高癌症免疫治疗效果的新策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据集和小鼠模型
263	2025-07-11	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	research paper	研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成期间动态表达，独立于间皮命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成期间表达，并独立于间皮形成指定平滑肌细胞命运	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究WT1在平滑肌细胞发育谱系中的作用机制	小鼠胚胎发育过程中的平滑肌前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
264	2025-07-11	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长，揭示了其通过神经和非神经机制调节行为的复杂性	发现foraging基因通过Pdfr阳性神经元和fru阳性心脏细胞调控交配时长，揭示了基因在整合社会线索与生理状态中的新作用	研究仅基于果蝇模型，结果在更高等生物中的普适性尚待验证	探究foraging基因在间隔时间行为调控中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）及其foraging基因的两种等位基因变体rover（forR）和sitter（forS）	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA信号观察	NA	基因表达数据、钙信号数据	果蝇模型中的不同基因型个体
265	2025-07-11	Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR 2025-Jun-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088 PMID:40633544	研究论文	本文介绍了一种名为ThresholdR的自动化工具，用于去噪CITE-seq数据中的抗体衍生标签（ADT）信号	ThresholdR是一种基于R的自动化工具，能够可靠且系统地找到每个抗体的信号与噪声之间的阈值，解决了DSB和CellBender方法的高假阴性率问题	NA	改进CITE-seq数据中的ADT信号去噪，以提升细胞类型注释和下游分析的准确性	CITE-seq数据中的抗体衍生标签（ADT）信号	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	NA	测序数据	多个数据集和平台
266	2025-07-11	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jun-24, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文探讨了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发性AD风险降低47%的关联，并阐明了TET2突变特异性保护作用的细胞机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆造血与阿尔茨海默病病理的相互作用机制	TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人类iPSC衍生小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、骨髓移植实验	AD小鼠模型、iPSC衍生细胞模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据（未明确数量）、实验小鼠（未明确数量）
267	2025-07-11	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	未提及样本量或研究的具体局限性	研究卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转变机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其向低级别浆液性癌（LGSC）的转变	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	NA
268	2025-07-11	Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway 2025-Jun-19, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323 PMID:40537024	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞衍生的NRG-1在缺血性中风后通过Akt-mTOR途径促进血管生成的作用	首次发现外周巨噬细胞是中风后NRG-1的来源，并揭示了NRG-1通过Akt/mTOR/VEGF依赖的信号通路促进血管生成的神经保护机制	研究样本量有限，且机制研究主要在动物模型中进行，需要进一步临床验证	探究NRG-1在缺血性中风中的来源及其神经保护作用的分子机制	急性缺血性中风患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞测序	短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	血液样本和动物模型数据	急性缺血性中风患者的配对血栓和外周血样本及小鼠模型
269	2025-07-11	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	研究论文	本文介绍了人类解剖空间图谱（SAHA），这是首个跨多个器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考	首次整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，构建跨器官系统的亚细胞分辨率参考图谱	样本来源仅限于健康成人组织，未涵盖发育或衰老过程中的组织变化	构建一个全面的健康人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织的多器官系统	数字病理学	NA	空间转录组学（CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP）、单核RNA测序（single-nucleus RNA-seq）	NA	多模态数据（空间转录组、蛋白质组、组织学特征）	超过15百万个细胞，来自100多名捐赠者
270	2025-07-11	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β和Smad信号通路促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不明确	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
271	2025-07-11	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究探讨了妊娠和产后经历如何通过多巴胺依赖的神经转录组重塑引起持久的神经适应	揭示了多巴胺在妊娠和产后神经适应中的核心调控作用，并发现了H3多巴胺化这一新的表观遗传机制	研究主要聚焦于海马背侧区，其他脑区的适应性变化尚未完全阐明	阐明妊娠和产后经历引起持久神经适应的分子机制	雌性小鼠和人类背侧海马区	神经科学	NA	单细胞RNA测序、化学遗传学	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类组织样本
272	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组技术，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关的肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的小鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠
273	2025-07-11	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤细胞集体迁移中的作用	发现了小胶质细胞在肿瘤侵袭前沿的形态和功能转变，以及plexin-B2在TAMs中解决细胞碰撞、对齐GBM细胞和重构细胞外基质的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBMs的验证仍需进一步研究	探究GBM侵袭性生长的机制及TAMs在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	小鼠模型及人类GBMs样本
274	2025-07-11	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	研究论文	研究PRMT5在表皮发育中的作用及其缺失对基底角质形成细胞的影响	揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤中的类似机制尚未验证	探究PRMT5在表皮分层和角质形成细胞维持中的作用	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮	分子生物学	先天性皮肤疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮组织
275	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
276	2025-07-11	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	research paper	本文探讨了CD40激动剂如何通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞来重塑心脏免疫环境，从而促进心肌炎症	揭示了CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞和CD8 T细胞之间的正反馈环路促进心肌炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及其机制	CD40激动剂对心脏免疫环境的影响	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	NA
277	2025-07-11	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	生物学数据	不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠
278	2025-07-11	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制	样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害	恒河猴及其后代	发育生物学	呼吸系统疾病	MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学	恒河猴动物模型	影像数据、分子生物学数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
279	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
280	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量