单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-03	Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery 2025-Feb, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290 PMID:39828052	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及其面临的挑战	探讨了scRNA-seq技术在肿瘤药物发现各阶段的应用，包括阐明肿瘤机制、识别靶点、筛选药物及理解药物作用和耐药性	讨论了scRNA-seq在药物开发中的挑战和未来展望	为推进肿瘤治疗提供科学基础	肿瘤药物发现	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
262	2025-05-03	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-Feb, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了在急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一组独特的修复性Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在减轻APAP诱导的急性肝损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝损伤修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, scRNA-seq数据	NA
263	2025-05-03	Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01388-8 PMID:39833561	研究论文	本研究评估了装载不可降解IκB的外泌体（Exo-srIκB）在抑制老年小鼠脑部神经炎症中的治疗效果	首次使用Exo-srIκB外泌体靶向抑制NF-κB核转位，从而缓解老年相关神经炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的效果	开发治疗老年相关神经炎症的有效方法	老年小鼠脑部的巨噬细胞和小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑部样本
264	2025-05-03	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2病毒变种和宿主疫苗接种状态对鼻黏膜细胞反应的影响	首次描述了Delta和Omicron变种在鼻黏膜中的细胞反应差异，并揭示了疫苗接种对鼻巨噬细胞的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且仅分析了特定时间点的急性感染	了解SARS-CoV-2不同变种和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人感染Delta和Omicron变种的鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与祖先病毒株数据整合
265	2025-05-03	Progressive natural killer cell dysfunction in advanced-stage clear-cell renal cell carcinoma and association with clinical outcomes 2025-Feb, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104105 PMID:39813824	研究论文	研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中自然杀伤（NK）细胞的功能障碍及其与临床结果的关联	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ccRCC中NK细胞的亚群及其功能障碍特征，并发现这些特征与疾病进展和患者生存率相关	样本量较小（13例患者），且仅针对ccRCC，结果可能不适用于其他癌症类型	探究ccRCC中NK细胞的表型、功能及其与临床结果的关系	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和正常肾脏组织	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	13例ccRCC患者的肿瘤和正常肾脏组织，共21,139个NK细胞
266	2025-05-03	Spatiotemporal landscape of kidney in a mouse model of hyperuricemia at single-cell level 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401801RR PMID:39817712	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学和空间代谢组学技术，研究了高尿酸血症肾病小鼠模型的时空图谱	首次在高尿酸血症肾病中应用单细胞和空间组学技术，发现了与尿酸排泄相关的核糖体和代谢途径等新靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索高尿酸血症肾病的病理生理过程和潜在治疗靶点	尿酸氧化酶敲除小鼠模型的肾脏组织	空间组学	肾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学	尿酸氧化酶敲除小鼠模型	单细胞RNA序列、空间转录组、蛋白质组和代谢组数据	NA
267	2025-05-03	Differential transcriptomic profiling of lipid metabolism and collagen remodeling in fast- and slow-twitch skeletal muscles in aging 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402294R PMID:39831549	research paper	该研究通过比较分析快肌和慢肌在衰老过程中的差异，揭示了脂质代谢和胶原重塑的转录组学特征	整合了小鼠批量RNA测序和人类单细胞RNA测序数据，提供了跨物种的比较分析，揭示了衰老过程中快肌和慢肌的分子变化	研究仅基于20个月大的小鼠，未涵盖更广泛的年龄范围，且人类数据来源于单细胞RNA测序，样本量有限	探究衰老对快肌和慢肌结构和功能的影响，特别是脂质代谢和胶原重塑的分子机制	20个月大的小鼠的快肌和慢肌，以及人类单细胞RNA测序数据	转录组学	衰老相关疾病	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20个月大的小鼠的快肌和慢肌样本，以及人类单细胞RNA测序数据集
268	2025-05-03	TRAF6 promotes abdominal aortic aneurysm development by activating macrophage pyroptosis via the NLRP3/Caspase1/GSDMD pathway 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402873R PMID:39831511	研究论文	本研究探讨了TRAF6在腹主动脉瘤(AAA)形成中的作用及其机制，发现TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡，从而促进AAA的发展	首次揭示了TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡在AAA发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究TRAF6在腹主动脉瘤形成中的作用机制	腹主动脉瘤(AAA)患者组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	人类AAA组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠
269	2025-05-03	The GhANT-GoPGF module regulates pigment gland development in cotton leaves 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115112 PMID:39721026	research paper	研究揭示了GhANT-GoPGF模块在棉花叶片色素腺体发育中的调控作用	首次发现GhANT作为GoPGF的上游结合蛋白，调控棉花色素腺体的组织特异性形态发生	研究主要关注棉花叶片色素腺体，对其他组织或植物的适用性尚需验证	探究棉花色素腺体发育的分子调控机制	棉花色素腺体细胞（PGCs）	植物分子生物学	NA	酵母单杂交测序、单细胞RNA测序、CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
270	2025-05-03	Cross-species comparative single-cell transcriptomics highlights the molecular evolution and genetic basis of male infertility 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115118 PMID:39739532	研究论文	通过跨物种比较单细胞转录组学，研究雄性不育的分子进化和遗传基础	首次比较人类、小鼠和果蝇睾丸的单细胞RNA测序数据，识别出参与精子发生的关键保守基因，并通过基因敲除实验验证了三个基因的功能保守性	研究仅涉及三种模式生物，可能无法完全代表所有物种的精子发生机制	探索强选择压力下精子发生的遗传基础	人类、小鼠和果蝇的睾丸细胞	单细胞转录组学	雄性不育	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	人类、小鼠和果蝇的睾丸单细胞数据，涉及20个候选基因的敲除实验
271	2025-05-03	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	研究通过双光子钙成像和空间转录组学技术，探讨了海马旁回皮层在任务学习中的转录决定因素及表征漂移现象	揭示了由即刻早期基因定义的跨亚型网络在刺激-结果关联形成中的作用，以及脑源性神经营养因子在该过程中的关键调控功能	研究仅聚焦于海马旁回皮层，未涉及其他可能参与学习记忆的脑区	阐明目标导向学习中表征漂移的分子机制及其对学习记忆的影响	海马旁回皮层的兴奋性和抑制性神经元亚型	神经科学	NA	双光子钙成像, 空间转录组学	NA	钙成像数据, 基因表达数据	未明确说明实验动物数量
272	2025-05-03	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌的转录失调模式和细胞状态	揭示了肿瘤和血管中保守的转录失调模式及其上游调控因子，描述了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，并鉴定了具有预后意义的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中的转录程序及其对肿瘤进展和治疗抵抗的影响	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	digital pathology	kidney cancer	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	75 multi-regional biopsies from kidney tumors and normal kidney
273	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	research paper	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于准确分类多种单细胞模态数据中的细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的基于标记的多模态分类方法，能够识别不易分辨的免疫细胞亚群并揭示亚群标记	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种能够整合多种单细胞模态数据的细胞类型分类方法	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集
274	2025-05-03	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	research paper	研究通过3D培养中前神经转录因子刺激人类视网膜再生能力	在更完整的视网膜环境中改进Müller胶质细胞重编程策略，并证明成人MG能生成新神经元	2D培养中的神经发生效果有限，新生儿神经元分析受限	探索视网膜退行性疾病的再生医学方法	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体传递构建体、免疫组化、单细胞RNA测序、电生理学	NA	生物组织	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜样本
275	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading 2025-Jan-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05572-x PMID:39833543	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了后肢卸载大鼠颈动脉和股动脉的细胞图谱，揭示了血管重塑过程中的细胞异质性和基因表达变化	首次构建了后肢卸载大鼠传导动脉的细胞图谱，发现了血管重塑过程中特定细胞亚群和转录因子的作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究微重力模拟条件下血管重塑的细胞和分子机制	后肢卸载大鼠的颈动脉和股动脉	单细胞组学	血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	后肢卸载3个月的大鼠动脉组织
276	2025-05-03	Fibrocyte enrichment and myofibroblastic adaptation causes nucleus pulposus fibrosis and associates with disc degeneration severity 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00372-2 PMID:39828732	研究论文	该研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，探讨了人类退行性髓核样本中的细胞异质性和成纤维细胞样实体，揭示了髓核纤维化与椎间盘退变严重程度的关系	首次发现髓核退变严重程度与纤维细胞表型富集相关，并证实了髓系来源的纤维细胞在髓核纤维化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，临床转化应用仍需进一步验证	探究椎间盘退变过程中髓核纤维化的细胞机制	人类退行性髓核样本和小鼠椎间盘退变模型	单细胞测序分析	椎间盘退变	单细胞RNA测序	CD11b-DTR小鼠模型	单细胞转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集（具体数量未明确说明）
277	2025-05-03	Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56135-y PMID:39833151	研究论文	本研究通过组织学和单细胞RNA测序技术，探讨了袖状胃切除术后人类胃上皮的可塑性变化	首次在分子和细胞水平揭示了袖状胃切除术引起的胃上皮重塑现象，并发现胃泌素通过非线性比例积分控制机制维持pH稳态	研究样本仅包含12名女性患者，样本量较小且缺乏性别对照	探究袖状胃切除术对胃上皮细胞组成和功能的影响机制	接受袖状胃切除术患者的胃上皮细胞	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序、组织学分析、数学建模	非线性比例积分控制模型	基因表达数据、组织学数据	12名女性患者
278	2025-05-03	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢重编程	研究仅聚焦于棉花，结果可能无法直接推广到其他植物物种	解析棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢调控机制	棉花体细胞胚胎	植物分子生物学	NA	scRNA-seq, ST, SM	NA	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
279	2025-05-03	Polycystin-1 regulates tendon-derived mesenchymal stem cells fate and matrix organization in heterotopic ossification 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00392-y PMID:39833160	研究论文	研究探讨了机械蛋白Polycystin-1（PC1，Pkd1）如何通过调控CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）的命运和细胞外基质（ECM）组织来影响异位骨化（HO）的进展	揭示了CTSK谱系TDMSCs是HO中成骨细胞和成纤维细胞的主要来源，并通过PC1-TAZ信号轴调控细胞命运和ECM组织	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究机械应力如何通过PC1-TAZ信号轴调控TDMSCs的命运和ECM组织，从而影响HO的进展	CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）	细胞生物学	异位骨化	单细胞RNA测序分析、谱系追踪小鼠模型	小鼠模型	基因表达数据、细胞图像	NA
280	2025-05-03	Benchmarking cell type annotation methods for 10x Xenium spatial transcriptomics data 2025-Jan-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06044-0 PMID:39833693	研究论文	本文比较了五种基于参考的细胞类型注释方法在10x Xenium空间转录组数据上的性能	首次系统评估了基于参考的细胞类型注释工具在成像空间转录组数据上的表现	研究仅针对人类乳腺癌Xenium数据，未涵盖其他疾病或平台	评估不同细胞类型注释方法在空间转录组数据上的适用性	10x Xenium平台的人类乳腺癌空间转录组数据	空间转录组学	乳腺癌	10x Xenium空间转录组技术	SingleR, Azimuth, RCTD, scPred, scmapCell	空间转录组数据	NA