单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
262	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
263	2025-05-03	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Apr-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	research paper	研究APOE缺乏在临床前模型中如何抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变	首次在临床前模型中证明APOE缺乏可以抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变，揭示了APOE在AD病理进程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究APOE在阿尔茨海默病(AD)ATN病理进程中的作用机制	5xFAD和TauP301S转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ATN模型(5xFAD × TauP301S小鼠)	基因表达数据、病理学数据	转基因小鼠模型
264	2025-05-03	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿对败血症的先天免疫训练反应	揭示了卡介苗（BCG）疫苗接种通过重新编程骨髓生成的多方面来改善新生儿对多微生物败血症的生存率	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制尚未明确	探讨BCG疫苗接种对新生儿免疫系统的影响及其在败血症防护中的作用	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
265	2025-05-03	GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-30, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283 PMID:40311462	研究论文	通过结合单细胞RNA测序数据和深度学习技术，识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	开发了一个结合自编码器、分类器和判别器的深度学习框架，能够分析传统方法常忽略的差异表达基因和细微遗传变异	单核细胞数据存在限制，需依赖随机森林分类器处理	识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	对抗自编码器框架	单细胞RNA测序数据	NA
266	2025-05-03	Autophagy disruption and mitochondrial stress precede photoreceptor necroptosis in multiple mouse models of inherited retinal disorders 2025-Apr-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59165-8 PMID:40301324	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了遗传性视网膜疾病（IRDs）中光感受器细胞死亡的共同分子通路	发现了不同遗传性视网膜疾病模型中光感受器细胞死亡的共同早期缺陷，即自噬和线粒体损伤，并指出这些缺陷会引发后期疾病阶段的坏死性凋亡	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	寻找适用于多种遗传性视网膜疾病的广谱治疗方法	遗传性视网膜疾病（IRDs）中的光感受器细胞	遗传学与分子生物学	遗传性视网膜疾病	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	多种遗传性和功能性不同的IRD小鼠模型
267	2025-05-03	UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07532-0 PMID:40301374	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了UHRF1在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的作用及其分子机制	发现UHRF1通过甲基化修饰抑制SFRP5表达，激活WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴，促进有氧糖酵解，揭示了表观遗传和代谢重编程的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制，寻找潜在治疗靶点	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	肿瘤生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
268	2025-05-03	Single-cell transcriptome profiling of the human endometrium of patients with intrauterine adhesions 2025-Apr-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97433-1 PMID:40301474	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织，揭示宫腔粘连的分子机制	首次在单细胞水平上对宫腔粘连患者的子宫内膜进行转录组分析，发现成纤维细胞亚群3和增殖内皮细胞的异常变化	样本量较小（5例子宫内膜组织），需要更大规模的研究验证结果	探究宫腔粘连的分子病理机制，为改善治疗提供理论基础	宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织	数字病理学	妇科疾病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	5例子宫内膜组织（包含患者和对照），55,308个原代子宫内膜细胞
269	2025-05-03	Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset 2025-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11614-w PMID:40301713	研究论文	本研究开发了一个名为COSER的新数据分析框架，用于评估组织环境对转录组的独立影响	提出了COSER框架，利用图论列举适当的子数据集以减少统计混杂，首次系统评估了组织环境对基因表达的独立影响	研究仅基于Tabula Muris Senis单细胞转录组图谱数据，未验证其他物种或数据集	评估组织环境对基因表达的独立影响	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图论模型	单细胞转录组数据	Tabula Muris Senis图谱数据集
270	2025-05-03	Integration of multi-omics data to unveil the molecular landscape and role of piRNAs in early-onset colorectal cancer 2025-Apr-29, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04074-2 PMID:40301858	研究论文	通过多组学数据整合揭示早发性结直肠癌的分子特征及piRNAs的作用	首次通过多组学分析揭示了PIWIL1/piRNA作为早发性结直肠癌的标志物，并发现特定piRNAs（FR019019、FR019089和FR132045）的下调与肿瘤侵袭性相关	研究样本量相对有限（69例EOCRC），且功能验证主要在体外进行	阐明早发性结直肠癌（EOCRC）的分子机制及其侵袭性表型的驱动因素	早发性结直肠癌（EOCRC）患者肿瘤组织	癌症基因组学	结直肠癌	多组学分析（基因组、表观基因组、转录组）、RNA-seq、scRNA-seq、功能实验	NA	基因组数据、表观遗传数据、转录组数据	515例（69例EOCRC和446例LOCRC）
271	2025-05-03	SpaNorm: spatially-aware normalization for spatial transcriptomics data 2025-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03565-y PMID:40301877	research paper	开发了一种名为SpaNorm的空间感知归一化方法，用于处理空间转录组数据	首个同时建模文库大小效应和潜在生物学效应，并分离这些效应的空间感知归一化方法	未提及具体局限性	解决空间转录组数据归一化中的挑战	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	SpaNorm	spatial transcriptomics data	27个组织样本，来自6个数据集，涵盖4种技术平台
272	2025-05-03	Inhibition of adenosine/A2A receptor signaling suppresses dermal fibrosis by enhancing fatty acid oxidation 2025-Apr-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02210-2 PMID:40301970	research paper	研究探讨了腺苷/A2A受体信号通过增强脂肪酸氧化抑制皮肤纤维化的机制	揭示了腺苷代谢-A2A受体轴与脂肪酸氧化在系统性硬化症相关皮肤纤维化中的关键相互作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限	探索腺苷/A2A受体信号在皮肤纤维化中的作用机制	系统性硬化症患者的血浆样本、小鼠皮肤纤维化模型和人真皮成纤维细胞	医学研究	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞RNA测序、Seahorse能量代谢分析	基因敲除小鼠模型	血浆代谢物数据、RNA测序数据	35名系统性硬化症患者的血浆样本
273	2025-05-03	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-Apr-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	research paper	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过调控Sox2ot长链非编码RNA和Notch信号通路来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，人类相关性有待进一步验证	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
274	2025-05-03	ASTROCYTES AND ALCOHOL THROUGHOUT THE LIFESPAN 2025-Apr-29, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	综述	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的角色，并强调了单细胞RNA测序研究在揭示星形胶质细胞异质性方面的应用	对星形胶质细胞亚群及其对酒精易感分子的认识仍存在知识空白	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用及其在AUD发展中的贡献	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍, 胎儿酒精谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
275	2025-05-03	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析（DSP）和单分子成像（SMI）平台的性能	首次系统评估了空间转录组学技术在临床实际条件下的性能，比较了DSP和SMI两种平台的优劣	研究主要集中于肾脏组织，其他组织类型的适用性尚需验证	评估空间转录组学技术在临床应用中的可行性和可靠性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（DSP和SMI）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用临床来源的人类肾脏组织和活检样本
276	2025-05-03	Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective 2025-Apr-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794 PMID:40313107	综述	本文综述了视神经损伤后的分子机制，并从转录组学角度探讨了神经修复策略	利用单细胞转录组学技术揭示了视神经损伤和青光眼诱导的神经元退化的分子机制，并识别了与视网膜神经节细胞保护和再生相关的基因	未来研究需要整合先进的单细胞测序与多组学方法，以更全面地研究视网膜神经节细胞损伤和再生的细胞特异性反应	探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略	视网膜神经节细胞	神经科学	青光眼	单细胞RNA测序、转录组分析、芯片分析、CRISPR-Cas9筛选、ATAC-seq分析	NA	转录组数据	NA
277	2025-05-03	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-Apr-26, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	research paper	该研究利用可解释的机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并识别出9个枢纽基因及潜在治疗候选药物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	探究PANoptosis在NAFLD诊断、分型及免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	machine learning	liver disease	interpretable machine learning, single-cell sequencing, molecular docking	diagnostic model	gene expression data	多个数据集（具体数量未明确说明）
278	2025-05-03	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	research paper	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增成功的空间和分子决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	digital pathology	glioblastoma	spectral flow cytometry, TCR sequencing, single-cell RNA-seq, Xenium transcriptomics, CODEX spatial proteomics	NA	multi-omics data	未明确说明样本数量（高级别胶质瘤样本）
279	2025-05-03	Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis 2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02729-x PMID:40259163	综述	本文综述了恶性肿瘤中神经周围侵袭（PNI）的分子机制及其临床意义，特别强调了肿瘤相关雪旺细胞（SCs）在癌症进展和转移中的关键作用	揭示了肿瘤相关雪旺细胞通过促进上皮-间质转化（EMT）、细胞外基质（ECM）重塑和免疫调节等机制在PNI中的关键作用，并探讨了针对神经生长因子介导的信号传导和SC-肿瘤相互作用的新兴治疗策略	目前对雪旺细胞的异质性及其在不同恶性肿瘤PNI中的分子亚型理解仍存在显著研究空白	阐明PNI的分子机制及其临床意义，探索潜在治疗靶点	恶性肿瘤中的神经周围侵袭（PNI）现象和肿瘤相关雪旺细胞（SCs）	肿瘤学	恶性肿瘤	单细胞转录组学、分子分析	NA	分子数据、临床数据	NA
280	2025-05-03	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-Apr-21, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本研究通过直接替换小胶质细胞，揭示了脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接替换小胶质细胞改善了疾病模型	研究主要基于小鼠模型，人类应用的可行性和效果尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病（单基因神经系统疾病）	单细胞测序、CNS单核细胞注射	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据、组织病理数据	小鼠模型和人类脑标本（具体数量未提及）