单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28917 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-06-18 |
Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1536198
PMID:40520228
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研究论文 | 通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制 | 结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证 | 鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制 | 甲状腺乳头状癌(PTC) | 生物信息学 | 甲状腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA） | 机器学习 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288） |
| 262 | 2025-06-18 |
Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783
PMID:40520536
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research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序和血浆游离RNA测序数据，识别出用于阿尔茨海默病早期非侵入性筛查的生物标志物 | 首次整合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据，识别出34个与AD病理相关的基因，并开发了基于机器学习的预测模型 | 血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化应用 | 开发一种非侵入性工具来检测阿尔茨海默病脑部变化 | 阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照组 | digital pathology | geriatric disease | RNA-seq, scRNA-seq | support vector machine, random forest, logistic regression | RNA sequencing data | 337份血浆样本(172名AD患者和165名对照)和88份脑组织样本(46名AD患者和42名对照) |
| 263 | 2025-06-18 |
scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036
PMID:40520594
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研究论文 | 本文提出了一种名为scFocus的分析算法，用于在单细胞数据的低维潜在空间中基于强化学习和无监督分支划分细胞亚群 | 结合分支概率和无监督聚类，有效表征基因表达强度的变化，无需依赖先验信息 | NA | 提高单细胞转录组数据中细胞分化轨迹的检测精度 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 强化学习 | 单细胞转录组数据 | 十个单细胞数据集，包括小规模数据集、常见规模数据集和多批次数据集 |
| 264 | 2025-06-18 |
The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer
2025, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/NHFJ1535
PMID:40520853
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研究论文 | 本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗疗效的影响 | 揭示了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用机制，并提出了新的诊断标志物和治疗策略 | 研究主要集中在肺腺癌，未涵盖其他类型的肺癌 | 研究TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗的影响 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、免疫组织化学数据、单细胞RNA测序数据 | 肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞样本 |
| 265 | 2025-06-18 |
Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.106133
PMID:40520886
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响 | 揭示了结直肠癌中性别差异的细胞组成、功能及细胞间相互作用，并验证了雌激素信号通路激活与凋亡活性的正相关性 | 样本量较小（32例），且未涉及其他激素或环境因素的潜在影响 | 探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制 | 结直肠癌患者样本及细胞系 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞测序、多重免疫组化、Western blot、TUNEL检测 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 32例结直肠癌样本，共167,437个细胞 |
| 266 | 2025-06-18 |
PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.114429
PMID:40520892
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research paper | 本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在腹主动脉瘤（AAA）发展过程中血管平滑肌细胞（VSMCs）中的分子机制 | 揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1上调VSMCs中FAP表达的分子机制，并验证了FAP抑制剂在AAA模型中的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要更多验证 | 阐明FAP在AAA发病机制中的作用并探索其治疗潜力 | 血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤（AAA） | 分子生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、PET/CT成像 | 小鼠AAA模型（PPE诱导） | RNA测序数据、影像数据 | 小鼠模型和1例人类AAA患者 |
| 267 | 2025-06-18 |
FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684
PMID:40520937
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研究论文 | 本研究通过系统生物学方法探讨了邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物及其作用机制 | 首次将FOS确定为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并揭示了其与免疫浸润调控的潜在关联 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制 | 心肌梗死患者和邓氏养心汤 | 系统生物学 | 心血管疾病 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公开数据集的心肌梗死患者和对照样本 |
| 268 | 2025-06-18 |
Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.111765
PMID:40521196
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综述 | 本文综述了染色体外环状DNA（eccDNA）的分类、生物发生、检测方法、生物学功能及其临床意义 | 提出了压力选择理论，认为eccDNA是细胞适应环境和治疗压力的适应性储备 | 在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法标准化方面仍存在挑战 | 探讨eccDNA在生理调控和疾病病理中的关键作用及其临床潜力 | 染色体外环状DNA（eccDNA）及其在多种疾病中的作用 | 基因组学 | 癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病 | 长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成和计算工具 | NA | 基因组数据 | NA |
| 269 | 2025-06-18 |
Spatial diversity of in vivo tissue immunity
2024-12-26, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae051
PMID:39177484
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research paper | 本文探讨了体内组织免疫的空间多样性及其对器官完整性的影响 | 利用活体成像和空间转录组学等先进技术揭示了免疫细胞在器官中的空间异质性及其功能 | 未提及具体的技术限制或研究样本的局限性 | 研究免疫细胞在组织中的空间分布及其与环境的相互作用，以控制免疫反应和管理炎症性疾病 | 免疫细胞及其在肝脏、肾脏、肠道和肺等器官中的分布 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 活体成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA |
| 270 | 2025-06-18 |
Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain
2024-Dec-26, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187328
PMID:39724015
|
研究论文 | 研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应 | 首次在人类脑内皮细胞中研究了低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）诱导的血脑屏障破坏后的转录和超微结构变化 | 研究样本仅限于复发性胶质母细胞瘤患者，可能不适用于其他神经系统疾病 | 探讨人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应机制 | 复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞 | 神经科学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB） | NA | 基因表达数据、超微结构图像 | 复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及） |
| 271 | 2025-06-18 |
Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction
2024-Dec-24, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020
PMID:39725169
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research paper | 该研究揭示了干扰素ε（IFNϵ）在9p21缺失的免疫冷肿瘤中对免疫检查点疗法（ICT）抵抗的作用及其与CXCL9/10诱导的关联 | 首次确定IFNϵ是9p21缺失肿瘤中导致免疫逃逸和ICT抵抗的关键IFN-I信号，并揭示了其在CXCL9/10表达调控中的核心作用 | 研究结果在34种肿瘤类型中仅4种显示出显著的组织特异性模式，可能限制了泛肿瘤应用的普适性 | 探究9p染色体缺失导致免疫冷肿瘤和ICT抵抗的分子机制 | 人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型中的9p缺失、IFN-I信号和肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞癌、非鳞状非小细胞肺癌、黑色素瘤、尿路上皮癌、间皮瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异分析、介导分析 | 基因工程小鼠模型（ΔS vs ΔL） | 基因组数据、转录组数据 | 36个ICT队列（13项研究报告）及多种肿瘤细胞系 |
| 272 | 2025-06-18 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | RASP方法在计算速度上比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据 | 未明确提及 | 开发一种高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 随机两阶段主成分分析(PCA) | PCA | 空间转录组数据 | 四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium） |
| 273 | 2025-06-18 |
Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628827
PMID:39763829
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research paper | 该论文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）进行单细胞RNA测序中的多重标记，以提高标记密度和效率 | 使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行高效标记，解决了现有DNA标记方法在稳定性和标记范围上的限制，显著提高了标记密度和效率 | NA | 开发一种高效、稳定的单细胞RNA测序多重标记方法，以降低成本并减少批次效应 | 培养细胞系和组织消化液中的异质细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记 | NA | RNA测序数据 | 培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质细胞 |
| 274 | 2025-06-18 |
MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems
2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627834
PMID:39763937
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研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯系统 | MatriCom依赖于一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，覆盖了约1,000个哺乳动物基质组基因中的80% | NA | 阐明不同细胞群体在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调 | ECM组分和细胞群体 | 生物信息学 | 癌症或纤维化 | scRNA-Seq | NA | scRNA-Seq数据 | 整合了46个scRNA-Seq数据集 |
| 275 | 2025-06-18 |
Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics
2024-12, Journal of biological rhythms
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/07487304241273182
PMID:39377613
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research paper | 该研究评估了常用节律检测方法在单细胞RNA测序数据中的可靠性和效率，并提出了结合谐波回归的子采样策略 | 首次在单细胞RNA测序数据中评估和比较节律检测方法，并提出新的子采样策略 | 未明确说明所测试数据集的规模和多样性 | 评估和优化单细胞转录组数据中的节律基因检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的节律基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 谐波回归 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 276 | 2025-06-18 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
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research paper | 该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间可变基因（SVGs） | 首次在空间转录组学数据中证明了均值-方差关系的存在，并提出使用Empirical Bayes技术消除这种偏差的新方法 | 方法仅在模拟和真实空间转录组学数据中进行了验证，未涉及其他类型的数据 | 提高空间可变基因（SVGs）识别的准确性 | 空间分辨转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | Empirical Bayes | 空间转录组学数据 | 模拟和真实空间转录组学数据（具体数量未提及） |
| 277 | 2025-06-18 |
Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa
2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617279
PMID:39416216
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研究论文 | 本文研究了上呼吸道黏膜中多细菌细胞内大分子对单细胞表观因子谱的影响 | 揭示了多细菌细胞内大分子（PIMs）在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用 | 研究主要基于人类口腔黏膜数据，可能不适用于其他黏膜部位 | 探究宿主与微生物在黏膜上皮细胞类型中的相互作用 | 人类口腔黏膜上皮细胞和基质细胞 | 单细胞RNA测序 | 慢性炎症性疾病 | 单细胞RNA测序、杂交、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 人类口腔角质形成细胞（HOKs） |
| 278 | 2025-06-18 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614841
PMID:39386468
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研究论文 | 该研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中整合睡眠与代谢状态的神经元，并发现饥饿状态下这些神经元的基因表达变化 | 首次在单神经元水平上揭示了饥饿状态下睡眠与代谢互作的转录组变化，并验证了多个关键基因的功能 | 研究仅针对果蝇的LHLK神经元，在更广泛神经系统和其他物种中的普适性仍需验证 | 探究睡眠与代谢状态互作的神经机制 | 果蝇的侧角白激肽神经元(LHLK) | 神经科学 | NA | 单细胞CEL-Seq测序、Patch-seq | NA | 单细胞转录组数据 | fed和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元 |
| 279 | 2025-06-18 |
Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis
2024-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52525-w
PMID:39300109
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research paper | 该研究通过空间和单细胞转录组分析，识别了ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果 | 首次利用转录组分析识别ANCA-GN中的致病性T细胞，并验证ustekinumab作为靶向治疗的潜力 | 样本量较小（34例患者分析，4例治疗），需要更大规模的临床试验验证 | 探索ANCA相关性血管炎肾损伤的新型靶向治疗方法 | ANCA相关性肾小球肾炎患者 | digital pathology | ANCA相关性血管炎 | 空间转录组分析，单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 34例患者样本分析，4例患者治疗试验 |
| 280 | 2025-06-18 |
Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS
2024-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52445-9
PMID:39300113
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研究论文 | 介绍了一种名为STANDS的创新框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织区域 | 首次提出基于生成对抗网络的框架STANDS，整合了多样本异常组织区域检测、对齐和亚型分析三大核心任务，并采用多模态学习、迁移学习和风格迁移技术解决关键挑战 | 未提及具体样本量限制或计算资源需求 | 开发能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与分析的算法 | 空间转录组数据中的异常组织区域 | 数字病理 | NA | 空间转录组技术 | GAN | 空间转录组数据 | NA |