单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-31	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）从块状生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿的动员和功能转变对GBM集体迁移的引导作用	首次揭示了plexin-B2在小胶质细胞中对GBM细胞碰撞解决、排列及细胞外基质重构中的关键作用，并验证了人类GBM中肿瘤细胞和TAMs的侵袭模式和特定基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的验证仍需进一步扩大样本量	探究GBM从块状生长向浸润性生长转变的机制及小胶质细胞在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类GBM样本（具体数量未明确说明）
262	2025-05-31	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-May-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	研究论文	本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学和空间转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将组织病理学图像与转录组学数据整合，并通过Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析的准确性和鲁棒性	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	OmiCLIP	图像、文本	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
263	2025-05-31	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-May-29, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	本研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用，并提出了针对CHI3L1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明胰腺癌相关恶病质中肌肉消耗的分子机制	胰腺癌小鼠模型和C2C12肌母细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	KPC GEMM小鼠模型	基因表达数据	PBMC 29,615个细胞和MDST 23,151个细胞
264	2025-05-31	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-May-29, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元类群的转录组特征、连接模式及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类群和一个先前未被识别的黏膜下内在初级传入神经元类群，揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密联系，并提出了肠壁神经元多样化的统一发育框架	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚需验证	探究肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
265	2025-05-31	Subacute dibutyl phthalate exposure impairs hepatic T cells and facilitates hepatitis B progression in mouse liver 2025-May-28, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118398 PMID:40440982	research paper	该研究探讨了亚急性邻苯二甲酸二丁酯（DBP）暴露如何通过损害肝脏T细胞功能促进乙型肝炎病毒（HBV）进展	首次揭示了DBP通过诱导T细胞耗竭破坏肝脏免疫微环境，从而加剧HBV感染的机制，并提供了流行病学证据支持这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的相关性需要进一步验证	探究亚急性PAEs暴露对肝脏免疫微环境和HBV感染的影响	HBV感染患者和小鼠模型	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、临床指标	HBV感染患者的肝组织样本和尿液样本，以及实验小鼠
266	2025-05-31	In vivo CRISPRi screen reveals lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2025-May-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.038 PMID:40441291	研究论文	本研究通过CRISPRi筛选揭示了在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）肿瘤生长中起关键作用的长链非编码RNA（lncRNA）组合	首次通过伪批量分析单细胞测序数据，结合CRISPR干扰筛选和异种移植模型，鉴定出影响cSCC生长的lncRNA，并验证了LINC00704和LINC01116作为cSCC生长的潜在生物标志物	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在人体内直接验证这些lncRNA的功能	揭示影响皮肤鳞状细胞癌（cSCC）肿瘤生长的非编码RNA机制	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症研究	皮肤鳞状细胞癌	单细胞测序、CRISPR干扰筛选、异种移植模型	CRISPRi	单细胞测序数据	正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
267	2025-05-31	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	research paper	评估替雷利珠单抗联合白蛋白结合型紫杉醇及表柔比星/环磷酰胺作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性	首次评估替雷利珠单抗联合化疗作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性，并探索了免疫治疗反应的预测模型	单臂研究设计，样本量较小（53例患者）	评估替雷利珠单抗联合化疗作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	预测模型	临床数据、基因组数据	53例三阴性乳腺癌患者
268	2025-05-28	Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2025-May-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08195-5 PMID:40419725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
269	2025-05-31	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞串扰驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫串扰驱动单核细胞浸润的新机制，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究偏头痛慢性超敏反应的机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS, 细胞-细胞相互作用网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞RNA测序数据, 基因组关联研究数据	NA
270	2025-05-31	Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing 2025-May-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03811-0 PMID:40420150	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新型表达Decorin的肿瘤基质亚群	发现了一种独特的肿瘤基质亚群，该亚群高表达Decorin（DCN）及相关的硫酸软骨素（CS）合成酶，并揭示了其在肝细胞癌微环境中的保护性作用	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制	探索Decorin在肝细胞癌及其肿瘤微环境中的角色和潜在治疗价值	肝细胞癌（HCC）组织及肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，Western blot分析	NA	RNA测序数据，蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肝细胞癌组织及周边基质组织的分析
271	2025-05-31	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-May-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的转录和功能调控，并评估了这些变化在乳腺癌治疗中的临床意义	首次使用scRNAseq技术全面解析LAIT和ICI对TINK细胞的调控机制，并发现两者在NK细胞介导的细胞毒性和趋化因子信号传导中的共享通路	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其在癌症治疗中的潜在协同效应	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq	NA	单细胞转录组数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的乳腺癌患者数据
272	2025-05-31	Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03260-9 PMID:40414980	研究论文	本文研究了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略	揭示了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并首次提出AAV介导的ST2沉默作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在临床患者中进行验证	探究IL-33/ST2轴在乳腺癌干性和转移中的作用机制	乳腺癌细胞(4T1和MDA-MB-231)和小鼠模型(orthotopic 4T1和spontaneous MMTV-PyMT)	肿瘤生物学	乳腺癌	CRISPR/Cas9，单细胞RNA测序，AAV基因沉默	小鼠肿瘤模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种乳腺癌细胞系和两种小鼠模型
273	2025-05-31	The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03486-7 PMID:40415096	research paper	该研究探讨了颗粒体前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其通过颗粒体-sortilin 1配体-受体调节皮肤微环境稳态的机制	首次发现颗粒体-sortilin 1配体-受体在黑色素细胞与其他皮肤细胞间通讯中的关键作用，并揭示其在白癜风病变中的下调及其与氧化应激调控的关联	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证颗粒体-sortilin 1配体-受体的保护作用	探究白癜风中黑色素细胞丢失的分子机制及颗粒体前体的抗氧化应激作用	黑色素细胞及颗粒体-sortilin 1配体-受体	分子生物学	白癜风	单细胞测序、微阵列数据分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
274	2025-05-31	Targeting PIK3CB/YAP1 improves the sensitivity of paclitaxel by suppressing aging in head and neck squamous tumor cells 2025-May-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03818-7 PMID:40413541	研究论文	本研究探讨了PIK3CB/YAP1在头颈部鳞状肿瘤细胞中对紫杉醇敏感性的影响及其与细胞衰老的关系	揭示了PIK3CB通过YAP1通路促进细胞增殖并减少衰老的机制，并提出了navitoclax与紫杉醇联合应用的新策略	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏大规模临床验证	提高头颈部鳞状细胞癌对化疗药物的敏感性	头颈部鳞状肿瘤细胞	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化、细胞增殖实验、转录组学和蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	公共数据集（GEO、TCGA、HPA）及实验细胞样本
275	2025-05-31	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-May-24, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	本研究通过多种孟德尔随机化、多组学分析和网络药理学方法，探索了肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	结合多种孟德尔随机化方法、多组学分析和网络药理学，首次系统性地揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构影响抑郁症的潜在生物学机制，并鉴定了新的治疗靶点和潜在药物	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，结果可能不适用于其他人群；动物模型验证仅限于小鼠，需要进一步人类研究验证	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系和潜在生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层结构和抑郁症患者	生物医学研究	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、多变量MR(MVMR)、基于汇总数据的MR(SMR)、单细胞RNA测序、批量RNA数据分析、分子对接	小鼠抑郁模型(CUMS诱导)	基因组数据、脑成像数据、RNA测序数据	肠道菌群GWAS(n=5959)、抑郁症GWAS(43,280病例/329,192对照)、脑成像表型(n=33,224)
276	2025-05-31	HL-BscPF: Hybrid learning facilitates brain cell auto-identification in multiple pathologies 2025-May-23, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123751 PMID:40414555	研究论文	介绍了一种名为HL-BscPF的混合学习框架，用于自动识别脑细胞类型并揭示疾病相关通路	HL-BscPF整合了ItClust和TOSICA模型，结合了基于自动编码器的降维和transformer架构，提高了预测准确性	NA	开发一种能够自动分类脑细胞类型并揭示疾病相关通路的框架	脑单细胞转录组数据	数字病理学	阿尔茨海默病、术后认知功能障碍、中风	scRNA-seq	ItClust、TOSICA、autoencoder、transformer	单细胞转录组数据	四个脑特异性单细胞数据集
277	2025-05-31	Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach 2025-May-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042437 PMID:40419934	research paper	本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物	整合基因表达、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，发现6个新的PAS相关基因并建立高精度的诊断模型	研究主要基于公开数据集，需要进一步实验验证	识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其进展机制	外周动脉粥样硬化患者	生物信息学	心血管疾病	基因表达分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	诊断列线图	基因表达数据	2个GEO数据集(GSE28829, GSE100927)
278	2025-05-31	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-May-16, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因，并验证了其功能	发现了驱动蛋白家族成员4A（KIF4A）作为乳腺癌癌症干细胞特性的关键调控因子，并通过实验验证了其功能	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA乳腺癌数据集），可能无法涵盖所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中癌症干细胞的标记基因并探索其功能	乳腺癌细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-Seq, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	NA	RNA测序数据	来自GSE180286和TCGA乳腺癌数据集的样本
279	2025-05-31	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-May-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	research paper	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	提供了一个统一处理和整合多种来源单细胞扰动数据的数据库，并配有交互式用户界面	未提及具体的技术或分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
280	2025-05-31	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了小鼠舌上皮细胞类型随昼夜节律的变化及其对味觉敏感性的影响	揭示了昼夜节律调控的细胞周期进程如何通过新生细胞的供应影响味觉细胞群的时间依赖性变化	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究昼夜节律如何调控舌上皮细胞更新及其对味觉敏感性的影响	小鼠舌上皮细胞，特别是II型味觉细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞