单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-09-22	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Oct, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR表达的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性成纤维细胞的存在及其特征	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多个结直肠癌数据集（包含单细胞测序数据和TCGA数据）
262	2025-09-22	FAPI-engineered nanoprobe induces dual-cell ferroptosis therapy and enables light-up magnetic resonance imaging for gastric cancer peritoneal metastasis 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102261 PMID:40969390	研究论文	开发了一种多功能诊疗纳米探针，用于胃癌腹膜转移的双细胞铁死亡治疗和点亮式磁共振成像	整合铁死亡诱导、CAF靶向递送和MRI成像的多功能纳米探针，首次实现针对癌症相关成纤维细胞的铁死亡治疗	NA	开发针对胃癌腹膜转移的精准治疗和成像策略	胃癌腹膜转移模型和癌症相关成纤维细胞	纳米医学	胃癌	单细胞RNA-seq，磁共振成像	NA	基因表达数据，影像数据	NA
263	2025-09-22	Delineating unique MASH-endothelial cells in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease using single-cell lensing 2025-Oct, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.07.035 PMID:40846560	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝病中独特的MASH内皮细胞特征及其在疾病中的作用	首次鉴定出五种独特的MASH内皮细胞亚群，发现关键turquoise模块在代谢通路中的作用，并通过机器学习识别出10个特征基因和两个新的因果基因ENTPD1和IFITM3	NA	阐明内皮细胞在代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)病理机制中的贡献	MASLD患者的内皮细胞亚群	生物信息学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、批量测序、hdWGCNA、孟德尔随机化	机器学习算法	单细胞测序数据、批量测序数据	NA
264	2025-09-22	Tryptophan metabolic dysregulation drives immune activation and cartilage degradation in osteoarthritis: Functional validation integrated with transcriptomic and single-cell RNA sequencing 2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152497 PMID:40907267	研究论文	本研究探讨色氨酸代谢紊乱在骨关节炎发病机制中的作用，通过转录组和单细胞RNA测序分析揭示其驱动免疫激活和软骨降解的代谢机制	首次系统验证色氨酸代谢异常（特别是犬尿氨酸途径）在OA中的致病作用，并识别关键代谢酶IDO1、TDO2及特定软骨细胞亚群	NA	阐明色氨酸代谢在骨关节炎病理过程中的功能作用	骨关节炎软骨组织及IL-1β刺激的软骨细胞模型	生物医学研究	骨关节炎	转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
265	2025-09-22	UCP2 is identified as a therapeutic target for abdominal aortic aneurysm by comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation 2025-Sep-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152589 PMID:40915059	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证，鉴定UCP2作为腹主动脉瘤的潜在治疗靶点	首次系统探索efferocytosis相关基因在AAA中的作用，并发现UCP2在巨噬细胞中高表达且其药理抑制可显著减缓疾病进展	研究主要基于生物信息学预测和小鼠模型，尚未进行临床干预试验	探究efferocytosis相关基因在腹主动脉瘤发病机制中的作用并寻找治疗靶点	人类和小鼠的AAA组织样本及弹性蛋白酶诱导的小鼠AAA模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq（单细胞RNA测序）、免疫荧光染色	LASSO、Random Forest、XGBoost	基因表达数据	多个数据集（GSE47472、GSE57691、GSE7084）及人类和小鼠组织样本
266	2025-09-22	A practical guide to spatial transcriptomics: lessons from over 1000 samples 2025-Sep-19, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.020 PMID:40975650	指南	本文基于1000多个空间样本的处理与分析经验，提供空间转录组学的实用操作指南	整合多平台大规模样本实践经验，系统总结实验设计与分析的最佳实践	NA	为研究人员提供可重复的空间转录组学工作流程指导	临床样本与多种空间转录组学平台	空间转录组学	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达空间数据	超过1000个空间样本
267	2025-09-22	Multi-modal characterization of metabolic and immune gene clusters in adrenocortical carcinoma treatment 2025-Sep-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01092-4 PMID:40968257	研究论文	通过多模态分析开发并验证了肾上腺皮质癌（ACC）的类固醇相关免疫评分（SIS），用于指导免疫和激素治疗	结合基因组学、数字病理和AI技术开发SIS评分，发现其与淋巴细胞浸润相关并验证了DHCR7基因作为潜在治疗靶点	NA	实现肾上腺皮质癌的精准医疗并改善患者预后	肾上腺皮质癌（ACC）患者	数字病理	肾上腺皮质癌	scRNA-seq, 多模态分析, CAMs技术	ResNet50, Vision Transformer-B16	基因组数据, 病理图像数据	外部ACC队列验证
268	2025-09-22	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学分析良性和恶性外周神经鞘瘤，揭示其空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于PNSTs，构建了空间细胞分化图谱并整合组织学特征与单细胞数据	初步研究，样本量有限，需进一步验证	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性，改善诊断和分类	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学，免疫组织化学，加权相关网络分析	空间聚类分析	转录组数据，图像数据	未明确样本数量，使用FFPE组织样本
269	2025-05-02	Spatial transcriptomics: Advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
270	2025-09-22	Elucidating anti-triple-negative breast cancer mechanisms and mitigating toxicity of Fritillaria thunbergii Miq.: A multi-omics and network pharmacology approach 2025-Sep-13, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120600 PMID:40953776	研究论文	本研究采用多组学和网络药理学方法探讨浙贝母抗三阴性乳腺癌的机制并评估其毒性风险	首次整合网络药理学、机器学习与单细胞RNA测序系统解析浙贝母抗TNBC机制，并通过结构优化降低毒性	基于计算模拟研究，缺乏体内外实验验证	评估传统中药浙贝母抗三阴性乳腺癌的治疗机制与安全性	浙贝母生物活性成分及其与三阴性乳腺癌靶点的相互作用	计算生物学	乳腺癌	网络药理学、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接与动力学模拟	机器学习算法	组学数据、化合物结构数据	识别42种生物活性成分和148个潜在靶点（基于数据库分析）
271	2025-09-22	Elevated P4HB expression in hepatocellular carcinoma and its role in UCA1-mediated malignant progression 2025-Sep-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112131 PMID:40945634	研究论文	本研究探讨P4HB在肝细胞癌中的高表达及其通过UCA1促进恶性进展的作用	首次发现P4HB与lncRNA UCA1的相互作用并揭示其通过增强糖酵解促进HCC恶性行为	NA	研究P4HB在肝细胞癌进展中的作用及其作为诊断生物标志物的潜力	肝细胞癌（HCC）细胞及患者样本	癌症研究	肝细胞癌	单细胞测序、ROC分析、体外和体内功能实验	NA	测序数据、血清数据、实验数据	HCC患者、健康对照及良性肝病患者血清样本
272	2025-09-22	DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.03.674100 PMID:40964337	研究论文	开发了用于单细胞等位基因特异性表达数据分析的高性能集成软件DAESC+	提供了首个端到端的单细胞ASE分析工具，包含高精度预处理模块和基于GPU加速的差异分析模块	NA	解决单细胞等位基因特异性表达分析缺乏专用计算工具的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, GPU加速计算	NA	单细胞测序数据	可扩展至超过百万个细胞，应用案例包含OneK1K队列子集
273	2025-09-22	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition 2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空转录组学分析克罗恩病，揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用	结合空间转录组学和单细胞RNA测序，首次发现PECAM2通过PECAM1-CD38相互作用驱动纤维化，并验证CD38抑制剂的治疗潜力	样本量较小（13例手术标本），且依赖动物模型验证，需进一步临床研究确认治疗价值	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制，并探索潜在治疗靶点	克罗恩病患者手术标本（包括炎症、纤维化组织及健康对照）及TNBS诱导的小鼠结肠炎模型	生物信息学	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体相互作用分析、伪时间分析、免疫染色	计算分析流程（整合多工具）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含患者组织及健康对照），独立验证队列及小鼠模型
274	2025-09-22	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究通过空间转录组学分析CTNNB1突变子宫内膜癌中β-连环蛋白不同亚细胞定位导致的转录组差异	首次发现β-连环蛋白核定位与非核定位区域具有截然不同的转录谱，并鉴定出Wnt/β-连环信号通路新型治疗靶点TROP2	研究局限于CTNNB1外显子3突变型子宫内膜样子宫内膜癌，样本异质性可能影响结果普适性	探究β-连环蛋白亚细胞定位对下游基因表达的影响	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌组织	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，蛋白质定位数据	具有肿瘤内异质性的子宫内膜癌组织样本（具体数量未明确说明）
275	2025-09-22	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本文揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现并定义了CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症和儿茶酚胺抵抗	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚未验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的分子机制和功能亚群	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠生命周期不同阶段的脂肪组织样本
276	2025-09-22	MIG-21 interacts with Wnt and Netrin signaling in gonad migration in C. elegans 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011866 PMID:40953068	研究论文	本研究利用scRNA-seq技术发现mig-21基因在线虫性腺迁移引导细胞中特异性表达，并揭示其与Wnt和Netrin信号通路协同调控细胞迁移的新机制	首次在性腺迁移系统中应用scRNA-seq技术，发现mig-21在DTC中的特异性表达及其与已知信号通路的协同作用机制	研究主要基于线虫模型，结论在高等生物中的普适性仍需验证	探究线虫性腺迁移过程中的细胞信号调控机制	秀丽隐杆线虫（C. elegans）的性腺远端尖端细胞（DTC）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、经典遗传学技术、RNAi敲降、活细胞成像	NA	基因表达数据、显微成像数据	基于已发表的成年线虫scRNA-seq数据集
277	2025-09-22	Spatial gene expression at single-cell resolution from histology using deep learning with GHIST 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02795-z PMID:40954301	研究论文	提出基于深度学习的GHIST框架，从组织学图像预测单细胞分辨率空间基因表达	利用亚细胞空间转录组学和多层次生物信息协同关系，实现单细胞分辨率预测	NA	开发低成本高精度的空间基因表达预测方法	组织学图像与空间转录组数据	数字病理学	癌症（多癌种）	空间转录组学，深度学习	深度学习框架（具体架构未说明）	组织学图像，基因表达数据	公共数据集和TCGA数据（未提供具体样本数量）
278	2025-09-22	Single-cell consequences of X-linked meiotic drive in stalk-eyed flies 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011816 PMID:40966227	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究马来西亚突眼蝇X连锁减数分裂驱动对睾丸转录组和性染色体调控的影响	首次在非模式生物（突眼蝇）中应用scRNA-seq研究减数分裂驱动机制，揭示了不完全减数分裂性染色体失活和复杂的剂量补偿轨迹	研究局限于单一物种（Teleopsis dalmanni），未与其他驱动系统进行跨物种比较	探究X连锁减数分裂驱动的分子机制及其对配子发生和性染色体调控的影响	马来西亚突眼蝇（Teleopsis dalmanni）的睾丸细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	包含驱动型和标准型睾丸的单细胞样本（具体数量未明确说明）
279	2025-09-22	Mitoepigenetic Targeting of Age-Related Dysfunction: Mechanisms, Therapeutic Avenues, and Transgenerational Implications 2025-Sep, Aging advances DOI:10.4103/agingadv.agingadv-d-25-00006 PMID:40969232	综述	本文综述了线粒体表观遗传学在衰老及相关疾病中的作用机制、治疗靶点和跨代影响	整合了线粒体表观遗传调控在心血管病、神经退行性疾病和癌症中的最新证据，并提出CRISPR和单细胞测序等未来研究方向	线粒体DNA甲基化检测技术存在标准化不足，临床前成果向治疗转化面临挑战	探讨线粒体表观遗传学在年龄相关功能障碍中的机制和治疗潜力	线粒体DNA（mtDNA）、表观遗传修饰、非编码RNA及代谢产物	表观遗传学	年龄相关疾病	单细胞测序、CRISPR技术、表观遗传分析	NA	表观遗传数据、生物标志物表达数据	NA（综述文章未涉及具体样本）
280	2025-09-22	Graph-based deep learning for integrating single-cell and bulk transcriptomic data to identify clinical cancer subtypes 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf467 PMID:40966644	研究论文	提出一种基于图深度学习的单细胞与批量转录组数据整合方法，用于精确识别癌症亚型并预测临床结局	开发了scBGDL方法，通过构建样本特异性基因图建模基因互作关系，并整合Graph Attention Networks、MinCutPool和Transformer模块实现多模态数据融合	NA	整合单细胞和批量转录组数据以识别癌症临床亚型并提升预后预测准确性	癌症患者转录组数据（涵盖16种TCGA癌症类型及三种特定癌症治疗场景队列）	生物信息学	癌症（多癌种）	scRNA-seq, 批量转录组测序	Graph Attention Networks, Transformer, MinCutPool	基因表达数据	16种癌症类型TCGA数据 + 3个独立队列（肺癌n=1099, 卵巢癌n=762, 黑色素瘤n=305）