单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-08-07	Construction of a New Ferroptosis-related Prognosis Model for Survival Prediction in Colorectal Cancer 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673296767240116215814 PMID:38362684	研究论文	本研究构建了一个与铁死亡相关的基因特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后	基于11个铁死亡相关基因构建的分子特征模型在评估结直肠癌预后方面表现良好，为结直肠癌管理提供了新方向	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发结直肠癌的铁死亡相关基因特征模型，探索其潜在分子功能	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, Lasso分析	基因特征模型	基因表达数据	来自GSE161277、GSE17537和TCGA-CRC数据库的数据
262	2025-08-07	Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration 2025-01-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202455 PMID:39162179	综述	本文综述了周细胞在阴茎血管生成和神经再生中的作用，特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的具体机制	聚焦于周细胞在勃起功能障碍中的具体作用，尤其是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的研究	对周细胞在勃起功能障碍中的具体机制理解仍不充分	分析周细胞在勃起功能障碍中的具体作用	周细胞及其在勃起功能障碍中的作用	血管生物学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
263	2025-08-07	Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics 2025, Molecular neurodegeneration advances DOI:10.1186/s44477-025-00002-z PMID:40740481	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病大脑中的斑块-胶质细胞微环境	结合空间转录组学、单核RNA测序和人类多细胞模型，首次在人类AD大脑中绘制了斑块-胶质细胞微环境的细胞状态和分子事件	研究样本量相对较小（21名个体），且仅使用死后脑组织，可能无法完全反映活体动态过程	解析阿尔茨海默病中斑块-胶质细胞相互作用的分子机制	人类阿尔茨海默病死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、免疫组化(IHC)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	iPSC来源的多细胞培养模型	空间转录组数据、RNA测序数据、免疫组化图像数据	21名个体的78个死后脑切片（来自ROSMAP研究）
264	2025-08-07	Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509 PMID:40756031	研究论文	本研究通过多种分析方法揭示了SEMA4A/MAPK信号在脓毒症中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序分析和体外实验，首次系统性地鉴定了SEMA4A等核心脓毒症基因及其在单核细胞中的功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的验证	揭示脓毒症的新治疗靶点	脓毒症患者基因数据和THP-1人单核细胞系	生物医学	脓毒症	转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	THP-1细胞模型	基因表达数据	3个独立转录组数据集（来自GEO数据库）
265	2025-08-07	To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1602475 PMID:40756111	研究论文	本研究通过生物信息学技术分析LOXL2在胶质瘤发生发展中的生物学功能，并系统评估该分子标志物与患者预后的潜在关联	首次系统评估LOXL2作为胶质瘤生物标志物的潜力，并构建基于临床数据和分子机制研究的预后模型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	为改善胶质瘤诊疗策略提供新的理论基础	胶质瘤患者和LOXL2基因	生物信息学	胶质瘤	生物信息学分析、scRNA-seq、COX回归分析	预后模型（KM生存分析、COX回归、nomogram、DCA）	基因组数据、临床数据	CCGA（探索性队列）和TCGA（验证性队列）数据集
266	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis 2025, Journal of oral microbiology IF:3.7Q2 DOI:10.1080/20002297.2025.2540827 PMID:40756339	研究论文	本研究通过split-pool barcoding单细胞RNA测序技术，揭示了Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其与牙周病发病机制的关系	首次绘制了Porphyromonas gingivalis的单细胞转录组图谱，揭示了其转录异质性及与牙周病发病机制相关的罕见亚群	研究仅基于实验室培养的W83菌株，未考虑临床样本或不同菌株间的异质性	探索Porphyromonas gingivalis在单细胞水平的转录异质性及其在牙周病发病机制中的作用	Porphyromonas gingivalis W83菌株的1,942个单细胞	微生物组学	牙周病	split-pool barcoding单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	1,942个Porphyromonas gingivalis W83单细胞
267	2025-08-07	New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.113396 PMID:40756344	综述	本文从空间组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同时间点和空间分布下小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞的生物学功能及相互作用机制	首次从空间单细胞组学的角度总结了急性缺血性卒中后不同细胞亚群的空间分布和动态互作	NA	理解急性缺血性卒中后复杂的细胞间相互作用，为精准干预和靶向治疗奠定基础	小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群与浸润的外周免疫细胞	空间组学	急性缺血性卒中	空间转录组技术	NA	基因表达信息与组织空间结构	NA
268	2025-08-07	Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.116567 PMID:40756359	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究长期氟化物暴露对小鼠肠道免疫和细胞多样性的影响	首次使用单细胞RNA测序揭示氟化物暴露对肠道细胞异质性和细胞间通讯模式的影响，并发现新的风险基因	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究长期氟化物暴露对肠道细胞和免疫系统的影响及其机制	小鼠回肠细胞	生物医学	肠道疾病	单细胞RNA测序, 荧光杂交	NA	RNA测序数据, 荧光图像	小鼠经过56周50ppm氟化物暴露
269	2025-08-07	Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153 PMID:40756901	研究论文	通过单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症中关键细胞亚群的组蛋白修饰作用	揭示了特定睾丸细胞亚群中组蛋白修饰在非梗阻性无精子症中的关键作用，并发现了HDAC2等关键基因的上调	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探究非梗阻性无精子症的分子机制	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织细胞亚群	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	AUCell, CellChat	RNA-seq数据	来自GEO数据库的GSE149512数据集
270	2025-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1641982 PMID:40757199	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了异位子宫内膜异位症的细胞组成变化及预测性细胞类型	首次利用单细胞RNA测序图谱和CIBERSORTx算法对子宫内膜异位症进行细胞亚型比例估计，并构建随机森林模型进行诊断预测	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	研究子宫内膜异位症的诊断和治疗方法	子宫内膜异位症患者的细胞组成	数字病理学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, CIBERSORTx算法, 随机森林模型, 免疫组化验证	随机森林	转录组数据	GEO公共数据库中的样本（具体数量未提及）
271	2025-08-07	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学解析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗相关的肿瘤微环境重塑	研究结果需要更多独立数据集验证，且实验主要基于体外模型	探究胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA（空间约束最优运输交互分析）	空间转录组数据	NA
272	2025-08-07	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，并开发了一个新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示健康和疾病中与衰老相关的免疫细胞比例和功能变化	首次构建涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发新的生物年龄预测模型PHARE	未明确提及样本的具体数量及多样性限制	研究衰老如何影响免疫细胞功能，以精确治疗不同生命阶段的患者	从新生儿到超百岁老人的免疫细胞	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人，未明确具体数量
273	2025-08-07	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）癌症干细胞中的预测价值	首次发现IGF2BP3/SPHK1信号通路在MIBC癌症干细胞中的关键作用，并验证其作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（38例MIBC组织），需要更大规模队列验证	探索MIBC中癌症干细胞特征与免疫治疗反应的关系	肌肉浸润性膀胱癌组织和患者来源的类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式(CyTOF)、RNA测序(bulk RNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、CODEX多重成像	NA	单细胞数据、转录组数据、空间分布数据	38例MIBC组织（179,483个单细胞）、25例MIBC组织（67,988个细胞）
274	2025-08-07	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导和MRI特征	发现了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长，并提出了一个潜在的MRI生物标志物	研究样本可能有限，且需要进一步验证MRI生物标志物的临床应用价值	揭示Merlin完整的脑膜瘤生长的生化机制，并寻找非侵入性生物标志物以指导治疗或影像监测	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	脑膜瘤异种移植模型和患者样本（具体数量未提及）
275	2025-08-07	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物心脏发育的复杂过程	利用单细胞RNA测序技术揭示心脏发育过程中的细胞异质性和时空转录组景观	NA	探索哺乳动物心脏发育的分子机制及其与先天性心脏病的关联	人类和小鼠心脏发育过程中的心肌细胞和非心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
276	2025-08-07	Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018 PMID:33152263	research paper	该研究提出畸胎瘤作为研究人类多谱系发育过程的潜在平台	利用畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型，展示了其在多谱系发育建模、全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力	NA	探索畸胎瘤作为研究人类多谱系发育和组织工程的模型	畸胎瘤中的细胞类型及其在人类发育过程中的作用	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq), CRISPR-Cas9 knockout screens, miRNA-regulated suicide gene expression	NA	RNA-seq data	179,632 cells across 23 teratomas from 4 cell lines
277	2025-08-06	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规自然杀伤细胞（cNK）的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	揭示了cNK细胞在感染早期阶段的耗竭现象，并提出了针对cNK细胞的免疫治疗概念	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需进一步验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应的特征	铜绿假单胞菌感染的小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	蛋白质组数据、细胞数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和公共数据库中的scRNA-seq数据集
278	2025-08-06	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Oct, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入分析了肺腺癌及其微环境的空间功能异质性	通过空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态，弥补了单细胞转录组学缺乏空间信息的不足	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小	探索肺腺癌微环境的空间功能异质性和肿瘤动态	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
279	2025-08-06	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-Sep, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	research paper	通过整合批量多组学和单细胞转录组学数据，研究宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次系统地比较了不同年龄段宫颈癌患者的分子特征，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并利用单细胞RNA测序技术鉴定了与年龄相关的上皮细胞亚群	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本，可能影响结果的普遍性	探究宫颈癌患者中与年龄相关的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的批量多组学数据和11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	digital pathology	cervical cancer	bulk multiomics, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data, epigenetic data	307名患者（TCGA数据集）和11个样本（GEO数据集）
280	2025-08-06	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学分析甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因特征，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部独立队列验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其临床意义	甲状腺癌患者	数字病理	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型、无监督聚类	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本