单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-16	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本文介绍了一种新型报告小鼠模型AregThy1.1，用于研究修复性肺Treg细胞的转录和克隆扩增	开发了首个能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠模型，并揭示了Treg细胞在组织修复中的功能分化和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，人类Treg细胞可能存在差异	探究调节性T细胞(Tregs)在组织修复中的作用机制	产生双调蛋白(Areg)的Treg细胞亚群	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠模型	单细胞转录组数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型
262	2025-07-16	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	研究发现Ptbp1在视网膜发育中并非必需，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅聚焦于视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜前体细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	胚胎期E16和成熟期视网膜样本
263	2025-07-16	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	该研究探讨了I型腺苷受体（ADORA1）过表达在子宫肌瘤生长中的作用	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床验证	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单细胞转录组学、siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	未明确说明数量的匹配子宫肌瘤和肌层组织标本
264	2025-07-16	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其通过TGF-β/SMAD3信号通路调控EMT和干性的机制	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而驱动膀胱癌EMT和干性的新机制	TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步研究	探究TCF7在膀胱癌进展中的生物学功能及转录调控机制	膀胱癌	肿瘤学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
265	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究机械负荷对胫骨软骨细胞的影响，并构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的细胞图谱	首次使用单细胞RNA测序技术深入探究机械负荷对软骨细胞的影响，并识别出关键基因和细胞类型	样本量较小，仅涉及6名捐赠者的组织样本	探究机械负荷对软骨细胞的生物学影响	胫骨软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	11个软骨组织样本（来自6名捐赠者），共分析132,685个细胞
266	2025-07-16	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调外周免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（HMF n=6，FF n=3），且为非随机临床试验	表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6名，配方奶喂养3名）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名婴儿（6名母乳喂养，3名配方奶喂养）的外周血单个核细胞
267	2025-07-16	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文研究了腱鞘上皮细胞在肌腱损伤后对纤维化和再生过程的贡献	首次确定了腱鞘上皮细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并验证了其转录特征与人类瘢痕组织的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肌腱损伤后纤维化和再生的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像	NA
268	2025-07-16	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-01, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	research paper	本研究通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和比例调整的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行扩张，每个波具有独特的细胞周期动力学	研究主要关注主动脉的生长机制，可能不适用于其他器官或组织的生长过程	探究出生后血管生长和比例调整的设计原则	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
269	2025-07-16	Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70721 PMID:40660426	研究论文	本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用	首次在泛癌分析中整合转录组、基因组和表观遗传数据，重点研究结直肠癌中丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传改变及临床意义，并利用单细胞RNA测序和免疫组化技术深入分析肿瘤微环境中的分布模式	研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式、遗传改变及临床意义，探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌患者及其肿瘤组织	癌症代谢研究	结直肠癌	转录组分析、基因组分析、表观遗传分析、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	转录组数据、基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	TCGA和GTEx数据库中的样本，以及两个独立的真实世界结直肠癌队列
270	2025-07-16	Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193 PMID:40662787	research paper	本文介绍了一种名为FiTree的树结构多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观	FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够更好地推断肿瘤进化的适应性景观，并统一了癌症进展的概率图模型与群体遗传学	未明确提及具体局限性	研究肿瘤进化中的适应性景观，为理解肿瘤进化和制定治疗策略提供框架	单细胞肿瘤突变树	computational biology	acute myeloid leukemia	single-cell sequencing	tree-structured multi-type branching process	mutation trees	NA
271	2025-07-16	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	research paper	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测	W1对偶公式将优化问题简化为单一1-Lipschitz函数的极大化问题，避免了复杂的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射	W1对偶仅揭示传输方向，不直接提供唯一最优传输映射，需额外步骤确定传输步长	开发一种快速且可扩展的神经最优传输求解器，用于预测单细胞扰动响应	单细胞数据分布	machine learning	NA	optimal transport, adversarial training	neural optimal transport solver	single-cell RNA-seq data	NA
272	2025-07-16	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	研究论文	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化和邻域信息整合等方法提升Tangram工具的映射质量	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
273	2025-07-16	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	research paper	该论文提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中空间局部化的异常变化	Sardine方法通过空间局部化密度估计，能够更准确地识别不同条件下细胞状态的空间局部变化，相比现有方法更具生物合理性	NA	开发一种能够识别空间转录组数据中空间局部化异常变化的方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	模拟数据、小鼠大脑皮层损伤前后的Visium数据集、小鼠脊髓电疗过程中的Visium数据集
274	2025-07-16	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	研究论文	提出一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，弥合图像模式和分子表达特征之间的差距，从而预测细粒度转录细胞丰度	方法可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过跨模态学习在空间转录组学中预测细粒度细胞类型	组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	跨模态统一表示学习框架（CUCA）	图像和分子表达数据	三个数据集
275	2025-07-16	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	research paper	该研究评估了五种空间转录组学反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA反卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	RNA反卷积方法在解析稀有细胞类型方面表现略优于染色质可及性数据，表明未来需要开发专门方法	评估现有空间转录组反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics, spatial chromatin accessibility profiling	Cell2location, RCTD	spatial omics data	基于单细胞和多组学数据集生成的模拟数据
276	2025-07-16	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234 PMID:40662809	研究论文	介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了基于'虚拟颜色'的伪对齐方案，显著提高了单细胞ATAC-seq数据的处理速度和内存效率	未提及具体限制	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	NA
277	2025-07-16	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和图学习技术进行基因调控链接预测	结合大规模预训练的单细胞基础模型和图学习技术，显著提高了基因调控链接预测的准确性和鲁棒性	需要大量已知的转录因子-DNA结合数据，而这些数据通常实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，提高单细胞RNA测序数据中基因调控网络（GRN）推断的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集
278	2025-07-16	Transcriptome assembly at single-cell resolution with Beaver 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf236 PMID:40662838	研究论文	本文介绍了Beaver，一种专为短读长单细胞RNA测序数据设计的细胞特异性转录本组装工具	Beaver通过实施转录本片段图和设计高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要基于Smart-seq3 scRNA-seq数据，未涉及其他单细胞测序技术的数据验证	解决单细胞RNA测序中重建全长转录本的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, Smart-seq3	随机森林	RNA测序数据	NA
279	2025-07-16	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了同种异体间充质干细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中验证MSC疗法对免疫恢复的改善作用，并揭示PDGF-bb在淋巴细胞恢复中的潜在作用	研究结束时仍存在残留细胞因子升高现象，表明慢性免疫调节问题尚未完全解决	探索MSC疗法对冠状病毒感染后免疫功能障碍的改善效果	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医医学/转化医学	冠状病毒感染/猫传染性腹膜炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、血清细胞因子分析	NA	血液学数据、转录组数据、细胞因子数据	未明确提及具体样本数量（猫传染性腹膜炎病例）
280	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	通过结肠的组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，深入研究了J型储袋失败的分子机制	研究为回顾性病例对照设计，可能存在选择偏倚	探究导致J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制	接受IPAA手术的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组化	NA	组织样本、基因表达数据	417例患者（其中部分进行单细胞空间转录组分析）