单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-09-28	Understanding and mitigating the impact of ambient mRNA contamination in single-cell RNA-sequencing analysis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332440 PMID:40991648	研究论文	本研究探讨环境mRNA污染对单细胞RNA测序数据分析的影响，并评估两种校正方法的有效性	首次系统评估环境mRNA污染对差异基因表达和通路富集分析的影响，并比较两种独立校正方法的性能	研究仅基于两个独立数据集（登革热患者PBMC和人类胎儿肝组织），可能需要更多样本来验证普适性	理解和减轻单细胞RNA测序中环境mRNA污染的影响，提高数据分析的可靠性	人类外周血单个核细胞（PBMC）和胎儿肝组织单细胞	生物信息学	传染病（登革热）和发育生物学	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellBender和SoupX校正方法	单细胞转录组数据	10个登革热患者PBMC样本和42个人类胎儿肝组织scRNA-seq样本
262	2025-09-28	The role of microglia and complement C5/C5a in the pathogenesis of rhegmatogenous retinal detachment with choroidal detachment 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.019 PMID:40994539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离的独特炎症特征，并验证补体C5/C5a通路与小胶质细胞在血视网膜屏障破坏中的关键作用	首次在单细胞水平揭示RRDCD的细胞景观特征，发现小胶质细胞与树突状细胞的增强连接及补体C5-C5AR1互作上调	样本来源仅限于玻璃体样本，未涉及其他眼部组织；体外实验模型与体内病理环境存在差异	阐明RRDCD与典型RRD的差异机制，探究小胶质细胞和补体C5/C5a通路在疾病发生中的作用	孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离患者玻璃体样本、原代视网膜小胶质细胞、RF/6A内皮细胞和ARPE-19上皮细胞	眼科疾病机制研究	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养实验	细胞共培养模型	单细胞转录组数据、细胞功能实验数据	RRD和RRDCD患者的玻璃体样本（具体数量未明确说明）
263	2025-09-28	Identification of prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma based on the m6A RNA modification 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251370847 PMID:41013996	研究论文	基于m6A RNA修饰构建肝细胞癌预后生物标志物识别模型	首次基于m6A调节因子转录谱识别肝细胞癌分子亚型，并建立具有免疫浸润和化疗敏感性预测功能的风险模型	研究依赖于公共数据库数据，需进一步实验验证临床适用性	识别肝细胞癌的预后生物标志物	肝细胞癌患者和肝癌细胞系（Huh7、Hep 3B、Hep G2）	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR	风险预测模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA-LIHC和ICGC-LIRI-JP数据库样本及3种肝癌细胞系
264	2025-09-28	Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies 2024-Nov-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836 PMID:39325468	研究论文	本研究通过临床和分子特征分析，发现UBAP1L基因的双等位基因功能丧失性变异与非综合征性视网膜营养不良相关	首次将UBAP1L基因鉴定为新的遗传性视网膜营养不良致病基因，并通过迷你基因实验和基因敲除小鼠模型进行功能验证	样本量较小（仅6名患者），小鼠模型未表现出视网膜退化表型	探索遗传性视网膜营养不良的新致病基因	6名来自4家三级医院的遗传性视网膜营养不良患者	遗传学	视网膜营养不良	外显子组测序、基因组测序、单细胞RNA测序、迷你基因实验、基因敲除小鼠模型	NA	基因测序数据、临床评估数据、功能实验数据	6名患者（来自6个家庭）
265	2025-09-28	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveals unexpected first heart field predominance of human iPSC differentiation 2023-Jun-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.80075 PMID:37284748	研究论文	开发TBX5/MYL2谱系示踪系统结合单细胞RNA测序，揭示人iPSC分化中第一心区的主导性	首次建立可识别FHF祖细胞及其后代的遗传谱系示踪系统，并通过大规模单细胞转录组分析发现iPSC分化中意外的心室优势模式	研究基于体外iPSC分化模型，可能与体内胚胎发育存在差异	探究人iPSC向心肌细胞分化过程中的心脏祖细胞谱系特征	人诱导多能干细胞（hiPSC）及其分化产物	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、寡核苷酸样本多重标记、遗传谱系示踪	NA	单细胞转录组数据	2个独立iPSC系在12个时间点的分化样本
266	2025-09-28	A Comprehensive Immune Cell Atlas of Cystic Kidney Disease Reveals the Involvement of Adaptive Immune Cells in Injury-Mediated Cyst Progression in Mice 2022-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021030278 PMID:35110364	研究论文	通过构建小鼠囊性肾病免疫细胞图谱，揭示适应性免疫细胞在损伤介导的囊肿进展中的作用	首次创建囊性肾病的单细胞免疫图谱，发现适应性免疫细胞在损伤加速型囊肿进展中的特异性作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究免疫细胞在囊性肾病进展中的调节作用	成年诱导性条件性Ift88基因敲除小鼠（纤毛突变小鼠）	单细胞基因组学	囊性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），NicheNet分析	NA	单细胞转录组数据	79,355个CD45+免疫细胞，来自对照组和纤毛突变小鼠
267	2025-09-28	Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis 2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202101149R PMID:34591994	研究论文	通过单细胞RNA测序构建牛尾椎间盘的细胞图谱，发现具有不同稳态功能的异质性细胞群体	首次创建牛尾椎间盘的单细胞RNA测序图谱，识别出15个独特细胞簇并发现新型细胞标记物	研究基于牛模型，结果向人类椎间盘的转化需要进一步验证	解析椎间盘的细胞异质性以促进再生疗法开发	牛尾椎间盘组织	单细胞基因组学	椎间盘疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	NA
268	2025-09-28	Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress 2021-09-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.07.006 PMID:34363749	研究论文	本研究揭示了心脏驻留巨噬细胞通过产生胰岛素样生长因子-1在高血压应激下调节心肌细胞适应性生长的重要机制	首次证明特定巨噬细胞亚群来源的IGF-1是心脏适应高血压应激的必需因素，并发现人类心肌病中存在保守的IGF1表达巨噬细胞亚群	NA	探究免疫细胞在高血压引起的心脏适应性生长过程中的作用机制	心脏驻留巨噬细胞和心肌细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学、基因命运图谱、诱导性细胞消融	NA	基因表达数据	正常血压和高血压动物模型，人类心肌病样本
269	2025-09-27	Single-cell multi-omics data reveal heterogeneity in liver tissue microenvironment induced by hypertension 2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102696 PMID:40989794	研究论文	通过单细胞多组学技术揭示高血压诱导的肝脏组织微环境异质性	首次结合scRNA-seq、scATAC-seq和组蛋白ChIP-seq技术鉴定高血压相关肝细胞亚群及其调控网络	NA	探究高血压对肝脏细胞亚群微环境的影响机制	高血压模型与正常肝脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞多组学、scRNA-seq、scATAC-seq、组蛋白ChIP-seq	NA	单细胞测序数据	NA
270	2025-09-27	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a novel porcine alveolar macrophage subtype with high SLAMF7 expression promoting PRRSV infection 2025-Dec, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2560894 PMID:40944943	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现表达SLAMF7的新型猪肺泡巨噬细胞亚型可促进PRRSV感染	首次通过单细胞测序鉴定出具有高SLAMF7表达的新型猪肺泡巨噬细胞亚型，并证实其在PRRSV感染中的关键作用	体外培养与体内真实环境存在差异，仅部分GO术语和KEGG通路重合	探究PRRSV感染过程中猪肺泡巨噬细胞的异质性及其分子机制	猪肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞	生物信息学	猪繁殖与呼吸综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确具体样本数量（涉及体外培养和新鲜分离的猪肺泡巨噬细胞）
271	2025-09-27	Type I IFN drives neutrophil swarming, impeding lung T cell-macrophage interactions and TB control 2025-Dec-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250466 PMID:40986319	研究论文	本研究通过比较不同小鼠模型，揭示了I型干扰素在结核感染早期通过促进中性粒细胞聚集而限制CD4+ T细胞浸润的免疫机制	发现相对耐药小鼠早期肺内I型干扰素反应更强，并首次阐明I型干扰素通过调控中性粒细胞群聚影响T细胞-巨噬细胞空间互作的机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类结核感染中验证	探究结核分枝杆菌感染早期决定感染结局的免疫机制	C57BL/6和C3HeB/FeJ小鼠的肺组织免疫细胞	免疫学	结核病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两种基因型小鼠在感染后数周内的肺组织样本
272	2025-09-27	T Cells Expressing Ras Homolog Family Member a Display Enhanced Cytotoxicity but are Reduced in Lupus Peripheral Blood 2025-Oct, Immunological investigations IF:2.9Q3 DOI:10.1080/08820139.2025.2517364 PMID:40536306	研究论文	本研究探讨系统性红斑狼疮患者T细胞亚群中RhoA蛋白的表达特征及其临床意义	首次揭示RhoA+ T细胞具有增强的细胞毒性功能，并发现其在狼疮外周血中的异常分布模式	样本量有限且仅针对新诊断患者，缺乏纵向随访数据	探索RhoA在狼疮T细胞亚群中的表达规律和临床诊断价值	系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血T细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序、ROC曲线分析	NA	流式细胞数据、基因表达数据	新诊断SLE患者与年龄性别匹配的健康对照者外周血样本
273	2025-09-27	Immunoregulatory Roles of Tumor-Originated Pericytes Identified by Single-Cell Analysis in Glioblastoma 2025-Sep-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202511856 PMID:41001759	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示胶质母细胞瘤中肿瘤源性周细胞的免疫调节功能	首次在胶质母细胞瘤中鉴定出具有CD44标记的肿瘤源性周细胞亚群，并发现其通过促进肿瘤相关巨噬细胞M2极化调控肿瘤微环境	研究主要基于单细胞测序数据分析，需要进一步实验验证具体分子机制	探究胶质母细胞瘤中周细胞的起源和功能异质性	人类原发性胶质母细胞瘤样本中的CD146阳性周细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	人类原发性GBM样本和公共单细胞数据库数据
274	2025-09-27	Time-Series Transcriptomics Identifies Xanthine Dehydrogenase in Injured Neurons Correlated With Orthodontic Pain 2025-Sep-26, Orthodontics & craniofacial research IF:2.4Q2 DOI:10.1111/ocr.70036 PMID:41002069	研究论文	通过时间序列转录组学鉴定正畸疼痛中受损神经元内的黄嘌呤脱氢酶表达机制	首次结合bulk RNA-seq与单细胞RNA-seq数据揭示Xdh在Atf3+受损神经元中的动态表达模式，并开发交互式分析平台	研究局限于小鼠模型，尚未进行临床验证	解析正畸牙齿移动疼痛的分子细胞机制	小鼠三叉神经节神经元	神经科学	口腔疼痛	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qPCR、免疫荧光、micro-CT	NA	转录组数据、行为学数据	小鼠正畸疼痛模型（具体数量未明确说明）
275	2025-09-27	Increased AIF-1-mediated p38 MAPK phosphorylation in the mid-secretory endometrium impairs endometrial receptivity in women with recurrent implantation failure 2025-Sep-26, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf174 PMID:41003697	研究论文	本研究探讨AIF-1通过p38 MAPK磷酸化影响复发性种植失败患者子宫内膜容受性的机制	首次揭示AIF-1在RIF患者子宫内膜基质细胞中通过p38 MAPK磷酸化途径抑制细胞增殖和蜕膜化的分子机制	AIF-1在子宫内膜巨噬细胞中对胚胎植入的作用尚不明确	探究AIF-1对复发性种植失败患者子宫内膜容受性的影响机制	复发性种植失败患者和生育能力正常女性的子宫内膜组织、人子宫内膜基质细胞系、CD-1小鼠模型	生殖医学	复发性种植失败	单细胞RNA测序、定量PCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、RNA测序、基因过表达和沉默技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、组织切片图像	18例RIF患者和18例对照患者的分泌中期子宫内膜样本，另加30例对照患者月经周期五个不同阶段的子宫内膜样本
276	2025-09-27	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2025-Sep-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adl1988 PMID:40997217	研究论文	本研究通过表观基因组分析技术鉴定了一类响应机械微环境的基因组增强子——机械增强子	首次系统性地识别了能够响应基质硬度变化的机械敏感性基因组增强子，并证明通过表观基因组编辑可重编程细胞对机械微环境的响应	NA	探索机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控基因转录	肺成纤维细胞（来自健康供体和纤维化患者）	表观遗传学	肺纤维化	全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选	NA	基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据	NA
277	2025-09-27	High Treg and PMN-MDSC densities are a hallmark of tertiary lymphoid structures in fatal cases of cervical cancer 2025-Sep-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012613 PMID:40998518	研究论文	本研究通过比较HPV相关头颈鳞癌和宫颈癌中三级淋巴结构(TLS)的密度与组成，揭示TLS组成（而非数量）与宫颈癌患者预后的关联	首次发现宫颈癌中TLS的高Treg和PMN-MDSC浸润特征与患者死亡相关，并揭示PMN-MDSC通过精氨酸酶1抑制T细胞功能的机制	样本来源限于两种HPV相关癌症，未验证其他癌症类型的普适性	探究TLS在不同HPV相关癌症中对免疫微环境调控及预后的差异影响	宫颈癌(CESC)和头颈鳞癌(HNSCC)患者组织样本	肿瘤免疫学	宫颈癌	多重免疫荧光、免疫组化、空间转录组、流式细胞术	NA	组织切片、流式细胞数据	未明确样本数量的宫颈癌和头颈鳞癌患者组织
278	2025-09-27	Change in brain molecular landscapes following electrical stimulation of the nucleus accumbens 2025-Sep-25, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology IF:6.6Q1 DOI:10.1038/s41386-025-02241-w PMID:40999234	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究小鼠伏隔核深部脑刺激引起的脑内分子景观变化	首次应用高分辨率空间转录组学(Stereo-seq)在单细胞水平解析NAc DBS诱导的神经环路分子机制	研究局限于小鼠模型，临床转化意义需进一步验证	揭示伏隔核深部脑刺激治疗神经精神疾病的分子机制	小鼠脑组织及伏隔核神经环路	神经科学	神经精神疾病（抑郁、焦虑、成瘾）	空间转录组学(Stereo-seq)、深部脑刺激(DBS)	动物模型（小鼠）	空间基因表达数据	随机分组的刺激组与假手术组小鼠样本
279	2025-09-27	MAN1A1 promotes colorectal cancer liver metastasis by maintaining TGFBR2 protein stability 2025-Sep-25, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025164 PMID:40999906	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现MAN1A1通过维持TGFBR2蛋白稳定性促进结直肠癌肝转移	首次揭示高尔基体糖基化酶MAN1A1通过调控TGFBR2蛋白稳定性驱动结直肠癌肝转移的具体分子机制	未明确MAN1A1介导的糖基化修饰对TGFBR2蛋白稳定的具体作用位点	探究结直肠癌肝转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞系及临床患者样本	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、基因操作、transwell实验	NA	基因表达数据、蛋白质稳定性数据	公共数据库单细胞RNA测序数据及结直肠癌细胞系
280	2025-09-27	Single-cell transcriptomics reveals apolipoprotein A4-mediated metabolic-immune reprogramming in lymphocytes during early obesity-related chronic kidney disease 2025-Sep-25, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025171 PMID:40999903	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示载脂蛋白A4在肥胖相关慢性肾病早期淋巴细胞代谢-免疫重编程中的关键调控作用	首次在单细胞水平系统阐明Apoa4通过调控转录因子网络和细胞间信号通路维持淋巴细胞代谢-免疫稳态的新机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究Apoa4在肥胖诱导的慢性肾病早期免疫细胞代谢和功能调控中的作用	野生型和Apoa4基因敲除小鼠的肾脏淋巴细胞	单细胞组学	慢性肾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色、qPCR	基因敲除动物模型	单细胞转录组数据	野生型和Apoa4-KO小鼠的高脂饮食诱导肥胖模型