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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-04-01 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法,结合SGCC分析技术,用于解析淋巴组织及EBV相关DLBCL的肿瘤微环境 | 提出了IN-DEPTH这一兼容多种空间平台、资源高效的迭代方法,首次实现同一切片上的空间蛋白质组学与转录组学整合,并开发了SGCC算法进行多模态空间数据分析 | 未明确说明样本量、具体平台配置细节及技术局限性 | 开发空间多组学整合方法以深入解析疾病组织结构和肿瘤微环境 | 淋巴组织及EBV阳性和阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL) | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞空间蛋白质组学 | k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC) | 空间多组学数据(蛋白质和转录组) | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞空间蛋白质组学 | NA | 兼容多种空间平台,但未指定具体产品 |
| 262 | 2026-04-01 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文通过综合实验评估了基础模型在单细胞测序数据分析中的性能,并比较了其与任务特定方法的优劣 | 首次对十种单细胞基础模型在八个下游任务中的性能进行全面评估,并提出了一个用于评估训练稳定性、超参数影响的框架 | 研究发现单细胞基础模型并非在所有任务中都优于任务特定方法,这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的效用,并为模型预训练和微调提供指导 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型(如scGPT、Geneformer、CellPLM) | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 263 | 2026-04-01 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomics to elucidate the role and potential mechanisms of autophagy in aging tissue
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00996-w
PMID:39414741
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞转录组数据,揭示了自噬在血液组织衰老中的关键作用及其潜在机制 | 首次在单细胞分辨率下识别出经典单核细胞是衰老血液中自噬水平升高的主要细胞类型,并发现缺氧是自噬增强的关键驱动因素 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本来源有限,可能无法完全代表所有人群 | 识别自噬与衰老相关性最高的组织,并探索自噬在衰老组织微环境中的功能和机制 | 健康组织样本、不同年龄血液样本、急性髓系白血病(AML)样本 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | bulk RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 超过7000个正常组织样本、不同年龄血液单细胞数据、2000多个AML bulk RNA-seq样本、多组AML单细胞数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 264 | 2026-04-01 |
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00998-8
PMID:39466536
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研究论文 | 本研究揭示了非糖基化ΔDCN亚型在膀胱癌干细胞中通过诱导干性表型和赋予吉西他滨化疗耐药性来促进肿瘤进展 | 首次在膀胱癌干细胞中鉴定出非糖基化ΔDCN亚型,并发现其与糖基化DCN在细胞定位和功能上的差异,即ΔDCN在细胞质中促进肿瘤干性和化疗耐药,而糖基化DCN在细胞外基质中抑制干性 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床样本验证有限,且ΔDCN的具体作用机制尚未完全阐明 | 阐明DCN在膀胱癌干细胞中的调控作用及其在肌肉浸润性膀胱癌中的机制 | 膀胱癌干细胞、临床组织样本、膀胱癌细胞系 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、慢病毒构建、CCK8检测、球体形成实验 | NA | 基因表达数据、临床病理特征、生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 265 | 2026-04-01 |
Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01025-6
PMID:39699801
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和机器学习探索非小细胞肺癌中肿瘤微环境相互作用与细胞凋亡通路 | 结合单细胞测序、空间转录组学、孟德尔随机化和机器学习算法构建预后模型,并通过体外实验验证基因功能 | NA | 探索程序性细胞死亡在非小细胞肺癌中的作用机制及治疗靶点 | 非小细胞肺癌细胞及肿瘤微环境 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 多组学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 266 | 2026-04-01 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for determining the prognosis in lung adenocarcinoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00948-4
PMID:38616208
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,揭示了肺腺癌中的免疫抑制亚型,并建立了一个新的预后特征 | 结合单细胞和bulk RNA测序进行多组学聚类,识别出与不良生存相关的免疫抑制亚型,并发现CDC25C基因作为新的预后生物标志物 | 样本量较小(仅6对配对组织),且未明确说明单细胞测序平台的具体技术细节 | 探索肺腺癌的生物学特性,识别新的生物标志物和治疗靶点 | 肺腺癌(LUAD)患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA测序、全外显子组测序 | NA | RNA测序数据 | 6对配对的原发性和邻近肺腺癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 267 | 2026-04-01 |
Deciphering the molecular landscape: evolutionary progression from gynecomastia to aggressive male breast cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00964-4
PMID:38888848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了男性乳腺发育症向男性乳腺癌演进的分子机制,并识别CD13作为关键驱动因子 | 首次在单细胞分辨率下解析男性乳腺发育症与乳腺癌的进化关联,并发现CD13在肿瘤微环境中的核心作用 | 样本量有限,且主要基于测序数据,需要更多临床验证 | 探究男性乳腺发育症向乳腺癌转化的分子机制 | 男性乳腺发育症和男性乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化染色、细胞间通讯分析 | 进化树分析、伪时间分析 | 单细胞转录组数据、基因组变异数据、图像数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及男性乳腺发育症和乳腺癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-04-01 |
Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00967-1
PMID:39115605
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研究论文 | 本研究揭示了YAP1介导的谷氨酰胺代谢是骨肉瘤对抗DFMO治疗的关键旁路机制,并提出联合抑制YAP1可增强DFMO疗效 | 首次阐明了YAP1介导的谷氨酰胺代谢通路在骨肉瘤对DFMO产生耐药性中的作用机制,并提出了DFMO联合YAP1抑制剂(CIL56)或谷氨酰胺酶抑制剂(CB-839)的新型联合治疗策略 | 研究主要基于临床前模型(PDX/CDX)和体外实验,尚未进行临床试验验证 | 探索转移性和复发性骨肉瘤的新治疗靶点 | 骨肉瘤细胞及患者来源的异种移植(PDX)和细胞系来源的异种移植(CDX)模型 | 肿瘤代谢与治疗 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、转录组测序、高通量药物筛选、RNA-seq、代谢组学、Western blot、qPCR、免疫荧光染色、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、转录组测序数据、代谢组数据、分子表达数据 | 涉及MTAP缺失的骨肉瘤患者单细胞数据、复发与非复发患者组织样本,以及PDX/CDX模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00974-2
PMID:39162990
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃癌卵巢转移的免疫微环境,揭示了转移组织的异质性特征 | 首次对胃癌卵巢转移的配对临床样本进行整合单细胞RNA测序分析,识别出特定的肿瘤相关成纤维细胞亚群 | 样本量较小(仅两对配对样本),可能限制结果的普适性 | 探究胃癌卵巢转移的免疫微环境特征及其与预后的关系 | 胃癌卵巢转移组织及配对的原发肿瘤组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两对配对临床样本(原发胃癌及卵巢转移) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 270 | 2026-04-01 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
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研究论文 | 本研究探讨了母体低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响,特别是对肾单位形成和分支形态发生的分子与细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和先进成像技术,全面解析低蛋白饮食如何通过影响代谢、细胞周期和表观遗传调控,导致肾单位祖细胞分化受阻和分支形态发生缺陷 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类情况;未探讨长期低蛋白饮食对成年后肾脏疾病的具体分子通路 | 揭示母体低蛋白饮食导致后代肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 小鼠胎儿肾脏发育过程,特别是肾单位祖细胞和分支形态发生 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜,光学投影断层扫描 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 小鼠胚胎期E14.5和出生后P0时间点的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 271 | 2026-04-01 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析小鼠骨肉瘤模型,揭示了Skp2在肿瘤转移、基因组不稳定性和免疫激活中的功能,并发现了潜在的治疗靶点通路 | 首次在免疫活性小鼠骨肉瘤模型中应用单细胞RNA测序技术,系统比较了Skp2基因敲除和Skp2-p27相互作用破坏两种模型,发现了干扰素激活与患者生存改善的相关性,并揭示了肿瘤逃逸靶向治疗的多种机制 | 研究基于小鼠模型,虽然能模拟患者肿瘤的异质性和微环境复杂性,但人类与小鼠的生物学差异可能影响结果的直接转化应用 | 探究骨肉瘤中Skp2基因的功能及其作为治疗靶点的潜力,并发现新的协同治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型(包括Skp2条件性敲除模型、Skp2敲除模型和Skp2-p27相互作用破坏模型) | 单细胞转录组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 272 | 2026-04-01 |
TRPV1 inhibition suppresses non-small cell lung cancer progression by inhibiting tumour growth and enhancing the immune response
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00894-7
PMID:37902941
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研究论文 | 本研究探讨了TRPV1在非小细胞肺癌(NSCLC)进展中的作用,发现其高表达与不良预后相关,并通过抑制TRPV1可抑制肿瘤生长并增强抗肿瘤免疫反应 | 首次系统揭示了TRPV1通过Ca2+-IGF1R信号通路促进NSCLC增殖和抗凋亡,并通过调节γ-氨基丁酸(GABA)分泌影响肿瘤免疫微环境的新机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,缺乏大规模临床样本验证;TRPV1调控GABA分泌影响免疫细胞浸润的具体分子通路有待进一步阐明 | 探究TRPV1在非小细胞肺癌发生发展中的作用及其对肿瘤免疫微环境的调控机制 | 非小细胞肺癌细胞系、BALB/C和C57BL/6J小鼠肿瘤移植模型、TCGA数据库及空间转录组学数据集 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 空间转录组学、流式细胞术、免疫组化、qPCR、Western blot、LC-MS/MS、ELISA | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据、动物模型数据 | TCGA数据库肿瘤组织样本、10x Genomics空间转录组数据集、小鼠肿瘤移植模型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | NA | NA |
| 273 | 2026-04-01 |
ITGB2-ICAM1 axis promotes liver metastasis in BAP1-mutated uveal melanoma with retained hypoxia and ECM signatures
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00908-4
PMID:38150154
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了BAP1突变型葡萄膜黑色素瘤中ITGB2-ICAM1轴通过维持缺氧和细胞外基质相关特征促进肝转移的机制 | 首次在BAP1突变型葡萄膜黑色素瘤中鉴定出ITGB2-ICAM1轴的关键作用,并利用免疫活性小鼠肝转移模型验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于单细胞测序数据和动物模型,尚未在临床患者中进行验证 | 探究BAP1缺陷驱动葡萄膜黑色素瘤转移的分子机制 | BAP1突变型与非突变型葡萄膜黑色素瘤的原发性和转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 包含原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤的scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2026-04-01 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-05-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文描述了一种处理新鲜骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法,并提供了针对先前石蜡包埋样本的详细指南 | 开发了一种针对硬组织(如骨)的空间转录组学方法,解决了在切片处理过程中保持RNA质量和组织形态的挑战 | NA | 开发适用于骨组织的空间转录组学方法,以分析细胞基因表达与组织学背景的关系 | 骨组织样本,包括新鲜样本和先前石蜡包埋的样本,如骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 275 | 2026-04-01 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中睫状缘区存在短暂性视网膜祖细胞 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学,首次在人类视网膜发育中鉴定出睫状缘区的短暂性早期视网膜祖细胞,并揭示了其转录和染色质可及性变化 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至妊娠中期的阶段,未涉及后期发育或成熟视网膜 | 探究人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的起源、分化和时空分布 | 人类视网膜发育过程中的细胞,特别是睫状缘区的视网膜祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类早期眼样本,涵盖至妊娠中期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 276 | 2026-04-01 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588111
PMID:38617255
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研究论文 | 本文详细比较了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法差异及其对结果的影响 | 首次量化评估了Seurat和Scanpy软件包在单细胞RNA-seq分析中的输出差异,并发现其差异程度相当于减少5%的测序数据或20%的细胞数量 | 研究主要关注Seurat和Scanpy两个主流工具,未涵盖其他单细胞分析软件包 | 评估单细胞RNA测序分析中软件包选择和版本差异对分析结果的影响 | 单细胞RNA测序数据分析流程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2026-04-01 |
SUMOylation inhibitors activate anti-tumor immunity by reshaping the immune microenvironment in a preclinical model of hepatocellular carcinoma
2024-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00880-z
PMID:38055116
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研究论文 | 本研究评估了SUMOylation抑制剂在肝细胞癌临床前模型中的抗肿瘤效果及其对免疫微环境的重塑作用 | 首次结合单细胞RNA测序和质谱流式技术,揭示SUMOylation抑制剂通过调节肠道菌群重塑免疫微环境,激活抗肿瘤免疫 | 研究仅限于临床前小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发治疗肝细胞癌的新型小分子疗法,改善免疫检查点抑制剂疗效 | 肝细胞癌临床前小鼠模型(包括皮下和原位模型)及患者样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 质谱流式, 流式细胞术, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 | 临床前小鼠模型及患者组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式 | NA | NA |
| 278 | 2026-04-01 |
Resistance to PRMT5-targeted therapy in mantle cell lymphoma
2024-01-09, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010554
PMID:37782774
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研究论文 | 本研究探讨了套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的机制,并发现mTOR信号通路上调是耐药的关键因素,通过mTORC1抑制剂temsirolimus可克服耐药性 | 首次在套细胞淋巴瘤中系统研究PRMT5抑制剂耐药机制,结合患者来源异种移植模型和细胞系模型,通过单细胞RNA测序揭示mTOR信号通路在耐药中的核心作用,并验证了联合靶向治疗的协同效应 | 研究主要基于体外细胞系和PDX模型,缺乏大规模临床样本验证;耐药机制可能涉及其他未被发现的通路;长期联合治疗的安全性和有效性需进一步评估 | 探究套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的分子机制,并寻找克服耐药性的治疗策略 | 套细胞淋巴瘤细胞系、患者来源异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 套细胞淋巴瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个细胞系(4个敏感,4个原发耐药),4个耐药细胞系,PDX模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析,识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式,并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式,以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 280 | 2026-04-01 |
Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00844-3
PMID:37646965
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研究论文 | 本研究探讨了波形蛋白(VIM)在胶质瘤进展中的作用,特别是其对氧化磷酸化抑制的抵抗性 | 首次全面解析VIM在胶质瘤中的表达模式、与患者生存的负相关、DNA甲基化状态、免疫浸润关联以及维持氧化磷酸化抑制抵抗性的机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接功能验证 | 揭示VIM在胶质瘤进展和氧化磷酸化抑制抵抗中的作用,为胶质瘤治疗提供新的治疗靶点 | 胶质瘤患者数据、胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA测序、单细胞测序、免疫浸润分析、基因集富集分析、DNA甲基化分析、细胞敲低和过表达实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、甲基化数据 | 来自TCGA、HPA、CGGA、TISCH2等数据库的胶质瘤患者和正常样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |