单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-10-02	Bioinformatics Analysis of Transcriptomic Data (Bulk and scRNA-Seq) for Immuno-Oncology 2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4734-9_18 PMID:41028272	综述	本章提供了免疫学研究中使用的生物信息学工具和技术的全面指南	整合了批量转录组和单细胞RNA测序数据分析方法在免疫肿瘤学中的应用	NA	促进免疫学数据分析和解读，帮助理解免疫反应并开发精准免疫疗法	免疫细胞异质性、基因表达模式、免疫受体库	生物信息学	肿瘤免疫	NGS、scRNA-seq、质谱流式细胞术	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
262	2025-10-02	CAR T cell engineering impacts antigen-independent activation and co-inhibition 2025-Dec-11, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101586 PMID:41020262	研究论文	比较慢病毒载体和睡美人转座子系统在CAR-T细胞工程中的差异及其对T细胞特性的影响	首次系统比较病毒和非病毒载体在CAR-T细胞制造中的差异，发现工程方法会显著影响T细胞的抗原非依赖性激活和共抑制状态	患者来源的T细胞中CAR表达细胞较少，增殖簇减少且T细胞多样性降低，特别是在睡美人系统中	研究不同工程方法对CAR-T细胞特性的影响	健康供体和慢性淋巴细胞白血病患者来源的T细胞	细胞工程	白血病	流式细胞术、单细胞测序、睡美人转座子系统、慢病毒载体	NA	细胞表型数据、基因表达数据	健康供体和CLL患者来源的T细胞样本
263	2025-10-02	Illuminating lymphoid tissue HIV reservoirs: advanced assays and their relevance to achieving an HIV cure 2025-Nov-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000974 PMID:40891589	综述	本文综述了用于可视化和表征淋巴组织中HIV病毒库的先进检测技术及其在实现HIV治愈中的意义	整合了活体显微镜、空间转录组学、新一代测序和多重单细胞分析等创新技术，首次系统揭示HIV病毒库的异质性和病毒持续存在的分子标记	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有研究进展进行分析和总结	评估当前和新兴检测技术在HIV病毒库研究中的应用，为开发HIV治愈策略提供技术支持	淋巴组织中的HIV病毒库	传染病研究	HIV/AIDS	活体显微镜、空间转录组学、新一代测序、多重单细胞分析	NA	图像数据、测序数据、单细胞数据	NA
264	2025-10-02	Integrated Analysis of Single-cell and Bulk RNA-Sequencing Identifies a Signature Based on Cancer-related Fibroblast Marker Genes to Predict Prognosis and Therapy Response in Lung Adenocarcinoma 2025 Nov-Dec 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000577 PMID:40831319	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建基于癌症相关成纤维细胞标记基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次基于癌症相关成纤维细胞标记基因构建肺腺癌预后特征，整合单细胞和批量RNA测序数据进行综合分析	NA	分析肺腺癌中癌症相关成纤维细胞标记基因表达并构建预后预测模型	肺腺癌患者	生物信息学	肺腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR	预后特征模型、列线图	基因表达数据	716名肺腺癌患者（来自TCGA和GEO多个队列）
265	2025-10-02	Single-cell multiomics reveals multiple adipogenic pathways and diverse multilineage specializations during embryonic fat tail morphogenesis 2025-Oct-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113496 PMID:41019374	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术揭示绵羊胚胎尾部脂肪形态发生过程中的多种脂肪生成途径和多谱系特化机制	首次在脂肪尾绵羊胚胎中应用单细胞多组学测序技术，揭示了三种主要的脂肪沉积细胞来源和关键增强子驱动的基因调控网络	研究聚焦于特定动物模型（脂肪尾绵羊），在哺乳动物中的普遍适用性需要进一步验证	探究哺乳动物胚胎期脂肪生成的细胞起源和分子调控机制	脂肪尾绵羊胚胎发育期（E50至E80）的脂肪组织	单细胞生物学	NA	单细胞多组学测序（scRNA-seq, snATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	脂肪尾绵羊胚胎发育多个时间点（E50-E80）的组织样本
266	2025-10-02	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	本研究探讨eNAMPT作为特发性肺纤维化治疗新靶点的潜力，并通过中和抗体ALT-100验证其治疗效果	首次将eNAMPT识别为肺纤维化的关键DAMP蛋白并证明其中和抗体可逆转纤维化进程	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	开发特发性肺纤维化的新型治疗方法	人类IPF患者样本和小鼠肺纤维化模型	分子病理学	肺纤维化	RNA测序（bulk和单细胞）、组织化学分析、基因表达分析	动物疾病模型	血液样本、肺组织、基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠肺纤维化模型
267	2025-10-02	The Role of p53 in Adipocyte Differentiation and Lipid Metabolism in Obese Mice via Transcriptional Regulation of Lgals3 2025-Oct, Obesity (Silver Spring, Md.) DOI:10.1002/oby.24363 PMID:40897545	研究论文	本研究探讨p53通过转录调控Lgals3在肥胖小鼠脂肪细胞分化和脂质代谢中的作用	首次揭示p53通过转录抑制Lgals3调控脂肪细胞分化和脂质代谢的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，需要进一步验证在人类中的适用性	研究p53对Lgals3表达的调控作用及其在肥胖中脂肪细胞分化和脂质代谢的影响	高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型和3T3-L1前脂肪细胞系	分子生物学	肥胖症	生物信息学分析、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀、RT-qPCR、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢表型数据	六个肥胖相关微阵列数据集和单细胞RNA测序数据，高脂饮食小鼠模型，3T3-L1细胞系
268	2025-10-02	Alpha Linolenic and Stearic Acids Modulate Genes Related to Viral Entry and Inflammatory Response in THP-1 Derived Macrophages Exposed to SARS-CoV-2 2025-Oct, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70529 PMID:41019181	研究论文	研究α-亚麻酸和硬脂酸对THP-1来源巨噬细胞在SARS-CoV-2暴露下病毒进入和炎症反应相关基因的调控作用	首次通过单细胞RNA-seq数据发现巨噬细胞在COVID-19中基因表达的关键变化，并验证游离脂肪酸对病毒进入和炎症反应的调控作用	研究仅基于体外细胞实验，未进行动物模型或临床试验验证	阐明α-亚麻酸和硬脂酸是否能调节对SARS-CoV-2的炎症反应	THP-1来源巨噬细胞和Beas2B支气管上皮细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外细胞实验	细胞模型	基因表达数据、细胞实验数据	两种细胞系(THP-1和Beas2B)
269	2025-10-02	Platelet-derived growth factor signaling in porcine testicular tubular somatic cells 2025-Oct, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-04004-x PMID:40839115	研究论文	本研究探讨血小板衍生生长因子信号在猪睾丸管状体细胞中的作用及其对细胞功能和睾丸形态发生的影响	首次在高等哺乳动物猪中系统研究PDGF信号通路在睾丸体细胞间的通讯机制，并发现PDGF抑制对初级纤毛特性的影响	初级纤毛调节的PDGF信号在睾丸中的具体作用尚未明确	阐明PDGF信号通路在猪睾丸体细胞相互作用和形态发生中的功能	1周龄幼猪的睾丸管状体细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序，睾丸类器官培养	NA	基因表达数据，形态学数据	幼猪睾丸组织样本
270	2025-10-02	Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Macrophage Population in a Mouse Model of Ozone-induced Asthma Exacerbation 2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0358OC PMID:40106801	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体	首次在臭氧暴露的过敏性肺部炎症模型中识别出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并揭示了这些细胞在气道高反应性中的特异性转录通路	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究臭氧暴露如何加剧过敏性哮喘的气道高反应性机制	小鼠肺部免疫细胞，特别是肺泡巨噬细胞和单核细胞	单细胞组学	哮喘	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞计数数据	暴露于尘螨/豚草过敏原(DRA)、臭氧(O)或两者组合(DRA+O)的小鼠肺部细胞
271	2025-10-02	The multifaceted role of YAP in the tumor microenvironment and its therapeutic implications in cancer 2025-Oct-01, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01551-9 PMID:41028521	综述	本文综述了YAP在肿瘤微环境中的多重作用及其在癌症治疗中的意义	系统阐述了YAP/TAZ作为肿瘤微环境核心调节因子的多重功能，包括整合机械信号传导、驱动免疫逃逸程序，并探讨了靶向YAP/TAZ-TEAD轴联合免疫治疗的新策略	存在肿瘤选择性和耐药机制等挑战	探讨YAP在肿瘤微环境中的作用机制及其治疗意义	肿瘤微环境中的YAP/TAZ信号通路	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
272	2025-10-02	Spatial Transcriptomics of Human Decidua Identifies Molecular Signatures in Recurrent Pregnancy Loss 2025-Oct-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf080 PMID:41031483	研究论文	通过空间转录组学分析人类蜕膜组织，揭示复发性流产的分子特征	首次在人类早期妊娠蜕膜中识别出两个空间功能域（植入区和腺体分泌区），发现FOSL2是调控dNK1细胞空间转化的关键因子	样本数量有限，仅针对早期妊娠阶段进行研究	探究复发性流产患者母胎界面免疫耐受的分子机制	健康供体和复发性流产患者的早期妊娠蜕膜组织	空间转录组学	复发性流产	空间转录组分析、单细胞染色质可及性分析、转录因子占据分析	NA	空间转录组数据、单细胞数据	健康供体和复发性流产患者的蜕膜组织样本
273	2025-10-02	Thymic Stromal Lymphopoietin Promotes Ozone-induced Inflammation in the Airway 2025-Sep-30, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0281OC PMID:41025995	研究论文	本研究探讨胸腺基质淋巴细胞生成素在臭氧诱导的气道炎症中的作用机制	首次揭示TSLP通过调控常规1型树突状细胞促进臭氧诱导的中性粒细胞气道炎症的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明TSLP在臭氧诱导的气道炎症中的具体作用机制	BALB/c小鼠、TSLP受体缺陷小鼠、常规1型树突状细胞	呼吸系统免疫学	气道炎症性疾病	单细胞RNA测序、支气管肺泡灌洗液分析、细胞因子检测	NA	基因表达数据、细胞计数数据、炎症指标数据	多组小鼠模型（包括野生型和基因缺陷型）
274	2025-10-02	Neutrophil-enriched gene signature correlates with teplizumab therapy resistance in different stages of type 1 diabetes 2025-Sep-30, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176403 PMID:41026533	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了与teplizumab治疗反应相关的免疫特征，发现中性粒细胞富集基因特征与治疗抵抗相关	首次在1型糖尿病不同阶段中鉴定出与teplizumab治疗抵抗相关的中性粒细胞富集基因特征，并开发了26基因血液标志物预测模型	研究样本主要来自小鼠模型和有限的人类队列，需要在更大规模人群中验证预测模型的普适性	探索teplizumab在1型糖尿病治疗中反应异质性的免疫学机制	非肥胖糖尿病(NOD)小鼠和1型糖尿病患者的血液及胰腺样本	生物信息学	1型糖尿病	单细胞转录组测序，弹性网络逻辑回归模型	弹性网络逻辑回归	基因表达数据	来自NOD小鼠的配对外周血和胰腺样本，以及人类TN10(阶段2)和AbATE(阶段3)队列数据
275	2025-10-02	Mechanisms of immune escape and extramedullary tropism in leukemia cutis 2025-Sep-30, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025029121 PMID:41026928	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了急性髓系白血病皮肤浸润的免疫逃逸机制和归巢特性	首次通过单细胞和批量转录组分析系统揭示皮肤白血病微环境的免疫特征，发现T细胞耗竭表型和HLA II类分子下调等免疫逃逸机制	样本量有限（10例患者23份活检），部分分析基于单个病例的系列样本	探究急性髓系白血病皮肤浸润的免疫微环境特征和分子机制	10例孤立性皮肤和皮下组织髓外白血病患者的23份活检样本	癌症生物学	白血病	批量转录组测序、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	10例患者的23份皮肤白血病活检样本，另含7例骨髓复发对照样本
276	2025-10-02	Impaired immune metabolism in COPD driven by dysfunction of CXCL16 + alveolar macrophages: multivariate causal evidence 2025-Sep-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10163-7 PMID:41028288	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了CXCL16+肺泡巨噬细胞功能障碍是COPD免疫代谢异常的关键因果机制	首次通过多组学整合分析确定CXCL16在肺泡巨噬细胞中的下调是COPD的新型因果机制，并发现其通过破坏免疫代谢稳态驱动疾病进展	NA	识别COPD中肺泡巨噬细胞衍生的因果因子及其在疾病发病机制中的作用	人类肺组织样本，肺泡巨噬细胞	生物医学研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序，双样本孟德尔随机化分析，批量RNA测序，细胞间通讯分析	NA	基因组数据，转录组数据	涉及欧洲和东亚人群的1283个肺泡巨噬细胞特异性基因分析
277	2025-10-02	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations 2025-Sep-30, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-10011-x PMID:41028361	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在脑 cavernous malformations研究中的应用进展	首次系统总结单细胞测序在CCMs研究中揭示内皮细胞异质性和炎症作用的新发现	主要基于已有研究进行综述，缺乏原始实验数据验证	探索单细胞测序技术在脑 cavernous malformations研究中的应用价值	脑 cavernous malformations中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞	单细胞测序	脑 cavernous malformations	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
278	2025-10-02	ERO1A-positive tumor epithelial cells in colorectal cancer progression: a multi-omics perspective 2025-Sep-30, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02184-z PMID:41028408	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定出ERO1A阳性上皮细胞是结直肠癌进展的关键驱动因素，并开发了基于ERO1A+Epi_TME_Score的预后预测模型	首次通过整合21个多中心队列的多组学数据鉴定ERO1A阳性上皮细胞亚群，揭示其通过特定信号通路与肿瘤微环境细胞互作的机制，并开发了优于现有111个模型的预后预测工具	NA	探索结直肠癌中肿瘤上皮细胞在肿瘤微环境塑造和癌症进展中的作用机制	结直肠癌患者样本（2,767例）及相关的肿瘤上皮细胞亚群	数字病理	结直肠癌	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、生物信息学分析、体外实验、体内实验	风险预测模型（ETSRM）	转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	21个多中心结直肠癌队列共2,767例样本
279	2025-10-02	NQO1/p65/CXCL12 Axis-Recruited Tregs Mediate Resistance to Anti-PD-1 Plus Lenvatinib Therapy in PIVKA-II-Positive Hepatocellular Carcinoma 2025-Sep-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202511152 PMID:41028931	研究论文	本研究揭示了PIVKA-II阳性肝细胞癌中通过NQO1/p65/CXCL12轴招募Tregs导致抗PD-1联合乐伐替尼治疗耐药的机制	首次发现PIVKA-II高表达通过NQO1稳定p65蛋白，激活NF-κB/CXCL12轴招募Tregs介导治疗耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模临床试验验证普乐沙福的疗效	探究PIVKA-II阳性肝细胞癌对免疫联合治疗耐药的机制及解决方案	肝细胞癌患者肿瘤组织及肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外和体内实验验证	NA	临床数据，单细胞转录组数据	156例手术切除患者和104例接受抗PD-1联合乐伐替尼治疗的患者，其中22例进行单细胞测序分析
280	2025-10-02	The loss of microRNA-26b promotes aortic calcification through the regulation of cell-specific target genes 2025-Sep-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf117 PMID:40737220	研究论文	本研究首次揭示microRNA-26b缺失通过调控细胞特异性靶基因促进主动脉钙化的机制	首次发现miR-26b在血管钙化中的作用，结合单细胞转录组学和网络分析揭示细胞特异性靶点及细胞间通讯机制	NA	探索miR-26b在血管钙化中的潜在作用机制	miR-26b基因敲除小鼠和主动脉瘤或瓣膜相关主动脉病变患者的主动脉组织	心血管疾病研究	心血管疾病	micro-PET/CT成像、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、网络分析	基因敲除小鼠模型	影像数据、转录组数据	miR-26bKO小鼠和人类主动脉病变患者组织样本