单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-04-26	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，揭示了人类早期发育和多能性细胞异质性的新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两个群体中不同的亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs到ffEPSCs转变过程中的关键分子通路	NA	理解人类早期发育和多能性细胞的异质性	无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA
262	2025-04-26	Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes 2025-Apr-22, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02614-y PMID:40263451	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白的方法，用于在批量及单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率	病毒多样性监测及病毒与疾病相关性研究	恒河猴外周血单核细胞数据中的埃博拉病毒病相关病毒	生物信息学	埃博拉病毒病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
263	2025-04-26	Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system 2025-Apr-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96683-3 PMID:40263498	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习算法构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统	结合多组学数据和机器学习算法，首次构建了NEP100模型，能够有效诊断和分型神经内分泌前列腺癌，并揭示了四种具有独特生物学特征的亚型	样本量相对有限，特别是空间转录组学数据仅包含1个样本	开发准确的神经内分泌前列腺癌诊断和分型工具	神经内分泌前列腺癌(NEPC)	数字病理学	前列腺癌	多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学)	随机森林(RF)	转录组数据	70个样本(包含196,309个细胞)，其中9%被鉴定为神经内分泌细胞
264	2025-04-26	Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats 2025-Apr-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08091-y PMID:40263515	研究论文	本研究探讨了睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降	首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境影响精子质量的机制	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制	10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠	生殖医学	男性不育症	孟德尔随机化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确说明大鼠数量，但涉及对照组和实验组
265	2025-04-26	Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics 2025-Apr-22, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13947-x PMID:40264064	研究论文	探讨批量RNA测序在骨髓增生性肿瘤(MPN)常规临床中的潜在应用	提出批量RNA测序作为单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的高成本替代方案，用于评估MPN患者的基因突变和免疫状态	未提及样本量是否足够大以支持广泛临床应用	评估批量RNA测序在MPN临床诊断和治疗决策中的实用价值	未经治疗的真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)和原发性骨髓纤维化(PMF)患者的外周血和骨髓样本	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	RNA测序(RNA-Seq), 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量，但包括来自GSE26049和GSE2191数据集的数据
266	2025-04-26	Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis 2025-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03775-1 PMID:40264164	研究论文	本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中R-loop的关键调控因子	首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的R-loop调控机制	探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	机器学习	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq	RGPSM	基因表达数据	多个骨肉瘤患者队列的RNA-seq和scRNA-seq数据集
267	2025-04-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了慢性肉芽肿病(CGD)在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制形成的自然CGD模型，阐明了肉芽肿形成的机制，并开发了有效的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	揭示慢性肉芽肿病的发病机制并开发治疗干预措施	Ncf2基因缺陷小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学, 空间转录组学	小鼠疾病模型	转录组数据	Ncf2基因缺陷小鼠
268	2025-04-26	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-Apr-21, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	研究论文	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现并验证了四个关键CRGs和三个关键转录因子在SCI后的上调作用，并展示了NT3负载壳聚糖通过抑制CRGs表达促进功能恢复的治疗潜力	需要在更大的队列中验证这些发现，并进一步探索NT3负载壳聚糖调控CRG表达的详细机制	研究SCI中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 分子对接分析	动物模型	RNA测序数据	不同时间点的小鼠脊髓组织样本
269	2025-04-26	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-Apr-18, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种新方法，通过内源性标记蛋白质并进行高通量可视化和扰动，以实现对蛋白质组组织、调控和功能的系统级理解	提出了一种高效的方法，能够大规模研究蛋白质组动态、功能和稳态，并揭示了蛋白质质量控制的跨区室互斥反应	未明确提及具体样本量或实验验证的局限性	研究蛋白质组组织、调控和功能	内源性标记的蛋白质	蛋白质组学	NA	高通量可视化、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
270	2025-04-26	Alternative splicing in autism spectrum disorder: Recent insights from mechanisms to therapy 2025-Apr-14, Asian journal of psychiatry IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.ajp.2025.104501 PMID:40273800	综述	本文综述了自闭症谱系障碍(ASD)中可变剪接(AS)的最新研究进展，从机制到治疗	强调了新兴技术如长读长测序、单细胞测序、空间转录组学和CRISPR-Cas系统在揭示AS在ASD中的作用和机制方面的新见解，并评估了基于RNA剪接的治疗策略	NA	揭示ASD的分子基础并促进治疗策略的开发	自闭症谱系障碍(ASD)中的可变剪接(AS)机制	分子生物学	自闭症谱系障碍	长读长测序、单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas系统	NA	RNA数据	NA
271	2025-04-26	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和体外细胞实验
272	2025-04-26	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，识别了神经母细胞瘤的三种亚型，并探讨了它们与预后和治疗脆弱性的关联	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤的预后和治疗脆弱性联系起来，并识别了三种具有不同特征的亚型	研究未涉及具体的临床试验验证，仅基于生物信息学分析	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其相关基因表达数据	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
273	2025-04-26	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Apr-04, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了与肥胖相关抑郁症（OD）发展相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢物谷氨酸的作用机制	揭示了Anaerotruncus colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间细胞通讯的新机制	研究主要基于动物模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT），单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据，转录组数据	临床患者样本和HFD小鼠模型
274	2025-04-26	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制性肿瘤微环境的机制	发现FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在TAMs中对调节抗肿瘤T细胞免疫及免疫治疗效果的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类HCC肿瘤样本，临床转化需进一步验证	探究脂质代谢如何增强TAMs的促肿瘤作用及其机制	小鼠和人类HCC肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
275	2025-04-26	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次在单细胞水平上揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群	阐明原发性骨髓纤维化（PMF）从前纤维化阶段进展到明显阶段的细胞和分子机制	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞组学	骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括pre-PMF、明显PMF和其他MPN患者的骨髓样本
276	2025-04-26	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次描述了MASH纤维化中基因表达的谱系特异性变化、亚群组成及伪时间分析，揭示了纤维化区域的特异性基因表达模式	研究样本量有限，且仅基于特定数据集（GSE189175）进行分析	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点	健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、病理图像	未明确提及具体样本数量，涉及健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者
277	2025-04-26	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示GLS作为牙周炎中铜死亡相关关键基因的作用	研究基于公开数据集GSE10334，可能受限于数据质量和样本量	阐明铜诱导的细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的联系	牙周炎患者样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归、逻辑回归分析	NA	RNA测序数据	基于GSE10334数据集，具体样本量未明确说明
278	2025-04-26	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	research paper	提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用预训练的移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识且无需人工标注	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于移位窗口的自注意力模型	基因表达数据	399,760个细胞
279	2025-04-26	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	通过高维免疫表型分析揭示肾移植后排斥反应中T辅助细胞1和B细胞的异质性效应	首次在单细胞分辨率下描述了肾移植排斥反应中免疫亚群的多样性，并揭示了T细胞介导的排斥和抗体介导的排斥的不同免疫特征	样本量相对较小（76例肾移植受者），且研究仅针对CD4T和B细胞，未涵盖其他免疫细胞类型	提高对肾移植排斥反应免疫发病机制的理解，支持开发更具特异性的免疫抑制疗法	肾移植受者的血液CD4T和B细胞	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA测序数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植受者
280	2025-04-26	Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma 2025-Apr, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15214 PMID:39639424	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	揭示了施万细胞介导的M2样巨噬细胞极化在横纹肌肉瘤中的作用，并鉴定了施万细胞与M2样巨噬细胞之间的受体-配体对	研究样本量未明确说明，可能需要更大规模的验证	探究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	头颈部横纹肌肉瘤样本	肿瘤免疫学	横纹肌肉瘤	单细胞转录组学、CellChat、CIBERSORT、流式细胞术、免疫组织化学	皮下同种异体移植模型	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	NA