单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-01	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变异的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变异与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联	首次详细描述了PSMB10 G201R变异对免疫蛋白酶体表达的显著影响及其在胸腺细胞发育和T细胞选择中的关键作用	研究仅基于单个病例，需要更大样本量验证发现	阐明PSMB10杂合变异导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的免疫学和分子机制	携带PSMB10 p.G201R变异的婴儿患者	免疫学	严重联合免疫缺陷, Omenn综合征	流式细胞术, 免疫印迹, 人工胸腺器官培养, 单细胞RNA测序	NA	临床样本, 分子生物学数据	1名患者及其父母
262	2025-05-01	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，靶向ETS原癌基因1（Ets1），在NPDR患者血浆中上调，揭示了NPDR中的抗血管生成机制	研究样本仅限于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞	分子生物学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序和单细胞测序	NA	RNA测序数据	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞
263	2025-05-01	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢中颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用了小鼠模型，人体内的效应可能有所不同	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢中的颗粒细胞、卵泡膜细胞和基质细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠卵泡培养96小时后的单细胞悬液
264	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00628-y PMID:40211055	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成及相关基因调控网络活动的差异	首次在单细胞水平上揭示了颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成和基因调控网络活动的差异，并验证了GRN195在男性内皮细胞增殖中的功能	样本量相对较小（7,690个细胞），且仅针对颈动脉斑块进行研究	探究颈动脉斑块在性别间的差异及其潜在治疗靶点	人类颈动脉斑块细胞	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	7,690个颈动脉斑块细胞（来自男性和女性患者）
265	2025-05-01	Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium 2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/03000605251333646 PMID:40287984	研究论文	通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的FOSL2和RHoBTB1作为核心免疫调节因子	利用多种机器学习算法筛选关键基因，并通过外部数据集和体外动物模型验证，揭示了FOSL2和RHoBTB1在膝骨关节炎发病机制中的关键作用	需要进一步的研究和验证以确认这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力	理解膝骨关节炎的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	膝骨关节炎滑膜组织	机器学习	膝骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE55235和GSE51588数据集及膝骨关节炎小鼠模型
266	2025-05-01	scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924 PMID:40294099	研究论文	提出了一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	使用深度自编码器和两部分广义伽马分布学习自表达矩阵，生成相似性矩阵及其二次幂，提高了聚类性能	未提及该方法在高噪声或极稀疏数据上的表现	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	12个真实生物数据集
267	2025-05-01	The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration 2025-Apr, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70013 PMID:40300044	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心脏发育和再生中的应用	利用scRNA-seq技术揭示心脏损伤和修复过程中的细胞反应，为成人心脏再生提供关键线索	主要关注scRNA-seq的应用，未涉及其他可能的技术或方法	探讨scRNA-seq在心脏发育和再生研究中的应用及其潜在治疗价值	哺乳动物心脏（包括新生儿和成人）及斑马鱼等脊椎动物心脏	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
268	2025-05-01	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	research paper	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性并确定最佳算法及其适用场景	未提及具体算法的局限性	评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法，并为医学和生命科学家提供算法选择指导	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	30个合成数据集和74个真实数据集
269	2025-05-01	adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168 PMID:40234247	research paper	该研究评估了单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发了一个名为adverSCarial的R包来模拟这些攻击	开发了adverSCarial工具，用于模拟单细胞转录组数据的对抗攻击，评估scRNA-seq分类器的脆弱性	仅评估了五种scRNA-seq分类器，可能无法涵盖所有类型的机器学习算法	评估单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发工具以模拟这些攻击	单细胞RNA测序分类器	machine learning	NA	scRNA-seq	NA	gene expression data	四个不同的数据集
270	2025-05-01	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性和康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	利用scRNA-seq技术检测非可培养状态的细胞内微生物，为研究免疫细胞功能提供了新方法	未提及样本量或实验结果的验证数据	研究SARS-CoV-2感染和康复患者免疫细胞中细胞内微生物的多样性	SARS-CoV-2阳性和康复患者的免疫细胞	数字病理	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
271	2025-05-01	Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation† 2025-Mar-16, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf004 PMID:39756438	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对马妊娠子宫内膜在胚胎植入前后的转录组和细胞亚群进行了比较分析	首次报道了马子宫内膜中丰富的子宫内膜自然杀伤细胞(eNK)及其与胎儿MHC I的潜在相互作用，并发现了新的免疫细胞亚群如常驻先天淋巴样细胞和黏膜相关不变T细胞	研究仅分析了妊娠第33天和第42天两个时间点的样本，未能覆盖整个胚胎植入过程的动态变化	探究马胚胎晚期植入的调控机制及其与其他物种的异同	妊娠母马的子宫内膜细胞	单细胞转录组学	生殖生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	约97,000个子宫内膜细胞，来自妊娠第33天和第42天的子宫内膜活检样本
272	2025-05-01	Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury 2025-Mar-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	research paper	该研究揭示了神经元衍生的TAFA2通过招募CCR2+巨噬细胞到肝脏并触发肝损伤的神经免疫相互作用，以及酸味刺激如何减轻这种损伤	发现了TAFA2在肝脏缺血再灌注损伤中的作用机制，以及酸味刺激通过减少TAFA2产生来减轻肝损伤的新途径	研究仅部分揭示了酸味刺激减轻肝损伤的机制，具体信号通路仍需进一步探索	探索神经元信号在肝脏缺血再灌注损伤中的作用及潜在治疗方法	小鼠模型和临床肝切除术患者	神经免疫学	肝脏疾病	单细胞测序，RNA测序，基因敲除	动物模型和临床试验	基因表达数据，临床数据	小鼠模型和临床试验患者（具体数量未提及）
273	2025-05-01	Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589 PMID:39745778	research paper	研究探讨了巨噬细胞在CTL丰富的肝细胞癌中的空间组织如何影响CTL的抗肿瘤活性	揭示了巨噬细胞空间聚集作为CTL丰富肝细胞癌中免疫抑制微环境和不良预后的独特空间模式	样本量相对较小（20例CTL丰富的HCC），且需要进一步验证巨噬细胞空间分布的功能机制	探究CTL丰富肝细胞癌中空间免疫变异对临床结果的影响	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	多重原位染色、单细胞转录组学、空间转录组学	随机森林模型、Cox回归模型	单细胞数据、空间转录组数据、临床数据	20例CTL丰富的HCC（探索队列），386例患者（验证队列）
274	2025-05-01	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	研究论文	一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位治疗性癌症疫苗的效果	首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果	临床结果不如预期的临床前结果，且样本量较小	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床数据和生物标志物数据	14名患者
275	2025-05-01	A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution 2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114 PMID:39732364	研究论文	本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂FM101通过诱导单核细胞来源的Kupffer细胞坏死性凋亡和炎症消退，改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的机制	揭示了A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解途径诱导线粒体功能障碍和坏死性凋亡的新机制，并首次证明FM101在MASLD治疗中的潜在应用价值	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果需进一步验证	探究A3AR拮抗剂对单核细胞来源Kupffer细胞的调控作用及其在MASLD治疗中的应用	MASLD患者样本、FFD喂养小鼠模型、A3AR基因敲除小鼠	肝脏疾病治疗	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	空间转录组学、基因敲除技术	动物模型（小鼠）	基因表达数据、组织病理学数据	MASLD患者样本和FFD喂养小鼠模型（具体数量未明确说明）
276	2025-05-01	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，探讨了m6A和m5C RNA修饰在自闭症谱系障碍(ASD)中的潜在因果变异	首次整合m6A和m5C变异、cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析来识别ASD的因果变异	需要进一步的实验验证来确认这些变异在细胞系中的功能影响	识别与ASD相关的潜在因果RNA修饰变异	自闭症谱系障碍(ASD)相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	整合基因组分析、cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
277	2025-05-01	Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136 PMID:39740725	research paper	单细胞RNA测序揭示了原始生殖细胞（PGCs）命运决定的新机制	发现了细胞周期驱动细胞异质性，并识别了参与PGC自我更新的活跃群体及衰老细胞命运特征	PGCs培养条件在不同实验室或品种间的可重复性仍是一个挑战	研究培养PGCs系网络逐步建立的分子动力学	原始生殖细胞（PGCs）	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
278	2025-05-01	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	本研究探讨了慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡细胞毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能异常	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损机制，并发现通过维持氧化还原平衡可部分恢复其效应记忆表型	样本量相对较小(共87例)，且未探讨其他类型免疫细胞的变化	探究CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的功能状态和分子机制	慢性乙型肝炎患者(36例)和CHB合并NAFLD患者(19例)以及健康对照(32例)	免疫学	慢性乙型肝炎,非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术,单细胞RNA测序,体外共培养实验	NA	流式细胞数据,单细胞转录组数据	87例(32例健康对照+36例CHB患者+19例CHB+NAFLD患者)
279	2025-05-01	Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury 2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair IF:3.7Q1 DOI:10.1177/15459683241304325 PMID:39744962	review	本文总结了免疫细胞在外周神经系统（PNS）损伤和修复过程中的关键作用	通过单细胞测序分析为巨噬细胞在损伤过程中的表型提供新见解，并探讨了不同免疫细胞在PNS损伤中的作用	巨噬细胞在损伤过程中的表型仍存在争议，且淋巴细胞在PNS损伤后的作用研究较少	探讨免疫细胞在外周神经系统损伤和修复过程中的作用机制	外周神经系统（PNS）损伤后的免疫细胞（如巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等）	免疫学	神经系统损伤	单细胞测序分析	NA	NA	NA
280	2025-05-01	The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis 2025-Mar, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2024.12.026 PMID:39746397	research paper	该研究通过孟德尔随机化和多组学分析探讨了高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的关系	结合孟德尔随机化、转录组和单细胞测序分析，揭示了高脂饮食通过改变特定肠道菌群导致系统性慢性炎症的机制	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他人群	探究高脂饮食如何通过改变肠道微生物组导致系统性慢性炎症	高脂饮食、肠道微生物组、系统性慢性炎症	生物医学	代谢性疾病	孟德尔随机化(MR)、转录组测序、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	欧洲人群GWAS数据和小鼠实验数据