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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-03-15 |
Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation
2021-04-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1230
PMID:33888612
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研究论文 | 本研究开发了RABID-seq技术,结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序,以研究中枢神经系统炎症中的单细胞相互作用 | 开发了RABID-seq技术,首次将条形码病毒追踪与单细胞RNA测序结合,用于在体内研究星形胶质细胞相互作用,并识别了介导小胶质细胞-星形胶质细胞相互作用的候选分子 | NA | 研究中枢神经系统炎症中细胞间相互作用,特别是小胶质细胞与星形胶质细胞之间的互作机制 | 星形胶质细胞、小胶质细胞及其在中枢神经系统炎症模型中的相互作用 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 262 | 2026-03-15 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本研究通过高通量测序技术揭示了肾脏血管区域特化的分子决定因素,并探讨了Tbx3转录因子在肾小球发育和功能中的关键作用 | 首次系统性地鉴定了从胚胎期到成年期肾脏非淋巴管内皮细胞的分子特征,发现了肾小球特化的关键转录因子Tbx3,并证实其缺失会导致肾小球发育不良和纤维化 | 研究主要关注内皮细胞,未全面分析其他血管相关细胞类型;Tbx3缺失的表型仅出现在部分肾小球中,具体机制有待进一步阐明 | 解析肾脏血管异质性的分子基础,为肾脏组织工程和疾病机制研究提供依据 | 小鼠肾脏非淋巴管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 高通量bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 从胚胎期到成年期的肾脏内皮细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 263 | 2026-03-15 |
Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium
2019-12-13, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA119.011169
PMID:31694912
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研究论文 | 本文研究了在牛视网膜色素上皮中,通过光照在特定波长下高效生成11-顺式-视黄醛的过程,并揭示了RGR与CRALBP在视觉色素再生中的协同作用 | 首次详细描述了RGR在光照条件下高效生成11-顺式-视黄醛的机制,并证实了CRALBP在防止再异构化中的关键作用 | 研究主要基于牛和人类样本,小鼠模型中RGR在Müller胶质细胞中的表达差异可能限制跨物种普适性推断 | 探究脊椎动物视觉中11-顺式-视黄醛的光照再生机制 | 牛视网膜色素上皮细胞、人类和小鼠视网膜组织 | 视觉科学 | NA | 单细胞RNA测序、异源表达系统、重组蛋白纯化 | NA | 基因表达数据、蛋白质功能数据 | 牛和人类视网膜及RPE组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 264 | 2026-03-15 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了足月和早产分娩时人类胎盘中不同区域的细胞类型组成和转录特征 | 首次识别出两种新细胞类型:绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质滋养层细胞,并揭示了分娩过程中基因表达的显著差异 | 样本量相对有限,可能无法完全代表所有人群的胎盘异质性,且研究主要关注转录水平,未深入探讨功能验证 | 探究人类分娩(包括足月和早产)过程中胎盘的分子基础,以理解其细胞组成和转录活动 | 人类胎盘组织,包括绒毛树、基底板和绒毛膜羊膜,来自足月分娩(有或无分娩)和早产分娩的女性 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及足月分娩(有或无分娩)和早产分娩的女性胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 265 | 2026-03-15 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在单细胞分辨率下表征了吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 首次在单细胞水平揭示了吸烟者支气管上皮中一个先前未知的杯状细胞周围上皮亚群,该亚群表达支气管癌前病变标志物 | 样本量较小(仅12名参与者),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 阐明吸烟对特定支气管上皮细胞类型和组织构成的精确影响 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者(6名从不吸烟者,6名当前吸烟者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2026-03-15 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCOPIT的交互式网络应用工具,用于计算单细胞测序实验中的样本量需求,基于多项分布评估细胞亚群的采样概率 | 开发了SCOPIT这一交互式网络应用工具,首次将多项分布计算应用于单细胞测序实验的样本量规划,提供快速、直观的前瞻性实验设计或回顾性评估功能 | 工具主要基于理论的多项分布模型,可能未考虑实验中的技术变异或批次效应等实际因素 | 为单细胞DNA和RNA测序实验提供样本量计算和评估方法,确保实验设计能充分采样目标细胞亚群 | 单细胞测序实验中的细胞亚群,包括细胞类型或癌症克隆 | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 多项分布模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 267 | 2026-03-15 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠新皮层神经元,揭示了密集的神经肽能调节网络的转录组证据 | 首次发现几乎所有皮层神经元都高度表达一种或多种神经肽前体(NPP)和神经肽选择性G蛋白偶联受体(NP-GPCR)基因,提出了37种特异性神经肽能调节网络的具体预测 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;转录组证据需功能实验确认 | 探索皮层突触网络的稳态、调节和可塑性机制 | 22,439个小鼠新皮层神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22,439个神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-03-15 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
|
研究论文 | 本文通过整合多组学纵向数据,重建了调控小鼠和人类肺发育的动态网络模型 | 开发了一个综合交互式模型,结合了mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学数据,并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证,识别了细胞类型特异性活跃通路 | 模型基于预设的14个时间点数据,可能未覆盖所有发育阶段;人类数据来源于已有组学数据集,可能受样本来源和技术差异影响 | 揭示调控出生后肺泡肺发育的动态调控网络 | 小鼠肺泡组织(通过激光捕获显微切割分离)和人类肺发育时间序列组学数据 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割、mRNA测序、microRNA测序、DNA甲基化测序、蛋白质组学、单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学纵向数据 | 14个预设时间点的小鼠肺泡样本及人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 269 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis
2019-10-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012
PMID:31543471
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官,揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞命运决定的新基因调控机制 | 首次在人类3D视网膜类器官中利用单细胞RNA测序技术解析RPC的时间进程,鉴定出两种具有独特分子特征的RPC亚型,并发现CCND1与ASCL1以细胞周期非依赖方式共表达,促进早期视网膜神经发生 | 研究仅关注早期人类视网膜发生阶段,未涵盖整个视网膜发育过程;基于hESC衍生的类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 解析早期人类视网膜发生过程中视网膜祖细胞的命运决定机制 | 人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及hESC衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 270 | 2026-03-15 |
GDF15 is an epithelial-derived biomarker of idiopathic pulmonary fibrosis
2019-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00062.2019
PMID:31432710
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研究论文 | 本研究揭示了生长分化因子15(GDF15)是特发性肺纤维化(IPF)中一种由上皮细胞衍生的生物标志物,与疾病严重程度和预后相关 | 首次通过单细胞RNA测序确定肺上皮细胞是GDF15的主要来源,并在多个独立队列中证实循环GDF15水平与IPF疾病严重程度和生存率显著相关 | 研究主要基于观察性数据,GDF15在IPF发病机制中的具体功能作用仍需进一步实验验证 | 寻找并验证特发性肺纤维化(IPF)的潜在生物标志物 | 小鼠模型中的衰老II型肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化(IPF)患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据、蛋白质浓度数据 | 多个独立IPF患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 271 | 2026-03-14 |
FOXN1 immunodeficiency detected by TREC-based newborn screening - A challenge of management?
2026-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107142
PMID:41610918
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研究论文 | 本文通过TREC新生儿筛查发现FOXN1免疫缺陷,并详细描述了三位携带四种新FOXN1突变新生儿的临床病程,强调管理挑战 | 首次报道四种新的FOXN1突变,并利用高分辨率单细胞RNA测序结合流式细胞术进行综合免疫表征,揭示B细胞群体异常 | 样本量小(仅三位新生儿),基因型-表型相关性不完全,临床管理策略仍需验证 | 探讨非SCID FOXN1免疫缺陷的临床管理挑战,通过免疫表征理解疾病异质性 | 三位携带FOXN1突变的新生儿 | 数字病理学 | 免疫缺陷病 | TREC新生儿筛查,流式细胞术免疫表型分析,高分辨率单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据,流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 三位新生儿(P1、P2、P3) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 272 | 2026-03-14 |
Genetic profile of Lepr+ skeletal stem/progenitor cells in the periodontal ligament and functional compensation during aging and bone repair
2026-May, Bone
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.bone.2026.117833
PMID:41692367
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了牙周韧带中Lepr+骨骼干细胞/祖细胞的层次结构和功能特性,并发现其在衰老和骨修复过程中的贡献有限且存在代偿机制 | 首次在牙周韧带中识别出具有Thy1表达但缺乏Runx2的Lepr亚群,该亚群位于Lepr PDLC谱系的顶端,并揭示了其衰老相关的功能下降及潜在性二态性 | Lepr PDLCs对骨细胞和牙骨质细胞的贡献在数量上有限且随年龄下降,其具体代偿机制尚未完全阐明 | 探究牙周韧带中Lepr+骨骼干细胞/祖细胞的层次组织、干细胞特性维持及其与其他SSPC种群的关系 | 牙周韧带中的Lepr+骨骼干细胞/祖细胞(Lepr PDLCs) | 干细胞生物学 | 骨骼疾病 | 谱系追踪, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2026-03-14 |
Enthesis-related progenitors recruited from the subacromial bursa contribute to rotator cuff healing in rats
2026-Apr, Journal of shoulder and elbow surgery
IF:2.9Q1
DOI:10.1016/j.jse.2025.08.016
PMID:41072716
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研究论文 | 本研究探讨了表达scleraxis (Scx)和SRY-box-containing gene 9 (Sox9)的附着点相关祖细胞在肩袖愈合过程中的特征,并评估了保留肩峰下滑囊对祖细胞募集及术后愈合的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肩袖愈合过程中Scx+/Sox9+附着点祖细胞的转录组特征及其来源于Pdgfra+/Cd34+间充质祖细胞的谱系关系,并明确了保留肩峰下滑囊在促进早期组织学和生物力学成熟中的关键作用 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床的转化需进一步验证;样本量相对有限,且主要关注早期愈合阶段(术后1、3、6周) | 探索肩袖肌腱-骨愈合过程中附着点相关祖细胞的起源、调控机制及肩峰下滑囊在愈合中的作用,以开发改善内源性愈合能力的治疗策略 | 野生型Sprague-Dawley大鼠和ScxGFP转基因大鼠的肩袖(特别是冈上肌腱)及肩峰下滑囊 | 数字病理学 | 骨科疾病(肩袖损伤) | 单细胞RNA测序,免疫染色,组织学分析,生物力学测试 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,生物力学数据 | 77只大鼠(71只野生型Sprague-Dawley大鼠,6只ScxGFP转基因大鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2026-03-14 |
Integrating Bulk RNA-Seq and Spatial Transcriptomics Data to Reveal Distinct Immune Escape Mechanism and Immunotherapy Based on Post-Translational Modification in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-Apr-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000588
PMID:41268854
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和空间转录组学数据,揭示了头颈部鳞状细胞癌中基于翻译后修饰的免疫逃逸机制和免疫治疗反应 | 首次整合bulk RNA-seq和空间转录组学数据,开发了基于翻译后修饰的预后评分系统(PTM.score),并验证其在多个独立队列中的可靠性 | 研究依赖于公共数据集和内部队列,样本量可能有限,且未进行实验验证 | 探究翻译后修饰在头颈部鳞状细胞癌中的预后意义和免疫治疗反应 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习 | 基因表达数据 | TCGA-HNSCC、GSE41613、GSE42743、GSE65858数据集及内部队列 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 275 | 2026-03-14 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Key Factors in Gastric Intestinal Metaplasia
2026-Apr, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-18940-z
PMID:41492114
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了胃上皮组织在从正常到慢性浅表性胃炎再到肠上皮化生(IM)这一疾病进展过程中的细胞和分子动态变化 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了胃肠上皮化生这一癌前病变阶段的细胞图谱,并识别出TFF3基因在IM相关杯状细胞中的特异性高表达及其与疾病进展的强相关性 | TFF3基因在胃癌发生早期阶段的具体调控机制尚未完全阐明,需要进一步的功能性实验验证 | 探究胃肠上皮化生这一胃癌关键癌前病变阶段的分子驱动因素,以识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 胃上皮组织,涵盖对照(正常)、慢性浅表性胃炎和肠上皮化生(IM)三个疾病阶段的样本 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但包含对照、慢性浅表性胃炎和IM三个疾病阶段的胃上皮组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 276 | 2026-03-14 |
Protoplast-Based Functional Genomics and Genome Editing: Progress, Challenges and Applications
2026-Apr, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70375
PMID:41521468
|
综述 | 本文综述了基于原生质体的功能基因组学和基因组编辑技术的进展、挑战与应用 | 系统分析了1050篇已发表文献,并整合了单细胞转录组学等前沿技术,强调了原生质体再生在作物改良中的新应用价值 | NA | 探讨原生质体系统作为研究植物环境感知与响应、以及作物改良平台的功能与应用 | 植物原生质体系统,涵盖模式物种和经济作物 | 功能基因组学 | NA | 原生质体分离与递送、单细胞转录组学、CRISPR/Cas RNP编辑、原生质体融合 | NA | 文献数据、转录组数据 | 基于1050篇已发表文章的分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2026-03-14 |
Decoding plant cell heterogeneity and dynamics across responses, development, to evolution with single-cell technologies
2026-Apr, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102854
PMID:41570605
|
综述 | 本文综述了单细胞技术如何重新定义植物细胞身份,揭示其异质性、动态性和进化特征 | 提出植物细胞身份是动态、依赖环境且分布于连续谱系的观点,并倡导未来框架应整合多组学和空间信息以捕捉细胞可塑性 | 未提及具体实验数据或技术实施的局限性,主要集中于概念性讨论和未来方向展望 | 探讨单细胞技术如何解析植物细胞的异质性、动态响应和进化过程 | 植物细胞(包括维管组织、叶肉组织等) | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、活体成像 | NA | 转录组数据、空间数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2026-03-14 |
Cancer-associated fibroblast subtypes in the tumor microenvironment of prostate cancer and associations to patient outcomes
2026-Apr, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70023
PMID:41588654
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光和数字病理学分析,在前列腺癌肿瘤微环境中鉴定出三种癌症相关成纤维细胞亚型,并评估了它们与患者生化复发风险的关系 | 首次在前列腺癌中系统鉴定并验证了三种癌症相关成纤维细胞亚型的存在及其空间分布特征,并发现apCAF和iCAF亚型是生化复发的独立预测因子 | 研究基于回顾性队列,需要前瞻性研究验证;样本主要来自根治性前列腺切除术患者,可能不适用于其他治疗阶段 | 鉴定前列腺癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞亚型,并评估其与患者预后的关联 | 前列腺癌患者的根治性前列腺切除术标本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字病理学分析 | Cox回归分析 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 病理图像 | 两个队列共475例患者(队列1: 235例, 队列2: 240例) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 279 | 2026-03-14 |
YTHDF2-orchestrated m6A methylation of BECN1 induces Scoparone-mediated hepatic stellate cell ferroptosis to attenuate liver fibrosis
2026-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.157912
PMID:41655543
|
研究论文 | 本研究揭示了Scoparone通过YTHDF2介导的m6A甲基化调控BECN1表达,诱导肝星状细胞铁死亡,从而减轻肝纤维化的新机制 | 首次发现Scoparone通过YTHDF2介导的m6A甲基化调控BECN1表达,进而诱导肝星状细胞铁死亡来减轻肝纤维化,为基于Scoparone的抗纤维化治疗提供了新的分子机制和理论依据 | NA | 阐明Scoparone通过m6A表观转录组调控肝星状细胞铁死亡来改善肝纤维化的分子机制 | 小鼠肝纤维化模型和人类肝星状细胞 | NA | 肝纤维化 | 单细胞测序、空间转录组测序、转录组测序、免疫沉淀、激光共聚焦 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 转录组测序 | NA | NA |
| 280 | 2026-03-14 |
Multi-omics reveals hepatotoxic mechanisms and key toxic components of Polygoni Multiflori Radix and its processed products
2026-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.157908
PMID:41655553
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了何首乌及其炮制品引起肝毒性的机制,并确定了关键毒性成分 | 首次整合非靶向血清代谢组学、肝脏空间转录组学和肝脏空间代谢组学来阐明何首乌及其炮制品的肝毒性机制 | NA | 全面阐明何首乌及其炮制品的肝毒性过程并确定主要毒性成分 | 何首乌及其炮制品 | NA | 肝毒性 | 非靶向血清代谢组学、肝脏空间转录组学、肝脏空间代谢组学、质谱分析 | NA | 代谢组学数据、转录组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |