本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
261 | 2025-10-05 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
|
研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中通过调控成纤维细胞代谢重编程促进疾病进展的机制 | 首次发现CBX5作为表观遗传调控因子连接代谢异常与肺成纤维细胞持续活化状态,并证明靶向CBX5可抑制纤维化发展 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人体内的直接证据仍需进一步验证 | 探究表观遗传调控在肺纤维化发病机制中的作用,特别是CBX5对成纤维细胞代谢重编程的调控机制 | 肺成纤维细胞、特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织、博来霉素诱导的肺损伤模型 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 批量RNA测序, 代谢评估 | NA | 基因表达数据, 代谢数据, 组织图像 | IPF患者肺组织和成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
262 | 2025-10-05 |
Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer
2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.04.22.25326170
PMID:40313260
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法,用于识别结直肠癌转移风险相关的通路 | 首次实现了直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息,无需实际进行空间转录组测序 | 某些肿瘤相关通路仅靠组织学无法完全捕获 | 开发从组织学图像推断RNA表达的方法,识别结直肠癌转移风险相关通路 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 虚拟RNA推断,空间转录组学 | UNI, ResNet-50, ViT, VMamba | 组织图像,基因表达数据 | 45名患者,超过300,000个Visium点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
263 | 2025-10-05 |
Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia
2025-Apr-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279049.124
PMID:39965935
|
研究论文 | 本研究利用长读长单细胞RNA测序技术研究慢性淋巴细胞白血病中癌症亚克隆的基因型和表型特征 | 结合scBayes分析方法和MAS-seq长读长单细胞RNA测序技术,显著提高转录本覆盖度并扩展可检测的突变信息 | 研究样本量较小,仅包含6名患者 | 研究携带BTK C481S突变的癌症亚克隆,识别共存的CLL驱动突变,并分析突变亚克隆的转录组特征 | 慢性淋巴细胞白血病患者的癌细胞亚克隆 | 单细胞测序分析 | 慢性淋巴细胞白血病 | 长读长单细胞RNA测序,bulk DNA测序 | scBayes | 单细胞RNA测序数据,DNA测序数据 | 6名慢性淋巴细胞白血病患者 | NA | 单细胞RNA测序 | MAS-seq | 长读长单细胞RNA测序技术 |
264 | 2025-10-05 |
Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina
2025-Apr-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279167.124
PMID:40050124
|
研究论文 | 本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术,对小鼠视网膜进行了全面的转录组分析 | 首次系统比较单细胞长读长与传统短读长RNA测序技术,发现了44,325个转录本异构体,其中38%为先前未表征,17%在特定细胞亚类中特异性表达 | 研究仅限于小鼠视网膜组织,未验证其他组织或物种的适用性 | 建立有效的转录本异构体表征方法,研究选择性剪接在视网膜生物学中的作用 | 约30,000个小鼠视网膜细胞 | 单细胞测序 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 约30,000个细胞 | Illumina, Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA测序 | Illumina测序平台, Oxford Nanopore测序平台 | 短读长测序产生15.4亿条reads,长读长测序产生14.0亿条reads |
265 | 2025-10-05 |
Timing neural development and regeneration
2025-Apr, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.102976
PMID:40010202
|
综述 | 探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制及其在胶质细胞重编程中的潜在应用 | 整合时间身份调控与神经发生因子过表达以增强重编程效率并扩展神经元亚型多样性 | NA | 解析神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的应用潜力 | 哺乳动物中枢神经系统神经祖细胞和胶质细胞 | 神经发育生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
266 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer
2025-Feb-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02226-9
PMID:39955556
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物 | 首次在单细胞水平分析CDK4/6抑制剂治疗前后肿瘤微环境变化,识别出预测晚期进展的分子特征和免疫细胞动态 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证生物标志物的临床适用性 | 开发预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的生物标志物 | HR+/HER2-转移性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自肝转移、胸腔积液、腹水和骨转移等多个转移部位的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
267 | 2025-10-05 |
Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01997-z
PMID:39747597
|
研究论文 | 提出一种名为广义二元协方差分解的统计方法,用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性 | 开发了能够将肿瘤转录异质性分解为患者特异性、数据集特异性和疾病亚型相关共享成分的新统计方法 | 方法在强肿瘤间异质性存在时的性能优势需进一步验证 | 解析肿瘤转录异质性并识别与癌症进展相关的共享表达模式 | 胰腺导管腺癌单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 广义二元协方差分解 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
268 | 2025-10-05 |
Integrative Analysis of TLS-Associated Gene Signatures, Immune Infiltration and Drug Sensitivity in Pancreatic Cancer
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70038
PMID:41016829
|
研究论文 | 本研究通过整合分析胰腺癌中三级淋巴结构相关基因特征、免疫浸润和药物敏感性,开发个性化治疗策略 | 首次系统鉴定9个TLS相关基因并建立TLS评分系统,结合单细胞RNA-seq揭示基因在免疫细胞中的分布,证明TLS评分可预测化疗药物敏感性 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证;机制研究尚不深入 | 开发胰腺癌个性化化疗选择策略 | 胰腺腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | 胰腺癌患者队列和Mia PaCa2、Jurkat细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
269 | 2025-10-05 |
The Single-Cell Triaptosis Regulatory Pattern in the Immune Microenvironment of Keloids
2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S536776
PMID:41024856
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据研究瘢痕疙瘩免疫微环境中三凋亡调控模式的作用 | 首次揭示三凋亡调控模式在瘢痕疙瘩免疫微环境中的作用,并鉴定ELMO2为关键致病基因 | NA | 探究三凋亡在瘢痕疙瘩免疫微环境形成中的调控机制 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库样本+自有瘢痕疙瘩样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
270 | 2025-10-05 |
Practical approaches to advanced molecular biology techniques
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.022
PMID:41033726
|
研究论文 | 本章详细介绍了多种先进分子生物学技术的实验方案和应用 | 系统整合了包括CRISPR-Cas9、单细胞RNA测序等前沿分子生物学技术的实用操作指南 | NA | 为分子生物学研究提供先进技术的实践指导 | 分子生物学技术及其在细胞过程研究中的应用 | 分子生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Real-Time PCR, 流式细胞术, ChIP-Seq, scRNA-Seq, 质谱分析, FISH | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 质谱蛋白质组学 | NA | NA |
271 | 2025-10-05 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
|
研究论文 | 本研究探讨了单核细胞和自然杀伤细胞在严重COVID-19患者心血管疾病风险增加中的协同作用机制 | 首次揭示了NK细胞通过激活增强单核细胞源性巨噬细胞对氧化低密度脂蛋白的摄取,阐明了两种免疫细胞在COVID-19相关心血管风险中的协同作用机制 | 样本量相对有限(严重组31例,康复组29例,对照组17例),主要关注严重COVID-19患者 | 研究严重COVID-19期间免疫细胞改变及其与心血管疾病风险的关联 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照人群 | 免疫学 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析、体外实验 | NA | 流式细胞数据、转录组数据、血浆生物标志物数据 | 严重COVID-19患者31例,康复患者29例,未感染对照17例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
272 | 2025-10-05 |
IRG1/ACOD1 promotes neutrophil reverse migration and alleviates local inflammation
2024-Oct-01, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae110
PMID:38713770
|
研究论文 | 本研究揭示了IRG1/ACOD1通过降低中性粒细胞表面ICAM-1表达促进其反向迁移并缓解局部炎症的机制 | 首次发现IRG1/ACOD1通过调控ICAM-1与Cd11a的结合促进中性粒细胞反向迁移,揭示了炎症消退的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究中性粒细胞反向迁移的分子机制及其在炎症中的作用 | 中性粒细胞(PMN)及其反向迁移现象 | 免疫学 | 急性肺部炎症 | 单细胞RNA测序,基因敲除,体内追踪 | NA | 基因表达数据,细胞迁移数据 | 小鼠炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
273 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029
PMID:38871184
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术深入分析了嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组特征和生物学功能 | 首次在单细胞水平揭示食管嗜酸性粒细胞存在两种不同功能状态的亚群,并发现其表达多种感应受体和炎症介质的特征 | 样本量相对有限(12名个体),且主要关注转录组水平,需要进一步功能验证 | 全面表征人类嗜酸性粒细胞在食管过敏炎症中的转录组和生物学功能 | 嗜酸性粒细胞在嗜酸性食管炎(EoE)患者中的表达特征 | 单细胞组学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫染色, 刺激试验 | NA | 单细胞转录组数据 | 586个嗜酸性粒细胞(来自12名个体:6名患者血液,6名患者食管) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于重力的单细胞RNA测序方法 |
274 | 2025-10-05 |
VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition
2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024
PMID:39116349
|
研究论文 | 本研究揭示了VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中介导近端肾小管与免疫细胞相互作用导致修复失败的机制 | 首次证实VCAM-1通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞的相互作用,促进AKI向CKD转变 | 主要基于体外细胞实验和动物模型,临床验证仍需进一步研究 | 探究VCAM-1在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中促进修复失败的作用机制 | 近端肾小管细胞、免疫细胞、小鼠模型、人类AKI和CKD患者样本 | 肾脏病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、细胞实验数据 | AKI和CKD患者样本、小鼠模型、原代培养肾细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
275 | 2025-10-05 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-Oct, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析常温离体肝脏灌注对肝脏组织驻留记忆T细胞的影响 | 首次在大鼠肝脏中创建了经历NEVLP的肝脏TRM T细胞图谱,并在单细胞基因表达水平证明了NEVLP对肝脏TRM T细胞的影响 | 研究仅针对大鼠肝脏,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究NEVLP对肝脏组织驻留免疫细胞表型的影响,评估抗炎细胞因子减少TRM活化的能力 | 大鼠肝脏和肝脏组织驻留记忆T细胞 | 单细胞组学 | 肝脏移植 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肝脏样本(包括NEVLP处理组、抗炎细胞因子处理组和对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
276 | 2025-10-05 |
Imaging macular carotenoids and their related proteins in the human retina with confocal resonance Raman and fluorescence microscopy
2024-Oct, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110043
PMID:39151780
|
研究论文 | 利用共聚焦共振拉曼和荧光显微镜研究人视网膜黄斑区类胡萝卜素及其相关蛋白的分布 | 首次结合共振拉曼显微镜的荧光和拉曼模式,系统研究12种已知黄斑类胡萝卜素相关蛋白在人视网膜黄斑区的空间分布 | 蛋白质具体作用机制尚未完全阐明,样本量有限 | 探究黄斑类胡萝卜素相关蛋白在黄斑形成中的作用 | 人视网膜黄斑区及视网膜色素上皮细胞 | 生物医学成像 | 眼科疾病 | 共聚焦共振拉曼显微镜,荧光显微镜,Western blot,单细胞RNA测序 | NA | 图像,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 未明确样本数量的人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
277 | 2025-10-05 |
CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition
2024-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01360-z
PMID:39164456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了胃癌中CCKBR+干细胞样癌细胞的存在及其与不良预后的关联,并发现FOXO-sialyltransferase轴在维持这些细胞稳态中的关键作用 | 首次鉴定CCKBR+干细胞样癌细胞在胃癌异质性中的作用,揭示FOXO-sialyltransferase轴调控机制,为靶向治疗提供新视角 | 样本量相对有限(5例患者进行单细胞测序),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌肿瘤异质性机制及CCKBR+癌细胞的生物学特性 | 胃腺癌患者肿瘤组织中的恶性上皮细胞 | 单细胞生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CUT&Tag测序, Lectin pulldown | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 5例胃腺癌患者进行单细胞测序,40个样本进行靶向分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
278 | 2025-10-05 |
Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞中赖氨酰氧化酶失活对高脂血症小鼠动脉粥样硬化负担和斑块钙化的影响 | 首次在平滑肌细胞特异性敲除Lox基因模型中揭示LOX通过FAK/β-连环蛋白信号轴调控动脉粥样硬化斑块钙化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 研究LOX在控制动脉粥样硬化发生和血管平滑肌细胞成骨分化中的作用机制 | 高脂血症条件性基因敲除小鼠和野生型小鼠的原代主动脉平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质水平数据,组织学数据 | Loxf/fMyh11-CreERT2ApoE-/-条件敲除小鼠和Loxwt/wtMyh11-CreERT2ApoE/-对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
279 | 2025-10-05 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 提出一种名为FICTURE的无分割空间因子分析方法,用于分析亚微米分辨率空间转录组数据 | 开发了首个可扩展至全转录组分析的无分割空间因子推断方法,能够处理数十亿个亚微米分辨率空间坐标数据 | 未提及具体的数据验证范围或与其他方法的全面比较 | 解决高分辨率空间转录组数据分析中的细胞分割难题 | 空间转录组数据,特别是血管、纤维化、肌肉和脂质富集区域的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层狄利克雷模型的随机变分推断 | 空间坐标数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 兼容测序基和成像基空间转录组数据 |
280 | 2025-10-05 |
Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye
2024-Oct, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003
PMID:39306240
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估干眼症对结膜免疫细胞特别是单核吞噬细胞的影响 | 首次在干燥应激诱导的干眼模型中系统分析结膜单核吞噬细胞的转录谱和调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响 | C57BL/6小鼠结膜免疫细胞 | 单细胞组学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序, scATAC-seq, Monocle 3轨迹分析, IPA通路分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量的小鼠结膜免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |