单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-16	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究扩展了二维胃泌类器官的培养时间，以模拟人类中胚层发育	开发了一种可延长至10天的二维胃泌类器官培养模型，揭示了2至4天间高度可重复的形态发生阶段	早期协议中超过2天后组织结构会丧失，限制了观察时间	研究人类中胚层分化和形态发生的模型	人类多能干细胞衍生的二维胃泌类器官	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	二维胃泌类器官模型	转录组数据	NA
262	2025-06-16	Inhibition of SIRT1/HSF1 pathway contributes to doxorubicin-induced nephrotoxicity in ovarian tumor-bearing mice 2025-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02122-z PMID:40347321	研究论文	本研究探讨了SIRT1/HSF1通路在多柔比星(DOX)诱导的卵巢肿瘤小鼠肾毒性中的作用	首次揭示了SIRT1/HSF1信号通路在DOX介导的肾毒性中的关键作用，并发现SIRT1激动剂RSV可以逆转这一过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究DOX诱导肾毒性的分子机制	卵巢肿瘤小鼠模型和鼠足细胞	肿瘤药理学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据，生化指标数据，组织病理学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及肾脏组织和足细胞分析
263	2025-06-16	Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417733 PMID:40349168	研究论文	研究发现微胶质细胞中的MS4A4A基因在阿尔茨海默病中对抗癫痫发作具有保护作用	首次揭示了MS4A4A基因通过增强微胶质细胞的吞噬活性来减轻阿尔茨海默病中的癫痫发作	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿尔茨海默病中癫痫发作的潜在治疗靶点	阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者的脑部病变组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
264	2025-06-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的机制，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠作为模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠的肺和肝脏组织	病毒病理学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠感染模型	基因表达数据	多组C57BL/6J雄性小鼠在不同感染时间点的肺和肝脏组织
265	2025-06-16	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估了宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体PGDM条件下胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体变化	研究仅关注了E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺发育，未能涵盖更广泛的发育阶段	探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	生物医学	糖尿病	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据, 空间数据	两个发育时间点（E16.5和E18.5）的胎儿胰腺样本
266	2025-06-16	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用从头细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型(Proseg)	空间转录组数据	肾细胞癌患者样本数据
267	2025-06-16	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	该研究开发了一个名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ首次将不确定性量化整合到癌细胞比例预测中，使用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归来产生可靠的预测区间	NA	改进癌症组织中恶性细胞比例的估计方法，为癌症诊断、预后和治疗决策提供更可靠的数据	癌症组织中的恶性细胞比例	数字病理学	癌症	批量RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度神经网络, 分位数回归神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集
268	2025-06-16	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-May-31, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究通过负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒调节巨噬细胞极化和铁死亡，以改善慢性鼻窦炎(CRS)的慢性炎症和免疫失调	首次利用MNP_siHIF-1α纳米颗粒靶向抑制HIF-1α/TFRC-ROS轴，从而调控巨噬细胞极化和铁死亡，为CRS提供了一种新型精准治疗方法	需要进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究MNP_siHIF-1α调控巨噬细胞极化和铁死亡的分子机制，开发CRS新型疗法	慢性鼻窦炎(CRS)小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告基因检测, 流式细胞术, DLS, 凝胶阻滞实验	CRS小鼠模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	CRS小鼠模型（具体数量未明确说明）和Raw264.7细胞系
269	2025-06-16	scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis 2025-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115297 PMID:40508102	research paper	介绍了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程，用于自动化细胞分化和通讯分析	开发了一个集成多种分析工具（如细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析）的R包，支持Seurat和Scanpy注释的数据，并在一个罕见遗传性神经发育障碍数据集中发现了新的神经元炎症信号特征	未明确说明流程的计算效率或在大规模数据集上的适用性	开发一个自动化单细胞RNA测序下游分析流程，以促进细胞分化和通讯研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	一个已发表的数据集（具体样本量未说明）
270	2025-06-16	Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111813 PMID:40507294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中上皮细胞过渡阶段的特征，并构建了一个基于基因的风险评分模型	识别了PDAC进展中高度增殖的上皮细胞过渡亚群，构建了基因风险评分模型，并揭示了肿瘤微环境中特定成纤维细胞亚群与过渡上皮细胞间的相互作用	研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于qPCR，缺乏更广泛的临床验证	寻找PDAC从早期阶段向侵袭性阶段转变的生物标志物，以改善临床管理	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的上皮细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	Lasso Cox回归模型	基因表达数据	NA
271	2025-06-16	Single-Cell Sequencing: An Emerging Tool for Biomarker Development in Nuclear Emergencies and Radiation Oncology 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111801 PMID:40507282	综述	本文探讨了单细胞测序技术在核紧急情况和放射肿瘤学中作为生物标志物开发新兴工具的应用	强调了单细胞测序技术在提供高分辨率细胞多样性和异质性视图方面的创新性，特别是在识别辐射暴露相关生物标志物方面的潜力	单细胞RNA测序技术在辐射研究领域仍处于新兴阶段	探讨辐射剂量测定的当前方法及与辐射暴露相关的生物标志物，并关注NGS技术在放射治疗和紧急事件中的发展	辐射暴露后的细胞和生物标志物	生物信息学	放射肿瘤学	NGS, 单细胞测序, scRNA-seq	NA	基因序列数据	NA
272	2025-06-16	Potential Role of SESN3 in Linking Heart Failure with Preserved Ejection Fraction and Chronic Obstructive Pulmonary Disease via Autophagy Dysregulation 2025-May-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26115174 PMID:40507985	研究论文	本研究探讨了SESN3通过自噬失调在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）之间的潜在联系	首次提出SESN3介导的自噬可能是HFpEF和COPD的共同机制，并验证了其在心脏和肺组织中的系统性作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	识别HFpEF和COPD的共同致病机制并验证其系统性作用	HFpEF心脏组织和COPD肺组织	分子病理学	心血管疾病	转录组分析、WGCNA、LASSO回归、scRNA-seq、qPCR、Western blotting	HFpEF小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
273	2025-06-16	Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma 2025-May-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111785 PMID:40507266	综述	本文综述了非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）的分子特征，包括它们的分子组成、基因表达和预后生物标志物	首次整合了包括单细胞RNA测序在内的多种分子数据集，讨论了这些肿瘤的分子驱动因素和预后生物标志物	由于这些肿瘤的罕见性，相关研究较少，分子特征的全面理解仍有待深入	探讨AFX和PDS的分子特征及其预后生物标志物	非典型纤维黄色瘤（AFX）和多形性真皮肉瘤（PDS）	分子病理学	皮肤肉瘤	外显子测序、批量RNA测序、靶向DNA测序、DNA甲基化分析、拷贝数分析、scRNA-seq	NA	分子数据	NA
274	2025-06-16	PRRX1 is a key regulator in the phenotypic transition between human normal dermal and keloid fibroblasts 2025-May-16, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.05.002 PMID:40517126	research paper	该研究探讨了人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以找出影响伤口愈合结果的关键因素	发现了PRRX1在调节正常和瘢痕疙瘩成纤维细胞表型转变中的关键作用，并利用三维人类瘢痕疙瘩模型在组织水平上进一步验证了这一作用	研究主要聚焦于PRRX1的作用，可能忽略了其他潜在的关键因素	理解人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织之间的差异，以促进无疤痕伤口愈合的临床治疗	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织	digital pathology	scarring	spatial transcriptomics (ST), histological imaging	three-dimensional human keloid model	transcriptomics data, histological images	人类胎儿皮肤、产后皮肤和瘢痕疙瘩组织样本
275	2025-06-16	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	19例BRPC患者
276	2025-06-16	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	研究论文	开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制	尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题	开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术	人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA	空间转录组学	NA	RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH）	NA	图像数据	针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析
277	2025-06-16	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法	提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性	研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据	开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析	空间转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST）	基因表达数据	NA
278	2025-06-16	Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3 PMID:40515898	研究论文	本文综述了病毒回路追踪技术在疼痛研究中的方法、协议和应用	详细介绍了AAV、狂犬病毒和HSV等病毒追踪工具在疼痛相关神经回路研究中的应用，并探索了与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序的新兴整合	NA	解析疼痛处理和调制的神经回路，为疼痛管理开发精准干预措施	疼痛相关神经回路，如PAG-DR通路和杏仁核中心回路	生物医学研究	疼痛相关疾病	病毒追踪技术（AAV、狂犬病毒、HSV）、光遗传学、化学遗传学、单细胞RNA测序	NA	神经回路数据	NA
279	2025-06-16	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9 PMID:40515904	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究病毒与宿主相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用，揭示了病毒感染过程中宿主细胞的分子变化机制	NA	深入研究病毒与宿主之间的相互作用，为病毒感染的诊断和治疗提供新思路和方法	宿主细胞和病毒	基因组学	病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
280	2025-06-15	Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms 2025-Jul, Cardiovascular toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12012-025-09999-x PMID:40346414	研究论文	研究干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤（MIRI）中的分子机制及其潜在生物标志物	通过挖掘转录组和单细胞测序数据，鉴定了与干扰素-γ通路相关的两个关键基因Myd88和Trp53作为MIRI的生物标志物，并揭示了其在细胞通讯和伪时间分析中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制	心肌缺血再灌注损伤（MIRI）	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个数据集（GSE160516、GSE83472、GSE227088）和182个干扰素-γ通路相关基因