单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-13	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征AUD中的免疫失调	酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AUD患者和健康对照者的PBMCs样本
262	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
263	2025-06-13	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-May-24, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	research paper	该研究探讨了在食管腺癌新辅助化疗期间进行预康复运动训练对肿瘤免疫反应的影响	首次证明预康复运动训练可以增强食管腺癌肿瘤中的免疫细胞浸润和三级淋巴结构的成熟度	样本量较小(n=22)，且未观察到临床结局(如生存率)的显著差异	评估预康复运动训练是否增加肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管腺癌	高分辨率多光谱免疫组化(mIHC)和NanoString空间转录组学	NA	组织样本和心肺功能数据	22名患者(预康复组11人，对照组11人)
264	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
265	2025-06-13	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	开发一种解析复杂空间转录组数据的协议	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
266	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
267	2025-06-13	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-May-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了TARGET-seq+协议，该协议结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	优化了TARGET-seq，开发出TARGET-seq+，结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	未提及具体局限性	研究预恶性和癌性组织中体细胞突变的后果	单细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因分型数据	NA
268	2025-06-13	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未明确提及样本数量	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
269	2025-06-13	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成是白血病干细胞生长的关键依赖，并揭示了TAUT抑制与venetoclax联合治疗急性髓系白血病（AML）的协同效应	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
270	2025-06-13	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	research paper	介绍Popari，一种用于多样本空间转录组学数据建模的概率图模型	Popari通过差异先验和空间降采样实现多分辨率层次分析，能够捕捉条件特异性空间组织变化	未明确提及具体限制	开发针对多样本空间转录组学数据分析的方法	空间转录组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 卵巢癌	空间转录组学	概率图模型	基因表达数据	涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌等多个真实数据集
271	2025-06-13	CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models 2025-May-13, ArXiv PMID:40463689	research paper	介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释	结合大语言模型和相关数据库验证，提高了注释准确性并减少了幻觉现象	NA	提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LLM（大语言模型）	RNA测序数据	9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型
272	2025-06-13	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较pembrolizumab单独使用或与低剂量化疗联合治疗非小细胞肺癌且体能状态较差患者的随机2期临床试验	首次在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中比较pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效	样本量较小（43例患者），且仅20例患者可评估反应	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中的疗效和安全性	非小细胞肺癌且体能状态较差（ECOG PS 2）的患者	临床肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（20例可评估反应）
273	2025-06-13	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下的适应性机制	揭示了根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是通过ABA信号通路调控细胞壁重塑和屏障形成	研究仅针对水稻，未验证其他植物物种的适应性机制	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件和环境胁迫	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
274	2025-06-13	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了一种新的计算工具ConnectionMiner，用于解码神经元连接并识别与突触连接强度相关的基因表达特征	开发了ConnectionMiner工具，结合scRNAseq和电子显微镜连接组数据，概率性地优化细胞类型注释并识别与突触连接相关的基因表达组合	研究仅针对果蝇腿部运动系统，可能不适用于其他生物或神经系统	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元及其前运动神经元	neuroscience	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞RNA测序数据集
275	2025-06-13	Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis 2025-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.14876 PMID:40496475	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境	揭示了转移性甲状腺乳头状癌中免疫细胞群体的显著异质性，特别是M2巨噬细胞、DC2s和Tregs的存在与癌症进展和转移的关联	NA	探究甲状腺乳头状癌转移过程中的免疫微环境变化	转移性甲状腺乳头状癌及其相邻正常组织，以及无转移的甲状腺乳头状癌肿瘤	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
276	2025-06-13	Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility 2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences IF:0.7Q4 PMID:40501243	研究论文	本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路，探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制并识别潜在药物靶点	首次在子宫内膜异位症组织中发现了PI3K/Akt和NF-κB通路的增强表达，并通过体外和动物模型验证了这些通路抑制剂对子宫内膜细胞生长和生育能力的影响	研究样本量相对有限（300例患者），且未涉及长期随访数据	阐明子宫内膜异位症相关不孕的机制并开发靶向治疗方法	子宫内膜异位症患者（轻度、重度）和对照组	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序、细胞培养、动物模型	NA	临床数据、分子生物学数据	300例患者（分轻度、重度和对照组）
277	2025-06-13	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	综述	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境(TME)研究中的最新进展	总结了单细胞多组学技术特别是单细胞转录组测序在揭示ESCC肿瘤微环境异质性和细胞互作方面的创新应用	作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究方法的具体限制	阐明ESCC肿瘤微环境的细胞组成和分子特征以改善诊断和治疗策略	食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	食管癌	单细胞测序，单细胞转录组测序	NA	单细胞组学数据	NA
278	2025-06-13	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究通过多组学方法探索了铁死亡相关基因在胶质母细胞瘤中的分类及其风险模型的预后评估价值	建立了一个基于五个铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2、FMOD）的风险模型，用于预测胶质母细胞瘤的预后	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索铁死亡分类及其风险模型在胶质母细胞瘤中的预后评估价值	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
279	2025-06-13	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了琥珀酸在卵巢癌中的作用机制及其潜在治疗靶点	首次结合生物信息学和单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的治疗靶点及免疫微环境特征	样本量未明确说明，且未进行体内外实验验证关键枢纽基因的功能	探究琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点及作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
280	2025-06-13	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	research paper	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，以提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用Human Protein Atlas单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而优化基因集集合	该方法依赖于Human Protein Atlas的数据，可能受限于该数据库的覆盖范围和准确性	优化单细胞转录组数据的基因集测试方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型