单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-05	Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions 2025-Jul-01, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00963-y PMID:40595290	研究论文	该研究展示了在无外源条件下，使用小分子混合物将人类尿液细胞重编程为功能性心肌细胞样细胞（hCiCMs）的成功案例	首次在无外源条件下使用15种小分子混合物将人类尿液细胞直接重编程为心肌细胞样细胞，并展示了其在心肌梗死模型中的治疗潜力	重编程效率仍有提升空间（30天时达到15.08%），且需要进一步验证长期安全性和有效性	开发一种可扩展的自体细胞来源，用于心脏修复和再生治疗	人类尿液来源细胞（hUCs）及其重编程产物心肌细胞样细胞（hCiCMs）	再生医学	心肌梗死	免疫荧光、透射电子显微镜（TEM）、qPCR、单细胞RNA测序、膜片钳记录、细胞内Ca²+测量	NA	细胞生物学数据、电生理数据、基因表达数据	人类尿液细胞样本及小鼠和猪的心肌梗死模型
262	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60557-z PMID:40595466	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的作用	揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的新机制，并发现BMPR2 HSCs具有独特的表观遗传特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究造血干细胞在辐射损伤后的异质性及其抗性机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及骨髓微环境	单细胞转录组学	辐射损伤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠模型
263	2025-07-05	Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00418-x PMID:40595660	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析人类肾脏类器官内皮细胞，揭示了移植后血管生长过程和动脉成熟的变化	首次在移植后的肾脏类器官内皮细胞中观察到显著的静脉到动脉表型转变，并鉴定了与血流和Notch信号相关的特定动脉内皮细胞群体	研究仅使用了鸡胚胎作为移植模型，可能无法完全模拟人体内的血管化过程	探索人类肾脏类器官内皮细胞在移植后的分子变化和血管化机制	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官内皮细胞	单细胞转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,000个类器官内皮细胞
264	2025-07-05	Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02384-2 PMID:40595758	研究论文	本研究探讨了缺氧诱导因子2α（HIF2α）在黑色素瘤进展和上皮-间质转化（EMT）中的作用	揭示了HIF2α在黑色素瘤中的关键作用，特别是在调控肿瘤微环境和相关代谢途径方面	研究主要基于体外实验和转录组分析，缺乏体内实验验证	阐明HIF2α在黑色素瘤进展和EMT中的分子机制	黑色素瘤患者样本和A375细胞系	肿瘤生物学	黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	黑色素瘤患者样本和A375细胞系
265	2025-07-05	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of Postn(+) fibroblasts in promoting the progression of myocardial fibrosis after myocardial infarction 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04990-6 PMID:40595870	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了Postn(+)成纤维细胞在心肌梗死后心肌纤维化进展中的潜在作用	发现了一个高度增殖的成纤维细胞亚群C1 Postn+ Fibroblasts，并揭示了其通过特定信号通路与其他细胞相互作用促进心肌纤维化的机制	需要进一步的实验验证Tead1和Hdac2作为抑制心肌纤维化的潜在靶点	探究心肌梗死后心肌纤维化的细胞机制及其与心力衰竭的关系	心肌梗死后心脏中的成纤维细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
266	2025-07-05	Leveraging autoencoder models and data augmentation to uncover transcriptomic diversity of gingival keratinocytes in single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08027-w PMID:40596529	研究论文	本研究利用自编码器模型和数据增强技术探索牙龈角质形成细胞在单细胞水平上的转录组多样性	采用自编码器模型和数据增强技术揭示牙龈角质形成细胞的转录组多样性，发现其亚群和差异基因表达谱	仅使用GSE266897数据集，样本来源有限	深入了解牙龈角质形成细胞的转录组多样性及其在牙周健康和炎症反应中的作用	牙龈角质形成细胞	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序	自编码器（AE）、变分自编码器（VAE）、去噪自编码器（DAE）	RNA-seq数据	GSE266897数据集中的单细胞RNA测序数据
267	2025-07-05	A novel necroptosis related prognostic signature for skin cutaneous melanoma based on transcriptome and single cell sequencing analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07829-2 PMID:40596554	研究论文	基于转录组和单细胞测序分析，构建了一种新的与坏死性凋亡相关的皮肤黑色素瘤预后特征模型	首次在皮肤黑色素瘤中构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并验证了其预测能力	研究样本量有限，且仅基于公开数据库数据，需要进一步实验验证	研究坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其预后价值	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组测序, 单细胞测序, WGCNA, 实时PCR	COX和LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集(SKCM-TCGA, GSE65904, GSE215120)
268	2025-07-05	The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70685 PMID:40596639	研究论文	本文探讨了COA6在胰腺导管腺癌(PDAC)中的关键作用，特别是在代谢重编程和免疫微环境调控方面	首次揭示了COA6通过调节OXPHOS途径影响PDAC的肿瘤微环境并促进药物抵抗的新机制	需要进一步研究开发针对COA6的靶向治疗方法	探索COA6在PDAC代谢重编程和免疫微环境调控中的作用	胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、药物预测和分子对接	NA	基因表达数据、空间转录组数据	两种PDAC细胞系(SW1990和PANC-1)
269	2025-07-05	Global Thyroid Cancer Patterns and Predictive Analytics: Integrating Machine Learning for Advanced Diagnostic Modelling 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70676 PMID:40596746	研究论文	本研究通过整合机器学习技术，分析了甲状腺癌的分子特征和诊断标志物，以提高早期检测和靶向治疗开发的效率	揭示了甲状腺癌中独特的基因模块和细胞通讯网络，特别是以髓系细胞为中心的MIF和GALECTIN信号通路，并验证了惩罚回归模型在诊断中的高效性	需要在更广泛和异质性患者群体中进行前瞻性验证以确认临床效用和优化实施策略	提高甲状腺癌的分子病理学理解和诊断能力	甲状腺癌标本	机器学习	甲状腺癌	定量PCR、ELISA、单细胞转录组学	Ridge、Lasso回归模型	基因表达数据、细胞通讯数据	NA
270	2025-07-05	Ensemble machine learning-based pre-trained annotation approach for scRNA-seq data using gradient boosting with genetic optimizer 2025-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06151-y PMID:40596854	research paper	提出一种基于集成机器学习的预训练注释框架，用于scRNA-seq数据的细胞类型注释	结合梯度提升和遗传优化进行稳健特征选择，利用集成学习提高数据稀缺情况下的注释准确性	未明确说明方法在特定细胞类型或复杂组织中的表现	提高scRNA-seq数据中细胞类型注释的准确性和泛化能力	scRNA-seq数据集中的单个细胞	machine learning	NA	scRNA-seq	ensemble learning, gradient boosting, genetic optimizer	gene expression data	多个注释数据集（具体数量未提及）
271	2025-07-05	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14463-8 PMID:40596995	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铜死亡相关LncRNA在神经母细胞瘤中的预后特征	首次构建了基于铜死亡相关LncRNA的神经母细胞瘤预后模型，并通过单细胞分析揭示了高风险患者的恶性细胞特征	未观察到风险亚组间肿瘤突变负荷的显著差异，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索铜死亡相关LncRNA在神经母细胞瘤预后中的作用机制	神经母细胞瘤患者的RNA测序数据	生物信息学	神经母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, Lasso回归, CIBERSORT, inferCNV	预后风险评分模型	转录组数据	神经母细胞瘤患者队列（具体数量未明确说明）
272	2025-07-05	A dynamic molecular landscape in colorectal cancer progression at single-cell resolution 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06785-9 PMID:40597160	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究结直肠癌发展过程中的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌发展过程中的分子机制，揭示了配体-受体基因表达在区分细胞亚型中的重要性	样本量较小，仅分析了十个临床结直肠样本	理解结直肠癌发生和发展的分子机制	结直肠癌样本，包括息肉、腺瘤和癌变组织	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组织化学, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 图像数据	十个临床结直肠样本，外加独立的结直肠组织队列和公共TCGA、GEO数据集
273	2025-07-05	stGRL: spatial domain identification, denoising, and imputation algorithm for spatial transcriptome data based on multi-task graph contrastive representation learning 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02290-z PMID:40597202	研究论文	提出了一种名为stGRL的新型深度多任务图神经网络模型，用于解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题	stGRL采用编码器-解码器架构和零膨胀负二项分布重建输入数据，同时整合图对比表示学习以提高节点嵌入的一致性	NA	解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题，提高下游分析性能	空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	多种空间转录组数据集
274	2025-07-05	A rare IDH-Mutant glioma case: insights from single-cell transcriptomic analysis of tumor recurrences 2025-Jul-01, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03913-z PMID:40597255	research paper	本文通过单细胞转录组分析研究了一例罕见的IDH突变型胶质瘤多灶性复发病例	揭示了IDH突变型胶质瘤多灶性复发中的细胞异质性和谱系关系	仅分析单一样本，结果可能不具有普遍性	探究IDH突变型胶质瘤多灶性复发的分子机制	一例36岁男性IDH突变型少突胶质细胞瘤患者的复发肿瘤组织	digital pathology	glioma	single-cell sequencing	NA	transcriptomic data	1例患者（2个复发灶组织样本）
275	2025-07-05	Gremlin1 repression-mediated mitochondrial network hyperfunction contributes to TCE-induced zebrafish cardiac defects 2025-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02314-9 PMID:40597303	研究论文	研究三氯乙烯（TCE）通过抑制Gremlin1基因导致线粒体网络功能亢进，进而引起斑马鱼心脏缺陷的机制	首次揭示了TCE通过抑制Gremlin1基因导致线粒体功能亢进进而影响心脏发育的新机制，为环境应激导致的心脏发育缺陷提供了新的病因学见解	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TCE诱导先天性心脏病（CHD）的分子机制	斑马鱼胚胎和人胚胎干细胞来源的心肌细胞（hPSC-CMs）	发育生物学	先天性心脏病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/dCas9系统	斑马鱼模型	RNA测序数据、荧光成像数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼胚胎和hPSC-CMs
276	2025-07-05	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	研究论文	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通信	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，并适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通信	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
277	2025-07-05	Multiple cell types guided by neurocytes orchestrate horn bud initiation in dairy goats 2025-Jul-01, Genetics, selection, evolution : GSE DOI:10.1186/s12711-025-00981-3 PMID:40597626	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊早期角芽形成过程中的细胞异质性和命运轨迹，揭示了关键基因表达谱	首次揭示了神经细胞在角芽起始中的引导作用，以及多种细胞类型在角芽发育中的协同机制	研究仅针对山羊胎儿特定发育阶段，未涵盖整个角发育周期	解析山羊角芽发育的细胞和分子机制	山羊胎儿角芽组织	发育生物学	NA	scRNA-seq, HE染色, 免疫组化分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学图像	山羊胎儿角芽组织在E50、E60和E70三个发育阶段
278	2025-07-05	Single-cell transcriptome of mouse hippocampus identifies neural precursor-like cells, and reveals IL15Rα knock out-mediated neuron remodeling 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11785-6 PMID:40597645	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了IL15Rα敲除对成年小鼠海马细胞功能的影响，并鉴定出一种具有前体样属性的神经元（PLN）	首次鉴定出具有前体样属性的神经元（PLN），并提出其作为调节兴奋-抑制平衡的潜在枢纽	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究IL15Rα敲除对成年小鼠海马细胞功能的影响	成年小鼠海马组织	神经科学	精神疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	64,399个单细胞转录组（来自WT和KO小鼠）
279	2025-07-05	Single-cell sequencing reveals the role of SALL4 in cervical cancer development 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14469-2 PMID:40597906	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了SALL4在宫颈癌发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	利用单细胞测序技术揭示SALL4在宫颈癌细胞增殖、迁移和粘附中的关键作用，并探索其作为治疗靶点的临床潜力	研究主要基于HeLa细胞系，可能无法完全代表所有宫颈癌亚型的生物学特性	探究SALL4在宫颈癌发展和进展中的作用及其治疗潜力	宫颈癌细胞系HeLa	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，使用HeLa细胞系进行体外和体内实验
280	2025-07-05	Single-cell transcriptomics and time-series metabolite profiling reveal the spatiotemporal regulation of flavonoid biosynthesis genes and phytohormone homeostasis by PAP1 in Arabidopsis 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02297-6 PMID:40598113	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和时间序列代谢物分析，揭示了PAP1在拟南芥中调控类黄酮生物合成基因和植物激素稳态的时空调控机制	首次采用单细胞RNA测序和时间序列代谢物分析相结合的方法，揭示了PAP1在不同细胞类型中对苯丙烷途径基因的时空特异性调控	研究仅针对拟南芥模型，结果在其他植物中的普适性有待验证	阐明植物特化代谢的时空调控机制	拟南芥(PAP1突变体和野生型)叶片	植物分子生物学	NA	scRNA-seq, 代谢组学分析	NA	转录组数据, 代谢物数据	拟南芥PAP1突变体和野生型叶片样本