本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-04-02 |
Single-cell transcriptomics of acetaminophen-induced responses in human 2D and 3D liver microtissues
2026-Apr, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04296-6
PMID:41535591
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,比较了二维单层和三维球体两种人源肝脏微组织模型对乙酰氨基酚暴露的细胞反应差异 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了2D与3D肝脏微组织对药物暴露的转录组反应,揭示了氧气可用性与药物代谢之间的动态相互作用 | 仅使用单一药物(乙酰氨基酚)进行验证,暴露时间固定为24小时,未涵盖其他肝毒性药物或更长时间点的反应 | 评估和比较不同体外肝脏模型(2D单层与3D球体)在预测药物性肝损伤方面的生理相关性和机制差异 | 由原代人肝细胞、库普弗细胞和肝内皮细胞组成的二维单层和三维球体肝脏微组织 | 单细胞转录组学 | 药物性肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 262 | 2026-04-02 |
Sex-Based Differences in Cell Types and Gene Expression within the Anterior Cruciate Ligament
2026-Apr-01, The Journal of bone and joint surgery. American volume
DOI:10.2106/JBJS.25.00860
PMID:41587266
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前交叉韧带中基于性别的细胞类型和基因表达差异,特别是女性患者的TPPP3+祖细胞样细胞在胶原失调和降解相关基因上表达更高 | 首次在单细胞水平上系统比较了前交叉韧带中男性和女性患者的细胞类型和基因表达差异,并识别出与性别相关的祖细胞群体 | 样本量较小(4名男性和5名女性患者),且仅关注了前交叉韧带,未考虑其他因素如年龄、活动水平等 | 探究前交叉韧带损伤率性别差异的细胞和分子基础 | 人类前交叉韧带样本中的活细胞 | 单细胞组学 | 肌肉骨骼损伤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织切片图像 | 9名患者(4名男性,5名女性)的前交叉韧带样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 263 | 2026-04-02 |
Metabolic surgery mitigates early kidney injury in obese youth with diabetes by suppressing mTORC1/JAK/STAT signaling
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198545
PMID:41665972
|
研究论文 | 本研究探讨了代谢减重手术对肥胖青少年2型糖尿病患者早期肾损伤的缓解作用及其分子机制 | 首次在青少年2型糖尿病肥胖患者中,通过配对肾活检样本,结合单细胞RNA测序、代谢组学和蛋白质组学,系统揭示了垂直袖状胃切除术后肾脏的结构和分子适应性变化,并发现了mTORC1/JAK/STAT信号通路的下调 | 样本量较小(n=5),且为观察性研究,无法完全排除混杂因素的影响 | 探究代谢减重手术如何缓解肥胖青少年2型糖尿病患者的早期肾损伤 | 患有2型糖尿病和严重肥胖的青少年 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,代谢组学,蛋白质组学,组织学评估 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,组织学图像,临床数据 | 5名青少年(IMPROVE-T2D队列)的配对肾活检样本;64名青少年(Teen-LABS队列)的循环蛋白质组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 264 | 2026-04-02 |
Inflammasome adaptor ASC promotes sustained neuroinflammation and mild cognitive impairment in a closed-head injury model
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI199818
PMID:41734021
|
研究论文 | 本研究探讨了在闭合性头部损伤模型中,炎症小体适配蛋白ASC如何促进持续的神经炎症和轻度认知障碍 | 首次在单细胞水平揭示ASC在闭合性头部损伤后微胶质细胞中的选择性表达,并证明其在维持神经炎症和认知障碍中的关键作用 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;长期效应和具体分子机制需进一步探索 | 探究炎症小体相关基因在闭合性头部损伤模型中的细胞表达和功能意义 | 小鼠模型中的皮质组织,特别是微胶质细胞和星形胶质细胞 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠皮质组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 265 | 2026-04-02 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子Hmx2和Dmrt2在肾脏闰细胞亚型分化中的关键作用及其相互调控关系 | 首次明确了Hmx2和Dmrt2作为相互排斥的转录因子,分别调控B型和A型闰细胞的分化命运,并发现Dmrt2缺失时Hmx3表达激活的新补偿机制 | 未在Foxp1缺陷小鼠中通过Dmrt2敲入挽救闰细胞分化缺陷,表明可能存在其他调控通路 | 探究肾脏闰细胞亚型分化的转录调控机制 | 小鼠肾脏闰细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 条件性基因敲除、基因敲入、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、尿液酸化数据 | 小鼠模型及人类肾脏单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 266 | 2026-04-02 |
Artificial soil (ArtSoil): Recreating soil conditions in synthetic plant growth media
2026-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70833
PMID:41911577
|
研究论文 | 本文开发了一种名为人工土壤(ArtSoil)的合成植物生长培养基,旨在模拟自然土壤条件,以更准确地研究植物生长 | 通过结合土壤提取物(ASE)来维持土壤微生物群和土壤因子,同时无需糖补充,为实验室植物生长提供了更接近自然的替代方案 | NA | 开发一种合成生长培养基,以在实验室条件下更准确地模拟土壤环境,用于植物生理学和组学研究 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana) | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2026-04-02 |
KGLAR: Deconvoluting Spatial Transcriptomics Data with Single-cell Transcriptomes through Knowledge-guided NMF and Least Angle Regression
2026-Apr-01, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-026-00815-w
PMID:41920506
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2026-04-02 |
In vivo CRISPR screens identify CBX4 as an epigenetic regulator for cancer immunotherapy
2026-Mar-31, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI200564
PMID:41915438
|
研究论文 | 本研究通过体内CRISPR筛选发现CBX4是癌症免疫治疗的关键表观遗传调控因子 | 首次通过体内CRISPR筛选鉴定出CBX4作为表观遗传免疫检查点,揭示了其通过沉默逆转录转座子调控肿瘤免疫微环境的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和肝癌患者数据,在其他癌症类型中的普适性有待验证 | 探索表观遗传调控因子在肿瘤免疫治疗耐药中的作用机制 | 小鼠肿瘤模型、接受新辅助抗PD-1治疗的肝癌患者样本 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 体内CRISPR-Cas9筛选、单细胞RNA测序、空间转录组学 | CRISPR筛选模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 269 | 2026-04-02 |
Complementary multi-omics profiling of chronic thromboembolic pulmonary hypertension reveals immune cell alterations, epigenetic changes, and genetically supported candidate genes
2026-Mar-31, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70166
PMID:41915478
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、DNA甲基化和孟德尔随机化分析,揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压的免疫细胞改变、表观遗传变化和遗传支持的关键候选基因 | 首次在CTEPH中整合多组学数据(单细胞转录组、DNA甲基化、孟德尔随机化)进行互补分析,并识别出具有遗传支持的新型候选基因(如ETS1和FGR)及其诊断潜力 | 样本量相对有限,且为观察性研究,需进一步功能验证和更大队列验证 | 早期识别慢性血栓栓塞性肺动脉高压的分子标志物以支持更准确的诊断和个体化治疗 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 遗传数据 | 未明确具体样本数,涉及CTEPH患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 270 | 2026-04-02 |
Sparser2Sparse: Single-shot Sparser-to-Sparse Learning for Spatial Transcriptomics Imputation with Natural Image Co-learning
2026-Mar-31, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3679252
PMID:41915529
|
研究论文 | 提出了一种名为S2S-ST的新型单次稀疏到稀疏学习框架,用于空间转录组学数据插补,并利用自然图像进行协同训练 | 1) 提出稀疏到稀疏的自监督学习策略,利用ST数据内在空间模式从更稀疏子集预测部分观测稀疏区域;2) 引入与自然图像的跨域协同学习以增强特征表示;3) 设计级联数据一致性插补网络(CDCIN),在迭代优化预测的同时保持采样基因数据的保真度 | NA | 解决高分辨率空间转录组学数据成本高、稀缺性的挑战,实现从稀疏输入进行准确数据插补 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 级联数据一致性插补网络(CDCIN) | 空间转录组学数据,自然图像 | 多种组织类型(包括乳腺癌、肝脏和淋巴组织) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2026-04-02 |
Biomimetic Bamboo-Inspired Bone Repair Scaffold: Reversing Degraded States and Promoting Mesenchymal Stem Cell Differentiation
2026-Mar-31, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.6c00387
PMID:41915781
|
研究论文 | 本研究报道了一种受竹子和骨小梁结构启发的多功能骨修复支架,旨在通过上调关键基因逆转骨质疏松中骨髓间充质干细胞的衰老表型,从而促进骨再生 | 设计了一种结合聚乳酸纳米取向纤维和I型胶原的仿生支架,其独特的纺锤形互连孔隙结构模拟了骨小梁的管腔陷窝,并通过上调Slc25a33和Crabp1基因来逆转细胞衰老 | 研究主要在老年骨质疏松大鼠模型中进行,尚未在更广泛的骨质疏松模型或临床患者中验证其长期安全性和有效性 | 开发一种能够逆转骨髓间充质干细胞衰老、促进骨质疏松性骨缺损修复的新型骨支架材料 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs)、老年骨质疏松大鼠 | 组织工程与再生医学 | 骨质疏松症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据、组织学数据、力学性能数据 | 15月龄老年骨质疏松大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2026-04-02 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-Mar-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71027-5
PMID:41917025
|
研究论文 | 本研究揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间被激活,通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御功能 | 首次在免疫正常和免疫抑制宿主中,利用细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序技术,系统研究了肺成纤维细胞对烟曲霉感染的功能响应,并发现了一个具有获得性免疫调节特性和增强细胞外基质分泌能力的成纤维细胞亚群 | NA | 探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染引起的肺部损伤中的功能响应及其在宿主防御中的作用 | 烟曲霉感染的小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺部感染/侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序,细胞谱系追踪,靶向细胞消融 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 273 | 2026-04-02 |
Generative cerebral vasculature visualization using spatial transcriptomic data
2026-Mar-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46455-4
PMID:41917199
|
研究论文 | 本文提出了一种基于空间转录组数据的生成式AI模型,用于预测大脑血管系统的空间组织结构 | 利用空间mRNA引导的生成模型Tera-MIND,通过Cldn5和Acta2基因的共表达模式及其学习到的注意力图,在细胞级别分辨率上预测大脑血管空间组织 | NA | 探索大脑血管系统的结构变异性和区域特异性功能,以解释疾病模型中的神经学改变 | 小鼠大脑血管系统 | 数字病理学 | 神经疾病 | 空间转录组学 | 生成式AI模型,基于patch和边界感知的扩散模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 274 | 2026-04-02 |
Perspectives from machine learning and multi-omics to decoding the effects of VDAC2 malignant subsets on tumor evolution
2026-Mar-31, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01394-1
PMID:41917254
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法,系统性地揭示了VDAC2在泛癌中的致癌作用及其通过VDAC2-BAK1-IFNγ通路影响肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 首次在泛癌层面系统性地整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据来研究VDAC2,并识别了VDAC2-BAK1-IFNγ这一在消化系统癌症中重要的新通路 | 体外实验验证主要集中于胃癌细胞,需要在更多癌症类型和体内模型中进行进一步验证 | 系统性地挖掘VDAC2在泛癌中的作用,探索其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 泛癌数据集、胃癌细胞系 | 机器学习 | 泛癌(重点关注消化系统癌症) | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RT-PCR, 细胞共培养, CCK-8检测, Transwell侵袭实验, ELISA | NA | 转录组数据, 细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 275 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2026-04-02 |
Compact and informative representation learning for scRNA-seq data clustering with masked information bottleneck
2026-Mar-31, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02590-y
PMID:41917934
|
研究论文 | 提出了一种名为scMIB的掩码信息瓶颈框架,用于从单细胞RNA测序数据中学习紧凑且信息丰富的表示,以提升细胞聚类的准确性和鲁棒性 | 结合了基于掩码的去噪策略与信息瓶颈目标,通过扰动基因表达模式并训练模型恢复信息结构,同时压缩冗余信号并保留对聚类最相关的信息,还引入了掩码一致性学习机制以捕获稳定的基因水平模式 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中高稀疏性、噪声和冗余性对细胞聚类准确性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 掩码信息瓶颈框架 | 基因表达数据 | 多个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2026-04-02 |
Neutrophil aconitate decarboxylase 1/itaconate axis suppresses extracellular traps via alkylating GSDMD and alleviates murine liver injury
2026-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116578
PMID:41915992
|
研究论文 | 本文探讨了ACOD1/ITA轴通过烷基化GSDMD抑制中性粒细胞胞外陷阱形成,从而减轻小鼠肝损伤的机制 | 首次揭示了ACOD1/ITA轴通过烷基化GSDMD抑制NETs形成,为肝病治疗提供了新思路 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索ACOD1与NETs在肝损伤中的关系及其机制 | 小鼠中性粒细胞和肝损伤模型 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 278 | 2026-04-02 |
Tobacco exposure and peripheral artery disease: A multi-omics investigation integrating epidemiology, genetics, toxicology, and single-cell transcriptomics
2026-Mar-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120083
PMID:41916120
|
研究论文 | 本研究通过整合流行病学、遗传学、毒理学和单细胞转录组学方法,探讨烟草暴露与血清可替宁水平对周围动脉疾病的影响及其炎症通路机制 | 首次将流行病学分析、网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接动力学和单细胞转录组学整合,系统揭示可替宁通过IL6/STAT3信号通路介导烟草暴露与周围动脉疾病关联的新机制 | 分子对接和动力学分析仅提示可替宁与IL6/STAT3可能存在瞬时相互作用,需进一步实验验证;单细胞数据未明确说明样本来源和数量 | 阐明烟草暴露通过血清可替宁介导的炎症通路导致周围动脉疾病的分子机制 | 烟草暴露人群、周围动脉疾病患者、血管相关免疫细胞和基质细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接与动力学、网络毒理学 | NA | 流行病学数据、遗传数据、分子模拟数据、单细胞转录组数据 | 基于NHANES数据库的流行病学队列(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2026-04-02 |
Pre-existing cell states predict resistance to multiple treatments
2026-Mar-30, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101191
PMID:41916275
|
研究论文 | 本研究通过多治疗、高通量克隆追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了癌症细胞在治疗前的预存状态如何预测其对多种治疗产生耐药性 | 首次在平行多治疗条件下追踪稀有克隆的耐药性发展过程,并识别出与多治疗耐药相关的细胞状态,特别是发现治疗前CD44高表达可作为多治疗耐药的预测指标 | 研究主要基于体外实验模型,尚未在临床样本中得到充分验证 | 探究癌症细胞预存状态对多种治疗耐药性的预测机制 | 癌症细胞克隆 | 单细胞组学 | 癌症 | DNA条形码技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2026-04-02 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in primary and lymph node-metastatic small cell lung cancer
2026-Mar-30, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102713
PMID:41916294
|
研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学技术,揭示了小细胞肺癌原发灶和淋巴结转移灶中肿瘤微环境的异质性 | 首次在小细胞肺癌中应用单细胞空间转录组学技术,系统描绘了淋巴结转移过程中的空间细胞生态系统,并识别了与免疫排斥相关的恶性亚群及血管-免疫互作机制 | 研究样本主要来自特定患者群体,可能无法完全代表所有小细胞肺癌亚型;空间转录组学技术分辨率虽高,但仍受限于检测通量和基因覆盖度 | 探究小细胞肺癌淋巴结转移过程中肿瘤微环境的空间异质性及其对预后的影响 | 75名小细胞肺癌患者的105个原发灶和转移淋巴结样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 105个组织标本,超过600,000个细胞 | NA | 单细胞空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪 |