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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-06-09 |
BARseq3: a modular system for integrating spatial multi-omics and cellular barcoding in single cells
2026-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.724900
PMID:42182181
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研究论文 | BARseq3是一个模块化系统,用于在单细胞中整合空间多组学和细胞条形码技术 | 提出了BARseq3模块化系统,将细胞条形码与高空间分辨率转录组和翻译组相结合,支持多种固定样本、免疫染色和物种,且易于扩展以包含其他空间检测方法 | 现有方法在支持的模式、灵活性和效率方面受限,BARseq3虽然解决了这些问题,但可能仍存在技术复杂度和可及性方面的限制 | 开发一种灵活高效的模块化系统,用于在组织单细胞中整合空间多组学与细胞条形码技术 | 单细胞和组织中的分子特征,包括转录组和翻译组 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 细胞条形码 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 262 | 2026-06-09 |
Efficacy and Safety of Tunlametinib in Adults with Inoperable Neurofibromatosis Type 1-Associated Plexiform Neurofibromas: Phase IIa Trial and Biomarker Research
2026-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3291
PMID:41671075
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研究论文 | 一项IIa期试验评估Tunlametinib在成人不可手术的神经纤维瘤病1型相关丛状神经纤维瘤中的疗效和安全性,并探索相关生物标志物 | 首次在成人PN患者中评估MEK抑制剂Tunlametinib的疗效与安全性,并结合单细胞转录组分析揭示微环境异质性与治疗反应差异的关联 | 样本量小(仅15例),单臂开放标签设计可能引入偏倚,缺乏对照组,且单细胞分析仅基于少数患者(1例快速应答者和2例缓慢应答者) | 评估Tunlametinib对成人不可手术的丛状神经纤维瘤的疗效和安全性,并探索临床变量和单细胞转录组特征以解释应答异质性 | 成人不可手术且放射学上可测量的丛状神经纤维瘤患者 | 机器学习 | 神经纤维瘤病1型 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | 15名成人患者(10男5女,中位年龄27岁),其中3例预处理活检用于单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 预处理活检标本进行单细胞RNA测序以分析肿瘤微环境 |
| 263 | 2026-06-09 |
Linking Genetic Risk to Disease-Relevant Cellular States via Metacell-Informed Modeling with ICePop
2026-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715877
PMID:41959181
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研究论文 | 提出ICePop框架,通过元细胞分辨率整合GWAS与单细胞转录组数据,识别疾病相关细胞状态 | 首次在元细胞水平实现疾病-细胞类型关联,兼具细胞类型级方法的统计功效和单细胞级方法的异质性检测能力 | 未提及具体局限性,但可能依赖单细胞数据质量和GWAS汇总统计精度 | 开发新方法解决GWAS信号向特定细胞状态转化的挑战 | 81种人类疾病/性状与120种细胞类型 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎,自闭症谱系障碍,肺部疾病,血细胞计数相关疾病,免疫疾病 | GWAS,单细胞RNA测序 | 元细胞模型 | 基因表达数据,遗传关联数据 | Tabula Muris数据集,涵盖81种性状和120种细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 264 | 2026-06-09 |
Discovery and Evaluation of Biomarkers for Triple-Negative Breast Cancer Subtypes Uncovers Patient Stratification and Targeted Therapeutic Strategies
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2758
PMID:41671401
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现基底标志物用于三阴性乳腺癌亚型分类,并鉴定达沙替尼作为潜在靶向治疗策略 | 首次利用单细胞RNA测序定义的基底身份基因对三阴性乳腺癌进行精确亚型划分,并发现TAGLN作为达沙替尼疗效的预测性生物标志物 | 未提及具体局限性 | 识别三阴性乳腺癌亚型的生物标志物,改进患者分层并发现靶向治疗方案 | 三阴性乳腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、高通量药物筛选 | NA | 基因表达数据 | 两个独立三阴性乳腺癌队列及患者来源异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2026-06-09 |
SOCS2 inhibits neutrophil N1 polarization to attenuate cardiomyocyte PANoptosis through HSPA8 ubiquitination in atrial fibrillation
2026-May-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153941
PMID:42251819
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SOCS2通过HSPA8泛素化抑制中性粒细胞N1极化,从而减轻房颤中心肌细胞PANoptosis的机制 | 首次阐明SOCS2通过泛素化HSPA8调控中性粒细胞N1极化,进而影响心肌细胞PANoptosis在房颤中的作用 | 未提及具体局限性 | 探究房颤中免疫细胞(特别是中性粒细胞N1极化)对心肌细胞PANoptosis的调控机制及SOCS2的作用 | 房颤患者与非房颤对照者心房组织中的免疫细胞及中性粒细胞、心肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、泛素化分析 | NA | 基因表达数据 | 房颤患者与非房颤对照者心房组织(具体样本量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据库GSE224959中的单细胞RNA测序数据 |
| 266 | 2026-06-09 |
Inhibition of the p38/JNK MAPK pathway mediated by circadian rhythm genes: Study of the mechanism of Linggan Wuwei Jiangxin decoction in the treatment of COPD
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121349
PMID:41672117
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研究论文 | 探索苓甘五味姜辛汤通过调节生物钟基因抑制p38/JNK MAPK通路治疗慢性阻塞性肺疾病的机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序和机器学习,阐明苓甘五味姜辛汤通过生物钟基因Bmal1和Per2调控p38/JNK MAPK通路治疗COPD的新机制 | 研究主要基于大鼠模型和细胞实验,缺乏临床试验验证;具体活性成分在体内的代谢和相互作用机制尚需进一步研究 | 揭示苓甘五味姜辛汤预防和治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 | 慢性阻塞性肺疾病大鼠模型和CS-LPS刺激的BEAS-2B细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | UPLC-MS/MS, 代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 蛋白质印迹法, RT-PCR | WGCNA, 机器学习算法(包括三种机器学习算法) | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 大鼠模型(数量未指定)和BEAS-2B细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 267 | 2026-06-09 |
LongAllele: a joint inference framework for allele-specific analysis on long-read bulk and single-cell RNA sequencing
2026-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.05.722992
PMID:42146353
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研究论文 | 提出一种联合推理框架LongAllele,用于长读长批量与单细胞RNA测序的等位基因特异性分析 | 通过期望最大化算法联合推断杂合变异、单倍型结构和读段-单倍型分配,并引入可定相感知测试避免假阳性 | 未提及具体局限性 | 开发统一的统计框架以全面解析顺式调控效应中的等位基因特异性表达 | 长读长RNA测序数据,包括GTEx多组织批量数据、外周血单核细胞单细胞数据和人海马体单细胞核数据 | 自然语言处理 | NA | 长读长RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | 多个组织(GTEx批量数据)、外周血单核细胞(单细胞)、人海马体(单细胞核) | NA | 长读长RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-06-09 |
CDCP1 Deletion Protects Against Pressure Overload-Induced Cardiac Dysfunction and Fibrosis in Mice
2026-May-08, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9236741/v1
PMID:42147194
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研究论文 | 本研究证实CDCP1缺失可通过减少成纤维细胞活化和炎症反应来保护小鼠免受压力超负荷诱导的心脏功能障碍和纤维化 | 首次在体内验证CDCP1作为心脏纤维化关键调节因子的作用,并利用空间转录组学揭示其影响成纤维细胞亚群和心肌细胞亚群的分子机制 | 未提及作用机制的完整信号通路以及从动物到人类的转化验证 | 探究CDCP1对压力超负荷诱导的心脏纤维化及功能障碍的体内调控作用 | CDCP1基因敲除小鼠模型及人体心室成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | CDCP1基因敲除小鼠模型(部分采用血管紧张素Ⅱ/苯肾上腺素诱导),以及人体心室成纤维细胞样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 269 | 2026-06-09 |
CXCL13-CXCR5 Signaling in CD8+ T Cell Recruitment and Lymphoid Immune Organization in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722710
PMID:42146336
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研究论文 | 探讨CXCL13-CXCR5信号轴在透明细胞肾细胞癌中调节CD8+ T细胞招募及淋巴免疫组织的作用 | 首次揭示CXCL13-CXCR5轴在ccRCC中调控CD8+ T细胞招募、分化和免疫组织形成的新机制,并提出该信号轴作为生物标志物和潜在治疗靶点 | 未明确说明,但可能包括样本量有限和仅针对非转移性高风险ccRCC | 阐明CXCL13-CXCR5信号在透明细胞肾细胞癌中CD8+ T细胞招募及免疫组织形成中的作用机制 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤组织、血浆、匹配邻近肾组织及小鼠模型 | 数字病理学 | 肾癌 | ELISA, 定量PCR, 迁移分析, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 同系小鼠模型 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、图像 | 人类ccRCC肿瘤、血浆和匹配邻近肾组织样本(具体数量未说明),同系小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 270 | 2026-06-09 |
Gene-Modulated Network Diffusion for Improved Modeling of Amyloid- β Spread in Alzheimer's Disease
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722725
PMID:42146687
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学术论文 | 通过基因调控的网络扩散模型改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β扩散的建模 | 将空间转录组学数据(来自Allen人脑图谱)整合到扩展的网络扩散模型中,以调节蛋白质合成项的速率参数,从而反映区域遗传易感性对淀粉样蛋白-β扩散的影响 | 基线网络扩散模型在机制可解释性方面存在不足 | 改进阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β病理扩散的建模与预测 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序项目的外部验证队列中的受试者 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | NA | 网络扩散模型、扩展网络扩散模型 | 影像数据、基因表达数据 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序项目的外部队列 | NA | 空间转录组学 | Allen人脑图谱 | 来自艾伦人脑图谱的空间转录组学数据用于调节区域脆弱性 |
| 271 | 2026-06-09 |
Tumor glycosylation engages CD301b-mediated myeloid regulation in breast cancer
2026-May-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9347231/v1
PMID:42147159
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤糖基化通过CD301b介导的髓系调控影响乳腺癌进展的机制 | 首次鉴定了C型凝集素受体CD301b及其人类同源物CLEC10A在乳腺癌微环境中作为免疫调控因子的作用,并建立了跨物种的髓系调控程序连接 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚需扩大;具体髓系-肿瘤相互作用的分子机制仍需进一步阐明 | 探究异常肿瘤糖基化通过凝集素-糖相互作用对乳腺癌免疫微环境的影响及调控机制 | 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌组织中的髓系免疫细胞 | 机器学习和转录组学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和人类乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2026-06-09 |
Exploring adenoid basal carcinoma to squamous cell carcinoma of the uterine cervix transformation using spatial transcriptomics
2026-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70036
PMID:41670056
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research paper | 使用空间转录组学探索子宫颈腺样基底细胞癌向鳞状细胞癌的转化 | 首次通过数字空间分析技术揭示了腺样基底细胞癌向鳞状细胞癌转化过程中过渡性巢的分子特征,证实了疾病谱系的存在 | 样本量有限(仅20例,其中4例用于数字空间分析),仍需更大规模研究指导临床决策 | 阐明腺样基底细胞癌与鳞状细胞癌之间的组织形态学和分子生物学关系,以指导治疗策略 | 20例腺样基底细胞癌病例,多数伴有鳞状细胞癌、过渡性巢或高级别鳞状上皮内病变亚型 | digital pathology | 子宫颈癌 | DSP, H&E, IHC | NA | image | 20例(其中4例用于数字空间分析) | NA | spatial transcriptomics | NA | 数字空间分析(Digital Spatial Profiling) |
| 273 | 2026-06-09 |
Bispecific T-cell Engager (CD3 × EGFR)-Based Triplet Therapy Unlocks CD40/CD40L Crosstalk to Revert Immunosuppression in Third-Generation EGFR-Tyrosine Kinase Inhibitor-Refractory NSCLC
2026-May, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2026.103607
PMID:41672197
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研究论文 | 针对第三代EGFR-TKI耐药的非小细胞肺癌,开发出一种基于双特异性T细胞衔接器(CD3×EGFR)的三联疗法,通过激活CD40/CD40L轴逆转免疫抑制 | 首次提出BC3448、西达本胺和WBP3425三联疗法,通过激活CD40/CD40L轴重塑肿瘤微环境,克服双特异性T细胞衔接器在免疫抑制性肿瘤中的局限性 | 未提供明确的局限性信息 | 研究第三代EGFR-TKI耐药非小细胞肺癌的免疫抑制性肿瘤微环境,并开发新型三联疗法恢复T细胞抗肿瘤活性 | 对第三代EGFR-TKI耐药的非小细胞肺癌患者样本及人源化NOG-EXL小鼠模型 | 机器学习 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序、多色荧光染色、多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间表达数据 | 非小细胞肺癌患者样本及人源化NOG-EXL小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 274 | 2026-06-09 |
mosna Reveals Different Types of Cellular Interactions Predictive of Response to Immunotherapies and Survival in Cancer
2026-May, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2026.101536
PMID:41759628
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研究论文 | mosna是一个Python包,用于分析空间组学数据并整合临床或生物学数据,揭示细胞相互作用模式,预测免疫治疗反应和癌症生存 | mosna能够整合多种算法与临床数据,兼容所有空间组学技术,提供从数据探索到机器学习模型训练的完整分析流程,并识别最具预测能力的变量 | 未明确说明 | 开发一个统一的工具,简化空间组学数据与临床数据的整合分析,以发现影响免疫治疗反应或生存的细胞相互作用模式 | 空间组学数据,包括亚细胞分辨率的转录组学(MERFISH、seqFISH、Xenium)、蛋白质组学(CODEX、MIBI-TOF、低多重免疫荧光)以及基于斑点的空间转录组学(10x Visium、Slide-seq、Stereo-seq) | 计算生物学 | 癌症 | 空间组学 | 机器学习 | 空间组学数据 | 两个空间蛋白质组学数据集、一个空间转录组学数据集(含免疫治疗二元反应或生存数据)以及一个手动注释的空间转录组学数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学 |
| 275 | 2026-06-09 |
Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal rAAV2- and rAAV9-specific transduction signatures in the mouse liver
2026-May, Gene therapy
IF:4.6Q2
DOI:10.1038/s41434-026-00600-w
PMID:41813829
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研究论文 | 结合空间转录组学和单核RNA测序,揭示rAAV2和rAAV9载体在小鼠肝脏中的转导特征及性别差异 | 首次利用空间转录组学结合单核RNA测序,在空间层面系统描绘了rAAV2和rAAV9载体在雄性和雌性小鼠肝脏中的分布、转导及转录组变化,揭示了性别特异性的脂代谢、昼夜节律和免疫应激反应失调 | 作为概念验证研究,仅使用CMV-EGFP转基因载体,结果可能受限于单一报告基因和特定血清型,且未涉及不同启动子或治疗性转基因的影响 | 探究rAAV血清型、性别和肝脏分区对转导效率和转录组变化的影响 | rAAV2和rAAV9载体处理的雄性和雌性小鼠肝脏 | 空间转录组学 | 基因治疗相关肝脏疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 两种性别(雄性和雌性)、两种血清型(rAAV2和rAAV9)的小鼠肝脏样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台用于组织切片分析,10x Chromium单核RNA测序平台用于单核转录组分析 |
| 276 | 2026-06-09 |
Tumor Matrix Proteoglycan Accumulation and Processing Alter T-cell Effector Function and the Response to Immunotherapy in Patients with Oligometastatic Colorectal Cancer
2026-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2780
PMID:41671077
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research paper | 研究肿瘤基质蛋白聚糖Versican(VCAN)在寡转移结直肠癌患者中如何影响T细胞效应功能及免疫治疗反应 | 首次在临床试验中评估VCAN蛋白聚糖及其裂解产物versikine对免疫监视和免疫治疗反应的影响,发现VCAN积累与蛋白水解表型(VPP)与循环CD8+ T细胞效应功能和临床结局改善相关 | 样本量较小(15名患者)的I期临床试验,且未详述机制验证步骤 | 评估VCAN对结直肠癌免疫监视和免疫治疗反应的影响 | 寡转移结直肠癌患者的T细胞功能和临床结局 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 测序数据 | 243名结直肠癌患者(组织样本)及15名寡转移结直肠癌患者(临床试验) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于分析循环免疫表型 |
| 277 | 2026-06-09 |
Bibliometric analysis of single-cell RNA sequencing in tumor microenvironment
2026-Apr-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05073-2
PMID:42032150
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2026-06-09 |
Intraovarian injection of securinine stimulates the growth of small ovarian follicles by reducing stromal suppression
2026-Apr-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71691-7
PMID:41974717
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研究论文 | 研究发现神经药物securinine通过卵巢内注射可刺激小卵泡生长,改善小鼠和食蟹猴的卵巢功能及生育能力 | 首次发现神经药物securinine可被重新用于促进卵泡生长,通过单细胞RNA测序揭示其通过缓解基质细胞外基质对颗粒细胞的负调控来发挥作用,并在非人灵长类中验证效果 | 未提及 | 探索securinine作为卵巢内注射候选药物治疗早发性卵巢功能不全或卵巢储备功能减退女性的不孕症 | 老年小鼠和老年食蟹猴的卵巢及卵泡 | 机器学习 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠卵巢样本和食蟹猴卵巢样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 279 | 2026-06-09 |
Comprehensive guide for optimizing octopus immune cell preparation to enhance single cell RNA sequencing success
2026-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-47700-6
PMID:41963494
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研究论文 | 提出一种优化章鱼免疫细胞制备方案以增强单细胞RNA测序成功率的综合指南 | 首次建立适用于章鱼免疫细胞的单细胞RNA测序方法学框架,解决了血细胞聚集和高盐度化学限制的难题 | 未提供关于测序深度和细胞类型确认的详细信息 | 优化章鱼免疫细胞分离方案,实现单细胞RNA测序在非模型海洋物种中的应用 | 普通章鱼(Octopus vulgaris)的循环血细胞和白体驻留血细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未指定具体数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 使用低EDTA的MAS培养基兼容10x Genomics化学试剂进行GEM生成、逆转录和cDNA文库构建 |
| 280 | 2026-06-09 |
Identification of stem cell marker-positive subpopulations in the vocal fold of the larynx through transcriptomic analyses
2026-Apr-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71514-9
PMID:41942464
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研究论文 | 通过转录组分析鉴定喉部声带中干细胞标志物阳性亚群 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术鉴定小鼠声带中的SOX9阳性基底细胞亚群和Lgr5阳性细胞亚群,并成功生成了喉部上皮类器官作为体外模型 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步验证人类喉部中的相应细胞亚群 | 探索喉部组织稳态维持机制,鉴定喉部组织干细胞 | 小鼠喉部黏膜 | 机器学习 | 其他疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 类器官培养 | NA | 基因表达数据 | 小鼠喉部黏膜样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒,10x Visium空间转录组学通过光隔离化学 |