单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-17	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	research paper	该研究揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）通过外泌体传递长链非编码RNA LINC01711，通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现了CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN的新机制，并阐明了其对乳腺癌细胞糖酵解和恶性行为的促进作用	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析，缺乏体内实验验证	探索CAF来源外泌体在乳腺癌进展中的分子机制	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、维度降低、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	NA
262	2025-05-17	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、ATAC测序和TCR测序，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行了全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能衰退的分子机制	研究仅针对小鼠模型，人类T细胞衰老可能存在差异	阐明衰老过程中T细胞生物学特性的变化及其分子机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞RNA测序、ATAC测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
263	2025-05-17	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	research paper	该研究开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞（NMPs），并揭示了NMPs在胚胎发育中的异质性和功能	开发了双重组酶介导的遗传系统，首次在体内追踪和功能评估NMPs，揭示了NMPs由三种不同的单能和双能祖细胞群组成	目前缺乏有效的遗传工具用于NMPs的谱系追踪和功能评估	研究神经中胚层祖细胞（NMPs）在胚胎发育中的异质性分化及其功能	神经中胚层祖细胞（NMPs）	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、RNA测序数据	NA
264	2025-05-17	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次结合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉和股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	研究样本量未明确说明，且仅关注了颈动脉和股动脉斑块，未涵盖其他血管部位的斑块	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, bulk RNA-seq	7种机器学习模型（未具体说明）	单细胞转录组数据、批量RNA数据	NA
265	2025-05-17	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经板闭合过程中基因表达的时空图谱	首次系统分析了颅神经管闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序	研究仅聚焦于小鼠模型，人类或其他哺乳动物的相关机制可能有所不同	探究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
266	2025-05-17	Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells 2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05677-x PMID:40188417	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术探索了人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝发育轨迹	发现重编程后期阶段模拟了肝脏自然发育轨迹，鉴定了CD24和DLK1作为两种不同肝祖细胞群的表面标志物，并揭示了HNF4A和HHEX转录因子在肝细胞与肠细胞命运决定中的关键作用	NA	研究肝细胞特异性基因调控网络在诱导肝细胞生成过程中的建立机制	人类诱导肝细胞(hiHeps)	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
267	2025-05-17	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在小孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了小孢子虫感染期间T细胞亚群的激活和扩增情况，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究小孢子虫感染期间T细胞的反应机制	小鼠脾脏T细胞	免疫学	小孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞
268	2025-05-17	Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer 2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02176-1 PMID:40186284	research paper	该研究通过机器学习方法全面评估了LOX/LOXL家族在癌症中的表达，并开发了基于LOX/LOXL的预后模型	开发了一种新的胶质瘤预后模型，并发现了LOXL2过表达的恶性细胞群在复发性胶质瘤中的作用	研究主要基于公共数据集，可能缺乏实验验证	评估LOX/LOXL家族在癌症中的表达及其在预后和治疗反应预测中的潜在价值	33种癌症类型，特别是胶质瘤	machine learning	cancer	bulk and single-cell RNA sequencing	10 machine-learning algorithms	RNA sequencing data	来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集
269	2025-05-17	PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011299 PMID:40187753	研究论文	本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用	揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化的新机制，并提出了PRMT5抑制与抗PD-L1疗法联合治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜力	骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组分析、批量转录组学、PRMT5特异性抑制剂	小鼠模型	转录组数据	NA
270	2025-05-17	Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011422 PMID:40187756	研究论文	本文研究了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体瘤进展的机制	发现激活CD18作为M2-TAMs的新靶点蛋白，并阐明TB511通过结合CD18诱导M2-TAMs凋亡的抗癌机制	未明确TB511在其他类型肿瘤中的适用性及潜在副作用	开发靶向M2-TAMs的癌症免疫治疗新策略	结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌	LC-MS/MS分析、表面等离子共振、肽-蛋白相互作用3D建模、空间转录组学	小鼠模型和人源化小鼠模型	蛋白质组学数据、转录组学数据	多种实体瘤小鼠模型（具体数量未说明）
271	2025-05-17	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫及其宿主的转录变化	首次使用scRNA-seq技术揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的生命周期转录动态及其与宿主的相互作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的复杂相互作用	探究E. intestinalis寄生虫感染人类巨噬细胞时的转录动态及宿主反应	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	微生物学与免疫学	机会性感染疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量（体外培养的人类巨噬细胞与寄生虫）
272	2025-05-17	Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model 2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00640-z PMID:40188324	research paper	该研究通过大规模单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性，并建立了一个VEGFA+中性粒细胞预后模型	首次详细分析了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的亚群，开发了基于VEGFA+中性粒细胞的预后模型VNRS，其准确性高于现有模型	研究样本仅限IDH野生型胶质母细胞瘤，未涵盖其他亚型	探索胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的异质性及其临床意义	胶质母细胞瘤相关中性粒细胞	digital pathology	glioblastoma	scRNA-seq, 机器学习	VNRS模型	RNA测序数据	127例IDH野生型胶质母细胞瘤样本，498,747个细胞（其中5,032个中性粒细胞）
273	2025-05-17	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90596 PMID:40184163	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层研究	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未完全明确	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用	肠嗜铬细胞(EC细胞)	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据和空间图像数据	NA
274	2025-05-17	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	研究论文	通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究了线粒体心肌病（MCM）患者心脏中的基因表达变化，揭示了从代偿到功能障碍的转变机制	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进程中的关键作用	研究样本有限，仅基于一名患者和小鼠模型，可能无法完全代表所有MCM病例	探索线粒体心肌病从代偿到功能障碍的分子机制	线粒体心肌病患者心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	小鼠模型（FS6KD）	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
275	2025-05-17	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解，从而促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为结直肠癌预后不良的独立风险因子，并阐明了其通过调控YAP稳定性促进转移的分子机制	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普遍性作用	探索结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	结直肠癌组织与癌旁组织的对比分析
276	2025-05-17	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，涵盖三个年龄组和两种性别，并确定了白质纤维束作为炎症的主要焦点	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	系统理解年龄诱导的分子变化，特别是大脑衰老过程中的炎症反应	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI分析	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组（年轻、中年、老年）和两种性别的小鼠大脑样本
277	2025-05-17	Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration 2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07988-y PMID:40185996	research paper	提出了一种名为scCRAFT的自编码器模型，用于可靠的多批次单细胞RNA测序数据整合	scCRAFT通过结合重建损失、多域适应损失和创新的双分辨率三元组损失，有效分离细胞类型相关信号与批次效应	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序数据批次整合中可靠批次校正与生物信号异质性保持的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	autoencoder	RNA测序数据	未提及具体样本数量
278	2025-05-17	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本文研究了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞(Tregs)的表型来抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，即通过将Tregs从高免疫抑制表型转变为低免疫抑制表型来增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，人类肝癌患者中的效果尚需进一步临床验证	探索CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的潜在应用及其作用机制	肝癌组织中的CCR8+ Tregs	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	RNA测序数据、流式细胞数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
279	2025-05-17	Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning 2025-Apr-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000041804 PMID:40193647	研究论文	该研究通过总结数据为基础的孟德尔随机化和机器学习方法，识别了子宫内膜异位症的生物标志物	结合了MAGMA分析、孟德尔随机化和机器学习模型，成功识别出三个核心生物标志物，并利用单细胞RNA测序和共识聚类分析其表达模式和样本亚群	样本量相对较小（77例子宫内膜异位症样本），且仅基于FinnGen数据库的GWAS数据	开发非侵入性生物标志物用于子宫内膜异位症的早期诊断和个性化治疗	子宫内膜异位症患者	生物信息学	子宫内膜异位症	GWAS, MAGMA分析, 单细胞RNA测序, 共识聚类	机器学习模型	基因组数据, 基因表达数据	77例子宫内膜异位症样本
280	2025-05-17	Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models 2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98348 PMID:40178224	研究论文	该研究通过开发五种果蝇家族性帕金森病模型，揭示了胆碱能投射神经元的突触失调是导致嗅觉功能障碍的早期病理特征	首次在五种家族性帕金森病模型中系统性地发现胆碱能投射神经元的突触功能障碍是嗅觉减退的早期病理机制	研究主要基于果蝇模型，虽然在人类样本中进行了部分验证，但需要更多临床研究进一步确认	探究帕金森病早期非运动症状（特别是嗅觉减退）的细胞和分子机制	五种果蝇帕金森病模型和人类帕金森病患者特定脑区	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序、单核测序	果蝇遗传模型	基因表达数据	五种果蝇帕金森病模型和人类患者三个特定脑区样本