单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28588 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-06-07 |
Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2025-May-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558
PMID:39961646
|
research paper | 该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制 | 揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性 | 样本量较小（n=19），且研究结果需要进一步验证 | 理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群 | 难治性克罗恩病（CD）患者 | 细胞疗法 | 克罗恩病 | CyTOF, scRNA-seq, 小鼠异种移植模型 | NA | 血液和肠道样本 | 19名难治性CD患者 |
| 262 | 2025-06-07 |
Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury
2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521
PMID:40280276
|
research paper | 该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的必要性 | 首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM发展中的作用机制 | 小鼠胃主细胞和SPEM细胞 | 分子生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组化 | Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型 | 基因表达数据，组织图像数据 | 使用Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型进行研究 |
| 263 | 2025-06-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
|
research paper | 该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路 | NA | 开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | 培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq） | NA | 转录组数据、光学成像数据 | NA |
| 264 | 2025-06-07 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
|
research paper | 该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联 | 首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响 | 研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性 | 探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响 | 一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷和Omenn综合征 | 流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序 | NA | 分子和细胞数据 | 1名患者及其父母 |
| 265 | 2025-06-07 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
|
研究论文 | 通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群 | 定义了人类脂肪组织中的祖细胞群体，并测试了人类壁细胞的成脂潜能，揭示了人类脂肪细胞群体与小鼠的不同 | 研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试其成脂潜能 | 人类脂肪组织中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 人类脂肪组织样本（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织） |
| 266 | 2025-06-07 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程 | 开发了新型计算工具ConnectionMiner，整合scRNAseq和连接组数据，揭示了转录因子和细胞粘附分子在运动神经元分子多样性中的作用 | 研究仅针对果蝇腿部运动系统，结果在其他生物系统中的普适性有待验证 | 解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制 | 果蝇腿部运动神经元和前运动神经元 | 神经科学 | NA | scRNAseq, 电子显微镜 | ConnectionMiner | 基因表达数据, 连接组数据 | 多个时间点的果蝇腿部运动神经元 |
| 267 | 2025-06-07 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
|
研究论文 | 通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白 | 利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点 | 研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围 | 识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635 |
| 268 | 2025-06-07 |
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-Feb-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936
PMID:39798891
|
research paper | 该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应 | 算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 卷积自编码器(CAE)结合迁移学习 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集 |
| 269 | 2025-06-07 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类 | STMSGAL框架通过构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)和使用图注意力自编码器及多尺度深度子空间聚类，显著提高了空间转录组数据的分析能力 | NA | 提高空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学(ST) | 图注意力自编码器(Graph Attention Autoencoder), 多尺度深度子空间聚类网络(Multiscale Deep Subspace Clustering Network) | 空间转录组数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集 |
| 270 | 2025-06-07 |
Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100189
PMID:40212045
|
研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对小鼠健康和病变肝脏中的巨噬细胞进行了详细表征 | 发现坏死病变相关巨噬细胞亚群，并揭示其在坏死病灶清除中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类肝脏中的情况可能有所不同 | 探究健康和病变肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及与其他细胞的相互作用 | 小鼠肝脏中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞 | 免疫学 | 肝病 | 多重免疫荧光染色、高级图像分析、scRNA-seq | 小鼠模型 | 图像数据、基因表达数据 | 未明确说明样本数量，使用健康和ConA处理的小鼠肝脏 |
| 271 | 2025-06-07 |
Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70021
PMID:40458850
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的关键基因 | 结合多组学整合和多种机器学习模型，揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献 | 研究样本量有限，且未进行实验验证 | 探索系统性红斑狼疮的病因及潜在诊断和治疗靶点 | 系统性红斑狼疮患者及谷胱甘肽代谢相关基因 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、机器学习 | LASSO回归、CatBoost、XGBoost、NGBoost | 多组学数据、scRNA-seq数据 | 1400种血清代谢物及多个数据集验证 |
| 272 | 2025-06-07 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557
PMID:40463365
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了动脉修复中的细胞动态变化以及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制 | 识别了一个炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，该亚群主动分泌趋化因子CXCL2，促进平滑肌细胞增殖并介导损伤后的动脉重塑 | 研究主要基于动物模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探究PCI术后动脉修复的细胞机制及趋化因子CXCL2的作用 | 股动脉损伤模型中的细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA |
| 273 | 2025-06-07 |
Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446
PMID:40463370
|
research paper | 该研究探讨了琥珀酰化在癌症中的分子活动，特别是其在代谢调节、肿瘤免疫微环境和结直肠癌预后中的作用 | 首次系统性地进行了琥珀酰化相关分子活动的泛癌分析，并构建了一个基于琥珀酰化的预后模型，同时发现了PCED1A在结直肠癌中的潜在治疗靶点作用 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于结直肠癌和PCED1A基因 | 探索琥珀酰化在癌症中的分子机制及其临床意义 | 泛癌样本和结直肠癌特异性样本 | 肿瘤生物学 | 结直肠癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫组化、Western blotting | 预后模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌样本和结直肠癌特异性队列 |
| 274 | 2025-06-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308
PMID:40463378
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，识别出两种成纤维细胞亚型和一个Trem2+巨噬细胞亚型，作为腹主动脉瘤可能的特异性细胞靶点 | 首次在腹主动脉瘤中识别出特定的成纤维细胞亚型和巨噬细胞亚型，并揭示了它们在疾病发展中的协同作用 | 研究仅基于小鼠模型，临床治疗效果尚未验证 | 探究腹主动脉瘤发病机制并寻找新的治疗靶点 | 腹主动脉瘤小鼠模型中的细胞组成和功能表型 | 单细胞测序 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型样本（具体数量未提及） |
| 275 | 2025-06-07 |
Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428
PMID:40463392
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组学技术，在结直肠癌中发现了一个过度表达PRSS22的细胞亚群，该亚群具有转移和免疫失调的潜力 | 发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定了PRSS22作为其枢纽基因，具有成为新的免疫治疗靶点的潜力 | 样本量相对较小，仅包括25个结直肠癌和10个相邻正常组织样本 | 探究结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其生物学意义，寻找新的免疫治疗靶点 | 结直肠癌组织和相邻正常组织 | digital pathology | colorectal cancer | single-cell RNA sequencing | Boruta feature selection algorithm | RNA-seq | 25个结直肠癌样本和10个相邻正常组织样本 |
| 276 | 2025-06-07 |
Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519179
PMID:40463856
|
研究论文 | 本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力 | 首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限 | 探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制 | 椎间盘退变(IVDD)及其相关细胞死亡过程 | 生物医学研究 | 椎间盘退变 | 批量转录组分析、单细胞RNA-seq、体外细胞模型、动物模型 | IL-1β诱导的NPC退变模型、穿刺诱导的大鼠IVDD模型 | 转录组数据、临床样本数据 | 多个公开数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本 |
| 277 | 2025-06-07 |
Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298
PMID:39620946
|
研究论文 | 本研究探讨了表达血小板衍生生长因子受体β（Pdgfrb）和脂肪基质细胞（ASC）标记的癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺导管腺癌小鼠模型中的作用，并发现靶向ASC样CAF可增强免疫检查点阻断疗法的效果 | 揭示了不同CAF亚群对胰腺癌进展和治疗抵抗的独特影响，特别是ASC样CAF的耗竭可增强免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤和抗转移效果 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证 | 探究CAF亚群在胰腺癌进展和免疫治疗抵抗中的作用，并开发新的联合治疗策略 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的CAF亚群 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠胰腺导管腺癌模型 | 基因表达数据 | 未明确说明，但涉及雌性和雄性小鼠 |
| 278 | 2025-06-07 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
|
research paper | 介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种新颖的空间感知降维方法RASP，其计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据 | NA | 开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 随机化两阶段主成分分析(PCA)框架 | PCA | 空间转录组数据 | 四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium） |
| 279 | 2025-06-07 |
Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine
2024-12-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310
PMID:39485042
|
研究论文 | 通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路 | 发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用 | 样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者 | 探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用 | 骨髓CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病） | 质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 104例治疗前骨髓样本 |
| 280 | 2025-06-07 |
Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression
2024-12-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281
PMID:39601621
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响 | 首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应 | 尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后 | 探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 人类和小鼠胶质瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | 免疫活性小鼠模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |