单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-08	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了核IL-1α在猪肌肉内脂肪前体细胞中触发细胞焦亡的新机制	首次发现核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径调控猪肌肉内脂肪前体细胞的焦亡过程	研究仅针对猪模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	探究核IL-1α在脂肪生成分化中的功能及其对猪肉品质的影响	猪肌肉内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
262	2025-05-08	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，揭示不同类型细胞在干旱响应中的异质性及调控网络	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和非抗旱小麦幼苗叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（抗旱/非抗旱小麦幼苗）
263	2025-05-08	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Unique Subpopulations of Infiltrating Macrophages and Dendritic Cells Following AKI 2025-May-07, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00059.2025 PMID:40331777	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了急性肾损伤后浸润巨噬细胞和树突状细胞的独特亚群	结合scRNAseq、空间转录组学和CITE测序技术，首次揭示了缺血性急性肾损伤中KIMs和KDCs的时空和转录特征	研究仅关注缺血性急性肾损伤，未涉及其他类型的肾损伤	研究急性肾损伤中浸润巨噬细胞和树突状细胞的动态变化及其在肾脏疾病中的作用	肾脏浸润巨噬细胞（KIMs）和肾脏树突状细胞（KDCs）	数字病理学	急性肾损伤	scRNAseq, 空间转录组学, CITE测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
264	2025-05-08	ABCC3 Is a Differential Marker of CYP11B2-Negative Zona Glomerulosa Cells in Human Adrenal Cortex 2025-May-07, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-025-09862-3 PMID:40332623	research paper	该研究探讨了ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症背景下，与CYP11B2的关系	发现ABCC3作为CYP11B2阴性ZG细胞的新标记物，为区分正常肾上腺分区和醛固酮生成病变提供了新的组织病理学工具	研究主要关注ABCC3在特定肾上腺病变中的表达模式，未涉及其在其他疾病或组织中的潜在作用	研究ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症中的作用	人肾上腺皮质细胞、醛固酮生成腺瘤(APAs)、皮质醇生成腺瘤和非功能性腺瘤	分子生物学	原发性醛固酮增多症	空间转录组学、免疫荧光共定位	NA	mRNA/蛋白质表达数据	多种肾上腺腺瘤样本（APAs、皮质醇生成腺瘤、非功能性腺瘤）及相邻肾上腺皮质组织
265	2025-05-08	Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm 2025-May-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae186 PMID:39187926	research paper	通过单细胞RNA测序揭示血管内皮细胞内在的ANGPT2在人颅内动脉瘤中的意义	首次通过单细胞RNA测序全面分析颅内动脉瘤的细胞组成和血管内皮细胞的转录组变化，并发现ANGPT2在动脉瘤形成中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索颅内动脉瘤的发病机制和潜在治疗靶点	人颅内动脉瘤和对照动脉组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	zebrafish model	RNA sequencing data	43,462个细胞的转录组数据
266	2025-05-08	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤（AAA）的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2确定为AAA的因果效应蛋白，并通过多组学分析和实验验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需要在人类临床试验中进一步验证	寻找AAA的新型生物标志物和治疗靶点以改善疾病管理	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序（bulk和单细胞/单核）、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	未明确说明人类样本量，使用载脂蛋白E缺陷小鼠进行实验验证
267	2025-05-08	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高清晰度空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗开始后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了这种多样性作为临床反应预测因子的普遍性	研究样本主要来自局部晚期或转移性基底细胞癌患者，其他癌症类型的验证样本相对较少	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、高清晰度空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据	局部晚期或转移性基底细胞癌患者队列，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
268	2025-05-08	Characterization of the Recombination Activity in the Pituitary and Ovary of Prop1-iCre Knockin Mice 2025-May-06, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00049.2025 PMID:40327412	research paper	本研究描述了Prop1-iCre敲入小鼠在垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞中的重组活性	通过CRISPR/Cas9系统引入IRES-Cre盒，实现了Prop1和Cre重组酶的双顺反子表达，并验证了其在垂体内分泌细胞中的特异性重组活性	Prop1-iCre小鼠在卵巢颗粒细胞中也表现出重组活性，这可能影响数据解释	研究Prop1-iCre敲入小鼠的重组活性，为垂体生物学研究提供工具	Prop1-iCre敲入小鼠的垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞	分子生物学	NA	CRISPR/Cas9系统，单细胞RNA测序	Prop1-iCre敲入小鼠模型	基因表达数据	Prop1-iCre小鼠及其与Rosa-tdTomato报告小鼠的杂交后代
269	2025-05-08	scACCorDiON: A clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288 PMID:40327499	研究论文	提出了一种名为scACCorDiON的聚类方法，用于分析患者水平的细胞间通讯图	使用最优传输算法探索马尔可夫链上的节点距离，作为有向加权图之间的基础度量，优于使用无向图的竞争方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析大规模患者队列中单细胞数据样本特异性细胞间通讯事件的计算方法	胰腺腺癌患者的单细胞RNAseq数据集	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	最优传输算法	单细胞RNAseq数据	未明确提及具体样本数量
270	2025-05-08	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环细降支形成中的作用	首次发现近端小管细胞可贡献于Henle环细降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在此过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Henle环细降支细胞的发育起源	小鼠肾脏发育过程中的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
271	2025-05-08	Oncostatin-M: a novel leukocyte-derived factor facilitating the ovulatory process in the human ovary 2025-May-06, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf076 PMID:40327872	研究论文	研究白细胞衍生的Oncostatin-M (OSM)在人类优势卵泡排卵过程中的调控作用	首次揭示白细胞衍生的OSM通过激活关键信号通路调控人类排卵前颗粒细胞的功能，影响类固醇生成、前列腺素合成和组织重塑	研究使用体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)，可能无法完全模拟体内排卵动态，且结果仅适用于人类样本，需要在其他哺乳动物物种中验证	探究白细胞衍生的OSM在人类排卵过程中的调控机制	人类优势卵泡和体外受精(IVF)患者的卵泡抽吸物	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、免疫组化、Western blotting、RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	自然周期女性优势卵泡(n=19)和IVF患者卵泡抽吸物(n=12)
272	2025-05-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-May-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）患者小肠中免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应以及分泌和肠内分泌细胞群的扰动，并发现了治疗后的持续免疫-上皮'疤痕'	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且仅针对乳糜泻患者	揭示乳糜泻中小肠损伤的免疫-上皮-基质相互作用机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	86,442个免疫、实质和上皮细胞（35名参与者），空间转录组学（20名参与者）
273	2025-05-08	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-May-05, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞分析揭示了敌草快诱导的氧化应激及其对器官特异性毒性的影响	首次构建了敌草快中毒后小鼠多器官单细胞图谱，揭示了氧化应激微环境在多器官损伤中的核心作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究敌草快诱导的多器官损伤特征及其分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾脏	单细胞测序	中毒性器官损伤	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过270,000个小鼠细胞
274	2025-05-08	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过多模态方法研究肠道隐窝组织中干细胞的动态变化	整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示隐窝底部干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	NA	解析肠道隐窝组织中干细胞的动态变化及其在维持肠道上皮稳态中的作用	肠道隐窝底部的Lgr5阳性干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	single-cell RNA sequencing data	NA
275	2025-05-08	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-05, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	本文探讨了不同情境下小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞转录状态的多样性，并探讨了非稳态条件下特定情境特征的诱导	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义，以推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
276	2025-05-08	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息增强的细胞类型特异性（CTS）差异基因表达分析，并应用于AD相关表型研究	ST数据样本量较小可能影响分析效力	提高AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
277	2025-05-08	The immunosuppressive role of VSIG4 in colorectal cancer and its interaction with the tumor microenvironment 2025-May-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02411-8 PMID:40317372	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了VSIG4在结直肠癌免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤微环境的相互作用	首次证明VSIG4、CYBBC3AR1和FCGR1A在结直肠癌免疫微环境中起关键作用，特别是VSIG4在巨噬细胞活性和CD8+T细胞免疫耗竭中的免疫调节功能	未提及具体样本量限制或实验设计的潜在缺陷	探究结直肠癌免疫微环境中的关键基因及其作用机制	结直肠癌患者数据及巨噬细胞亚群	癌症免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PCR、非负矩阵分解(NMF)、LASSO和随机森林模型	LASSO、随机森林	基因表达数据、单细胞转录组数据	TCGA-COAD数据集和GEO数据库中的结直肠癌患者数据（具体数量未说明）
278	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals a fibroblast gene signature that promotes T-cell infiltration in muscle-invasive bladder cancer 2025-May-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08094-9 PMID:40319103	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了促进T细胞浸润的成纤维细胞基因特征在肌层浸润性膀胱癌中的作用	发现了两种干扰素响应的成纤维细胞群在MIBC肿瘤微环境中的主导作用，并揭示了Tex细胞与CAFs之间的双向作用机制	样本量较小（19个组织样本来自12名患者）	探究肌层浸润性膀胱癌中肿瘤微环境的复杂相互作用机制	肌层浸润性膀胱癌患者的组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个组织样本（来自12名患者：7例MIBC，3例NMIBC，9例正常组织）
279	2025-05-08	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和转录组分析，发现了一种特定的FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，能够提高肝细胞癌（HCC）患者对PD-1抑制剂的治疗反应	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示了其通过CCL19-CCR7轴促进三级淋巴结构形成和免疫细胞浸润的机制，为HCC免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的分子机制	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、时间飞行质谱流式细胞术	小鼠原位HCC模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同PD-1治疗反应的HCC患者样本和小鼠模型
280	2025-05-08	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	研究评估了HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及Entinostat或αPD-1联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合用于治疗HPV16+癌症，并展示了优于αPD-1组合的疗效	研究仅在αPD-1耐药的HPV16+癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+癌症小鼠模型（TC-1和mEER肿瘤）	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序（TCR富集）	NA	细胞表型数据、转录组数据	HPV16+癌症小鼠模型