单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-02	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	该研究探讨了心肌组织来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞的增殖能力	首次发现P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，进而抑制心肌细胞增殖	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究心肌组织来源的EVs对心肌细胞增殖能力的影响机制	小鼠心肌组织来源的EVs及巨噬细胞	细胞生物学	心血管疾病	生物信息学、高通量组学、单细胞分析	小鼠心肌梗死模型	组学数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及P1和P8两个时间点的小鼠心肌组织
262	2025-07-02	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本研究探讨了背根神经节（DRG）神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及分子特征	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术揭示了多感觉神经元与单感觉神经元对疼痛和瘙痒反应的差异，以及慢性疼痛和瘙痒发展中的独特转录组变化	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探究DRG神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及分子机制	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	疼痛和瘙痒相关疾病	双光子钙成像, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	成像数据, 转录组数据	NA
263	2025-07-02	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	research paper	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导T细胞的选择性表面标记物，并揭示了CD22在调控IL-4依赖性T细胞效应程序中的内在作用	研究主要聚焦于CD8 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的潜在作用	阐明IL-4依赖性T细胞激活和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
264	2025-07-02	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635092 PMID:39974918	研究论文	本研究通过结肠的组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统地研究了J型储袋失败的分子机制	研究为回顾性病例对照设计，样本来源单一(芝加哥大学医学中心)，且空间转录组学仅分析了部分患者	探究全腹结肠切除标本中与储袋失败相关的组织病理学特征及其分子机制	417例2000-2010年间接受IPAA手术的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学	NA	组织病理图像、基因表达数据	417例IPAA手术患者(其中部分进行空间转录组分析)
265	2025-07-02	Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta 2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2413191121 PMID:39793067	研究论文	本研究探讨了温度和性腺性别对红耳滑龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响	揭示了温度对生殖细胞性分化的直接影响，独立于其对性腺体细胞的影响	研究仅针对红耳滑龟这一TSD物种，结果可能不适用于其他物种	探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面	红耳滑龟(Trachemys scripta)的生殖细胞	发育生物学	NA	减数分裂铺片分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
266	2025-07-02	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染及不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关特定细胞群	基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
267	2025-07-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化中的治疗作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞的炎症反应及近端肾小管细胞的基因表达来减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、H&E和Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	82,496个肾脏细胞
268	2025-07-02	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	本文是对先前发表文章的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
269	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
270	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
271	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
272	2025-07-02	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次系统描述了卵巢衰老过程中MNGCs的分子特征及其与免疫细胞（如T细胞）的相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析	探究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	生殖生物学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	跨年龄和跨物种的卵巢组织样本
273	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
274	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组
275	2025-07-02	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ的细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关小胶质细胞(DAM)和脂质相关巨噬细胞(LAM)的转录状态转变	研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证	探索细胞因子诱导的人类巨噬细胞重编程在神经退行性疾病中的作用机制	人类THP-1巨噬细胞系	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能测定	体外细胞模型	基因表达数据、功能测定数据	THP-1巨噬细胞系
276	2025-07-02	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	通过邻近依赖性标记技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	使用LIPSTIC技术进行单细胞转录组学分析，识别出在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞	研究仅关注了树突状细胞与CD4 T细胞的相互作用，未涉及其他免疫细胞类型	研究树突状细胞在肿瘤免疫反应中的作用及其与检查点阻断免疫疗法的关系	树突状细胞和CD4+ T细胞	免疫学	肿瘤	LIPSTIC (Labeling Immune Partnerships by SorTagging Intercellular Contacts), 单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
277	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	揭示了LAMs在多种组织和炎症条件下共享的保守转录特征以及组织特异性的基因程序，并与人类慢性炎症环境中的LAM群体高度保守	研究主要基于小鼠和人类的scRNA-seq数据，可能无法完全反映LAMs在活体中的全部功能特性	探究脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征及其在代谢和慢性炎症疾病中的作用	小鼠和人类中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢相关疾病（如动脉粥样硬化、肥胖、非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种小鼠和人类组织样本
278	2025-07-02	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本研究利用空间转录组学技术对特发性肺纤维化（IPF）和对照患者的肺组织进行了分析，结合单细胞RNA测序数据，识别了三种与疾病相关的微环境	首次通过空间转录组学技术揭示了IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关微环境，包括纤维化微环境、气道巨噬细胞微环境和免疫微环境	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	揭示特发性肺纤维化（IPF）的病理微环境特征，以促进药物靶点的识别和相关体外模型的开发	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
279	2025-07-02	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学模型和单细胞RNA测序数据，研究了转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在转录爆发调控中的不同作用，并发现MED26的急性缺失对基因调控网络影响最大	研究主要基于数学模型和单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探究转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	基因调控网络和转录爆发动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	NA
280	2025-07-02	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了线粒体钙信号作为内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的调节因子	首次发现线粒体钙摄取是EndMT的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运蛋白（MCU）在EndMT中的调节作用	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类患者样本验证有限	探索内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的分子机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞（ECs）及其向间充质细胞的转化过程	单细胞测序分析	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外EndMT模型和小鼠肢体缺血模型	单细胞RNA测序数据	三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病样本和严重肢体缺血患者组织样本