单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-09-19	Uncovering essential lncRNAs through transcriptome-scale CRISPR-Cas13 screening 2025-Sep-15, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00082-8 PMID:40952596	研究论文	开发了CaRPool-seq平台，通过转录组规模的CRISPR-Cas13筛选揭示必需lncRNA的功能	首次利用CRISPR-Cas13技术进行全转录组规模筛选，直接靶向RNA并识别出778个必需lncRNA，包括46个跨细胞系通用的生存必需lncRNA	未明确说明筛选平台的假阳性率控制或脱靶效应评估细节	开发高效、特异且可扩展的lncRNA功能鉴定方法	人类长链非编码RNA（lncRNA）	功能基因组学	癌症	CRISPR-Cas13筛选，单细胞转录组学	NA	RNA序列数据	多种人类细胞系（具体数量未明确说明）
262	2025-09-19	A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015 PMID:40957419	研究论文	研究三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结内成纤维细胞-单核细胞轴通过TLR4信号促进免疫抑制和转移的机制	揭示了TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在淋巴结转移中的作用，并证明局部TLR4抑制联合αPD-1疗法可增强T细胞功能	NA	探究三阴性乳腺癌转移过程中肿瘤引流淋巴结的细胞网络重组机制	三阴性乳腺癌小鼠模型及人类患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	空间转录组学、体外抑制实验	NA	基因表达数据、空间转录数据	小鼠模型及人类TNBC患者样本（具体数量未明确说明）
263	2025-09-19	Comprehensive analysis of the tumor immune microenvironment in gastric cancer and peritoneal metastasis based on single-cell RNA sequencing analysis 2025-Sep-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13892-6 PMID:40954153	研究论文	基于单细胞RNA测序分析胃癌及腹膜转移的肿瘤免疫微环境	首次通过单细胞分辨率揭示TAMs向肥大细胞分化的潜在轨迹及CCL5-CCR1信号轴在腹膜转移中的关键作用	样本量有限（20个样本），依赖公共数据库数据，需进一步实验验证	解析胃癌腹膜转移的免疫微环境机制并寻找治疗靶点	胃癌细胞与腹膜转移细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, GO/KEGG/GSAV富集分析, CytoTRACE, CellChat, Monocle3	NA	单细胞RNA测序数据	20个scRNA-seq样本（含2,626,594个腹膜转移细胞和17,894个胃癌细胞）
264	2025-09-19	YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer 2025-Sep-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139 PMID:40962000	研究论文	本研究揭示了YWHAG通过促进上皮-间质转化（EMT）驱动非小细胞肺癌进展和转移的分子机制	首次阐明YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴调控EMT过程，并在体内外实验中验证其促癌功能	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证相对有限	阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能和机制贡献	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、小鼠模型和临床数据	癌症生物学	肺癌	scRNA-seq, Co-IP, 免疫荧光, 通路活性检测, 生物发光成像	基因敲除小鼠模型, 原位肿瘤模型	多组学数据, 测序数据, 影像数据, 病理数据	TCGA泛癌数据集、2个NSCLC scRNA-seq数据集（GSE117570 & GSE148071）、公共NSCLC小鼠模型
265	2025-09-19	Cutting-edge nanobiosensors: Revolutionizing cancer diagnosis and enabling precision medicine 2025-Sep-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2025.120613 PMID:40962167	综述	本文综述了结合纳米技术与人工智能的尖端纳米生物传感器在癌症诊断和精准医疗中的应用与进展	整合AI优化传感器设计、信号处理及临床工作流集成，并探索RNA靶向和单细胞测序等前沿诊断技术	面临可扩展制造、长期稳定性、法规合规及环境可持续性等重大挑战	推动癌症早期诊断、实时监测和精准治疗策略的发展	循环肿瘤DNA（ctDNA）、循环肿瘤细胞（CTCs）和微RNA（miRNAs）等关键生物标志物	数字病理学	癌症	纳米生物传感器技术（光学、电化学、磁性和压电系统）、单细胞测序、表观转录组检测	NA	生物分子数据	NA
266	2025-09-19	Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential 2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology IF:3.3Q2 DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976 PMID:40953858	研究论文	通过整合基因组关联研究和多组学分析，揭示胆石病的遗传基础并发现新的易感位点	发现UGT1A4和FADS1/3等新的易感基因位点，并通过孟德尔随机化证实不饱和脂肪酸水平与胆石病的因果关系	研究主要基于欧洲和日本人群数据，可能存在人群特异性偏差	识别胆石病相关的遗传位点并探索其临床和治疗意义	胆石病患者及健康对照人群	基因组学	胆石病	GWAS, meta分析, 孟德尔随机化, 转录组关联研究	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	UK Biobank, FinnGen R11和Biobank Japan的多队列样本
267	2025-09-19	Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study 2025-Sep-12, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2025.100708 PMID:40466642	研究论文	一项II期研究评估了TTFields联合pembrolizumab和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效与安全性	首次证明TTFields通过激活T1IFN通路促进原位免疫，并与免疫检查点抑制剂pembrolizumab显示协同作用，尤其在肿瘤负荷高的患者中效果显著	样本量较小（n=31），为单臂II期研究，需更大规模试验验证	评估TTFields联合pembrolizumab和替莫唑胺治疗新诊断胶质母细胞瘤的协同疗效与安全性	新诊断胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞转录组测序、T细胞克隆分型	NA	临床数据、血液样本、肿瘤组织样本	31名新诊断胶质母细胞瘤患者
268	2025-09-19	Bu Zhong Yi Qi Tang targets key monocyte-associated genes to enhance sepsis therapy 2025-Sep-12, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120610 PMID:40946819	研究论文	本研究探讨补中益气汤通过靶向单核细胞关键基因增强脓毒症辅助治疗的机制	首次结合scRNA-seq、hdWGCNA和机器学习鉴定脓毒症特异性单核细胞亚群及关键基因（METTL9、SAT1、SRGN），并验证补中益气汤的靶向调控作用	机制研究主要基于动物模型和初步临床试验，需更大规模验证	探究补中益气汤在脓毒症辅助治疗中的作用及分子机制	脓毒症患者PBMCs、CLP模型小鼠、临床试验患者	生物医学	脓毒症	scRNA-seq, hdWGCNA, 机器学习, 伪时序分析, 细胞通讯分析	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞转录组数据、临床指标数据	脓毒症患者与健康对照的PBMCs样本（未注明具体数量）、CLP模型小鼠、临床试验患者
269	2025-09-19	Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease 2025-Sep-12, ArXiv PMID:40964085	研究论文	本研究开发了一种基于空间转录组学的可解释机器学习框架，用于区分炎症性肠病（IBD）亚型	首次结合空间转录组学和NMF识别细胞生态位，并系统提取44个空间分子特征用于IBD分类	样本量有限（未明确具体数量），需要更大规模验证	开发可解释的机器学习模型以区分克罗恩病和溃疡性结肠炎	健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织	数字病理学	炎症性肠病	空间转录组学（ST），非负矩阵分解（NMF）	多层感知器（MLP）	空间转录组数据	NA
270	2025-09-19	Glycoprotein Ib-CD11b + monocyte-derived macrophages mediate atherosclerosis-exacerbated psoriatic inflammation 2025-Sep-11, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123960 PMID:40945652	研究论文	本研究揭示了CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞通过GPIb-CD11b轴在动脉粥样硬化加剧银屑病炎症中的核心作用	首次发现血小板来源的GPIb通过GPIb-CD11b轴促进巨噬细胞M1极化，揭示了两种疾病共同的炎症驱动机制	样本量有限，且主要基于观察性数据和动物模型验证	阐明动脉粥样硬化与银屑病之间的炎症相互作用机制	银屑病合并动脉粥样硬化患者及小鼠模型	免疫学	银屑病和动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、体外功能实验	NA	基因表达数据、图像数据	未明确样本数量的患者组织及小鼠模型
271	2025-09-19	Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target 2025-Sep-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1 PMID:40964044	研究论文	本研究揭示mIDH1胶质瘤通过上调自噬作为能量来源，并证明抑制自噬可增强放疗敏感性	发现自噬在mIDH1胶质瘤中的关键生存作用，并首次使用靶向Atg7的siRNA纳米颗粒实现体内自噬抑制治疗	NA	探索mIDH1胶质瘤的代谢适应机制并开发新的治疗策略	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒递送siRNA	NA	基因组学数据，蛋白质表达数据	人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞及体内模型（具体数量未明确说明）
272	2025-09-19	S3R: Spatially Smooth and Sparse Regression Reveals High-Dimensional Regulatory Networks in Spatial Transcriptomics 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.06.674629 PMID:40964272	研究论文	提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架，用于从空间转录组数据中解析高维调控网络	结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚，实现系数场的空间连贯性与边界锐化	NA	开发能够处理空间转录组数据噪声、共线性和细胞混合问题的回归模型	空间转录组数据，包括人类前额叶皮层、皮肤感染和胰腺导管腺癌样本	空间转录组学	多疾病研究（神经科学、感染性疾病、癌症）	空间转录组学技术	回归模型（S3R）	空间基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明），包括合成数据和真实生物样本
273	2025-09-19	Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.10.675374 PMID:40964296	研究论文	通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，构建了人类伏隔核细胞类型和空间域的空间分子图谱	首次在人类大脑中发现连续的基因表达空间梯度，揭示了DRD1和DRD2 MSNs更复杂的组织方式，并建立了跨物种保守性	研究基于10名神经典型成年捐赠者的死后组织样本，样本量相对有限	解析人类伏隔核的细胞类型空间组织及其与神经精神疾病的关联	人类伏隔核组织	空间转录组学	神经精神疾病	空间转录组学, 单核RNA测序, 分层连锁不平衡评分回归	NA	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名神经典型成年捐赠者的死后伏隔核组织
274	2025-09-19	Dual checkpoint blockade of glioblastoma with Anti-PD-1 and Anti-LAG-3 promotes expansion of tumor-reactive T cell clones along a unique pathway of differentiation 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.06.674490 PMID:40964361	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，探索了抗PD-1和抗LAG-3双重检查点阻断对胶质母细胞瘤中T细胞克隆动态和分化的影响	首次绘制了双重免疫检查点抑制剂治疗后胶质母细胞瘤T细胞克隆动态和分化的全面图谱，揭示了外周招募肿瘤反应性T细胞的新机制	研究样本量有限，且主要关注IDH野生型胶质母细胞瘤，结果可能不适用于其他亚型	评估免疫检查点抑制剂对胶质母细胞瘤T细胞转录景观和受体库的影响	胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, TCR-seq	NA	单细胞转录组数据，T细胞受体序列数据	未治疗新诊断胶质母细胞瘤患者和接受双重检查点阻断治疗的复发胶质母细胞瘤患者的配对样本
275	2025-09-19	[Single-cell sequencing reveals the temporal expression characteristics of key molecules related to tooth agenesis and dental hard tissues in mouse molars] 2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3769/cma.j.cn112144-20250605-00206 PMID:40903061	研究论文	利用单细胞RNA测序解析小鼠磨牙发育过程中与牙齿发育不全和牙硬组织形成相关分子的时间表达特征	构建了从E13.5到P7.5完整发育时期的细胞图谱，揭示了Msx1双峰表达等关键分子的动态表达模式	研究仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	解析牙齿发育不全的分子机制，为牙齿发育异常提供理论基础	小鼠下颌磨牙牙胚	单细胞测序分析	牙齿发育不全	scRNA-seq, Harmony批次效应校正, Monocle伪时间分析	Seurat分析流程	单细胞RNA测序数据	5个发育阶段(E13.5, E14.5, E16.5, P3.5, P7.5)的小鼠磨牙样本
276	2025-09-19	[Advances in animal models and multi-omics technologies for cleft palate research] 2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20250519-00185 PMID:40903069	综述	本文综述了动物模型和多组学技术在非综合征性腭裂研究中的应用与进展	重点探讨动物模型与多组学技术（如单细胞RNA测序、转录组学等）的结合，揭示腭裂形成的多维分子机制	NA	研究非综合征性腭裂的致病机制，推动早期诊断和干预策略的开发	动物模型及多组学数据	生物医学研究	先天性颅面畸形	单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质组学、表观基因组学	NA	多组学数据	NA
277	2025-09-19	Short Chain Fatty Acid Supplementation After Traumatic Brain Injury Attenuates Neurologic Injury Via the Gut-Brain-Microglia Axis 2025-Sep-09, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002706 PMID:40961414	研究论文	本研究探讨短链脂肪酸（SCFAs）补充剂通过肠-脑-小胶质细胞轴减轻创伤性脑损伤（TBI）后神经损伤的作用	首次提出SCFA补充作为TBI后治疗策略，并通过多组学方法验证其对微生物组、神经认知和小胶质细胞转录组的综合保护效应	研究仅基于小鼠模型，样本量有限（n=52），且未探索长期效应或人类适用性	评估SCFA补充对TBI后神经损伤的缓解作用及潜在机制	14周龄雄性C57BL/6小鼠（52只），分为TBI组和假手术组	神经科学	创伤性脑损伤	16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序（scRNAseq）、3D对比增强MRI	NA	基因组数据、影像数据、行为数据	52只小鼠
278	2025-09-19	TNF Receptor 1 regulates colonic mesenchymal cell diversity and the epithelial stem cell niche 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.08.674957 PMID:40964374	研究论文	本研究探讨了TNFR1在调节结肠间充质细胞多样性和上皮干细胞微环境中的关键作用	揭示了TNFR1信号通过调控RSPO3和ITGA6表达影响干细胞微环境的新机制，并证明靶向ITGA6可逆转TNFR1缺失的表型	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明TNFR1在结肠间充质细胞分化和干细胞微环境维持中的功能机制	TNFR1基因敲除小鼠的结肠间充质细胞和上皮干细胞	分子生物学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、基因敲除模型、共培养实验	NA	基因表达数据	使用TNFR1 -/-、PDGFRα-Cre;TNFR1 fl/fl转基因小鼠模型进行实验
279	2025-09-19	Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.04.674228 PMID:40964396	研究论文	本研究探讨了分子和图像数据质量对基于深度学习的组织学图像空间转录组预测性能的影响	首次系统研究不同空间转录组技术（Xenium成像与Visium测序）产生的数据质量差异对深度学习预测的影响，而非专注于模型架构改进	插补实验的改善效果有限且未能推广到测试集之外，技术局限性直接影响数据质量的问题需要谨慎考虑	提升从组织学图像预测空间基因表达的深度学习模型性能	空间转录组数据和H&E染色组织学图像	数字病理学	NA	空间转录组技术（Xenium, Visium）, 深度学习	深度学习模型	图像, 分子表达数据	NA
280	2025-09-19	Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations 2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673874 PMID:40950147	研究论文	本研究通过单血管空间转录组分析揭示了毛细血管畸形中NR2F2介导的平滑肌细胞表型获取的病理机制	首次在单血管水平构建空间转录组图谱，发现NR2F2作为关键调控因子驱动平滑肌细胞表型获得	研究主要基于体外iPSC模型，需要进一步体内验证	探究毛细血管畸形的血管病理发生机制	毛细血管畸形病变组织及iPSC衍生的血管细胞	数字病理学	血管畸形	空间全转录组分析(GeoMx), 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 基因扰动分析	NA	空间转录组数据, 单细胞测序数据, 蛋白质组数据	毛细血管畸形病变组织样本及iPSC衍生细胞