单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-15	Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03154-2 PMID:40643861	研究论文	基于多组学分析探讨PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌亚型预后中的作用	首次基于PANoptosis相关基因（PRGs）识别口腔鳞状细胞癌（OSCC）亚型并构建预后模型，揭示了BAK1与OSCC风险的因果关系	研究依赖于TCGA数据库的数据，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证	改善口腔鳞状细胞癌的诊断和治疗	口腔鳞状细胞癌患者	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, DNA甲基化分析, scRNA-seq, qRT-PCR	Cox回归分析, 孟德尔随机化	多组学数据（RNA-seq, DNA甲基化, scRNA-seq）	TCGA数据库中的OSCC患者数据
262	2025-07-15	Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06937-3 PMID:40645977	研究论文	本研究旨在构建一个与巨噬细胞相关的基因特征，以预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICI）疗效，并探讨PLAUR的功能作用	首次构建了一个包含八个基因的巨噬细胞相关特征，用于预测HCC患者的预后和ICI疗效，并揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制	研究主要基于TCGA-LIHC队列的验证，可能需要更多独立队列进一步验证基因特征的普适性	开发预测HCC患者预后和ICI疗效的生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、TIDE分析、CellChat分析、组织芯片免疫荧光	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	TCGA-LIHC队列及配对HCC和正常肝组织样本
263	2025-07-15	Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10354-x PMID:40646181	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术识别结直肠癌的关键预后基因及其功能作用	首次结合孟德尔随机化(MR)分析和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术鉴定出MMRN1和SLC6A19作为结直肠癌的关键预后基因，并揭示了它们与免疫细胞浸润和肿瘤微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qRT-PCR和细胞功能实验，缺乏更深入的机制研究	识别结直肠癌的关键预后基因并探索其分子机制	结直肠癌(CRC)患者样本和癌细胞	数字病理学	结直肠癌	孟德尔随机化(MR)分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	nomogram模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
264	2025-07-15	Comparison of local effects and systemic T-cell responses in patients with breast cancer treated by radiofrequency ablation versus microwave ablation 2025-Jul-11, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03896-7 PMID:40646574	research paper	比较射频消融（RFA）和微波消融（MWA）在乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	首次揭示了MWA和RFA诱导的不同免疫反应的机制，特别是MWA在增强外周T细胞细胞毒性功能方面的优势	需要未来的临床试验来验证这些发现	比较RFA和MWA在早期乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	60名乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	流式细胞术、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA测序	NA	血液样本、病理检查、放射影像	60名乳腺癌患者
265	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本量较小(仅一对异卵双胞胎)，需要更大规模的验证研究	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)与心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)与定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
266	2025-07-15	The Immunological and Prognostic Landscape of TFAP4 in Cancer: A Single-Cell RNA Sequencing Perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究未涉及TFAP4具体作用机制的实验验证	探讨TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的TFAP4表达及其与肿瘤微环境的关系	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本（具体数量未提及）
267	2025-07-15	Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06671-4 PMID:40640833	研究论文	通过循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学对乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行多模式评估	采用多模式分子分析方法评估脑脊液中的细胞，为中枢神经系统疾病监测提供了一种比活检更少侵入性的方法	样本量较小，仅涉及一名患者	优化乳腺癌脑转移患者的治疗监测方法	HER2阳性或三阴性乳腺癌患者的脑脊液	数字病理学	乳腺癌	循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序、细胞因子分析	NA	脑脊液样本	一名41岁女性患者的系列脑脊液样本
268	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos 2025-Jul-09, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05497-5 PMID:40634327	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了Cyp26b1基因敲除对小鼠胚胎心脏发育的影响	首次提供了Cyp26b1敲除小鼠胚胎心脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了Cyp26b1缺失对心肌细胞转录组的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究Cyp26b1在心脏发育中的作用及其与左心室致密化不全(LVNC)的潜在关联	野生型和Cyp26b1敲除小鼠胚胎的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	134,499个高质量细胞(57,923个野生型，62,488个敲除型)，来自E10.5-E13.5四个时间点的小鼠胚胎心脏组织
269	2025-07-15	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制，并发现其与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞亚群的调控相关	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究，且实验主要基于小鼠模型，临床转化需更多验证	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	临床PDAC标本和小鼠模型
270	2025-07-15	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学见解和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用有限	加速精准育种方法的发展，以实现可持续和高效的家禽生产，增强全球食品安全	鸡的生长调控机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/Cas9基因组编辑	NA	基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据	NA
271	2025-07-15	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes.. IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞和成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调节脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织巨噬细胞和成纤维细胞	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
272	2025-07-15	NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia 2025-Jul, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00256-w PMID:40494896	研究论文	本研究探讨了NRF2通过调节WNT信号通路增强口腔白斑光动力疗法耐药性的机制	首次揭示了NRF2通过激活WNT信号通路在口腔白斑光动力疗法耐药性中的关键作用，并验证了p-NRF2作为预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（n=117），且机制研究主要在动物模型中进行	阐明口腔白斑对光动力疗法产生耐药性的分子机制	口腔白斑患者样本（PDT敏感型和耐药型）和4NQO诱导的小鼠模型	分子病理学	口腔白斑	单细胞RNA测序	4NQO诱导的小鼠模型	基因表达数据	117例患者样本（3例PDT敏感型+3例PDT耐药型用于测序，117例用于验证）
273	2025-07-15	Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa 2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14131948 PMID:40647957	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AspWood数据库的交叉分析，识别了杨树中潜在的木质部纤维主导表达基因，并验证了这些基因启动子在转基因杨树中的组织表达活性	首次在杨树中鉴定并验证了木质部纤维主导表达的基因启动子，为林木育种中特定基因在木材纤维中的表达提供了新工具	研究仅针对杨树(Populus trichocarpa)进行，结果在其他树种中的适用性需要进一步验证	开发适用于林木育种的纤维特异性基因表达工具	杨树(Populus trichocarpa)的木质部纤维	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、激光捕获显微切割技术、RT-qPCR、启动子-GUS报告系统	NA	基因表达数据	32个候选基因(最终验证9个基因的启动子)
274	2025-07-15	Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease 2025-Jun-25, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027 PMID:40578685	研究论文	本研究探讨了细胞衰老及其与醛糖还原酶的关联在常染色体显性多囊肾病(ADPKD)中促进囊肿生长的作用	首次揭示了细胞衰老在ADPKD中的直接促囊肿作用，并鉴定AKR1B1(醛糖还原酶)作为Pkd1基因突变相关的SASP因子	研究主要基于小鼠模型，人类ADPKD肾脏样本验证有限	探究细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏	肾脏病学	常染色体显性多囊肾病(ADPKD)	单细胞RNA测序	INK-ATTAC转基因小鼠模型	基因表达数据	Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本
275	2025-07-15	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本文研究了肝细胞载脂蛋白J（ApoJ）通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过RanBP2介导的STAT3 SUMO化促进肝纤维化的新机制，并提出了针对ApoJ/STAT3/RanBP2轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要在人类患者中进行进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何通过STAT3通路调控肝星状细胞激活从而介导肝纤维化	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化过程	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达小鼠模型	基因修饰小鼠模型	RNA测序数据、组织病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
276	2025-07-15	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	该研究评估了单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，以提高DEGs的预测能力	开发了基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了差异表达基因的预测能力	研究中AD和SCZ数据集的基因预测能力较差，可能影响部分结果的可靠性	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发改进的元分析方法	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	SumRank	基因表达数据	多个已发表研究的单细胞转录组数据集
277	2025-07-15	Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis 2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652535 PMID:40654739	研究论文	本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究	开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR	未提及具体样本量限制或技术局限性	识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型	结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞	免疫学	结核病	PDI-TCR检测、单细胞RNA测序	NA	TCR序列数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
278	2025-07-15	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex -expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	该研究通过单细胞转录组学比较分析了表达doublesex基因的神经元在不同果蝇物种中的进化保守性和多样性	首次系统比较了不同果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型的转录组特征，揭示了性电路在进化过程中的保守性和多样性	研究仅关注了doublesex表达神经元，可能忽略了其他参与性行为的神经元类型	理解神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为进化	四种具有不同性行为的果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	四种果蝇物种的雄性个体，以及其中一种物种的雌性个体
279	2025-07-15	Guiding clustering and annotation in single-cell RNA sequencing using the average overlap metric 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以指导细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因的排名，从而更精确地识别细胞身份	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未广泛测试	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括已知的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
280	2025-07-15	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据集，表征了新生小鼠在超氧条件下诱导的衰老肺巨噬细胞的基因表达谱	首次详细描述了超氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织区室和代谢失调特征	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究支气管肺发育不良(BPD)发病机制中衰老肺巨噬细胞的特征	新生小鼠的肺巨噬细胞	数字病理学	肺病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自GSE207866数据集的单细胞RNA测序数据（具体样本数量未明确说明）