单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-26	Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401107 PMID:39760243	review	本文综述了空间转录组学技术的进展、计算工具及其在神经科学中的关键应用	空间转录组学提供了基因表达在组织内空间组织的革命性视角，特别是在神经科学领域的应用	面临提升测序技术和开发更强大计算工具的挑战	阐明空间转录组学技术的进展及其在神经科学中的应用	空间转录组学技术及其在神经科学中的应用	分子生物学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）、神经精神疾病（如精神分裂症）、脑肿瘤	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
262	2025-05-26	Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401056 PMID:39871658	研究论文	本文介绍了一种基于细胞膜荧光标记的新方法，用于提高空间转录组学中细胞边界的定义精度和单细胞分辨率	提出使用遗传编码荧光蛋白标记细胞膜来定义细胞边界，相比传统核染色或数学推断方法，能更精确地定位测序位点和转录本	NA	提高空间转录组学技术的细胞边界定义精度和单细胞分辨率	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织	空间转录组学	NA	遗传编码荧光蛋白标记、空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织样本
263	2025-05-26	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	研究论文	提出了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	PASSAGE是一种基于图嵌入的深度学习框架，能够有效表征多个异质性空间切片中的表型相关特征，克服了现有方法无监督的局限性	NA	开发一种计算工具，用于在空间转录组学数据中识别与生理/病理状态相关的空间特征	空间转录组学数据	数字病理	NA	空间转录组学	深度学习	空间转录组数据	NA
264	2025-05-26	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析揭示了CDK16+ luminal progenitor cell-like肿瘤细胞与POSTN+ cancer-associated fibroblasts的相互作用在乳腺癌化疗耐药中的作用	首次系统性地描述了CDK16+ LPC-like肿瘤细胞与POSTN+ CAFs的相互作用网络及其在化疗耐药中的机制	研究样本量相对有限，且主要基于转录组数据，需要进一步的蛋白水平验证	探索乳腺癌化疗耐药的细胞分子机制	乳腺癌患者接受新辅助化疗前后的肿瘤组织	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	single-cell transcriptomics, gene expression profiles	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的治疗前后活检样本
265	2025-05-26	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	research paper	该研究开发了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	通过整合大量细胞系数据集的bulk RNA-seq数据，scPDS提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率，并在时间和内存消耗上优于现有方法	NA	预测癌症药物反应以优化个性化治疗策略	乳腺癌细胞及患者	machine learning	breast cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Transformer	RNA-seq数据	NA
266	2025-05-11	Unraveling Tissue Complexity Through Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500710 PMID:40342283	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
267	2025-05-26	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	研究论文	本研究探讨了Optineurin (OPTN)与NRF2在牙齿根部形态发生中的协同作用，通过调控线粒体动力学和凋亡影响牙齿发育	首次揭示了OPTN通过促进线粒体分裂与NRF2协同调控牙齿根部发育的机制	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本数据较少	阐明OPTN在牙齿根部发育中的作用机制	小鼠胚胎及出生后牙齿、人类胚胎及成人牙齿、根尖乳头干细胞(SCAPs)	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	E16.5、P1、P7小鼠牙齿及人类牙齿样本
268	2025-05-26	STExplore: An Integrated Online Platform for Comprehensive Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomics Data 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401272 PMID:40045664	research paper	介绍了一个名为STExplore的在线平台，用于全面分析和可视化空间转录组数据	STExplore平台支持多种技术，包括测序和图像方法，并提供完整的分析工作流程，包括预处理、单细胞RNA测序整合、聚类和基因水平分析以及细胞间通讯研究	未明确提及	解决现有空间转录组分析平台在适应多样技术、整合多组学数据和提供全面分析工作流程方面的挑战	空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	测序和图像方法	NA	空间转录组数据	案例研究涉及胚胎脑发育中的神经发生、阿尔茨海默病和脑组织结构
269	2025-05-26	[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1  in Lung Adenocarcinoma] 2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2025.102.12 PMID:40404474	研究论文	本研究通过公共数据库探讨了DDB1在肺腺癌中的表达及其作用	首次系统分析了DDB1在肺腺癌中的表达模式、临床意义及其与免疫微环境的潜在关联	研究主要基于公共数据库和回顾性分析，需要进一步实验验证DDB1的具体作用机制	探究DDB1在肺腺癌中的表达特征及其临床意义	肺腺癌组织和正常肺组织	肿瘤生物学	肺腺癌	生物信息学分析、组织微阵列、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞数据	公共数据库中的肺腺癌样本及验证用的组织微阵列样本
270	2025-05-26	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-04-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	未明确说明样本量及实验模型的局限性	探索高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的分子机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	RNA测序（bulk和single-cell）	NA	基因表达数据	NA
271	2025-05-26	Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol 2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil) DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672 PMID:40319860	研究论文	本研究通过miRNA和mRNA共表达网络识别了与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	首次发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为雌二醇调控的潜在诊断和预后生物标志物	样本量相对有限（n=408 TCGA数据 + n=9实验数据），且需要进一步实验验证	识别与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物	子宫内膜样子宫内膜癌（EEC）患者和经雌二醇处理的子宫内膜癌Ishikawa细胞	生物信息学	子宫内膜癌	RNA测序、单细胞转录组测序、生物信息学分析	共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络	RNA表达谱数据、单细胞转录组数据	408例TCGA数据 + 9例实验样本（3×250nM雌二醇组、3×50nM雌二醇组、3×对照组）
272	2025-05-26	Single cell RNA-sequencing identified CCR7+/RELB+/IRF1+ T cell responding for juvenile idiopathic arthritis pathogenesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528446 PMID:40406113	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了CCR7+/RELB+/IRF1+ T细胞在青少年特发性关节炎（JIA）发病机制中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了HLA-B27阳性和阴性JIA患者的免疫细胞异质性，并发现CCR7+/RELB+/IRF1+三重阳性T细胞在HLA-B27阳性JIA患者中特异性存在	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于假设，需要进一步实验验证	探索青少年特发性关节炎不同亚型的疾病异质性并分析其发病机制	青少年特发性关节炎患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	青少年特发性关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明（包含HLA-B27阳性和阴性JIA患者、pSS患者和SLE患者的外周血样本）
273	2025-05-26	Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350 PMID:40406148	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展	利用单细胞RNA测序技术识别了多发性骨髓瘤中的11种不同细胞类型，并揭示了神经免疫调控在肿瘤微环境中的关键作用	研究样本可能不足以完全代表多发性骨髓瘤的所有亚型	探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制	多发性骨髓瘤（MM）和高危冒烟型多发性骨髓瘤（SMMh）样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CytoTRACE, Monocle2, Slingshot	RNA-seq数据	NA
274	2025-05-26	Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289 PMID:40406144	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了再生障碍性贫血(AA)、骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)的共同枢纽基因，并构建了免疫调控网络	首次发现POLG和MAP2K7作为AA、MDS和AML的共同枢纽基因，揭示了MIF介导的细胞通讯在20多条免疫调控通路中的作用	枢纽基因对细胞增殖和迁移没有显著影响，体外验证结果有限	探索AA、MDS和AML的共同发病机制，为预防疾病进展提供基础	再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病	生物信息学	血液系统疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的相关数据集（具体数量未说明）
275	2025-05-26	Single-cell RNA sequencing reveals adrb1 as a sympathetic nerve-regulated immune checkpoint driving T cell exhaustion and impacting immunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1520766 PMID:40406147	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了ADRB1作为交感神经调节的免疫检查点，驱动T细胞耗竭并影响食管鳞状细胞癌的免疫治疗效果	首次发现ADRB1在食管鳞状细胞癌中作为免疫检查点的作用，并通过单细胞RNA测序和实验验证揭示了其在T细胞耗竭和免疫治疗中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据，需要进一步的体内实验验证ADRB1的调控机制和治疗潜力	探索ADRB1在食管鳞状细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的T细胞和其他免疫细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）、拷贝数变异（CNV）分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	未明确提及具体样本数量，但涉及ESCC患者的新辅助治疗前后样本
276	2025-05-26	Single-Cell RNA-Seq Recognized Key Genes for Metastasis and Macrophage Infiltration in Colorectal Cancer 2025, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/9488531 PMID:40406545	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因	首次利用单细胞RNA测序数据识别出ZFAND2A作为结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因，并验证其在癌细胞活性和巨噬细胞极化中的功能	研究主要基于体外实验，尚未进行体内验证	探索结直肠癌转移和免疫细胞浸润的分子机制	结直肠癌组织和相关基因	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, WB分析, CCK-8, transwell实验, ELISA, 流式细胞术	lasso回归	基因表达数据	GSE261012和GSE234804数据集中的样本
277	2025-05-26	CD9 expression rivals IDH mutation as a prognostic marker in glioma: a novel nomogram approach 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1507443 PMID:40406701	研究论文	本研究评估了四跨膜蛋白CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，以确立其临床相关性并确定治疗策略	CD9作为胶质瘤的预后生物标志物，其过表达与肿瘤发展的因果关系得到证实，并开发了基于CD9的列线图以提高预后精确度	研究样本主要来自TCGA和CGGA队列，可能无法完全代表所有胶质瘤患者群体	评估CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制，确立其临床相关性并确定治疗策略	胶质瘤患者样本	数字病理学	胶质瘤	多组学分析、单细胞RNA测序、Mendelian randomization (MR)、KEGG富集分析、PPI网络构建	Cox回归、CellChat、Monocle3	基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	1,033个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA队列）和20个胶质母细胞瘤病例的单细胞RNA测序数据
278	2025-05-26	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-Dec-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	research paper	该研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在2型糖尿病心肌病发病机制中的作用	揭示了成纤维细胞特异性TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的关键作用，并发现TSP-4可能作为糖尿病诱导的纤维化介质	体外实验未显示TSP-4对心脏成纤维细胞有明显的激活作用	研究TGF-β诱导的成纤维细胞激活在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖糖尿病小鼠（db/db小鼠）的心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组学研究、scRNA-seq、Ingenuity通路分析（IPA）	小鼠模型	基因表达数据、scRNA-seq数据	肥胖db/db小鼠和瘦型小鼠
279	2025-05-26	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	首次揭示了Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，并在疾病早期阶段积累，具有增殖和促炎潜能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用机制	Olfr2+巨噬细胞及其前体单核细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、流式细胞术	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	CD45.1Apoe-/-Olfr2+/+和CD45.2Apoe-/-Olfr2-/-小鼠
280	2025-05-26	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	research paper	该研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调节作用	首次揭示了SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏重塑的因果作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的心脏重塑过程	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学、蛋白质组学分析	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠