单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和基于串联和溯祖的方法进行物种树推断和界定，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并界定物种边界	Spirostomum属的纤毛虫	进化生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	25个物种群体(代表6个形态种)，37个群体样本和265个蛋白质编码基因
262	2025-05-11	Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma 2024-May-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029 PMID:38653236	研究论文	本研究结合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法，揭示了胶质母细胞瘤的多层组织结构	发现了胶质瘤细胞状态的三种主要组织模式，并揭示了缺氧作为长程组织者的作用	研究结果可能不适用于无缺氧的低级别IDH突变胶质瘤	揭示胶质母细胞瘤细胞状态的组织结构	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算方法	NA	空间转录组数据, 空间蛋白质组数据	NA
263	2025-05-11	A new dawn for the study of cell type evolution 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200884 PMID:38722217	综述	本文探讨了细胞类型进化研究的新方法和挑战	强调了单细胞转录组学在细胞类型进化研究中的应用，并指出了未来探索的方向	未提及具体的研究数据或样本量，可能缺乏实证支持	理解细胞类型在动物进化中的作用	细胞类型的进化和同源性	基因组学	NA	单细胞转录组学、基因编辑工具	NA	基因组数据	NA
264	2025-05-11	Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment 2024-Apr-15, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24280 PMID:38622820	研究论文	本研究探讨了骨肉瘤的分子基础，重点分析了Hippo信号通路与肿瘤免疫微环境（TME）的相互作用	通过整合Hippo通路基因、程序性细胞死亡和肿瘤免疫微环境，揭示了骨肉瘤预后的新标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证	探索骨肉瘤的分子机制和预后标志物	骨肉瘤患者样本和对照样本	数字病理学	骨肉瘤	转录组数据分析、单细胞测序	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	转录组数据	TARGET-OS数据集和GTEx对照样本
265	2025-05-11	Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives 2024-Mar-13, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24189 PMID:38476113	研究论文	本研究利用网络药理学探讨黄芪作为原发性肝癌新型治疗选择的潜力，揭示了其在分子和细胞层面的作用机制	整合系统生物学、药物相互作用网络和毒理学视角，首次在单细胞分辨率下分析黄芪对肝癌的基因表达影响	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏临床验证数据	探索黄芪作为肝癌治疗药物的潜在靶点和作用机制	黄芪活性成分与肝癌细胞	网络药理学	肝癌	scRNA-seq、UMAP、tSNE、qPCR、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	40个基因(20个上调，20个下调)和15个独特的细胞簇
266	2025-05-11	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌的瘤内异质性	利用单细胞RNA测序技术深入分析肺腺癌的瘤内异质性，并开发了一个在多队列中表现良好的预后模型	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有临床情境	探索肺腺癌的瘤内异质性并开发预后模型	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	转录组数据	来自TCGA-LUAD (n=503)、GSE68465 (n=442)、GSE72094 (n=398)和GSE26939 (n=115)数据集的总计1458个样本
267	2025-05-11	The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development 2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.23.529824 PMID:36865339	研究论文	本文探讨了Tex10在原始生殖细胞（PGC）规范和精子发生中的晚期发育作用，揭示了其通过调节Wnt信号通路在这些过程中的关键作用	首次发现Tex10通过结合Wnt负调控基因来精细调节Wnt信号通路，从而影响PGC规范和精子发生	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人类系统中验证	研究Tex10在PGC规范和精子发生中的作用机制	原始生殖细胞（PGC）和雄性生殖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
268	2025-05-10	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，用于分离单个循环肿瘤细胞(CTCs)，并建立了一个高效、自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序技术，并解决了细胞粘附和细胞活力对测序结果的影响	研究主要基于NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs，样本来源和数量可能有限	探索肿瘤进展、异质性和耐药机制	循环肿瘤细胞(CTCs)	数字病理学	肿瘤	单细胞测序(SCS), 纳米孔技术	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
269	2025-05-10	Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403078R PMID:40326762	研究论文	本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用，发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发展	揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能，特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用	ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	神经免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
270	2025-05-10	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞更新如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律钟通过调控细胞周期进程影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
271	2025-05-10	Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790 PMID:40233432	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验验证，揭示了地黄治疗多发性硬化症的作用机制和生物活性成分	首次采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，结合体外实验验证，系统解析了地黄治疗多发性硬化症的多成分-多靶点作用模式，并鉴定出Echinacoside和Acteoside为主要活性成分	研究主要基于体外实验和生物信息学预测，缺乏体内实验验证	阐明地黄治疗多发性硬化症的机制并鉴定其活性成分	地黄及其活性成分Echinacoside和Acteoside	生物信息学	多发性硬化症	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于GSE数据库的转录组和单细胞RNA测序数据
272	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse 2025-05-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780 PMID:40233430	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了GALT基因编辑在小鼠中引起的肺损伤机制	首次使用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G > T突变小鼠模型，并结合单细胞RNA测序技术分析肺组织细胞组成和信号通路变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Galt c.847 + 1G > T突变对肺组织的影响及其分子机制	GALT基因编辑小鼠的肺组织	分子生物学	半乳糖血症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、PCR、Western blotting	小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	基因编辑小鼠的肺组织样本
273	2025-05-10	Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics 2025-May-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7042 PMID:40333969	research paper	研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系	首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长，揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系	研究仅针对无性繁殖的涡虫，结果可能不适用于其他生物	探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制	无性繁殖的涡虫	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同大小的涡虫样本
274	2025-05-10	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了HiTOP框架中的外化和内化精神病理学谱系如何映射到RDoC的分析单元	整合HiTOP和RDoC框架，揭示外化和内化精神病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于基因组关联研究和影像数据，可能未涵盖所有相关生物学机制	理解外化和内化精神病理学的生物学基础	外化(EXT)和内化(INT)精神病理学谱系	精神病理学	精神疾病	多组学方法、全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、磁共振成像(MRI)	NA	基因组数据、表达数据、影像数据	NA
275	2025-05-10	Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease 2025-May-08, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025337 PMID:39977705	研究论文	该研究通过单细胞测序技术在小鼠血液中定义了慢性移植物抗宿主病（cGVHD）中IL-17和CSF-1的基因表达特征，并验证了这些特征在患者中的适用性	首次在小鼠血液单核细胞中定义了非直观的IL-17和CSF-1特征，并验证了这些特征在cGVHD患者中的存在	研究样本量有限，且特征仅在70%的确诊患者和50%的后续发展患者中检测到	开发能够识别cGVHD患者中可药物干预的免疫失调的生物标志物	慢性移植物抗宿主病（cGVHD）患者和小鼠模型	生物医学研究	慢性移植物抗宿主病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和部分cGVHD患者
276	2025-05-10	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降，并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制仍需验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	睾丸功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
277	2025-05-10	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-May-07, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	research paper	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的应激性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制	首次在单细胞分辨率下研究MAP疗法对SUI的治疗效果，揭示了其对细胞衰老的调节和肌肉神经再生的促进作用	研究基于动物模型，结果可能无法直接推广到人类	探索MAP疗法在SUI治疗中的分子机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学研究	应激性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理学研究	动物模型	基因表达数据、生理测量数据	未明确说明，但使用了大鼠模型
278	2025-05-10	Inhibition of CTSC contributes to psoriasis inflammation and keratinocyte hyperproliferation by NF-κB signaling pathway 2025-May-07, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114808 PMID:40339488	研究论文	本研究探讨了CTSC在银屑病中的作用及其机制，发现抑制CTSC可通过NF-κB信号通路促进炎症和角质形成细胞过度增殖	首次揭示了CTSC抑制通过NF-κB通路促进银屑病炎症和角质形成细胞增殖的新机制	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究CTSC在银屑病中的作用及其分子机制	银屑病患者皮肤组织、IMQ诱导的银屑病样小鼠模型、人永生化角质形成细胞(HaCaT)	分子生物学	银屑病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、siRNA敲降	IMQ诱导的小鼠银屑病样皮炎模型	基因表达数据、细胞增殖数据	银屑病患者皮肤组织、小鼠模型和HaCaT细胞
279	2025-05-10	TGF-β1 induces autophagy and mediates the effect on macrophages differentiation in primary liver cancer 2025-May-07, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114799 PMID:40339499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，探讨了TGF-β1在原发性肝癌中介导巨噬细胞分化和自噬的作用	首次在原发性肝癌中鉴定了四种不同的肿瘤相关巨噬细胞亚群，并揭示了TGFB1通过自噬信号驱动巨噬细胞表型转换的机制	样本量相对较小（19例单细胞测序数据），且主要基于转录组数据，需要进一步实验验证	探究原发性肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其分化机制	原发性肝癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	原发性肝癌	scRNA-seq, IPA通路分析	NA	单细胞转录组数据	19例原发性肝癌患者的单细胞数据，428例TCGA数据
280	2025-05-10	Spatial Multi-Omics Reveals the Potential Involvement of SPP1+ Fibroblasts in Determining Metabolic Heterogeneity and Promoting Metastatic Growth of Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-May-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，特别是癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键角色	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的代谢重编程能力和免疫抑制特性，及其与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（12个新鲜手术样本来自2名未治疗患者），可能影响结果的普遍性	为CRLM的诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者）和92个冷冻组织样本（来自40名患者）