单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-10	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及最新治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
262	2025-07-10	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据揭示DFU中的氧化应激相关基因和成纤维细胞的作用	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的潜在机制	糖尿病足溃疡患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(来自10个不同集群)
263	2025-07-10	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Jul-04, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并评估了新型NLRP3抑制剂QK-3D和QK-3E，通过抑制肺泡上皮细胞焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	首次报道靶向NLRP3 NACHT结构域的喹喔啉酮衍生物(QK-3D/QK-3E)能特异性抑制NLRP3/GSDMD通路，在体内外模型中显著减轻辐射肺损伤且无毒性	研究主要聚焦早期RILI阶段，对慢性放射性肺纤维化的效果尚未评估	开发靶向NLRP3介导的细胞焦亡的新型抑制剂以治疗辐射性肺损伤	肺泡II型上皮细胞(AT2)和C57BL/6小鼠辐射肺损伤模型	放射医学	肺损伤	分子对接、高通量筛选、单细胞测序分析	体外A549/MLE-12细胞模型和体内小鼠RILI模型	分子生物学数据、病理学图像、细胞因子检测数据	体外细胞实验+小鼠模型(具体数量未明确说明)
264	2025-07-10	The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1 PMID:40630529	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的双重作用，并识别了不同亚群的功能差异	研究发现间质巨噬细胞（IMs）的不同亚群可促进或抑制肿瘤生长，并揭示了CCR5阻断在肿瘤控制中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需验证	探究肿瘤相关巨噬细胞亚群在肿瘤进展中的功能差异及其治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs），包括招募的巨噬细胞（recMacs）和间质巨噬细胞（IMs）	肿瘤免疫学	肺癌、黑色素瘤	空间转录组学、基因敲除小鼠模型	Pf4ᶜʳᵉCx3cr1ᴰᵀᴿ小鼠模型	基因表达数据、空间分布数据	小鼠模型中的肿瘤组织样本
265	2025-07-10	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	本文提出了一种名为DeepSAS的框架，用于通过深度图表示学习和实验验证来阐明衰老细胞的异质性及其相关基因	DeepSAS框架结合深度图表示学习和单细胞RNA-seq数据，能够更准确地识别衰老细胞和相关基因，且在基准测试中表现优于现有方法	研究仅应用于健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集，未在其他疾病或组织中验证	理解衰老和年龄相关疾病中衰老细胞的异质性及其相关基因	衰老细胞及其相关基因	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集
266	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662516 PMID:40631286	研究论文	通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段，揭示无神经节结肠段神经元分化的缺失	首次在先天性巨结肠症患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了无神经节结肠段中神经前体细胞存在但成熟神经元缺失的现象，并发现关键分化通路基因表达减少	样本量可能有限，且仅关注了转录组层面的变化，未涉及蛋白质或功能层面的验证	探究先天性巨结肠症无神经节结肠段中神经元分化障碍的分子机制	先天性巨结肠症患者的健康和无神经节结肠段组织	单细胞组学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组测序(WGS)	NA	单细胞转录组数据, 基因组数据	未明确说明患者数量，但分析了健康和无神经节结肠段组织
267	2025-07-10	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对神经嵴细胞牙源性和成骨分化的调控作用	首次在单细胞水平揭示了p75NTR通过细胞因子调控网络影响细胞间通讯和分化能力	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞中验证	探索p75NTR对颌面部发育过程中矿化和分化的影响机制	小鼠胚胎外胚层间充质干细胞(EMSCs)	发育生物学	颌面部发育异常	scRNA-seq, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	p75NTR敲除和野生型小鼠胚胎EMSCs
268	2025-07-10	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Jul-03, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	聚焦于灌注在GBM空间异质性中的关键作用，并探讨了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献的综合分析	解析GBM中灌注驱动的空间异质性机制及其临床意义	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子生物学数据	NA
269	2025-07-10	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	research paper	PROFET是一种计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续、非线性的单细胞基因表达轨迹	开发了PROFET框架，利用Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配学习全局向量场，重建连续基因表达动态	需要时间标记的样本数据，可能对数据稀疏性敏感	研究单细胞基因表达动态，以解析癌症治疗反应的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对palbociclib的治疗反应	computational biology	breast cancer	scRNA-seq	neural force-matching	gene expression data	合成数据、小鼠和人类数据集
270	2025-07-10	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究评估了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜发育神经发生中的作用，发现其对视网膜发育并非必需	通过条件性敲除Ptbp1基因，揭示了其在视网膜神经发生和细胞命运决定中的非必需性，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅关注了视网膜发育过程，未涉及其他神经系统的验证	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜祖细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-Seq、scRNA-Seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、RNA测序数据	E16胚胎和成熟突变体视网膜组织
271	2025-07-10	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了通过最大似然法（LAML）推断时间分辨细胞谱系树的方法，用于动态谱系追踪技术	提出了一种新的最大似然方法LAML，能够准确推断时间分辨的细胞谱系树，并在模拟数据和实际小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法，以更好地理解细胞分裂和迁移的动态过程	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和小鼠模型中的细胞数据
272	2025-07-10	scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf244 PMID:40622484	研究论文	提出了一种基于锚图的细胞聚类方法scAGCI，用于整合scRNA-seq和scATAC-seq数据	通过动态锚点统一过程捕获特定和共享的锚图，挖掘高阶共享信息以完成组学表示	未明确提及具体局限性	解决单细胞多组学聚类中的噪声和异质性问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	锚图方法	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本量
273	2025-07-10	Enhancing Sirt1-mediated deacetylation of p62 with a self-assembling nanopeptide and resveratrol hydrogel to mitigate sepsis-induced inflammation 2025-Jul-02, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157047 PMID:40627928	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 1 (Sirt1)在调控巨噬细胞线粒体自噬和免疫代谢重塑中的作用，以减轻脓毒症休克相关的炎症	开发了一种自组装纳米肽和resveratrol复合水凝胶，通过增强Sirt1介导的p62去乙酰化，促进线粒体自噬和免疫代谢重塑，从而减轻脓毒症引起的炎症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Sirt1在脓毒症炎症中的调控机制，并开发新的治疗策略	小鼠脓毒症模型和腹膜巨噬细胞	免疫代谢	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、透射电子显微镜(TEM)、代谢组学	小鼠脓毒症模型	基因表达数据、代谢组数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，但使用了小鼠模型和体外实验
274	2025-07-10	Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.30.662374 PMID:40631144	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了致病性SHP2变体的多样化表型结果	结合单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，解释了致病性突变如何失调信号传导	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系	表达临床多样化SHP2变体的细胞	分子生物学	Noonan综合征与多种癌症	单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析	NA	转录组数据	NA
275	2025-07-10	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	本文介绍了一种名为MORPH的模块化框架，用于预测细胞对遗传扰动的响应	MORPH结合了基于差异的变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合以及新细胞环境中的扰动	NA	开发一个预测模型，以支持跨数据类型和细胞环境的遗传扰动响应预测	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	变分自编码器、注意力机制	VAE、注意力机制	单细胞转录组学数据、成像数据	NA
276	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
277	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
278	2025-07-10	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径来抑制自噬，进而逆转结直肠癌对5-FU的耐药性	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞和组织	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	耐药性结直肠癌细胞和组织样本
279	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
280	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本