单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-07-04	Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors 2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1686 PMID:35906899	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学平台分析了六例乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性	首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性，并鉴定出与活性氧处理和解毒机制相关的高异质性基因	样本量较小（仅6例乳腺癌组织），且未进行化疗处理样本的对照研究	探究乳腺癌肿瘤区域内药物基因的空间表达异质性及其对化疗耐药性的潜在影响	乳腺癌组织中的药物基因表达	数字病理学	乳腺癌	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	6例乳腺癌组织（4例来自生物样本库，2例来自10× Genomics数据库）
262	2025-07-03	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	该研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调对结肠炎发展的影响，并发现肠道微生物代谢物NDGA通过抑制巨噬细胞焦亡来调节肠道炎症	揭示了肠道微生物代谢物NDGA通过GSDMD/NR4A1/NLRP3轴抑制巨噬细胞焦亡的新机制，为老年相关IBD提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究衰老相关肠道菌群失调如何加剧炎症性肠病(IBD)	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人样本	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	小鼠实验和人类观察性研究(具体数量未明确说明)
263	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
264	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
265	2025-07-03	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后	首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的胶质瘤患者样本
266	2025-07-03	BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis 2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23628 PMID:40600933	研究论文	本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用	首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制	样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型	阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物	免疫病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）	Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验	NA	转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据	23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本
267	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
268	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
269	2025-07-03	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异	研究仅基于四个BALF样本，样本量较小	解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题	人类BALF细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
270	2025-07-03	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用	结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟	transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
271	2025-07-03	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小	阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制	SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆	空间多组学	肝损伤	T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学	NA	空间多组学数据(蛋白质组+转录组)	1例SV ALI患者的肝脏移植样本
272	2025-07-03	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库	探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义	结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验	生物信息学	结肠腺癌	单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	多组学数据（基因表达、单细胞测序等）	162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因
273	2025-07-03	Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae 2025-Jul-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf245 PMID:40590299	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能	首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化	研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性	探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径	Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物）	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记	NA	RNA测序数据, 显微镜图像	Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织
274	2025-07-03	Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease 2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能	总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略	对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足	探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用	HPA轴中的干细胞和祖细胞	干细胞生物学	代谢疾病、癌症、应激相关疾病	单细胞RNA测序、体外分化技术	NA	NA	NA
275	2025-07-03	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究探讨了DNA结合抑制因子3（ID3）通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	首次揭示了ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	NA	RNA测序数据, 细胞迁移数据	野生型角膜细胞和ID3敲除的角膜缘上皮细胞
276	2025-07-03	MIF-mediated crosstalk between THRSP+ hepatocytes and CD74+ lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001429 PMID:40590856	research paper	该研究揭示了THRSP通过MIF介导招募CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉周围区域驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制	发现了THRSP通过MIF介导的与CD74+ LAMs的交互在MASH进展中的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MASH进展中肝脏门静脉周围区域的空间分区及细胞间交互机制	MASH小鼠模型及患者肝脏组织	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatohepatitis	spatial transcriptomics (ST), CellPhoneDB分析	小鼠基因过表达/敲除模型	基因表达数据、空间转录组数据	MASH小鼠及患者肝脏组织样本（具体数量未明确说明）
277	2025-07-03	Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling 2025-Jul-01, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02328-y PMID:40591075	研究论文	研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用	揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制	需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性	探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	小鼠RIRI模型和巨噬细胞	病理学	肾缺血再灌注损伤	多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学	小鼠模型	实验数据、测序数据	小鼠模型和巨噬细胞样本
278	2025-07-03	ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060 PMID:40591481	research paper	本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络	ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性	NA	开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法	单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	随机森林	单细胞测序数据	NA
279	2025-07-03	LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056 PMID:40591483	研究论文	介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因	LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式	未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求	揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式	共表达基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, SRT	层次聚类算法	转录组数据	NA
280	2025-07-03	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示了miR-27b通过负调控FN1表达影响转移的机制	研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性	阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞癌	转录组测序、单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本