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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-06-15 |
Amino acid metabolism-related model for prognosis and immunity in gastric cancer
2026-Mar-05, Amino acids
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s00726-026-03507-3
PMID:41784817
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研究论文 | 构建基于氨基酸代谢相关基因的胃癌预后模型并分析其与免疫微环境的关联 | 首次系统整合TCGA和GEO数据构建氨基酸代谢相关基因(AAMRGs)预后模型,并结合单细胞RNA测序分析核心基因与免疫细胞的关系,通过PCR验证基因在胃癌细胞中的表达 | 未提及内部队列验证或外部多中心验证,以及模型在临床决策中的实际应用效果 | 系统研究胃癌中氨基酸代谢重编程并构建预后模型,验证基因标志物的预测价值和临床决策作用 | 胃癌患者样本数据及胃癌细胞系 | 机器学习 | 胃癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、PCR | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的胃癌样本,具体数量未提及 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | TCGA和GEO的bulk RNA-seq数据,以及scRNA-seq数据集分析 |
| 262 | 2026-06-15 |
Spatial and cellular composition of lung fibrosis induced by multi-walled carbon nanotubes
2026-Mar-04, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04135-5
PMID:41782027
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研究论文 | 整合空间转录组学等多组学方法研究多壁碳纳米管诱导肺纤维化的空间与细胞组成变化及其对肠道的影响 | 首次鉴定出Slamf7-Slamf7相互作用是巨噬细胞超活化的关键驱动因素,并提供了肺-肠轴关联的机制证据 | 研究主要基于小鼠模型,尚需在人类中验证;空间转录组学的分辨率有限 | 阐明多壁碳纳米管暴露如何影响肺部免疫反应和肠道稳态 | 小鼠(多壁碳纳米管暴露后) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学、mRNA-seq、代谢组学、16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达、代谢物、微生物序列 | 小鼠(具体数量未在摘要中明确提及) | NA | 空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 263 | 2026-06-15 |
Interferon-γ-Responsive Microglia-Derived Extracellular Vesicles Inhibited Neurogenesis After Stroke via MicroRNA-199a-5p/SIRT1 Axis
2026-Mar-03, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.043532
PMID:41717953
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研究论文 | 本研究揭示干扰素-γ反应性小胶质细胞来源的细胞外囊泡通过miR-199a-5p/SIRT1轴抑制中风后神经发生 | 首次发现干扰素-γ反应性小胶质细胞通过细胞外囊泡中的miR-199a-5p靶向SIRT1,抑制神经干细胞存活和分化,为缺血性中风治疗提供新靶点 | 主要基于小鼠模型,缺乏人体样本验证;miRNA调控网络可能还有其他通路参与 | 探讨干扰素-γ反应性小胶质细胞在中风后神经功能恢复中的作用及分子机制 | 成年雄性小鼠、小胶质细胞BV2细胞系、神经干细胞 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序、miRNA测序、Western blot、实时定量PCR、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、miRNA表达数据 | 成年雄性小鼠(具体数量未在摘要中说明);scRNA-seq分析含多个脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 264 | 2026-06-15 |
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta
2026-Mar-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evag041
PMID:41732109
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研究论文 | 结合长读长和短读长测序与Hi-C染色质构象捕获技术,构建了环节动物模式物种Capitella teleta的染色体级别核基因组和线粒体基因组,并开发了功能基因组资源 | 首次实现C. teleta染色体级别基因组组装,发现核与线粒体基因组高度重排,揭示了基因家族库与染色体进化之间的解耦,并整合多组学数据显著提升基因标记鉴定质量 | 仅针对实验室品系进行组装,未涉及自然种群遗传多样性;基因组重排的机制和功能意义尚未深入探讨 | 为环节动物模式物种Capitella teleta提供现代化的基因组资源,支持进化发育生物学、比较基因组学和生态毒理学研究 | 环节动物Capitella teleta的实验室品系 | 基因组学 | NA | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | 基因组序列, 染色质构象数据, 转录组数据, 表观组数据 | C. teleta实验室品系(单一个体或少量个体用于组装,具体数量未明确) | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2026-06-15 |
IFN signaling is associated with radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI195652
PMID:41766654
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研究论文 | 该研究结合多种转录组学和功能基因组学方法,揭示IFN信号通路在恶性外周神经鞘瘤放疗反应中的关键作用 | 首次通过整合单细胞转录组、CRISPR筛选和多平台分析,阐明I型IFN信号介导的放疗反应机制,并证明宿主T细胞和肿瘤IFN受体信号对放疗疗效的必要性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,临床转化仍需进一步验证 | 探究恶性外周神经鞘瘤放疗反应异质性的生物学机制 | 恶性外周神经鞘瘤细胞、小鼠同种移植模型及患者样本 | 机器学习 | 恶性外周神经鞘瘤 | CRISPR干扰筛选、单细胞转录组测序、批量转录组测序 | NA | 转录组数据、CRISPR筛选数据 | 涉及MPNST细胞系、小鼠同种移植模型及人类切除标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2026-06-15 |
Epitope-spanning antigenic variation reprograms immunodominance and broadens immunity in sequential influenza vaccination
2026-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70202-y
PMID:41771913
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研究论文 | 本文展示了在连续流感疫苗接种中,跨血凝素头部位点的靶向抗原变异重新编程免疫优势,将回忆反应转向保守表位,从而拓宽免疫广度并增强交叉保护 | 首次揭示通过跨多个血凝素头部位点的靶向抗原变异,可重新塑造表位层级,将免疫记忆从显性表位转向保守的亚显性表位,为克服免疫印记限制提供新策略 | 仅使用雪貂模型模拟人类免疫印记样回忆反应,需要进一步在人类临床试验中验证其效果 | 探索通过靶向抗原变异重新编程流感疫苗免疫优势,拓宽免疫广度并增强跨保护 | 甲型H3N2流感病毒的血凝素蛋白,具体针对头部位点A/B/D进行抗原变异 | 机器学习 | 流感 | 单细胞转录组学、ELISpot检测 | NA | 组学数据、免疫学测定数据 | 雪貂模型,具体样本数量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于生发中心B细胞转录组分析 |
| 267 | 2026-06-15 |
M[Formula: see text]DGAT: Multi-view multi-scale dynamic graph attention network(GAT) based prediction of Parkinson's disease(PD) progression using whole-blood RNA sequencing data
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40636-x
PMID:41771960
|
研究论文 | 提出了一种基于多视图多尺度动态图注意力网络的M³DGAT方法,利用全血RNA测序数据预测帕金森病进展 | 整合时空视图并通过计数草图双线性融合策略构建联合视图表示,动态图比静态图更有效编码疾病进展动态信息 | 未提及具体局限 | 利用多视图多尺度动态图注意力网络预测帕金森病进展轨迹 | 帕金森病患者 | 机器学习 | 帕金森病 | 全血RNA测序 | 动态图注意力网络 | RNA测序数据 | PPMI和PDBP队列样本 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2026-06-15 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
|
综述 | 综述了瘦素受体阳性骨骼干/祖细胞在骨与骨髓稳态中的多功能作用 | 总结了LepR+ SSPCs在发育、成年、衰老和骨折愈合过程中的功能与谱系可塑性,并结合遗传标记和单细胞转录组学的最新进展 | 未明确讨论手段的局限性和未来研究方向 | 全面回顾骨骼干/祖细胞研究的历史背景和最新进展,特别聚焦LepR+ SSPCs | LepR+ 骨骼干/祖细胞(LepR+ SSPCs) | 机器学习 | 骨骼疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2026-06-15 |
Phylogenomic Placement and Morphological Description of a Novel Phagotrophic Euglenid From Hawaii: Hokulea waialensis n. gen. et sp
2026 Mar-Apr, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.70069
PMID:41749340
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研究论文 | 描述了一种来自夏威夷的新型吞噬性眼虫藻Hokulea waialensis n. gen. et sp.,并通过系统基因组学分析确定了其系统发育位置 | 发现了眼虫藻新属新种Hokulea waialensis,利用单细胞测序和系统基因组学数据揭示了其与Lentomonas和Decastava等属的进化关系 | 未在摘要中明确说明 | 阐明吞噬性眼虫藻中深分支类群的系统发育关系,以理解眼虫藻的进化 | 一种来自夏威夷的新鲜水域吞噬性眼虫藻物种Hokulea waialensis | 机器学习 | NA | 单细胞测序、系统基因组学 | NA | 基因组序列、形态图像 | 一个单细胞培养的物种样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 270 | 2026-06-15 |
Early-activated extracellular matrix proteins shape the metabolic and spatial dynamics of the kidney fibrotic microenvironment
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01458-3
PMID:41776110
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研究论文 | 本文揭示了早期激活的细胞外基质蛋白ECM1通过调控机械-代谢通路影响肾脏纤维化微环境的空间和代谢动态 | 首次发现ECM1作为早期肾脏重塑调节因子,通过整合素α2β1-RhoC轴影响YAP活性,进而解除TEAD4对Pgc1a的抑制,增强线粒体氧化磷酸化,促进修复,揭示了纤维化中基质-线粒体选择性串扰的机械-代谢通路 | NA | 探索早期激活的细胞外基质蛋白在肾脏纤维化微环境中的调控机制 | 肾脏纤维化微环境、细胞外基质蛋白ECM1 | NA | 慢性肾病、肾脏纤维化 | 空间转录组学、蛋白质组学、基因敲除小鼠模型、AAV9介导的基因沉默 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据 | 全球Ecm1敲除小鼠、成纤维细胞特异性敲除小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2026-06-15 |
scSCCNIA: similarity matrix based contrastive clustering with neighbor information aggregation for single-cell RNA sequencing data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag094
PMID:41785051
|
研究论文 | 提出一种基于相似性矩阵的对比聚类框架scSCCNIA,用于从单细胞RNA测序数据中准确识别细胞簇 | 采用拉普拉斯滤波器进行邻域信息聚合,通过特殊非共享参数孪生编码器构建不同图视图进行数据增强,并基于相似性矩阵的对比学习学习低维嵌入表示 | 未明确指出局限性 | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据细胞聚类算法,提高细胞类型识别准确率并促进下游分析 | 多个不同平台和细胞数量的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比聚类神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多个不同平台和细胞数量的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2026-06-15 |
The Interaction Between Mitophagy Dysregulation and the Diabetic Bladder Microenvironment
2026-Mar, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70199
PMID:41793088
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综述 | 探讨线粒体自噬失调与糖尿病膀胱微环境之间的双向相互作用及其在糖尿病膀胱功能障碍进展中的作用 | 提出了一个以线粒体自噬失调与膀胱微环境损伤为核心的自增强反馈环路,并建议通过联合恢复线粒体自噬和调节微环境的策略实现治疗突破 | 所讨论的干预措施(如尿石素A、MCC950、纳米颗粒介导的PINK1 mRNA递送和CRISPR/Cas9基因编辑)仍处于探索阶段,缺乏充分的临床验证 | 阐明线粒体自噬失调与糖尿病膀胱微环境相互作用的机制,并提出靶向该反馈环路的潜在治疗策略 | 糖尿病膀胱功能障碍中的线粒体自噬、膀胱微环境及相关分子机制 | 数字病理学 | 糖尿病 | CRISPR/Cas9 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学技术 |
| 273 | 2026-06-15 |
Assessment of dispersion metrics for estimating single-cell transcriptional variability
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014030
PMID:41770747
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研究论文 | 系统比较了用于估算单细胞转录变异性的各种离散度指标 | 首次系统性评估多种统计指标对单细胞RNA测序数据中转录噪声的响应性,并发现方差均值比(Fano因子)在测量单细胞转录变异性方面具有线性关系和规模不变性 | 未提及具体局限性 | 评估并比较不同统计指标在测量单细胞转录变异性中的效果,以揭示生物学相关信息 | 单细胞RNA测序数据中的基因转录变异性 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 数值数据 | 模拟数据在不同离散度和计数大小下生成,以及来自不同复杂系统和跨平台测量的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 274 | 2026-06-15 |
A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag084
PMID:41706646
|
研究论文 | 提出一种整合混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏的单细胞RNA测序数据聚类分析方法 | 创新性地结合混合邻域增强对比学习和自知识蒸馏策略,提升scRNA-seq数据的聚类精度以及对主要细胞类型和稀有亚型的识别能力 | 未明确指出局限性 | 提高单细胞RNA-seq数据聚类分析的准确性和鲁棒性,解决高维度、复杂性和噪声带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型及亚群 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 混合邻域增强对比学习与自知识蒸馏模型 | 单细胞转录组数据 | 多个公开数据集(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 275 | 2026-06-15 |
Identification of GLDN+ odontogenic stem cells as crucial for human tooth development and regeneration
2026-Feb-28, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00419-y
PMID:41760598
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研究论文 | 利用单细胞测序分析人类牙乳头细胞异质性,鉴定出GLDN+成牙干细胞在牙齿发育与再生中发挥关键作用 | 首次鉴定出GLDN+成牙干细胞(OSCs)作为牙髓和牙本质发育的关键前体细胞,揭示了其通过BMP5信号维持自我更新和促进血管化的机制 | 研究主要基于体外和异位再生模型,尚未在人类体内自然环境中验证这些干细胞的功能 | 阐明人类牙乳头中关键细胞类型在牙齿发育和再生中的作用 | 人类牙乳头细胞及GLDN+成牙干细胞 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 人类牙乳头细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台 |
| 276 | 2026-06-15 |
A beneficial environment promotes immune resilience through epigenetic regulation
2026-Feb-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady7317
PMID:41758935
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术,探究农场粉尘提取物如何通过表观遗传重编程增强免疫弹性,减轻过敏性肺部炎症 | 揭示了有益环境暴露(农场粉尘)通过PPARγ信号依赖的组蛋白去乙酰化酶活性,诱导单核细胞来源巨噬细胞的表观遗传重编程,从而抑制过敏反应的新机制 | 未明确在人类体内的长期效果及可转化性,且主要基于小鼠模型和体外实验验证 | 研究有益环境(农场粉尘)如何通过表观遗传调控增强免疫弹性,为过敏性疾病预防提供新策略 | 卵清蛋白诱导的过敏小鼠模型以及人类和鼠源骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 小鼠模型(具体数量未提及)和体外培养的人类及小鼠巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 277 | 2026-06-15 |
The ubiquitin-proteasome system is an important driver of EBV-associated nasopharyngeal carcinoma progression: a meta-analysis of transcriptomic data
2026-Feb-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34808-4
PMID:41735356
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meta分析 | 本文通过整合转录组数据进行荟萃分析,揭示泛素-蛋白酶体系统在EB病毒相关鼻咽癌进展中的重要作用 | 首次在单细胞分辨率下系统分析泛素-蛋白酶体系统与EB病毒裂解期蛋白的相互作用及其对肿瘤免疫逃逸的影响 | 缺乏功能性实验验证,且鼻咽癌数据集样本量较小,可能导致预后关联的统计显著性不足 | 阐释泛素-蛋白酶体系统在EB病毒相关鼻咽癌进展中的驱动机制,并评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | EB病毒相关鼻咽癌患者的转录组数据及单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 基因表达荟萃分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞表达谱 | 多个公开数据集的转录组数据,包括鼻咽癌(样本量较小)及泛癌、头颈鳞状细胞癌等数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用GEPIA2平台进行预后关联分析 |
| 278 | 2026-06-15 |
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04007-z
PMID:41724975
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序和单核RNA测序与空间转录组学,以解开木质部发育的谜题 | 通过整合单细胞RNA测序和单核RNA测序数据,克服了单细胞RNA测序无法捕获晚期细胞(如具有次生细胞壁的细胞)的限制,重建了杨树茎部木质部发育的完整连续体,并验证了两种技术的互补性和兼容性 | 未明确提及局限性 | 重建杨树茎部木质部发育的完整连续体,揭示次生细胞壁形成和程序性细胞死亡的转录协调机制 | 杨树(Populus)茎部发育中的木质部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、激光显微切割、支持向量机 | 支持向量机 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 279 | 2026-06-15 |
Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation
2026-Feb-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady2977
PMID:41706855
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研究论文 | 本研究生成了包含人源小胶质细胞的区域特异性脑类器官(皮质、纹状体和中脑),通过单细胞RNA测序发现六种小胶质细胞亚型及其区域特异性特征,并利用纹状体-中脑组装体模型揭示了小胶质细胞在SCN2A突变介导的神经元过度活跃中的病理反应 | 首次在脑类器官中系统整合人源小胶质细胞以研究其区域特异性;构建了纹状体-中脑组装体模型用于解析神经免疫互作;发现小胶质细胞GABA受体在调控神经元过度活跃和突触修剪中的新机制 | 类器官模型可能无法完全模拟体内复杂微环境;研究中仅针对SCN2A无义突变,未涵盖其他基因变异;化学遗传学激活可能引入人为干扰 | 解析人源小胶质细胞在脑不同区域的特异性特征及其在神经环路发育和疾病中的作用 | 人诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和脑类器官(皮质、纹状体、中脑) | 数字病理学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序, 化学遗传学 | 脑类器官, 组装体 | 单细胞转录组数据 | 多种区域特异性脑类器官与组装体,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 280 | 2026-06-15 |
Single-cell RNA sequencing identifies M2-like macrophage polarization associated with mesenchymal stem cell treatment in a murine sepsis model
2026-Feb-20, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2026.13517
PMID:41718721
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示间充质干细胞治疗通过促进M2型巨噬细胞极化改善小鼠脓毒症模型生存率的免疫调节机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统解析间充质干细胞在脓毒症模型中对免疫细胞亚群转录组变化的影响,特别是揭示了M2型巨噬细胞极化在炎症消退中的关键作用 | 仅基于小鼠模型,且研究时间点局限于术后6小时,未探讨长期效应及临床转化可行性 | 阐明间充质干细胞在脓毒症病理生理中的免疫调节机制,特别是与巨噬细胞亚群的相互作用 | 小鼠脓毒症模型中的CD45阳性免疫细胞,重点关注巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠脓毒症模型,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |