单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-04	Stem Cell Niche: iPSC-Based Assembloids for Modeling Human Hematopoiesis 2025-Jun-04, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_629 PMID:40459837	研究论文	介绍了一种生成患者特异性3D骨髓模拟组装体的协议，用于研究人类造血功能	利用iPSC生成3D骨髓模拟组装体，精确控制细胞组成和遗传背景，用于研究造血调控机制和骨髓微环境重塑	未提及具体样本量或实验重复次数	研究人类造血功能的调控机制和骨髓微环境重塑	诱导多能干细胞(iPSCs)、人类原代间充质基质细胞(MSCs)	干细胞研究	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	3D assembloids	基因表达数据	NA
262	2025-06-04	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了小鼠骨骼生长过程中表达Sox9的祖细胞在出生后仍能分化为多种骨骼细胞类型	首次证明出生后表达Sox9的祖细胞能够分化为大多数骨骼细胞系，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12丰富的网状骨髓基质细胞	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探索骨骼生长过程中成骨细胞前体的来源和分化途径	小鼠骨骼中的多种细胞类型，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和骨髓基质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	未明确说明，但涉及小鼠骨骼中的多种细胞类型
263	2025-06-04	Mechanotransduction Mediated by PDLIM5: The Critical Role of Serpin E2/Integrin β3-Cytoskeleton-Nucleoskeleton Axis in Mechanical Osteogenic Programming 2025-Jun-03, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70067 PMID:40457949	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白PDLIM5在周期性拉伸应力条件下对人脂肪干细胞(hASCs)成骨分化的作用及其机制	首次揭示了PDLIM5通过serpin E2/整合素β3-细胞骨架-核骨架轴调控机械性成骨编程的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物实验验证	探究机械应力下干细胞成骨分化的分子机制	人脂肪干细胞(hASCs)	组织工程与再生医学	骨缺损	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、ALP染色、慢病毒转染、CCK-8检测、transwell迁移实验、伤口愈合实验、蛋白质相互作用分析、H&E染色、免疫组化	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、免疫染色图像	来自整合素β3敲除小鼠的原代脂肪干细胞和骨组织
264	2025-06-04	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age associated changes in macrophages and signaling dynamics 2025-Jun-03, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征及其在卵巢衰老过程中的作用	发现了年老小鼠卵巢中独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用及其机制	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞分析	老年疾病	scRNAseq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
265	2025-06-04	Cryptorchidism: Novel genetic insights into CCDC149 mutations 2025-Jun-03, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70072 PMID:40459248	研究论文	本研究探讨了CCDC149基因突变在双侧隐睾症发展中的作用及其分子机制	首次揭示了CCDC149基因突变与隐睾症的关联，并通过CRISPR/Cas9技术和单细胞RNA测序分析了其功能影响	研究样本量较小，仅基于一名8岁男孩和基因敲除小鼠模型，人类样本的广泛性不足	研究CCDC149基因突变在隐睾症发生中的作用及其分子机制	8岁双侧隐睾症男孩和Ccdc149基因敲除小鼠	遗传学	隐睾症	全外显子测序、CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因序列数据、RNA表达数据	1名人类患者和一组基因敲除小鼠
266	2025-06-04	AI-Driven Biomarker Discovery and Personalized Allergy Treatment: Utilizing Machine Learning and NGS 2025-Jun-03, Current allergy and asthma reports IF:5.4Q1 DOI:10.1007/s11882-025-01207-8 PMID:40459653	review	探讨人工智能（AI）和下一代测序（NGS）在过敏诊断和治疗中的变革潜力	结合AI和NGS技术，识别复杂的分子模式和预测性标志物，推动过敏诊断和治疗的个性化	数据整合和临床实施方面存在挑战	提升过敏疾病的生物标志物发现、患者分层和个性化管理策略的精确性	过敏疾病	machine learning	allergy	NGS, single-cell RNA sequencing	machine learning, deep learning	molecular data	NA
267	2025-06-04	Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	research paper	该研究通过单细胞RNA测序探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次利用单细胞RNA测序全面绘制了B细胞耗竭治疗后的免疫变化转录组图谱，揭示了不同细胞类型特异性重编程	研究样本量未明确说明，且仅关注了B细胞耗竭后的短期免疫变化	探究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
268	2025-06-04	Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186146 PMID:40146226	研究论文	研究平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化对高血压（HTN）和动脉重塑的调控作用	发现JMJD3基因变异通过影响平滑肌细胞功能调控高血压，并揭示EDNRA拮抗剂BQ-123可逆转高血压	研究主要基于小鼠模型和人类动脉单细胞RNA测序数据，临床转化仍需进一步验证	探究高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压（HTN）患者	心血管疾病研究	高血压	GWAS、scRNA-Seq、统计精细定位	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型（Jmjd3fl/flMyh11CreERT）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型
269	2025-06-04	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	research paper	介绍了一个基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	使用基于代理的模型（ABM）来模拟细胞间相互作用，能够捕捉单个细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和灵活的代理行为规则修改	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据的质量和覆盖范围	解析细胞间相互作用，增强对细胞信号传导的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组	ABM (agent-based model)	单细胞和空间转录组数据	八个不同的单细胞数据集
270	2025-06-04	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Jun-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的应用及其潜力	空间组学技术相比单细胞测序能保留空间背景并整合多模态分析，有助于理解生物组织内的复杂相互作用	临床转化面临的挑战未详细探讨	探讨空间组学技术如何促进肿瘤免疫治疗的进展	肿瘤微环境（TME）中的细胞相互作用和三级淋巴结构	数字病理	肿瘤	空间组学	NA	空间组学数据	NA
271	2025-06-04	Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors 2025-Jun-02, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06417-3 PMID:40457096	research paper	该研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白变化，揭示了胰岛功能障碍的潜在机制	首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化，特别是免疫反应增强与内质网应激及蛋白质翻译下降的关联	样本量较小（mAAb+组n=3，对照组n=3），个体间变异较大，统计效力受限	识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路	胰岛自身抗体阳性器官捐赠者的胰岛组织（1型糖尿病前期阶段）与非糖尿病对照	蛋白质组学	1型糖尿病	激光显微切割、质谱（MS）蛋白质组学、无标记定量分析	NA	蛋白质组数据	5例胰岛自身抗体阳性捐赠者（最终分析使用3例多抗体阳性者）与5例匹配的非糖尿病对照（最终分析使用3例）
272	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种分子亚型（'免疫活性型'和'血管生成驱动型'），并揭示了治疗耐药的主要特征	研究样本量相对有限（n=422），且未进行前瞻性验证	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的分子机制和耐药特征	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗单药治疗，58例接受索拉非尼治疗）
273	2025-06-04	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了MBD2在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	首次揭示了MBD2通过调控FZD2表达促进上皮-间质转化(EMT)和ARDS相关肺纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明MBD2在ARDS相关肺纤维化中的分子机制	野生型和MBD2敲除小鼠、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、人类肺纤维化样本	分子病理学	肺纤维化/ARDS	RNA-Seq、ChIP、单细胞测序、免疫组化(IHC)、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	小鼠模型、人类肺纤维化样本(具体数量未明确说明)
274	2025-06-04	Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10117-z PMID:40107980	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞分析，识别了与中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）相关的基因，作为缺血性卒中的诊断生物标志物	首次将NETs相关基因（Ceacam3、Tnf、Selp、Fcgr4）与缺血性卒中进展联系起来，并通过单细胞数据验证了这些基因在中性粒细胞中的表达	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	缺血性卒中小鼠模型及其中性粒细胞胞外诱捕网相关基因	生物信息学	缺血性卒中	RNA测序、单细胞RNA测序	limma包、Seurat包	RNA测序数据、单细胞数据	未明确提及样本数量，但使用了MCAO小鼠模型
275	2025-06-04	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化，揭示盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	首次构建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫通过影响BcIRT2基因表达干扰铁转运的机制	研究仅针对非结球白菜，未验证其他作物中的普适性	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论基础	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞多组学测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量（非结球白菜根尖细胞）
276	2025-06-04	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序数据，建立氧化应激相关评分模型，并识别出关键转录因子TFAP2B	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	开发基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA
277	2025-06-04	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞组成和分子机制	首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术，揭示了哺乳期间细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化的分子机制	研究仅针对产后60天和150天两个时间点，未能涵盖整个哺乳周期	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子变化机制	绵羊乳腺组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
278	2025-06-04	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	研究论文	本研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统鉴定了32种与DFU相关的差异表达内质网应激蛋白，并发现KDELR3和YOD1蛋白具有重要诊断价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证这些蛋白在DFU中的具体作用机制	寻找糖尿病足溃疡的新型生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者组织样本	生物信息学	糖尿病足溃疡	生物信息学分析、WGCNA、机器学习、分子对接、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的DFU数据集
279	2025-06-04	The Potential Role of Monocyte-Derived Macrophages in Preventing Malarial Parasitemic Recrudescence in a Mouse Model 2025-Jun, Parasite immunology IF:1.4Q3 DOI:10.1111/pim.70010 PMID:40459245	研究论文	探讨单核细胞来源的巨噬细胞在小鼠模型中预防疟疾寄生虫血症复发的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析脾脏吞噬细胞在疟疾感染急性期和复发期的变化，揭示了单核细胞来源的巨噬细胞在控制寄生虫血症复发中的潜在保护作用	CCR2小鼠模型中未观察到单核细胞向巨噬细胞的转变，可能限制了机制的全面理解	研究疟疾寄生虫血症复发的免疫控制机制	小鼠模型中的单核细胞来源的巨噬细胞和疟原虫	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
280	2025-06-04	TRAF3 as a potential diagnostic biomarker for recurrent pregnancy loss: insights from single-cell transcriptomics and machine learning 2025-May-31, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07742-6 PMID:40450232	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和机器学习技术，探索了复发性流产（RPL）的潜在机制，重点关注蜕膜自然杀伤细胞（dNK）和TRAF3基因的作用	首次将TRAF3基因作为RPL的诊断标志物和治疗靶点，并开发了一个包含TRAF3及其他九个基因的高效诊断模型	研究样本量未明确说明，且需要进一步验证TRAF3作为治疗靶点的有效性	探索RPL的潜在机制，并寻找诊断标志物和治疗靶点	复发性流产（RPL）患者和正常妊娠（NP）的蜕膜组织	数字病理学	复发性流产	单细胞转录组分析、机器学习、WGCNA、RT-PCR、免疫组化、分子对接分析	机器学习模型	转录组数据	NA