单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2761	2025-06-09	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Jun-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了与肥胖相关抑郁症（OD）相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸的作用机制	首次发现A. colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间的细胞通讯，从而加剧抑郁样行为	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT）、单细胞RNA测序、工程菌验证	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据、转录组数据、行为学数据	临床患者与健康对照样本（具体数量未说明）、高脂饮食小鼠模型
2762	2025-06-09	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于同一组织切片上的RNA-代谢物相关性研究	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间变异性的问题	研究仅应用于人类乳腺癌和肺癌组织，尚未验证在其他癌症类型中的适用性	开发整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
2763	2025-06-09	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Jun-07, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了化疗诱导的精原细胞耗竭后，青春期前人类睾丸中精原细胞的分化状态及标记物表达	首次在青春期前儿童癌症患者的睾丸中确认了精原细胞的未分化状态，并揭示了化疗药物对精原细胞亚群的剂量依赖性影响	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及其在化疗后的变化	青春期前男孩的睾丸组织样本（健康对照和癌症患者）	生殖医学	儿童癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩的睾丸样本（单细胞RNA测序），14个生物库对照样本和31个儿童癌症患者的睾丸组织样本（免疫荧光分析）
2764	2025-06-09	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原的T细胞受体（TCR）分离在HCC免疫治疗中的潜力	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出新抗原反应性T细胞，并发现肝冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本
2765	2025-06-09	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了糖皮质激素受体（GR）激动剂通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调节胰腺癌经典亚型身份的转录调控机制	发现了GR激动剂通过GATA6调控经典亚型特异性转录的新机制，并利用多种高通量测序技术和基因编辑工具验证了这一机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	揭示胰腺导管腺癌（PDAC）亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌的经典和基底亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9基因编辑	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA（未明确说明样本数量，但使用了患者来源异种移植模型和原发肿瘤样本）
2766	2025-06-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Jun-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的最新研究进展，重点探讨了空间模式、时间模式和神经元类型特异性终端选择转录因子三种关键机制	整合单细胞转录组学和全脑连接组学技术，全面解析神经细胞命运决定机制	主要基于果蝇模型的研究，在高等生物中的适用性有待验证	阐明神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学	NA	转录组数据、神经连接数据	NA
2767	2025-06-09	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，并探讨了其在缺氧适应中的作用	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，其具有独特的干扰素信号响应性，并在缺氧条件下扩增，揭示了HSPCs在更快适应缺氧环境中的记忆功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
2768	2025-06-09	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学技术对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次在空间详细层面上分析了完整的人类CS9胚胎，识别了多种细胞类型，并观察到了后脑发育的两条不同轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	理解人类早期胚胎发育过程中身体计划形成的机制	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个完整的人类CS9胚胎，75个横断面冷冻切片
2769	2025-06-09	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域包含蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，临床样本验证有待进一步开展	探索GBM新的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫共沉淀、体外和体内实验	NA	基因表达数据、实验数据	TCGA数据库中的GBM样本及实验模型
2770	2025-06-09	Multi-omics exploration of CAV1+ tumor epithelial subcelltype in oral squamous cell carcinoma and its impact on the immune microenvironment 2025-Jun-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02843-2 PMID:40471478	研究论文	本研究通过多组学方法探索口腔鳞状细胞癌中CAV1+肿瘤上皮亚细胞类型的特征及其对免疫微环境的影响	首次鉴定出CAV1+上皮亚细胞类型(CAV1+EIP)并揭示其通过NECTIN1-CD96信号网络与T细胞相互作用导致免疫逃逸的机制	研究样本量有限，且未在更大规模的队列中验证发现	揭示口腔鳞癌肿瘤上皮细胞亚型的特征及其在肿瘤进展中的作用	口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤上皮细胞亚型和免疫微环境	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	单细胞转录组数据和空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，仅提及来自口腔鳞癌患者的样本
2771	2025-06-09	Muscle stem cells in Duchenne muscular dystrophy exhibit molecular impairments and altered cell fate trajectories impacting regenerative capacity 2025-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07755-1 PMID:40473604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）中卫星细胞的分子损伤和细胞命运轨迹变化，及其对再生能力的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD卫星细胞的转录组和细胞组成变化，并发现自噬诱导可以挽救DMD前体细胞的分化能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类DMD患者中的适用性需要进一步验证	探究DMD中卫星细胞功能障碍的分子机制及其对肌肉再生的影响	杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中的卫星细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用mdx和D2-mdx两种DMD小鼠模型的卫星细胞
2772	2025-06-09	Machine learning and multi-omics analysis reveal key regulators of proneural-mesenchymal transition in glioblastoma 2025-Jun-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04862-z PMID:40473799	研究论文	该研究通过机器学习和多组学分析揭示了胶质母细胞瘤中前神经-间质转化的关键调控因子	鉴定了17个与PMT相关的关键基因，并发现这些基因主要在免疫细胞和血管中表达，为胶质母细胞瘤治疗提供了新靶点	PMT的细胞和分子机制仍不完全清楚	探索胶质母细胞瘤前神经-间质转化(PMT)的关键调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)及其前神经和间质亚型	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析、蛋白组学、单细胞转录组分析	Lasso、Cox、Step机器学习算法	转录组数据、蛋白组数据、单细胞数据	NA
2773	2025-06-09	Multi-omics analyses reveal interactions between GREM1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in gastric cancer 2025-Jun-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00967-w PMID:40473882	研究论文	通过多组学分析揭示了胃癌中GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用	整合了bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次揭示了GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在胃癌中的相互作用及其临床意义	研究主要基于转录组数据，缺乏功能性实验验证这些细胞相互作用的分子机制	探索胃癌微环境中细胞间相互作用的特征及其治疗潜力	胃癌组织中的GREM1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化染色	NA	转录组数据, 空间转录组数据	12个独立的胃癌数据集
2774	2025-06-09	Dissecting the tumor microenvironment in primary breast angiosarcoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-02022-9 PMID:40474296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境，揭示其细胞异质性及潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术对原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境进行深入分析，识别出关键信号通路和细胞间通讯网络	样本量较小（仅3例患者），可能限制结果的广泛适用性	阐明原发性乳腺血管肉瘤的致病机制并改善治疗策略	原发性乳腺血管肉瘤和浸润性乳腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3例患者（1例双侧原发性乳腺血管肉瘤，2例浸润性乳腺癌）共31,771个细胞
2775	2025-06-09	ICOSL, OX40L, and CD30L control persistence of asthmatic CD4 tissue-resident memory CD4 T cells 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	research paper	研究探讨了ICOSL、OX40L和CD30L这三种共刺激分子在控制哮喘CD4组织驻留记忆T细胞持久性中的作用	首次发现联合抑制ICOSL与OX40L或CD30L能有效减少肺部炎症性Trm细胞的积累，并提出潜在的治疗哮喘的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	寻找控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体的影响	哮喘患者和小鼠模型中的肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2776	2025-06-09	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Jun, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎（OA）中滑膜免疫细胞的失调	揭示了损伤和肥胖独立及协同作用对滑膜免疫细胞景观失调的影响，为OA发病机制提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫分析数据	未明确提及具体样本数量，但使用了对照组和肥胖组小鼠
2777	2025-06-09	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，鉴定了针对肝细胞癌（HCC）中MAGE-A10抗原的特异性T细胞受体（TCR），为HCC的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次鉴定了针对HCC中MAGE-A10抗原的特异性TCR，并通过功能验证证实了其识别和杀伤HCC细胞的能力	研究样本量有限，且未进行体内实验验证TCR-T的治疗效果	探索肝细胞癌的新型免疫治疗方法	肝细胞癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序（scTCR-seq）、NetMHCpan、DLpTCR	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	肝细胞癌患者样本（具体数量未说明）
2778	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
2779	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
2780	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型