单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2761	2025-03-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals that CD177+ Tregs enhance immunosuppression through apoptosis and resistance to immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03330-2 PMID:40055567	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和严格筛选策略，发现CD177作为肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）的特异性生物标志物，揭示了其在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制作用和潜在治疗靶点	首次鉴定出CD177作为TiTregs的特异性生物标志物，并揭示了其在HCC中的免疫抑制机制和潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证CD177抑制的效果	探索肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）	癌症免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	CD177 Treg条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
2762	2025-03-11	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	本文通过命运映射和单细胞转录组学技术，揭示了肺再生与肿瘤发生之间的相似性，并发现Il1r1作为AT2重编程的共同激活因子	揭示了NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用，以及突变细胞如何通过获得谱系不忠实性和可逆状态转变来调控野生型AT2细胞动态	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨调控干细胞命运的失调如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变的肺泡II型（AT2）干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运映射、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个小鼠AT2干细胞
2763	2025-03-11	Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1 2025-Mar-06, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815 PMID:40057081	研究论文	本研究利用人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，探讨了甲型流感病毒（IAV）与肺炎链球菌（SP）共感染对肺部免疫反应的影响，特别关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制	首次结合人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，揭示了IAV与SP共感染引起的复杂免疫反应，并明确了ZO-1在维持肺屏障完整性中的关键作用	研究依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫环境	探讨IAV与SP共感染对肺部免疫反应的影响，特别是ZO-1的作用机制	人类肺芯片模型中的肺细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	人类肺芯片模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
2764	2025-03-11	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Mar-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异	首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并发现EANs可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类IBD的复杂性	探讨炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（PMNs），特别是位于固有层黏膜（LPNs）和隐窝上皮（EANs）的中性粒细胞	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间RNA转录组学，实时活体成像	NA	RNA测序数据，活体成像数据	小鼠模型和人类IBD患者样本
2765	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
2766	2025-03-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Mar-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	研究论文	本文探讨了细胞顶端-基底极性在胰腺内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运中的调控作用	首次揭示了顶端-基底极性状态作为多能内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运的关键调控因素	研究主要基于人类内分泌祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	研究细胞顶端-基底极性如何调控胰腺内分泌祖细胞的分化命运	人类胰腺内分泌祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
2767	2025-03-11	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Mar-04, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	研究论文	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统性地研究了ENPP1在膀胱癌中的作用，揭示了其与肿瘤进展、免疫浸润和化疗耐药性的关系	样本量较小，仅包括36名膀胱癌患者的本地临床队列	研究ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌患者和膀胱癌细胞系	生物信息学	膀胱癌	RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	36名膀胱癌患者的本地临床队列, TCGA-BLCA和GEO数据集
2768	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2769	2025-03-11	Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study 2025-Mar, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104446 PMID:39923360	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）和未折叠蛋白反应（UPR）过程是否可以作为复发性流产（RPL）预防、诊断和治疗的潜在靶点	通过生物信息学方法，首次系统地分析了ERS和UPR在RPL中的作用，并验证了六个关键基因的表达趋势	研究主要依赖于公开数据集，缺乏实验验证	探索ERS和UPR在RPL中的潜在作用	复发性流产（RPL）	生物信息学	复发性流产	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	两个RPL数据集（GSE165004和GSE26787）
2770	2025-03-11	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过单细胞转录组和eQTL分析，探讨了PZP在衰老和慢性肾病（CKD）中的作用	首次揭示了CD8+中央记忆T细胞及其相关基因表达在衰老与CKD相互作用中的角色，并发现PZP作为关键遗传因素在CKD进展和衰老中的作用	研究样本主要来源于外周血，可能无法完全反映肾脏局部免疫细胞的变化	探索衰老与慢性肾病之间的遗传机制	年轻对照组、老年个体和CKD患者的外周血样本	生物信息学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	RNA测序数据、基因组数据	来自UK Biobank和FinnGen等基因组队列的数据
2771	2025-03-11	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝细胞癌（HCC）中HBx/DTL正反馈环路的作用及其对癌症进展的促进机制	揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录，进而促进HCC细胞增殖和细胞周期进程的新机制，并发现DTL通过与Cullin4-RING泛素连接酶（CRL4s）相互作用稳定HBx，减少其泛素介导的降解	研究主要基于体外实验和裸鼠模型，未涉及人类临床试验，可能限制了结果的直接临床应用	探索HBV相关HCC的发病机制，特别是HBx/DTL正反馈环路在癌症进展中的作用	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫共沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型
2772	2025-03-11	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Feb-24, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术识别了胆脂瘤中的细胞类型和信号通路，并与正常鼓膜进行比较	利用单细胞RNA测序技术揭示了胆脂瘤中独特的细胞类型特异性信号模式，为药物治疗提供了潜在靶点	研究主要基于计算机模拟的细胞研究，缺乏临床试验验证	识别驱动胆脂瘤的细胞类型和信号通路，以改善该疾病的治疗策略	人类胆脂瘤标本和正常鼓膜	数字病理	胆脂瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellChat算法	RNA测序数据	人类胆脂瘤标本和已发表的正常鼓膜单细胞RNA测序数据
2773	2025-03-11	STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.636505 PMID:40027655	研究论文	本文提出了一种名为STEAM的空间转录组学评估算法和指标，用于评估聚类性能的一致性和可靠性	STEAM通过机器学习分类和预测方法，结合空间邻近性和基因表达模式，提供了一个用户友好的计算框架，用于评估聚类结果的稳健性和可重复性	由于缺乏真实标签，验证聚类一致性和可重复性仍然具有挑战性	开发一个计算评估框架，以严格且无偏见地评估空间转录组学数据的聚类性能	空间转录组学数据	空间生物学	NA	机器学习分类和预测方法	NA	空间转录组学和蛋白质组学数据	多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率
2774	2025-03-11	Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638195 PMID:40027720	研究论文	本文介绍了一种名为SIID的算法，用于从不同空间转录组学技术的数据中重建潜在的基因表达矩阵	SIID算法通过空间对齐和联合非负因子分解模型，能够准确估算缺失的基因表达并从混合的空间转录组数据中推断细胞类型的基因表达特征	NA	整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现未测量基因的表达估算和低空间分辨率技术的混合表达解卷积	人类乳腺癌和结肠癌组织的10x Xenium-Visium配对数据	数字病理学	乳腺癌, 结肠癌	空间转录组学技术	联合非负因子分解模型	基因表达数据	NA
2775	2025-03-11	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别并药理学靶向治疗耐药、干细胞样乳腺癌细胞，用于联合治疗	利用单细胞RNA测序和CROP-seq实验验证，识别出能够逆转化疗耐药性癌症干细胞样细胞转录状态的药物，并发现阿苯达唑与紫杉醇的联合使用具有显著协同效应	研究样本量较小，仅涉及七名转移性乳腺癌患者	开发基于机制的联合疗法，靶向互补的肿瘤亚群	乳腺癌患者中的癌症干细胞样细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, CROP-seq	NA	RNA测序数据	七名转移性乳腺癌患者
2776	2025-03-11	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	本文介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH方法利用长读长的独特优势，通过动态阈值和读长映射分数的子外显子识别策略，精确对齐读长到已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊映射挑战	NA	开发一种新的计算方法来更准确地分析单细胞转录组复杂性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2777	2025-03-11	ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost 2024-Dec, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127912 PMID:39326350	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了β-葡聚糖训练如何通过调节肠道Th17细胞功能来减轻细菌感染引起的肠道炎症	提出了训练免疫激活调节肠道Th17细胞功能的新概念，为维持肠道稳态提供了新的策略	研究仅限于大菱鲆这一种鱼类，未在其他物种中验证	探究鱼类肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制	大菱鲆（Scophthalmus maximus）的肠道免疫细胞	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
2778	2025-03-11	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL途径影响肌肉干细胞（MuSC）的分化	揭示了年龄相关ECM硬化通过TRAIL途径影响肌肉干细胞分化的机制，并发现了一个与年龄相关的纤维化群体	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究年龄和/或ECM刚度对肌肉干细胞分化的分子变化的影响	年轻和年老的肌肉干细胞（MuSC）	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和年老的肌肉干细胞在不同刚度基质上的培养
2779	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫
2780	2025-03-11	Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006 PMID:38465215	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过调节SIRT1和AMPK在MRL/lpr小鼠中抑制B细胞向浆细胞转化，从而减轻肾小球足细胞损伤的机制	揭示了CK通过激活B细胞特异性SIRT1和AMPK，阻碍肾B细胞向浆细胞转化，从而减轻系统性炎症和免疫复合物沉积的创新机制	研究仅限于MRL/lpr小鼠模型，未在人类患者中进行验证	探讨CK在狼疮性肾炎（LN）中通过调节B细胞亚群减轻肾小球足细胞损伤的机制	MRL/lpr小鼠	生物医学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、代谢组学分析、免疫印迹和免疫荧光检测	NA	RNA测序数据、代谢物数据、免疫印迹和免疫荧光图像	雌性MRL/lpr小鼠