单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 37403 篇文献，本页显示第 2761 - 2780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2761 | 2026-02-07 |
Dual Lineage Tracing Identifies Cellular Mechanisms Underlying Radiation-Associated Changes in Atherosclerotic Lesion Composition
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.14.699566
PMID:41648299
|
研究论文 | 本研究开发了一种双谱系示踪小鼠模型，用于同时追踪动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞和内皮细胞的命运，揭示了辐射如何通过改变这两种细胞的动态变化来影响斑块组成和稳定性 | 开发了首个能够同时示踪平滑肌细胞和内皮细胞命运的双谱系示踪小鼠模型，克服了传统单谱系示踪方法无法在同一病变中同时追踪两种细胞类型的局限性 | 研究基于小鼠模型，其发现向人类临床的转化需要进一步验证；研究主要关注辐射这一特定血管应激源，其他应激条件下的细胞动态可能不同 | 探究辐射条件下平滑肌细胞和内皮细胞在动脉粥样硬化斑块中的命运变化及其对斑块稳定性的影响机制 | Apoe缺陷小鼠的平滑肌细胞和内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 谱系示踪、免疫染色、单细胞RNA测序 | 双谱系示踪小鼠模型 | 基因表达数据、成像数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及双谱系示踪Apoe缺陷小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2762 | 2026-02-07 |
Integrative Single-cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Osteosarcoma Reveals Conserved and Distinct Ecosystems Across Sites and Species
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.698472
PMID:41648517
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤在跨物种和不同部位间保守且独特的生态系统 | 构建了首个跨物种骨肉瘤单细胞转录组数据集，涵盖人类、犬类、PDX和同基因小鼠模型，并识别了保守的肿瘤细胞状态和肿瘤相关细胞群的重编程特征 | 研究依赖于转录组数据，可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传变化，且样本来源的多样性可能引入批次效应 | 探究骨肉瘤的肿瘤微环境异质性及其在跨物种和不同解剖部位的保守与差异 | 人类、犬类骨肉瘤标本、患者来源异种移植(PDX)、同基因小鼠模型的原发（骨）和转移（肺）部位细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过一百万个细胞/核，来自多物种和多部位样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2763 | 2026-02-07 |
Benchmarking cell type deconvolution in spatial transcriptomics and application to cancer immunotherapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699379
PMID:41648323
|
研究论文 | 本文介绍了一个用于评估空间转录组学中细胞类型反卷积方法的基准测试框架，并将其应用于癌症免疫治疗研究 | 提出了一个结合空间和转录复杂性的现实模拟基准测试框架，发现简单的标记基因签名评分方法在性能上具有竞争力，尤其适用于稀有细胞类型 | 基准测试主要基于模拟数据，可能无法完全反映真实生物样本的复杂性；方法在缺乏匹配单细胞参考数据时的适用性仍需进一步验证 | 评估和比较空间转录组学中细胞类型反卷积方法的准确性和一致性，并应用于癌症免疫治疗响应分析 | 空间转录组学数据，包括模拟数据集和真实小鼠癌症模型中的肿瘤及引流淋巴结样本 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 标记基因签名评分方法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2764 | 2026-02-07 |
A supervised ontology-aware cell annotation method for single-cell transcriptomic data
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699356
PMID:41648349
|
研究论文 | 提出一种基于监督学习和本体论的细胞注释方法SOCAM，用于单细胞转录组数据，通过概率传播策略确保细胞类型分类的层次一致性 | 引入概率传播策略以强制本体一致性，无需重新训练现有模型即可提升性能，并提出了基于跳数的F1评分用于本体感知评估 | NA | 开发一种快速、可解释且本体一致的细胞注释方法，以改进单细胞RNA-seq数据的细胞类型分类 | 人类单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | 4200万个人类细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2765 | 2026-02-07 |
From glycolytic signatures to patients: A translational roadmap for reproducible, equitable deployment of multi-omics and AI in colorectal cancer
2026-Jan-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03236-3
PMID:41528598
|
综述 | 本文提出一个基于多组学和人工智能的可重复、公平部署的路线图，用于结直肠癌的精准肿瘤学 | 整合国际公认框架（TRIPOD+AI、PROBAST+AI、DECIDE-AI）以确保透明度、校准和分阶段临床评估，并强调使用代谢成像和光谱学进行正交验证 | 未具体说明数据样本量或模型类型，主要关注方法论和路线图，缺乏实证研究细节 | 为结直肠癌中多组学和人工智能的可重复、公平临床工具开发提供结构化路线图 | 结直肠癌的糖酵解异质性及相关生物标志物 | 机器学习 | 结直肠癌 | 批量转录组学、单细胞转录组学、代谢成像、光谱学 | NA | 转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2766 | 2026-02-07 |
Acute wood smoke exposure is associated with cell-specific hippocampal transcriptomic responses in an accelerated ovarian failure mouse model
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699079
PMID:41648121
|
研究论文 | 本研究探讨了急性木烟暴露在加速卵巢衰竭小鼠模型中如何影响海马区细胞特异性转录组反应 | 首次结合卵巢激素下降与急性木烟暴露，利用空间转录组学技术揭示海马区不同细胞类型的特异性转录变化 | 研究仅使用小鼠模型，样本量较小（每组4个切片），且暴露时间较短（2天），可能无法完全模拟人类长期暴露或更广泛的生理变化 | 探究卵巢激素下降是否加剧大脑对空气污染（特别是木烟）的脆弱性，并识别相关的细胞通路 | 雌性C57BL/6小鼠，采用4-乙烯基环己烯二环氧化物诱导的加速卵巢衰竭模型 | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 每组4个海马切片（具体动物数量未明确说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于空间转录组分析 |
| 2767 | 2026-02-07 |
Interpreting the molecular and cellular landscape of PCOS through bulk transcriptomics, single-cell transcriptomics and machine learning
2026-Jan-07, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01956-0
PMID:41501917
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk转录组学、单细胞转录组学和机器学习方法，揭示了多囊卵巢综合征的分子机制和细胞组成，并开发了诊断模型 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序与机器学习，识别了PCOS中关键的颗粒细胞亚群GC9，并构建了基于三基因标志的诊断模型 | 研究样本量有限，且主要基于转录组数据，未全面探索其他分子层面如蛋白质组或代谢组 | 阐明PCOS的分子机制和细胞基础，以发现潜在治疗靶点并提高诊断准确性 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 | 机器学习 | 多囊卵巢综合征 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qPCR, western blotting | 机器学习算法 | RNA测序数据, 临床样本数据 | PCOS患者和对照组的临床样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2768 | 2026-02-07 |
Therapeutic potential of CDK8 inhibitor combined with sorafenib for hepatocellular carcinoma: mechanistic insights and in vitro validation
2026-Jan-07, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03780-0
PMID:41501937
|
研究论文 | 本研究探讨了CDK8抑制剂MSC2530818与索拉非尼联合使用对肝细胞癌的治疗潜力，通过机制分析和体外实验验证其协同抗肿瘤效果 | 首次结合单细胞RNA-seq分析揭示CDK8在肝细胞癌中的表达模式，并验证CDK8抑制剂与索拉非尼的联合治疗策略在体外模型中的协同增效作用 | 研究主要基于体外细胞实验（Huh7细胞），缺乏体内动物模型或临床样本的直接验证，且样本量有限 | 探索肝细胞癌的新型治疗靶点及联合治疗策略 | 肝细胞癌组织样本、Huh7肝癌细胞系 | 肿瘤生物学 | 肝细胞癌 | 免疫组化、RNA-seq、微阵列数据分析、单细胞RNA-seq、细胞增殖实验、划痕实验、Transwell实验 | NA | 组织样本数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、体外细胞实验数据 | 75例肝细胞癌及癌旁组织样本，整合分析3969例肝细胞癌和3245例非肿瘤肝样本的RNA-seq和微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 2769 | 2026-02-07 |
BayesRare: Bayesian mixture model for population-level rare cell type detection in multi-subject single-cell RNA sequencing data
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag024
PMID:41632592
|
研究论文 | 本文提出了一种名为BayesRare的层次贝叶斯框架，用于在多主体单细胞RNA测序数据中进行群体水平的罕见细胞类型检测 | 通过引入罕见簇指示器，结合跨主体信息，支持联合细胞类型聚类和罕见群体识别，并量化不确定性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以在群体水平上检测罕见细胞类型，并推断组间差异 | 多主体单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2770 | 2026-02-07 |
scGACL: a generative adversarial network with multi-scale contrastive learning for accurate single-cell RNA sequencing imputation
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag018
PMID:41632596
|
研究论文 | 本文提出了一种结合生成对抗网络和多尺度对比学习的单细胞RNA测序数据插补方法scGACL，以解决现有方法存在的过度平滑问题 | 提出了一种集成生成对抗网络与多尺度对比学习的新框架，通过细胞级和细胞类型级对比学习协同工作，在保持细胞间异质性的同时恢复基因表达 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够准确插补单细胞RNA测序数据并保持细胞异质性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络, 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2771 | 2026-01-07 |
Single-cell RNA sequencing elucidates potential mechanisms of endothelial cells in lung region-specific repair and remodeling in combined pulmonary fibrosis and emphysema
2026-Jan-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03460-x
PMID:41491179
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2772 | 2026-02-07 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data for discovery of senescent TAMs prognostic characteristics in neuroblastoma
2026-Jan-06, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15517-7
PMID:41491450
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，发现神经母细胞瘤中衰老肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的预后特征，并构建了一个7基因风险模型 | 首次在神经母细胞瘤中鉴定出具有混合M1/M2状态的衰老TAM亚群，揭示了EIF5作为TAM衰老的关键调控因子，并开发了基于衰老特征的预后模型 | 研究主要基于公共数据集分析，需要进一步实验验证衰老TAMs在神经母细胞瘤中的具体作用机制 | 探索神经母细胞瘤中衰老肿瘤相关巨噬细胞的预后特征及其在肿瘤进展中的作用 | 神经母细胞瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | Cox/LASSO回归模型 | RNA测序数据 | 来自GEO（GSE147766）、TARGET-NBL和E-MTAB-8248等多个队列的神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2773 | 2026-02-07 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics with explainable AI reveal lethal prognostic axis in prostate cancer
2026-Jan-06, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02297-4
PMID:41495164
|
研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学、空间转录组学和可解释人工智能，揭示了前列腺癌中的致死性肿瘤轴并建立了一个可解释的预后模型 | 首次整合单细胞与空间转录组数据，结合可解释机器学习识别出与前列腺癌致死性相关的C4恶性上皮亚群及其驱动的预后轴 | 研究样本主要来自特定队列，需要在更广泛的人群中进行外部验证 | 定义前列腺癌的致死性肿瘤轴并建立可解释的预后分层框架 | 前列腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Lasso, PLS-Cox, SHAP | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 141,986个高质量单细胞，涵盖局限性、激素敏感性和去势抵抗性前列腺癌 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2774 | 2026-02-07 |
Single-cell profiling defines the cellular landscape of the urinary bladder: a scoping review
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03750-6
PMID:41491261
|
综述 | 本文通过范围综述，总结了单细胞RNA测序技术在健康膀胱细胞异质性研究中的应用，并识别了文献中的空白以指导未来研究 | 整合了12项研究，首次系统性地绘制了膀胱细胞图谱，包括罕见和新发现的细胞类型，并讨论了单细胞与单核RNA测序的比较 | 仅纳入英文发表的研究，可能遗漏其他语言的重要文献；研究范围限定于健康膀胱，未涉及疾病状态 | 旨在评估单细胞RNA测序在健康膀胱细胞异质性研究中的应用现状，并识别文献空白 | 健康膀胱中的细胞，包括尿路上皮细胞、间质细胞、平滑肌细胞、免疫细胞、内皮细胞、间皮细胞和神经细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 基于12项研究的综合样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 2775 | 2026-02-07 |
Mitochondrial-related biomarkers as the diagnostic markers in sepsis induced acute respiratory distress syndrome
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03772-0
PMID:41491575
|
研究论文 | 本研究旨在识别与线粒体相关的生物标志物，用于诊断脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征 | 首次通过整合差异表达基因、线粒体相关基因和多种机器学习算法，识别出三个新的脓毒症诱发ARDS的生物标志物，并构建了具有良好性能的列线图诊断模型 | 研究结果仍需在更大规模的前瞻性临床队列中进行验证，以确认其诊断效能和临床应用价值 | 寻找脓毒症诱发急性呼吸窘迫综合征的诊断生物标志物 | 脓毒症诱发急性呼吸窘迫综合征患者 | 生物信息学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序，定量逆转录聚合酶链反应，Western blotting | 机器学习算法 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了公共数据集和实验验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2776 | 2026-02-07 |
Integrative multi-omics analysis reveals gut microbiota-derived metabolites and immune regulatory pathways in osteoarthritis pathogenesis
2026-Jan-05, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06604-3
PMID:41491956
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了肠道菌群衍生代谢物和免疫调控通路在骨关节炎发病机制中的作用 | 构建了连接肠道菌群、代谢物和关键基因ARG1的M-M-T网络，并利用机器学习、SHAP和孟德尔随机化等方法识别了具有药物潜力的微生物代谢物 | 研究主要基于计算和生物信息学分析，缺乏体外和体内实验验证 | 探索肠道菌群通过代谢物和免疫调控通路影响骨关节炎发病的机制 | 骨关节炎患者相关的肠道菌群、代谢物、基因和免疫通路 | 机器学习 | 骨关节炎 | 多组学分析、单细胞转录组学、机器学习、孟德尔随机化 | 机器学习模型（未指定具体类型） | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2777 | 2026-02-07 |
Downregulation of USP39 in sepsis reflects immune dysfunction and offers diagnostic and prognostic value
2026-Jan-05, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03709-7
PMID:41491968
|
研究论文 | 本研究分析了USP39在脓毒症中的表达下调及其与免疫功能障碍的关联，探讨了其诊断和预后价值 | 首次系统性地将USP39的表达与脓毒症的免疫细胞浸润、临床特征及预后联系起来，并通过单细胞RNA-seq数据验证其在单核细胞和T细胞中的差异表达 | 研究主要基于公共数据集和体外细胞实验，缺乏大规模的前瞻性临床队列验证，且机制研究尚不深入 | 探讨USP39在脓毒症中的表达模式、临床意义及其作为治疗靶点的潜力 | 脓毒症患者样本（来自公共RNA-seq数据集）和LPS诱导的THP-1细胞系 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 细胞培养与转染, 细胞活力与凋亡检测, 炎症因子测定 | Cox回归, ROC曲线分析, GSEA, GSVA, ssGSEA, PCA, UMAP | 基因表达数据, 单细胞数据, 实验数据 | 公共RNA-seq数据集中的脓毒症患者和对照组样本，以及单细胞RNA-seq数据集GSE175453 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2778 | 2026-01-05 |
Spatial transcriptomics of developing human lungs defines cellular phenotypes associated with age, lineage and location
2026-Jan-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34594-z
PMID:41484334
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2779 | 2026-02-07 |
scDBImpute: Dual-Branch Imputation for Single-Cell RNA-Seq Data Dropouts
2026 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3636928
PMID:41289139
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据中丢失值填补的双分支方法，以解决因技术限制导致的过量零值问题 | 与先前假设单一结构的方法不同，该方法结合线性和非线性关联来构建数据，通过双分支管道进行丢失值填补 | NA | 开发一种能够更准确地恢复单细胞RNA测序数据中丢失基因表达值的方法 | 单细胞RNA测序数据中的丢失值（dropouts） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 双分支模型（结合线性和非线性管道） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2780 | 2026-02-07 |
GALA: Integrating Weighted Graph Walks and Latent-Space Adversarial Training for Single-Cell Batch Alignment
2026 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3646228
PMID:41418016
|
研究论文 | 本文提出了一种名为GALA的新型单细胞批次校正框架，通过整合加权图随机游走和潜在空间对抗训练来对齐单细胞RNA测序数据 | 提出了一种结合加权图互近邻模块和潜在空间对抗训练的新框架，在跨批次细胞配对多样性和覆盖率上相比传统方法有显著提升 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题，实现数据整合分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗训练 | 基因表达数据 | 五个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |