单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38727 篇文献，本页显示第 27621 - 27640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 27621 | 2024-08-07 |
SCIFER: approach for analysis of LINE-1 mRNA expression in single cells at a single locus resolution
2022-Aug-26, Mobile DNA
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13100-022-00276-0
PMID:36028901
|
研究论文 | 介绍了一种名为SCIFER的方法，用于在单细胞RNA测序数据集中以单个位点分辨率量化移动元素的表达 | SCIFER通过唯一地比对单细胞RNA测序读取到基因组并提取单细胞的比对，提高了L1位点识别的准确性 | NA | 研究L1 mRNA在单细胞中的表达模式，特别是在单个位点分辨率下 | L1 mRNA在单细胞中的表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自人类和小鼠的睾丸的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 27622 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 27623 | 2024-08-07 |
[Single-cell RNA sequencing combined experimental verifies the core genes of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease]
2024-Feb, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:38284250
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）结合实验验证，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）中树突状细胞的核心基因 | 首次通过scRNA-Seq技术结合实验验证，识别出COPD中树突状细胞的核心基因IL1RN、S100A8和S100A9，并分析了它们在COPD发病机制中的作用 | 研究仅限于识别和验证特定基因，未涉及这些基因在临床治疗中的具体应用 | 识别和验证COPD中树突状细胞的核心基因，为后续的COPD免疫治疗提供靶点和理论基础 | COPD中的树突状细胞及其核心基因 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | GSE173896数据集包含18个树突状细胞差异表达基因（DC-DEGs），GSE38974数据集包含646个差异表达基因（DEGs），最终识别出3个共同DC-DEGs | NA | NA | NA | NA |
| 27624 | 2024-08-05 |
Inference of differentiation trajectories by transfer learning across biological processes
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.002
PMID:38128536
|
研究论文 | 这篇文章研究了细胞分化轨迹的推断方法，使用迁移学习在不同生物过程中量化可预测性 | 提出了一种新的框架，通过迁移学习推断不同行为过程中的细胞分化，并展示了非线性方法的优越性 | 在成人造血过程中，预测结果与真实数据的一致性较低 | 量化和利用细胞分化轨迹的可预测性 | 早期胚胎发育和成人造血过程中的细胞分化 | 计算生物学 | NA | 迁移学习，自定义变分自编码器 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27625 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005
PMID:38198894
|
研究论文 | 本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry | Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释，结合了定性和定量的细胞类型识别 | NA | 探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化 | 多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞，包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27626 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11646-z
PMID:38233752
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研究论文 | 本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性 | 首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性 | NA | 识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物 | SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学 | NA | mRNA, 蛋白质 | 90例临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27627 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-Jan, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 该研究探讨了乳头状甲状腺癌（PTC）转移机制，发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路 | 研究样本数量有限，仅分析了61个肿瘤样本 | 研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制 | 从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 61个肿瘤样本（31个有转移和30个无转移） | NA | NA | NA | NA |
| 27628 | 2024-08-05 |
Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads
2024-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300294
PMID:37818700
|
研究论文 | 本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法 | 文章首次介绍了组合DNA条形码（CDB）测序的应用，结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量 | 文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性 | 研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法 | 研究对象为微切割的组织样本，包括小鼠脑组织样本 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA提取物 | 数十个微切割样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27629 | 2024-08-07 |
Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context
2024-Jan, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350464
PMID:37943053
|
综述 | 本文综述了在动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能特化，探讨了其在疾病发展中的多样性来源和作用 | 强调了巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其表型和功能的影响 | 主要集中在综述现有研究，未涉及具体实验数据或新发现 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其的影响 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27630 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the underlying mechanism of folliculotropism in folliculotropic mycosis fungoides
2024-Jan, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14992
PMID:38284188
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27631 | 2024-08-07 |
Large-scale analysis of cell-cell communication reveals angiogenin-dependent tumor progression in clear cell renal cell carcinoma
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108367
PMID:38025776
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，深入分析了透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络，并揭示了血管生成素依赖的肿瘤进展机制 | 本研究首次识别了50个癌细胞与其他细胞间特定的通信通道，并发现了两个新的血管生成素介导的相互作用 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌中细胞间通信的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27632 | 2024-08-05 |
Hierarchical and automated cell-type annotation and inference of cancer cell of origin with Census
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad714
PMID:38011649
|
研究论文 | 本研究开发了Census，一种自动化的细胞类型定位和癌细胞源推断方法 | Census提供了对正常细胞的深度注释并能够识别恶性细胞及其最可能的来源细胞，克服了现有方法的多项局限 | 现有的自动注释方法需要大量参考数据集，并且存在高计算时间和浅层注释解析的问题 | 旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释效率和准确性 | 研究对象为来自哺乳动物组织的正常细胞和癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 梯度增强决策树 | 文本 | 在44个正常和癌症的人类及小鼠组织数据集中进行了基准测试 | NA | NA | NA | NA |
| 27633 | 2024-08-05 |
A rat liver cell atlas reveals intrahepatic myeloid heterogeneity
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108213
PMID:38026201
|
研究论文 | 这项研究使用单细胞转录组学来了解大鼠肝脏的复杂细胞网络 | 该文章揭示了不同大鼠品系之间的肝脏转录组差异 | 没有提及关于样本的长期跟踪研究和功能验证的局限性 | 的本研究旨在解开大鼠肝脏中细胞和分子来源的变异 | 该研究对象为健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系的肝脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27634 | 2024-08-05 |
DNA-GPS: A theoretical framework for optics-free spatial genomics and synthesis of current methods
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.005
PMID:37751737
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DNA-GPS的理论框架，用于无光学的空间基因组学 | 提出DNA-GPS这一新框架，结合数学制图和位置索引的思路，实现了大规模的无光学空间基因组学 | 讨论了当前空间基因组学技术在分辨率和规模上的权衡及其局限性 | 旨在为大规模无光学空间基因组学提供理论基础 | 对现有空间基因组学技术进行分类并进行分析 | 数字病理学 | NA | NA | 数学制图 | 分子特征数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27635 | 2024-08-07 |
Landscape of mast cell populations across organs in mice and humans
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230570
PMID:37462672
|
research paper | 本文通过结合全组织成像和单细胞RNA测序数据，对小鼠和人类在稳态下的MCs进行了跨器官分析 | 首次在全器官水平上分析了小鼠和人类的MCs亚型，并揭示了不同亚型的转录组核心特征 | NA | 研究小鼠和人类不同器官中肥大细胞（MCs）的分布和特征 | 小鼠和人类的肥大细胞（MCs）及其亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类的多个器官 | NA | NA | NA | NA |
| 27636 | 2024-08-07 |
Proteomic and transcriptomic screening demonstrates increased mast cell-derived CCL23 in systemic mastocytosis
2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.01.033
PMID:36813186
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学筛选和单细胞转录组分析，鉴定了系统性肥大细胞增多症（SM）中由肥大细胞衍生的CCL23蛋白，可能作为血液生物标志物。 | 首次发现CCL23在SM中的表达与疾病严重程度正相关，并可能作为SM的特异性生物标志物。 | NA | 旨在识别肥大细胞衍生的蛋白质，作为SM的血液生物标志物。 | 系统性肥大细胞增多症（SM）患者和健康个体的血浆蛋白质和单细胞转录组。 | NA | 系统性肥大细胞增多症 | 血浆蛋白质组学筛选，单细胞转录组分析 | NA | 蛋白质，RNA | SM患者和健康个体的血浆样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27637 | 2024-08-07 |
Type 2 inflammation reduces SARS-CoV-2 replication in the airway epithelium in allergic asthma through functional alteration of ciliated epithelial cells
2023-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.03.021
PMID:37001649
|
研究论文 | 本文研究了过敏性哮喘患者气道中2型炎症如何通过改变纤毛上皮细胞的功能来减少SARS-CoV-2的复制 | 发现了过敏性哮喘患者对SARS-CoV-2的固有保护机制，这种机制与纤毛上皮细胞的功能下调有关 | NA | 旨在识别2型炎症在气道中保护免受严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的机制 | 从过敏原敏感的哮喘儿童和健康非敏感儿童中获取的支气管气道上皮细胞（AECs） | 数字病理学 | 过敏性哮喘 | RNA测序 | NA | 细胞样本 | 来自过敏性哮喘儿童和健康非敏感儿童的支气管气道上皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27638 | 2024-08-05 |
Unraveling the timeline of gene expression: A pseudotemporal trajectory analysis of single-cell RNA sequencing data
2023, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.134078.2
PMID:37994351
|
研究论文 | 本研究展示了一种对小鼠乳腺单细胞RNA测序数据进行伪时间轨迹分析的全面工作流程 | 提出了一种新的分析方法，利用伪时间轨迹推断细胞分化和发育过程 | 主要集中在小鼠乳腺样本上，可能对其他生物体的适用性有限 | 旨在通过单细胞RNA测序分析细胞的发育和分化轨迹 | 小鼠乳腺中的细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠乳腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27639 | 2024-08-07 |
The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture
2024-Jan-27, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehad534
PMID:37992083
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研究论文 | 本文研究了激活蛋白-1复合体在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序，从而触发主动脉夹层和破裂的机制 | 首次揭示了激活蛋白-1复合体在主动脉夹层发展中的动态作用，并提出了通过调节肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-激活蛋白-1轴来干预主动脉重塑的新策略 | 研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨激活蛋白-1复合体在主动脉夹层中的作用机制，并寻找潜在的治疗干预策略 | 主动脉夹层患者和心脏移植患者的升主动脉组织，以及平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组 | 9名升主动脉置换患者和5名心脏移植患者的升主动脉组织，以及93,397个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27640 | 2024-08-05 |
Glomerular spatial transcriptomics of IgA nephropathy according to the presence of mesangial proliferation
2024-01-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52581-8
PMID:38278877
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研究论文 | 本研究探讨了根据系膜增生的存在，IgA肾病（IgAN）肾小球的基因表达谱 | 使用空间特异性转录组分析，揭示了M1-IgAN与对照之间基因表达的显著差异 | 研究仅涵盖了12个病例，且各病例仅分析了三个肾小球 | 研究IgAN中系膜增生对肾小球基因表达的影响 | IgAN患者及供体控制样本的肾小球组织 | 数字病理学 | 肾病 | GeoMx数字空间分析 | NA | 基因表达数据 | 12个病例，分析每个病例的3个肾小球 | NA | NA | NA | NA |