单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2741	2025-03-06	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	review	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高推断的可靠性	提出了一种整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了一个标准化的基准测试框架	未提及具体方法的局限性	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2742	2025-03-06	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	本文提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析，以解决现有方法在假阳性率高、患者特异性层次结构表示不足及样本驱动混杂因素处理上的问题	BEANIE方法在特异性上优于现有方法，同时保持敏感性，能够提供跨不同肿瘤状态的独特和共享差异表达基因签名的生物学见解	NA	开发一种更稳健的差异表达分析方法，以支持临床癌症单细胞RNA测序研究中的病例/对照分析	乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	非参数统计方法	单细胞RNA测序数据	模拟和真实世界的临床数据集
2743	2025-03-06	Chenodeoxycholic acid modulates cholestatic niche through FXR/Myc/P-selectin axis in liver endothelial cells 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57351-2 PMID:40025016	研究论文	本文研究了胆汁淤积性肝病中内皮细胞通过FXR/Myc/P-选择素轴在肝损伤中的作用	发现了内皮细胞在胆汁淤积性肝损伤中的关键作用，并提出了通过靶向CDCA/FXR/Myc/P-选择素轴的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨内皮细胞在胆汁淤积性肝病中的作用及其机制	小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本	生物医学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本
2744	2025-03-06	Unraveling the role of neuregulin-mediated astrocytes-OPCs axis in the pathogenesis of age-related macular degeneration and Parkinson's disease 2025-Mar-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92103-8 PMID:40025106	研究论文	本研究探讨了年龄相关性黄斑变性（AMD）和帕金森病（PD）的共同分子和病理机制，特别是通过单细胞RNA测序和计算分析揭示的星形胶质细胞-少突胶质前体细胞（OPCs）信号轴	首次揭示了NRG介导的星形胶质细胞-OPCs信号轴在AMD和PD发病机制中的作用，并识别了与神经退行性损伤和线粒体功能障碍相关的基因模块	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的生物学意义	探索AMD和PD的共同分子和病理机制，特别是星形胶质细胞-OPCs信号轴的作用	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	年龄相关性黄斑变性, 帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 加权基因共表达网络分析（WGCNA）, 基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据集
2745	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
2746	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2747	2025-03-06	cGAMP promotes inner blood-retinal barrier breakdown through P2RX7-mediated transportation into microglia 2025-Mar-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03391-w PMID:40025497	研究论文	本文揭示了cGAMP通过P2RX7介导的转运进入小胶质细胞，导致内血视网膜屏障（iBRB）破坏和视网膜变性的机制	研究发现cGAMP通过P2RX7转运进入小胶质细胞，激活STING通路，导致iBRB破坏和视网膜变性，这一机制在糖尿病视网膜病变（DR）中具有重要意义	研究主要基于动物模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证	探讨cGAMP在iBRB破坏中的作用及其机制	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、组织学分析、分子生物学分析、生物信息学分析	NA	组织样本、行为数据	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠
2748	2025-03-06	The role of oxidative stress-mediated fibro-adipogenic progenitor senescence in skeletal muscle regeneration and repair 2025-Mar-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04242-4 PMID:40025535	研究论文	本研究探讨了氧化应激介导的纤维脂肪祖细胞（FAPs）衰老在骨骼肌再生和修复中的作用	首次发现FAPs在损伤后经历衰老和氧化还原稳态失衡，并利用褪黑素通过激活AMPK信号通路增强FAPs的再生和修复能力	NA	研究骨骼肌损伤后FAPs的变化及其在再生和修复中的作用机制	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）和纤维脂肪祖细胞（FAPs）	生物医学	骨骼肌损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、Western blot、SA-β-Gal染色	CTX损伤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）
2749	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
2750	2025-03-06	Single-cell analyses reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101275 PMID:40041119	研究论文	本研究通过单细胞和多组学分析，系统探索了肝内胆管癌（iCCA）淋巴结转移（LNM）相关微环境的异质性，并验证了转移相关细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析揭示了iCCA淋巴结转移的独特生态系统，并识别了CD36+巨噬细胞和SAA1+肿瘤细胞在转移过程中的关键作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞转录组数据，可能限制了结果的普适性	探索iCCA淋巴结转移的微环境异质性及其机制	肝内胆管癌（iCCA）患者的原发肿瘤、癌旁肝组织和肿瘤引流淋巴结	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、差异基因表达分析、功能富集分析、单细胞拷贝数变异评估、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据、组织切片	4名患者的单细胞转录组数据，81份肿瘤及匹配的淋巴结组织切片
2751	2025-03-06	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	本研究评估了Rho相关蛋白激酶（ROCK）抑制剂ripasudil在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）急性期对眼部炎症的抑制作用及其机制	首次在EAU模型中从疾病发作开始使用ripasudil，并通过单细胞RNA测序揭示了其对T细胞分化的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	评估ripasudil对EAU的抑制作用并阐明其机制	C57BL/6小鼠	生物医学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	C57BL/6小鼠
2752	2025-03-06	ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties 2025-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56591-6 PMID:40011454	研究论文	本文探讨了ETV转录因子在调控人类多能干细胞（hPSCs）生物物理特性和细胞命运决定中的关键作用	揭示了ETV转录因子通过调控细胞生物物理特性影响细胞命运的新机制，并提出了通过操纵这些特性改进体外细胞和组织工程策略的可能性	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证其生理相关性	研究ETV转录因子在调控细胞生物物理特性和细胞命运中的作用	人类多能干细胞（hPSCs）、胃胚体和胰腺分化模型	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、PI3K/AKT信号通路分析	NA	基因表达数据	NA
2753	2025-03-06	Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637731 PMID:39990448	研究论文	本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了miRNA介导的基因表达噪声减少机制，特别是通过自我反馈调节mRNA降解的miRISC增强作用	首次报告了同时进行的mRNA降解和表达噪声分析，以及通过自我反馈控制mRNA降解的噪声减少	NA	研究miRNA介导的基因表达噪声减少机制	miRNA诱导的沉默复合体（miRISC）及其自我反馈调节机制	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学建模	RNA测序数据	NA
2754	2025-03-06	Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	本文提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成基因调控网络（GRN）	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质嵌入网络生成过程，确保全局网络结构和调控模块之间的兼容性，并通过iMetacell集成和非欧几里得离散空间建模，对scRNA-seq数据中的噪声和GRN的稀疏性具有鲁棒性	未明确提及具体局限性	从scRNA-seq数据中逆向工程生成细胞特异性基因调控网络（GRN）	基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	离散扩散生成模型（DigNet）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2755	2025-03-06	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	研究论文	本文提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组学数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的聚类算法，能够发现密度、大小和形状各异的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	尽管KBC在速度和聚类效果上有所改进，但其在复杂数据特征处理上的表现仍需进一步验证	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组学数据集	空间转录组学数据	机器学习	NA	Weisfeiler-Lehman方案	核边界聚类（KBC）	空间转录组学数据	NA
2756	2025-03-06	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	首次在乳腺癌中结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）分析，揭示了癌症特异性调控元件和潜在的沉默子到增强子转换事件	研究样本仅限于乳腺癌和健康乳腺组织，未涉及其他癌症类型	理解乳腺癌细胞中转录失调的顺式调控元件及其在肿瘤生物学中的作用	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞染色质可及性和转录组数据	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织样本
2757	2025-03-06	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	本文通过构建单细胞转录组图谱，研究了CHD8单倍不足小鼠模型中宿主-肠道微生物群的相互作用，并探讨了益生菌干预对自闭症谱系障碍（ASD）相关社交缺陷的潜在治疗作用	首次在CHD8单倍不足小鼠模型中，通过单细胞转录组分析揭示了益生菌干预对ASD相关社交缺陷的潜在治疗机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨宿主-肠道微生物群相互作用及其对自闭症谱系障碍（ASD）的影响	CHD8单倍不足小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的脑和肠道组织
2758	2025-03-06	STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100771 PMID:39947134	研究论文	本文介绍了一种名为STMiner的新方法，用于分析肿瘤组织中的空间转录组数据，通过直接表征基因的空间分布来克服传统方法的局限性	STMiner利用2D高斯混合模型和最优传输理论，直接分析基因的空间分布，而非基于细胞捕获位置的分析，从而揭示了传统方法忽略的关键基因集和空间结构	NA	开发一种新的空间转录组数据分析方法，以更准确地揭示肿瘤组织中的基因表达模式和空间结构	肿瘤组织中的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	2D高斯混合模型	空间转录组数据	NA
2759	2025-03-06	Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03950-3 PMID:39932553	研究论文	本研究利用犬骨肉瘤模型的单细胞RNA测序数据，比较了肿瘤浸润免疫细胞与循环白细胞，揭示了肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响	首次在犬骨肉瘤模型中系统分析了肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征，并与人类骨肉瘤数据进行了比较，揭示了物种间保守的转录组反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本数量	研究犬骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响，并与人类骨肉瘤进行比较	犬骨肉瘤模型中的肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公开的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确
2760	2025-03-06	Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03922-z PMID:39932547	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞诱导的焦亡（NIP）与肝母细胞瘤（HB）之间的关系，并构建了一个基于三个基因（ELANE、CASP1和NOD2）的NIP评分，该评分与HB患者的良好预后呈正相关	首次构建了基于中性粒细胞和焦亡相关基因的NIP评分，并揭示了NETs相关中性粒细胞在诱导焦亡和延长生存中的关键作用	样本量较小（38例患者），且仅基于单一医疗中心的数据	探讨中性粒细胞诱导的焦亡与肝母细胞瘤的关系，并评估其对患者预后的影响	肝母细胞瘤患者	数字病理学	肝母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归、KEGG、GO、GSVA、ssGSEA富集分析	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	38例肝母细胞瘤患者