单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2741	2025-03-06	Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	本文提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成基因调控网络（GRN）	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质嵌入网络生成过程，确保全局网络结构和调控模块之间的兼容性，并通过iMetacell集成和非欧几里得离散空间建模，对scRNA-seq数据中的噪声和GRN的稀疏性具有鲁棒性	未明确提及具体局限性	从scRNA-seq数据中逆向工程生成细胞特异性基因调控网络（GRN）	基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	离散扩散生成模型（DigNet）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
2742	2025-03-06	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	研究论文	本文提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组学数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的聚类算法，能够发现密度、大小和形状各异的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	尽管KBC在速度和聚类效果上有所改进，但其在复杂数据特征处理上的表现仍需进一步验证	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组学数据集	空间转录组学数据	机器学习	NA	Weisfeiler-Lehman方案	核边界聚类（KBC）	空间转录组学数据	NA
2743	2025-03-06	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	首次在乳腺癌中结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）分析，揭示了癌症特异性调控元件和潜在的沉默子到增强子转换事件	研究样本仅限于乳腺癌和健康乳腺组织，未涉及其他癌症类型	理解乳腺癌细胞中转录失调的顺式调控元件及其在肿瘤生物学中的作用	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞染色质可及性和转录组数据	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织样本
2744	2025-03-06	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	本文通过构建单细胞转录组图谱，研究了CHD8单倍不足小鼠模型中宿主-肠道微生物群的相互作用，并探讨了益生菌干预对自闭症谱系障碍（ASD）相关社交缺陷的潜在治疗作用	首次在CHD8单倍不足小鼠模型中，通过单细胞转录组分析揭示了益生菌干预对ASD相关社交缺陷的潜在治疗机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨宿主-肠道微生物群相互作用及其对自闭症谱系障碍（ASD）的影响	CHD8单倍不足小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的脑和肠道组织
2745	2025-03-06	STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100771 PMID:39947134	研究论文	本文介绍了一种名为STMiner的新方法，用于分析肿瘤组织中的空间转录组数据，通过直接表征基因的空间分布来克服传统方法的局限性	STMiner利用2D高斯混合模型和最优传输理论，直接分析基因的空间分布，而非基于细胞捕获位置的分析，从而揭示了传统方法忽略的关键基因集和空间结构	NA	开发一种新的空间转录组数据分析方法，以更准确地揭示肿瘤组织中的基因表达模式和空间结构	肿瘤组织中的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	2D高斯混合模型	空间转录组数据	NA
2746	2025-03-06	Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03950-3 PMID:39932553	研究论文	本研究利用犬骨肉瘤模型的单细胞RNA测序数据，比较了肿瘤浸润免疫细胞与循环白细胞，揭示了肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响	首次在犬骨肉瘤模型中系统分析了肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征，并与人类骨肉瘤数据进行了比较，揭示了物种间保守的转录组反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本数量	研究犬骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响，并与人类骨肉瘤进行比较	犬骨肉瘤模型中的肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公开的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确
2747	2025-03-06	Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03922-z PMID:39932547	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞诱导的焦亡（NIP）与肝母细胞瘤（HB）之间的关系，并构建了一个基于三个基因（ELANE、CASP1和NOD2）的NIP评分，该评分与HB患者的良好预后呈正相关	首次构建了基于中性粒细胞和焦亡相关基因的NIP评分，并揭示了NETs相关中性粒细胞在诱导焦亡和延长生存中的关键作用	样本量较小（38例患者），且仅基于单一医疗中心的数据	探讨中性粒细胞诱导的焦亡与肝母细胞瘤的关系，并评估其对患者预后的影响	肝母细胞瘤患者	数字病理学	肝母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归、KEGG、GO、GSVA、ssGSEA富集分析	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	38例肝母细胞瘤患者
2748	2025-03-06	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了曼氏血吸虫卵巢细胞中的基因表达，特别是与卵母细胞分化相关的基因	首次在曼氏血吸虫中鉴定了视黄酸受体家族转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	研究局限于曼氏血吸虫，未涉及其他寄生虫或扁形动物	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	单细胞转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
2749	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞
2750	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
2751	2025-03-06	ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028 PMID:39936571	研究论文	本文介绍了一种名为ELLIPSIS的工具，用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件	ELLIPSIS工具利用局部观察到的读取覆盖率，结合流动性和细胞类型内相似性特性，能够在单细胞水平上量化剪接事件，包括新型剪接事件	NA	开发一种工具以在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件，并检测细胞类型之间的差异剪接	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
2752	2025-03-06	Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.64 PMID:39998459	研究论文	本研究旨在确定Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中起重要作用的受体	通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，揭示了Wnt受体ROR2在糖尿病角膜上皮细胞中的关键作用，并发现Frizzled-5可能作为共受体	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	确定Wnt-5a在糖尿病角膜上皮伤口愈合中的受体机制	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞（LECs）	生物医学	糖尿病角膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、DNA甲基化分析、qRT-PCR、Western blot、免疫染色	NA	RNA测序数据、DNA甲基化数据、蛋白质表达数据	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞
2753	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本
2754	2025-03-06	Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03948-x PMID:39891760	研究论文	本研究探讨了SAMD3在胰腺导管腺癌（PDAC）患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	首次发现SAMD3在T细胞中的高表达与PDAC患者的生存率改善相关，并揭示了其在T细胞功能中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步验证SAMD3作为生物标志物的临床实用性	探讨SAMD3在PDAC患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫组织化学（IHC）分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	人类PDAC样本和OT-I/卵白蛋白（OVA）小鼠模型
2755	2025-03-06	Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03935-8 PMID:39891774	研究论文	本文通过单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序，研究了早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在立体定向消融放疗（SABR）前后，有或没有预先免疫治疗/化疗的情况下，系统性T细胞反应的高分辨率转录组分析	揭示了SABR和免疫治疗之间复杂的相互作用，为NSCLC患者的治疗策略提供了新的见解	样本量较小，仅涉及7名患者	研究SABR和免疫治疗/化疗对NSCLC患者系统性T细胞反应的影响	早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA-seq数据	7名早期NSCLC患者
2756	2025-03-06	Jellyfish stings-induced cardiac failure was ameliorated through AAG-mediated glycogen-driven ATP production 2025-Feb, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20230089 PMID:40040825	研究论文	本文研究了水母蜇伤引起的心脏衰竭，并探讨了通过AAG介导的糖原驱动的ATP生产来改善心脏功能	首次揭示了AAG通过糖原驱动的ATP生产改善水母蜇伤引起的心脏衰竭的机制，并提出了CCR5和PGC-1α在这一过程中的作用	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	探讨水母蜇伤引起的心脏衰竭的改善机制	水母蜇伤引起的心脏衰竭患者	生物医学	心脏衰竭	单细胞测序、空间转录技术	NA	RNA测序数据	NA
2757	2025-03-06	Overexpression of ornithine decarboxylase 1 mediates the immune-deserted microenvironment and poor prognosis in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.10.001 PMID:40040873	研究论文	本研究通过大规模数据和机器学习算法识别出具有干细胞样特征的高风险弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）亚组，并探讨了其潜在机制	首次识别出具有干细胞样特征的高风险DLBCL亚组，并揭示了ODC1过表达与免疫荒漠微环境共同塑造这一亚组的机制	研究主要基于数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证	推进DLBCL的精确风险分层，揭示ODC1和免疫荒漠微环境在DLBCL中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	机器学习	淋巴瘤	转录组分析、基因组分析、单细胞RNA-seq、体外实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA-seq数据	2133例DLBCL患者
2758	2025-03-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	本文提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	提出了一种新的copula方法，结合数据驱动的平滑函数，能够建模基因共表达的非线性变化，并考虑了单细胞RNA测序数据中的过离散和零膨胀特性	NA	研究单细胞转录组数据中基因共表达模式的时间轨迹建模	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	copula模型	单细胞RNA测序数据	NA
2759	2025-03-06	inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1312 PMID:39797728	研究论文	本文介绍了一种名为inDrops-2的开源单细胞RNA测序技术，旨在以低成本高效地分析活细胞或保存的细胞	inDrops-2技术具有与最先进商业系统相匹配的灵敏度，但成本降低了6倍，并且能够灵活实施两种主要的scRNA-seq协议	虽然inDrops-2在成本效益和灵活性方面具有优势，但文中未提及其在处理特定类型样本或数据时的潜在限制	开发一种高灵敏度、低成本且灵活的单细胞RNA测序技术，以支持大规模研究	人类肺癌样本中的细胞	单细胞RNA测序	肺癌	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	多个人类肺癌样本
2760	2025-03-06	A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data 2025-Jan-07, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf005 PMID:39887052	研究论文	本文提出了一种正则化的贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足，本文提出的方法仍需进一步验证和优化	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者水平临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据