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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2741 | 2026-02-28 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657944
PMID:40501930
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了母体多氯联苯暴露如何通过内质网应激途径,在雌性后代肝脏中引起细胞类型特异性的代谢与免疫功能失调 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明了围产期PCB暴露对雌性后代肝脏不同细胞类型的特异性转录重编程效应,并揭示了内质网应激通路的关键介导作用 | 研究仅针对雌性后代且观察时间点为出生后28天,未评估雄性后代、更长期效应或剂量依赖性反应 | 探究母体多氯联苯暴露对后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 围产期暴露于多氯联苯混合物的雌性小鼠(出生后28天)的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 代谢功能障碍 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 围产期PCB暴露的雌性小鼠肝脏组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2742 | 2026-02-28 |
Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates
2024-12-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq0702
PMID:39705360
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了文昌鱼消化道的细胞特征,包括其分段结构和细胞簇多样性,并强调了内分泌样细胞的保守性 | 首次在文昌鱼消化道中发现并描述了三种分泌胰岛素样、胰高血糖素样和生长抑素样肽的内分泌样细胞,揭示了脊椎动物消化系统进化的关键线索 | 研究基于模型生物文昌鱼,可能不完全代表所有脊椎动物的进化过程,且功能验证仅限于特定基因敲除线 | 探索脊椎动物消化系统的进化起源,通过分析原始脊索动物文昌鱼的消化道细胞特征 | 文昌鱼(amphioxus)的消化道组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,批量组织测序,基因敲除 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2743 | 2026-02-28 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Nov-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96425
PMID:39541153
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析先天免疫系统在肝脏中形成肉芽肿过程中的趋化因子表达谱 | 首次在先天免疫肉芽肿模型中系统研究CC和CXC趋化因子及其受体的时空动态表达模式 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;仅关注CCR2在单核细胞来源巨噬细胞中的作用,未全面探讨其他趋化因子受体 | 阐明先天免疫肉芽肿形成过程中趋化因子如何指导免疫细胞分层聚集 | 小鼠肝脏中的先天免疫肉芽肿 | 空间转录组学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2744 | 2026-02-28 |
Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178628
PMID:39352749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中巨噬细胞与小胶质细胞的负相关性,并提出了靶向LOX和CLOCK-OLFML3轴的双重抑制联合抗PD1疗法的治疗策略 | 首次发现PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中巨噬细胞与小胶质细胞在肿瘤微环境中呈负相关,并揭示了LOX抑制通过NF-κB-PATZ1信号通路上调OLFML3表达的补偿机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞和小胶质细胞的相互作用机制及联合靶向治疗策略 | PTEN缺陷型胶质母细胞瘤小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞、小胶质细胞及肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光、功能研究 | NA | 转录组数据、免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量,使用PTEN缺陷型胶质母细胞瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2745 | 2026-02-28 |
A cell atlas of the adult female Aedes aegypti midgut revealed by single-cell RNA sequencing
2024-06-05, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03432-8
PMID:38839790
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了成年雌性埃及伊蚊中肠的细胞图谱 | 首次建立了埃及伊蚊中肠单细胞分离与RNA测序的方案,并系统注释了其细胞类型,为在单细胞水平研究虫媒病毒与中肠的相互作用提供了基础 | 研究未直接应用于病毒-中肠相互作用的实验验证,且为新建立的方法,其广泛适用性有待进一步验证 | 构建埃及伊蚊中肠的单细胞转录组图谱,以支持后续在单细胞水平研究虫媒病毒感染机制 | 成年雌性埃及伊蚊的中肠组织 | 单细胞组学 | 虫媒病毒感染(如登革热、寨卡病毒等) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,研究对象为成年雌性埃及伊蚊中肠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2746 | 2026-02-28 |
Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.02.587596
PMID:38617297
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探索了气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的广泛反应 | 揭示了气道损伤通过肺泡巨噬细胞介导的Osteopontin上调,诱导远端肺泡II型细胞增殖和新型间质细胞群MANC2的动态变化 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证,且未深入探讨长期疾病发展机制 | 探究气道损伤对远端肺组织细胞反应的影响机制 | 小鼠模型中的气道和肺泡组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2747 | 2026-02-28 |
Single-cell transcriptome analysis reveals tumoral microenvironment heterogenicity and hypervascularization in human carotid body tumor
2024-04, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31175
PMID:38214142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人颈动脉体肿瘤,揭示了其微环境异质性和高血管化特征 | 首次对颈动脉体肿瘤进行单细胞转录组分析,识别了16种细胞群并阐明了内皮细胞、巨噬细胞和神经元细胞在肿瘤形成中的新机制 | NA | 定义导致颈动脉体肿瘤高血管化和慢性增生的细胞类型 | 人颈动脉体肿瘤样本 | 数字病理学 | 颈动脉体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2748 | 2026-02-28 |
Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism
2024-03, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31027
PMID:37099691
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研究论文 | 本文探讨了Sirtuin 6通过激活脂质分解代谢改善博来霉素诱导的肺纤维化的机制 | 揭示了SIRT6通过PPARα介导的脂质分解代谢在肺纤维化中的保护作用,为治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类临床相关性需进一步验证 | 探究SIRT6在肺纤维化中的作用机制及潜在治疗策略 | 人类肺组织、小鼠模型、肺泡上皮细胞 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞测序、高通量测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2749 | 2026-02-28 |
A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition
2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018
PMID:30303712
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研究论文 | 本研究通过遗传策略分离出一种条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系(KGli1),用于模拟肌成纤维细胞转化过程 | 开发了首个能够维持间充质干细胞样特性、响应hedgehog通路激活并展示TGF-β诱导肌成纤维细胞分化的Gli1阳性肾脏细胞系 | 研究主要基于体外细胞模型,体内验证仍需进一步实验 | 研究肾脏纤维化中Gli1阳性间充质干细胞样细胞向肌成纤维细胞转化的机制 | 条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系(KGli1) | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2750 | 2026-02-27 |
Emerging roles of non-coding RNAs in the tumor microenvironment of pancreatic cancer: Focusing on current challenges and future directions
2026-Apr-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150063
PMID:41707796
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综述 | 本文综述了非编码RNA在胰腺癌肿瘤微环境中的多重作用,并探讨了当前挑战与未来方向 | 聚焦于非编码RNA作为肿瘤微环境中细胞通讯和功能重塑的关键介质,并讨论了单细胞与空间转录组学等新兴策略 | 非编码RNA的多效性及肿瘤微环境的异质性阻碍了机制解释和临床转化 | 总结非编码RNA在胰腺癌肿瘤微环境中的作用,并探索其诊断和治疗潜力 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其肿瘤微环境中的非编码RNA | 数字病理学 | 胰腺癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2751 | 2026-02-27 |
Single-Cell Multimodal Profiling Highlights Persistent Aortic Smooth Muscle Cell Changes in Diabetic Mice Despite Glycemic Control
2026-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.324012
PMID:41641545
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术,探究了血糖正常化对2型糖尿病小鼠血管平滑肌细胞表型转变相关的转录组和表观基因组变化的影响 | 首次在2型糖尿病模型中,结合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学,系统揭示了血糖控制后血管平滑肌细胞表观遗传记忆的持续存在 | 研究仅在糖尿病小鼠模型中进行,未在人体样本中验证;观察时间窗口为6周,长期效应未知 | 阐明2型糖尿病中血糖控制后血管平滑肌细胞功能障碍持续存在的分子机制 | 2型糖尿病db/db小鼠的主动脉组织 | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 空间基因表达数据 | db/db小鼠(达格列净或载体处理)及db/+对照小鼠,处理6周 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序使用10x Chromium平台,空间转录组学使用10x Xenium平台 |
| 2752 | 2026-02-27 |
Unraveling the Phylogenetic Signal of Gene Expression from Single-cell RNA-seq Data
2026-Feb-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag017
PMID:41746302
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研究论文 | 本研究评估了从单细胞RNA测序数据中调用单核苷酸变异的六种策略,并分析了推断基因型和细胞系统发育的质量 | 首次系统比较了多种从scRNA-seq数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法,揭示了scAllele、Monopogen和Monovar在提供系统发育信息方面的优势 | 研究仅基于5名癌症患者的381个单细胞转录组,样本量有限,且基因表达的系统发育信号仅在部分患者中显著 | 评估从单细胞RNA测序数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法性能 | 5名癌症患者的381个单细胞转录组 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 381个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2753 | 2026-02-27 |
Multi-Scale Mapping of Gene Expression from Whole-slide Images for Identifying Phenotype-Associated Subpopulations
2026-Feb-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521151
PMID:41736695
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研究论文 | 本研究提出了一个名为BiSCALE的深度学习框架,能够从全切片图像中预测组织和近细胞水平的基因表达,并将其与临床表型关联 | 开发了首个能够同时预测组织(批量)和近细胞(点)水平基因表达的多尺度深度学习框架,并引入了Vision-Mamba融合模块和两阶段训练策略来桥接不同尺度数据间的差异 | 研究仅在三种癌症类型上进行了训练和验证,模型的普适性在其他癌症类型中尚未得到充分验证 | 从常规病理全切片图像中进行多尺度基因分析和表型相关特征发现,以识别与表型相关的细胞亚群 | 肿瘤样本和空间转录组学数据点 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学,深度学习 | Vision-Mamba融合模块,WSI基础编码器 | 图像(全切片图像),基因表达数据 | 2109个批量肿瘤样本和141,000个空间转录组学数据点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2754 | 2026-02-27 |
Intra-tumoral tertiary lymphoid structures characterized by a B cell-related signature elicit antitumor effect through HAPLN3 in hepatocellular carcinoma
2026-Feb-25, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0758
PMID:41739581
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内三级淋巴结构的B细胞相关特征及其通过HAPLN3介导的抗肿瘤效应 | 首次在肝细胞癌中系统阐明了三级淋巴结构的细胞特征、驱动机制及其与免疫治疗反应的关系,并鉴定出HAPLN3作为关键的B细胞激活因子 | 研究队列主要基于回顾性样本,需要前瞻性临床研究验证HAPLN3的治疗潜力 | 探究肝细胞癌中肿瘤内三级淋巴结构的细胞特征、形成机制及其对预后的影响 | 339名肝细胞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 339名肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2755 | 2026-02-27 |
Comparing the impact of sample multiplexing approaches for single-cell RNA-sequencing on downstream analysis using cerebellar organoids
2026-Feb-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114780
PMID:41743667
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研究论文 | 本研究比较了Parse Biosciences组合条形码和10x Genomics CellPlex两种单细胞RNA测序多重化技术在分析小脑类器官时的表现 | 首次系统比较了两种商业单细胞RNA测序多重化技术在小脑类器官这一复杂组织模型中的应用效果 | 研究仅针对小脑类器官模型,未涵盖其他组织类型;样本规模可能有限 | 评估不同单细胞RNA测序多重化技术对下游分析的影响 | 小脑类器官 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定,但涉及小脑类器官样本 | Parse Biosciences, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | Parse Biosciences组合条形码, 10x Genomics CellPlex | Parse Biosciences组合条形码技术,10x Genomics CellPlex微流控捕获技术 |
| 2756 | 2026-02-27 |
Single cell transcriptomic atlas reveals macrophage polarization dynamics and intercellular communication networks in gingival tissue of periodontitis patients undergoing orthodontic treatment
2026-Feb-19, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100402
PMID:41722860
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了牙周炎患者正畸治疗期间牙龈组织中巨噬细胞的极化动态和细胞间通讯网络 | 首次在牙周炎合并正畸治疗的临床背景下,系统描绘了巨噬细胞的异质性、极化轨迹及其作为细胞通讯枢纽的功能 | 研究样本量有限,且为横断面设计,未能动态追踪治疗过程中的变化 | 探究牙周炎患者正畸治疗期间牙龈组织中巨噬细胞的亚型、极化动态及细胞间相互作用 | 接受正畸治疗的牙周炎患者的牙龈组织样本 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 降维分析、伪时间轨迹分析、RNA速率分析、细胞通讯推断 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,仅提及来自患者的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2757 | 2026-02-27 |
Ion channel gene signature for diagnosis and antifibrotic therapy in liver fibrosis
2026-Feb-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07856-1
PMID:41699670
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研究论文 | 本研究通过整合多组转录组数据集,识别了肝纤维化中差异表达的人类离子通道基因,并确定了AQP1、GJA1和KCNN2作为关键基因,具有诊断和治疗潜力 | 首次系统性地分析了人类离子通道基因在肝纤维化中的表达谱,结合单细胞RNA测序和分子对接模拟,识别了与纤维化进展和免疫重塑相关的关键基因及潜在治疗药物 | 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的体内功能验证,且候选药物的疗效需进一步实验确认 | 旨在分析人类离子通道基因在肝纤维化中的表达特征,并识别具有诊断和治疗相关性的关键基因 | 肝纤维化患者样本、胆管结扎小鼠模型以及相关的转录组数据集 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 转录组分析、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、免疫组化、分子对接模拟 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 多个转录组数据集、人类肝硬化组织样本、胆管结扎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2758 | 2026-02-27 |
Time-Dependent Effects of Rapid-Acting Antidepressants in iPSC-Derived Neurons from Treatment-Resistant Depression and Healthy Volunteers
2026-Feb-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8733841/v1
PMID:41743330
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研究论文 | 本研究利用iPSC来源的神经元模型,评估了多种快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者中的时间依赖性分子效应 | 首次使用iPSC来源的神经元模型并行评估多种快速起效抗抑郁药物,揭示了药物间共享的下游效应和细胞类型特异性变化 | 模型可能无法完全模拟体内复杂环境,样本量未明确说明,且仅关注了短期药物效应 | 探究快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症中的分子机制 | iPSC来源的成熟皮质样神经元,来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者 | 神经科学 | 抑郁症 | iPSC分化、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫细胞化学、CSF蛋白质组学 | iPSC来源的神经元模型 | 转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2759 | 2026-02-27 |
Mosaic variants in KRAS and STAT5B associated with a mixed phenotype of 2 acquired errors of immunity
2026-Feb-10, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.01.018
PMID:41628732
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研究论文 | 本文报道了一例罕见的获得性KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异病例,导致混合免疫缺陷表型 | 首次报道两种不同获得性免疫缺陷变异(KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异)共同导致混合临床表型 | 单病例研究,样本量有限,需要更多病例验证 | 研究获得性嵌合变异在免疫疾病发病机制中的作用 | 一名18岁女性患者,患有炎症性肠病、脾肿大、血小板减少、支气管扩张、单核细胞增多和嗜酸性粒细胞增多 | NA | 免疫缺陷疾病 | 诊断面板测序、全基因组测序、靶向扩增子测序、短读长和长读长单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因组数据、RNA数据、蛋白质数据 | 纵向血液和组织样本(单病例) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2760 | 2026-02-27 |
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689783
PMID:41394575
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研究论文 | 本文开发了scDRP生成框架,利用解耦表示学习来分离扰动依赖和扰动独立的潜在变量,以估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果 | 提出scDRP框架,结合解耦表示学习和渐近正确性保证,通过稀疏正则化的β-VAE分离潜在变量,并基于分位数保持效应假设进行条件最优传输来推断反事实状态 | 未明确说明模型在特定扰动类型或细胞类型中的泛化能力限制,以及数据噪声对估计精度的影响 | 估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果,揭示细胞状态特异性基因调控变化 | 单细胞扰动数据,包括模拟和真实数据,涉及鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激和CRISPR敲除等扰动 | 机器学习 | 慢性髓系白血病 | 单细胞测序 | β-VAE, 条件最优传输 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |