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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2721 | 2025-10-06 |
Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907
PMID:40300424
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析,探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物 | 首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术,系统识别缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于大鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物及其作用机制 | 缺血性心肌病患者组织样本和大鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA分析 | PPI网络分析, WGCNA | 基因表达数据 | 使用GSE46224和GSE116250数据集,并在大鼠模型中验证 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2722 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904
PMID:40305898
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR谱分析识别病毒特异性T细胞的标志物 | 发现7个上调基因可作为早期识别增殖性抗原特异性T细胞的标志物,准确率达93.52% | 样本仅来自健康供体,未在患者群体中验证 | 鉴定用于识别抗原特异性T细胞的生物标志物 | 健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞 | 单细胞分析 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, TCR谱分析, CFSE染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | 健康供体外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2723 | 2025-10-06 |
Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909
PMID:40311345
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研究论文 | 本研究通过可解释机器学习揭示了PANoptosis在NAFLD诊断、分型及免疫微环境重塑中的关键作用 | 首次整合多组学数据和可解释机器学习方法,系统解析PANoptosis在NAFLD中的作用机制,并识别出9个枢纽基因和潜在治疗药物 | NA | 探究PANoptosis在非酒精性脂肪肝病诊断、分型和免疫微环境重塑中的作用 | 非酒精性脂肪肝病患者 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞测序,分子对接,pan-cancer分析 | 可解释机器学习,无监督共识聚类 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2724 | 2025-10-06 |
Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells
2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024
PMID:39592233
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研究论文 | 通过基因编辑在小鼠中标记OTOP1蛋白,揭示其在味觉细胞中的顶端定位和细胞类型分布 | 首次通过内源性蛋白标记技术证明OTOP1质子通道严格定位于味觉细胞顶端,且不局限于III型味觉受体细胞 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的定位可能有所不同 | 探究OTOP1质子通道在味觉系统中的细胞和亚细胞定位 | HA-OTOP1基因编辑小鼠的味觉细胞 | 神经科学 | NA | 基因组编辑、高分辨率成像、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 雄性和雌性HA-OTOP1小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2725 | 2025-10-06 |
Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution
2025-Jan-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007
PMID:39788089
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和年轻化研究中的应用与发现 | 首次从单细胞分辨率系统梳理脑衰老的细胞类型特异性变化和年轻化干预策略 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨脑衰老的细胞机制和年轻化干预策略 | 大脑细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
2726 | 2025-10-06 |
Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis
2025-01-06, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izae155
PMID:39102823
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性 | 首次在单细胞水平揭示了结肠肌层巨噬细胞在生理和结肠炎状态下的转录组特征,发现Lyve1+巨噬细胞亚群在结肠炎期间消失而Cx3cr1+巨噬细胞保留并表现炎症可塑性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 解析结肠炎期间肠道肌层免疫细胞群的异质性和动态变化 | 结肠肌层巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,流式细胞术,细胞谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,流式数据 | 正常结肠和葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2727 | 2025-10-06 |
FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae917
PMID:39435987
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研究论文 | 介绍FlyRNAi数据库2025年更新,扩展了支持新技术和物种的资源 | 新增单细胞转录组学数据挖掘分析资源,将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病节肢动物载体 | NA | 支持功能基因组学研究,促进生物和生物医学理解 | 果蝇、节肢动物载体、常见遗传模型物种、人类生物学 | 生物信息学 | 传染病 | RNAi筛选、CRISPR、单细胞转录组学 | NA | 组学数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2728 | 2025-10-06 |
Construction of a New Ferroptosis-related Prognosis Model for Survival Prediction in Colorectal Cancer
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究构建了一个基于11个铁死亡相关基因的预后模型,用于结直肠癌患者的生存预测 | 首次结合单细胞RNA测序和转录组数据分析铁死亡相关基因在结直肠癌中的预后价值,并开发了11基因特征模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发结直肠癌的铁死亡相关基因预后特征并探索其分子功能 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, ssGSEA, WGCNA, Cox回归分析 | 预后预测模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GSE161277、GSE17537和TCGA-CRC数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2729 | 2025-10-06 |
Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration
2025-01-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202455
PMID:39162179
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综述 | 本文综述了周细胞在阴茎血管生成和神经再生中的作用及其与勃起功能障碍的关系 | 首次系统分析周细胞在糖尿病性和神经性勃起功能障碍中的具体作用机制 | 主要基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 分析周细胞在勃起功能障碍中的具体作用机制 | 周细胞在阴茎组织中的功能 | 病理生理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2730 | 2025-10-06 |
Uncovering plaque-glia niches in human Alzheimer's disease brains using spatial transcriptomics
2025, Molecular neurodegeneration advances
DOI:10.1186/s44477-025-00002-z
PMID:40740481
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的分子特征 | 首次在人类AD脑组织中系统描绘斑块-胶质细胞微环境的空间转录组特征,并整合多组学数据验证胶质细胞反应 | 样本来源于死后脑组织,可能无法完全反映疾病过程中的动态变化 | 解析阿尔茨海默病中斑块与胶质细胞相互作用的分子机制 | 人类阿尔茨海默病患者脑组织样本和iPSC来源的细胞培养模型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 免疫组织化学, 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 21名个体的78个死后脑切片 | NA | 空间转录组学, 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2731 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509
PMID:40756031
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研究论文 | 通过孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序分析和体外实验,揭示SEMA4A/MAPK信号通路在脓毒症发病机制中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化与多组学分析鉴定脓毒症核心基因,并通过单细胞测序明确其在单核细胞中的特异性表达 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索脓毒症的新治疗靶点 | 脓毒症患者转录组数据和THP-1人单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序,单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析,体外实验 | 差异表达分析,富集分析,细胞模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 3个独立脓毒症患者转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
2732 | 2025-10-06 |
To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1602475
PMID:40756111
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研究论文 | 本研究探索LOXL2作为胶质瘤生物标志物的潜力并构建基因组整合的临床预后模型 | 首次系统评估LOXL2在胶质瘤中的生物学功能及其与患者预后的潜在关联,构建了基于LOXL2的预后预测模型 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证LOXL2的具体分子机制 | 为改善胶质瘤诊疗策略提供新的理论基础 | 胶质瘤患者和LOXL2基因 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,GO/KEGG通路分析,免疫浸润分析 | COX回归,KM生存分析,列线图,决策曲线分析 | 基因组数据,临床数据,单细胞测序数据 | CCGA探索队列和TCGA验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2733 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis
2025, Journal of oral microbiology
IF:3.7Q2
DOI:10.1080/20002297.2025.2540827
PMID:40756339
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了牙龈卟啉单胞菌的转录异质性 | 首次在单细胞水平绘制牙龈卟啉单胞菌转录图谱,发现具有功能意义的稀有亚群 | 仅使用W83菌株在厌氧条件下培养,未涵盖其他菌株或体内环境 | 探究牙龈卟啉单胞菌在单细胞水平的转录异质性及其与牙周病发病机制的关系 | 牙龈卟啉单胞菌W83菌株 | 单细胞转录组学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析,差异表达分析 | 单细胞基因表达数据 | 1,942个牙龈卟啉单胞菌细胞 | NA | split-pool barcoding单细胞RNA测序 | NA | split-pool barcoding技术 |
2734 | 2025-10-06 |
New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.113396
PMID:40756344
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综述 | 从空间单细胞组学角度总结急性缺血性脑卒中后不同细胞类型在时空分布中的生物学功能和相互作用机制 | 首次从空间单细胞组学视角系统阐述急性缺血性脑卒中后中枢驻留细胞与外周免疫细胞亚群在时空分布中的动态互作机制 | NA | 理解急性缺血性脑卒中后复杂细胞间相互作用机制,为精准干预提供理论基础 | 小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群、浸润外周免疫细胞 | 空间转录组学 | 急性缺血性脑卒中 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2735 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.116567
PMID:40756359
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性氟暴露对小鼠肠道免疫和细胞多样性的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析慢性氟暴露对肠道细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 研究仅针对小鼠模型,未涉及人类样本验证 | 探究慢性氟暴露对肠道细胞功能和免疫调节的影响机制 | 小鼠回肠组织细胞 | 单细胞组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 广谱抗生素处理 | NA | 单细胞转录组数据 | 56周50-ppm氟暴露的小鼠回肠组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2736 | 2025-10-06 |
Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153
PMID:40756901
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症中关键细胞亚群的组蛋白修饰作用 | 首次在单细胞水平揭示NOA患者睾丸组织中特定细胞亚群(如Leydig细胞、PTM细胞和巨噬细胞)的组蛋白修饰相关基因异常表达 | 研究基于公共数据库数据,样本来源有限;未进行实验验证组蛋白修饰的功能机制 | 探究非梗阻性无精子症的分子机制,特别关注组蛋白修饰在疾病进展中的作用 | 非梗阻性无精子症患者和对照组的睾丸组织细胞 | 单细胞转录组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | AUCell, CellChat | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库GSE149512数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2737 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1641982
PMID:40757199
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据分析,揭示了子宫内膜异位症的细胞组成变化和关键预测细胞类型 | 首次通过整合单细胞和批量转录组数据识别MUC5B+上皮细胞和dStromal晚期间充质细胞作为子宫内膜异位症纤维化和炎症的双重驱动因子 | 依赖公共数据库数据,样本来源可能有限 | 研究子宫内膜异位症的细胞分类和组成,探索其诊断和治疗新方法 | 子宫内膜异位症患者的组织样本 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序,免疫组织化学 | 随机森林 | 基因表达数据,图像数据 | GEO公共数据库中的样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
2738 | 2025-10-06 |
Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment
2024-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01890-9
PMID:39227743
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌肿瘤微环境在治疗过程中的重塑过程 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型,整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌肿瘤微环境在放化疗治疗过程中的重塑机制 | 人类胰腺癌组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
2739 | 2025-10-06 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
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研究论文 | 本研究构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱,开发了新型生物年龄预测模型PHARE,揭示了免疫细胞在生理和病理衰老过程中的变化 | 构建了首个涵盖从新生儿到超百岁老人的人类生命周期免疫细胞转录组图谱,开发了适用于单细胞和批量RNA-seq数据的生物年龄预测模型PHARE | NA | 研究衰老如何塑造免疫细胞功能,为不同生命阶段患者的精准治疗提供依据 | 人类免疫细胞,涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄群体,以及COVID-19、川崎病和冠状动脉疾病患者 | 机器学习 | 衰老相关疾病 | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习模型 | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超百岁老人的人类生命周期样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2740 | 2025-10-06 |
MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features
2024-09-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52284-8
PMID:39251601
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研究论文 | 本研究揭示了Merlin丝氨酸13位点磷酸化通过调控Wnt信号通路影响脑膜瘤生长的机制,并发现了一种可用于指导治疗的MRI影像学生物标志物 | 首次发现Merlin S13去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用激活Wnt通路驱动脑膜瘤生长,并鉴定ADC作为Merlin完整脑膜瘤的影像学生物标志物 | 对Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制理解仍不完全,缺乏可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物 | 阐明Merlin完整脑膜瘤的生化机制并开发影像学生物标志物 | 脑膜瘤异种移植模型和患者样本 | 数字病理 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序,邻近标记蛋白质组质谱,磁共振成像 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,影像数据 | 脑膜瘤异种移植模型和患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组质谱,空间转录组学 | NA | NA |