单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2721	2025-04-25	FAO-fueled OXPHOS and NRF2-mediated stress resilience in MICs drive lymph node metastasis 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2411241122 PMID:40215279	研究论文	本研究探讨了肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用及其机制，发现脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2介导的应激抵抗在转移起始细胞中起关键作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定出具有干细胞特性的转移起始细胞，揭示了脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2-SLC7A11轴在淋巴结转移中的关键作用	研究主要关注食管鳞状细胞癌，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	探究肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用机制	转移起始细胞(MICs)和食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、转录组分析、脂质组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及单细胞RNA测序和多种组学分析
2722	2025-04-25	Two duplicated GhMML3 genes coordinately control development of lint and fuzz fibers in cotton 2025-Apr-14, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101281 PMID:39943690	研究论文	该研究通过基因编辑和互补实验揭示了GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12在棉花纤维发育中的协同作用	发现GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12以剂量依赖方式调控棉绒和绒毛纤维的发育，并构建了GhMML3调控纤维发育的基因网络模型	未明确GhMML3与其他调控基因之间的具体互作机制	阐明棉花纤维发育的遗传和分子机制	棉花纤维发育相关基因GhMML3_D12和GhMML3_A12	植物分子遗传学	NA	基因编辑(CRISPR-Cas9)、互补实验、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型棉花J668及其突变体nNSM和#mml3s的分离后代
2723	2025-04-25	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Apr-11, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	research paper	该研究提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）和Visium空间转录组学的新方法，用于在同一组织切片上识别RNA与代谢物的相关性	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间数据整合的变异性问题	研究仅在人乳腺癌和肺癌组织上进行了验证，未涉及其他癌症类型	开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未明确说明）
2724	2025-04-25	Toward automated and explainable high-throughput perturbation analysis in single cells 2025-Apr-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2025.101228 PMID:40264958	research paper	介绍了一种名为CellCap的生成深度学习模型，用于解码单细胞RNA测序数据中的扰动效应	开发了CellCap模型，能够提取可解释的扰动响应模块的潜在表示，识别不同条件下激活的关键细胞通路	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	解决单细胞RNA测序数据中扰动分析的复杂性	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	machine learning	NA	scRNA-seq	generative deep-learning model	scRNA-seq数据	NA
2725	2025-04-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	research paper	该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示了影响体内持久性的关键因素	首次系统性地研究了不同ICD结构如何指导T细胞功能，特别是在分子水平上，并发现了一种与特定ICD结构相关的独特持续信号特征	研究发现这种持续信号特征在液体肿瘤中有效，但在实体瘤中无效	解码CAR信号传导的设计原则，为下一代ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	生物医学工程	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
2726	2025-04-25	Spatial dissection of tumour microenvironments in gastric cancers reveals the immunosuppressive crosstalk between CCL2+ fibroblasts and STAT3-activated macrophages 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332901 PMID:39580151	研究论文	通过空间转录组学分析胃癌微环境，揭示了CCL2+成纤维细胞与STAT3激活的巨噬细胞之间的免疫抑制性互作	首次在胃癌中利用空间转录组学技术解析了肿瘤微环境中不同细胞类型的空间分布和功能互作，特别是CCL2+成纤维细胞通过JAK-STAT3信号通路促进肿瘤进展的机制	样本量较小（仅9例原发胃癌样本），需要在更大队列中验证发现	将胃癌生态系统的空间组织转化为涉及恶性、间质和免疫细胞的功能性细胞互作图谱	胃癌组织中的恶性细胞、间质细胞和免疫细胞	空间转录组学	胃癌	Visium空间转录组测序	NA	空间转录组数据	9例原发胃癌样本
2727	2025-04-25	Genetic variation at 11q23.1 confers colorectal cancer risk by dysregulation of colonic tuft cell transcriptional activator POU2AF2 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332121 PMID:39609081	研究论文	本研究通过多学科方法揭示了11q23.1位点的遗传变异如何通过调控POU2AF2基因影响结直肠癌风险	首次将11q23.1位点的遗传变异与结直肠癌风险联系起来，并揭示了POU2AF2作为簇细胞特异性转录激活因子的肿瘤抑制功能	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩大样本量	阐明11q23.1位点遗传变异导致结直肠癌风险的分子机制	结直肠癌相关遗传变异和POU2AF2基因	遗传学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞ATAC测序、CRISPR基因编辑	ApcMin/+小鼠模型	基因组数据、转录组数据、表观基因组数据	未明确说明人类样本量，使用ApcMin/+小鼠模型
2728	2025-04-25	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除，从而增强抗肿瘤免疫	揭示了PI3Kγ抑制与放疗联合治疗胰腺癌的新机制，即通过促进巨噬细胞的抗原呈递和CD8+ T细胞激活来增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
2729	2025-04-25	Airway Spatial Transcriptomics in Smoking 2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.01.25325047 PMID:40236402	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	创建了一个框架，通过虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	样本量较小（3名吸烟者和3名非吸烟者），可能影响结果的普遍性	研究吸烟对肺部细胞间通讯的影响	吸烟者和非吸烟者的肺部组织样本	空间转录组学	肺部疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	转录组数据	3名吸烟者和3名非吸烟者的肺部组织样本
2730	2025-04-25	Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.28.630634 PMID:39764062	研究论文	通过单细胞多组学分析研究人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构	首次在23种视网膜细胞亚类中鉴定了420,824个独特的候选调控元件，并比较了人类和小鼠视网膜细胞的染色质景观	未提及具体样本量限制或技术局限性	解析人类视网膜的基因调控程序及相关疾病的非编码风险变异	人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮(RPE)/脉络膜	表观基因组学	眼科疾病	单细胞多组学测序	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
2731	2025-04-25	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补	首次将条件扩散概率模型应用于单细胞RNA测序数据的缺失值填补，并采用带有注意力机制的深度神经网络优化填补过程	未具体说明方法在超大规模数据集上的计算效率	解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平被掩盖问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件扩散概率模型(conditional diffusion probabilistic models)和带有注意力机制的深度神经网络	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集(未明确具体数量)
2732	2025-04-25	The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq 2025-Apr, Biological trace element research IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12011-024-04333-y PMID:39177724	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响	首次发现铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异，并构建了3基因特征预测模型	研究样本量有限，需要进一步临床验证	探究铜死亡相关蛋白对间皮瘤进展的影响机制	间皮瘤患者样本和细胞系	digital pathology	mesothelioma	scRNA-seq, LASSO回归分析	多基因预测模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的间皮瘤样本
2733	2025-04-25	Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001064 PMID:39178365	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了胆道闭锁中的致病性胆管细胞生态位，并发现TNFRSF12A作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞和空间转录组技术全面描绘了胆道闭锁的肝脏细胞图谱，并揭示了TNFRSF12A在疾病中的关键作用	样本量相对较小（12例单细胞测序和4例空间转录组样本），且主要在动物模型和类器官中验证发现	阐明胆道闭锁中胆管细胞的致病机制并寻找治疗靶点	胆道闭锁患者的肝脏组织和小鼠疾病模型	数字病理	胆道闭锁	单细胞RNA测序、空间转录组分析	小鼠疾病模型、人类胆道类器官	RNA测序数据、空间转录组数据	12例肝脏组织（9例BA患者和3例对照）的单细胞测序，4例肝脏切片（2例BA患者和2例对照）的空间转录组分析
2734	2025-02-15	A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis 2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.70007 PMID:39948688	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2735	2025-04-25	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组变化	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠系的皮质OPCs
2736	2025-04-25	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-Apr, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的指导作用	发现了非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的三个阶段过程，并确定了MYB74转录因子在这一过程中的核心作用	未明确比较这种机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
2737	2025-04-25	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Apr-01, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1 PMID:40235492	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的多样性、细胞毒性及对常见儿童病原体的反应能力	揭示了新生儿MR1T细胞在TCR使用上的多样性、较低的细胞毒性以及对多种常见儿童病原体无反应的特点	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在感染易感性中的作用	新生儿和成人的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	scRNA-seq/scTCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人样本
2738	2025-04-25	An expandable synthetic library of human paired antibody sequences 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932 PMID:40258041	研究论文	本文介绍了一种名为IgHuAb的大型语言模型，用于高通量生成配对人类抗体序列，并创建了一个名为SynAbLib的合成人类抗体库	开发了IgHuAb模型和SynAbLib库，显著提高了人类抗体序列的多样性，并验证了其表达效率	未提及具体的技术限制或样本量限制	解决现有单细胞测序方法在人类抗体序列数据上的高通量和高成本问题	人类抗体序列	自然语言处理	NA	单细胞测序	大型语言模型	序列数据	NA
2739	2025-04-25	Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70558 PMID:40259204	research paper	该研究探讨了溶瘤病毒感染如何调节胶质瘤中的赖氨酸乙酰转移酶，特别是KAT8的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示了溶瘤病毒EV-A71感染胶质瘤细胞后KAT8的下调，并验证了KAT8在胶质瘤中的表达与临床病理特征、患者生存率及细胞凋亡的关系	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证，且样本来源有限	探索溶瘤病毒感染对胶质瘤中赖氨酸乙酰转移酶的调控机制及其临床意义	胶质瘤细胞和胶质瘤组织	digital pathology	glioma	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织样本及体外培养的胶质瘤细胞系
2740	2025-04-25	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004 PMID:40265090	research paper	研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者生存期的关联及其对免疫细胞抗肿瘤功能的负面影响	首次揭示了IDO1代谢物在NSCLC脑转移患者中的免疫抑制作用，并发现其与Treg细胞比例及患者生存期显著相关	样本量有限（195例），且未探讨IDO1抑制剂的治疗潜力	探究IDO1活性与NSCLC脑转移患者生存期的关系及其免疫调节机制	非小细胞肺癌伴脑转移患者	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	scRNA-seq分析、非靶向代谢组学分析	NA	血液/组织样本的代谢物检测数据、单细胞转录组数据	195例NSCLC患者（含脑转移病例）