单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 2721 - 2740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2721 | 2025-10-06 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本文开发了一套用于单细胞和单核RNA测序数据的等位基因特异性表达分析的实验与计算方法 | 发现单核RNA测序中内含子区域读长更适合等位基因失衡分析，并开发了新的计算工具套件 | NA | 改进单细胞水平等位基因特异性表达分析的方法 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 等位基因特异性表达分析 | NA | RNA测序数据 | 94名帕金森病患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 2722 | 2025-10-06 |
Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage
2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024
PMID:39589156
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子Tcf21在Foxd1阳性基质祖细胞向肾小球旁细胞谱系分化过程中的关键作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，揭示了Tcf21在肾脏发育早期阶段对Foxd1细胞向肾小球旁细胞分化的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾脏发育中的类似机制仍需进一步验证 | 探究Tcf21转录因子在Foxd1阳性基质祖细胞向肾小球旁细胞分化过程中的作用机制 | 小鼠肾脏Foxd1阳性基质祖细胞和肾小球旁细胞 | 发育生物学 | 肾脏发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫染色, 原位杂交 | 小鼠基因敲除模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 组织图像数据 | 2,054个细胞（来自E12、E18、P5和P30时间点的GFP阳性基质谱系细胞） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 2723 | 2025-10-06 |
Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow
2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592241308757
PMID:40109220
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研究论文 | 本研究优化了空间生物学技术的前处理方法，开发了适用于多种肿瘤类型和脱钙骨髓样本的空间蛋白质组学和转录组学分析方案 | 开发了分子和蛋白质友好的脱钙方案，建立了系统性的组织质量评估方法，实现了空间蛋白质组学和转录组学平台的相互验证 | 未明确说明样本规模和具体的统计验证方法 | 优化空间生物学技术的前处理方法，解决不同组织和肿瘤类型的技术挑战 | 多癌种组织微阵列和脱钙处理的骨髓核心样本 | 空间生物学 | 多癌种 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学, 高重免疫组织化学 | 单细胞分析 | 空间蛋白质表达数据, 空间转录组数据 | 多癌种组织微阵列和骨髓核心样本 | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞分析 | Xenium, PhenoCycler-Fusion | Xenium空间转录组学平台, PhenoCycler-Fusion高重空间蛋白质组学平台 |
| 2724 | 2025-10-06 |
Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells
2024-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01030-x
PMID:39147984
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研究论文 | 介绍一种能够同时检测单细胞中mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物的邻近测序方法 | 首次实现单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白复合物 | 需要基本的分子生物学和单细胞测序专业知识，实验过程需要数天时间完成 | 开发能够同时检测单细胞中多种生物分子的测序方法 | 单细胞中的mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物 | 单细胞测序 | NA | 邻近测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2725 | 2025-10-06 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
|
研究论文 | 提出了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因 | 结合细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优势来选择标记基因 | NA | 开发更有效的单细胞测序标记基因选择方法 | 单细胞测序数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序分析 | CosGeneGate | 单细胞测序数据 | 公共数据集和新测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2726 | 2025-10-06 |
FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics
2024-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01021-y
PMID:39039320
|
研究论文 | 介绍FIND-seq高通量核酸流式技术及其在稀有单细胞转录组分析中的应用 | 开发了基于核酸序列检测的细胞分选平台，可基于RNA或DNA标记分离稀有细胞并进行转录组分析 | 需要微流体学、光学和分子生物学专业知识 | 建立稀有细胞分离和测序的技术平台 | 稀有细胞亚群，包括HIV感染细胞、具有特定DNA突变或转录特征的细胞 | 单细胞测序技术 | HIV感染 | 核酸流式技术，单细胞转录组测序 | NA | RNA，DNA，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，核酸检测 | FIND-seq | 基于微流体的核酸检测和测序平台，支持稀有细胞分离和全转录组测序 |
| 2727 | 2025-10-06 |
The single-cell transcriptomic landscape of the topological differences in mammalian auditory receptors
2024-11, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2672-1
PMID:39083201
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示哺乳动物听觉受体拓扑差异的转录组景观 | 首次在单细胞水平系统揭示毛细胞拓扑分子梯度，发现Ptn、Rxra和Nfe2l2等新型音位分布相关基因，并预测调控这些梯度的转录因子 | NA | 探索哺乳动物耳蜗毛细胞音位分布图的分子组织机制 | 哺乳动物内毛细胞和外毛细胞 | 单细胞转录组学 | 听觉系统疾病 | 单细胞RNA测序 | SCENIC算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2728 | 2025-10-06 |
Single-cell immune landscape of measurable residual disease in acute myeloid leukemia
2024-11, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2666-8
PMID:39034351
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序描绘了急性髓系白血病可测量残留病的免疫细胞图谱 | 首次在单细胞水平揭示MRD阳性与阴性状态下免疫细胞组成的差异，并发现巨噬细胞迁移抑制因子通路在调节MRD-_CD8细胞簇中的作用 | 样本量相对有限（共32例患者），需要更大规模研究验证发现 | 探究急性髓系白血病可测量残留病的免疫细胞特征和转化机制 | 异基因造血干细胞移植后患者的骨髓样本 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 32例患者骨髓样本（20例MRD阳性，12例MRD阴性），共184,231个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2729 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.24.595827
PMID:38826323
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析21三体综合征和GATA1s对造血过程的个体和协同效应 | 首次使用同源人类诱导多能干细胞模型分离21三体综合征和GATA1s的个体发育影响 | 研究基于体外干细胞模型，可能无法完全反映体内造血微环境 | 解析21三体综合征和GATA1s对造血过程的独立和协同作用机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的造血祖细胞 | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | 同源人类诱导多能干细胞系（差异仅在于21号染色体和GATA1状态） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2730 | 2025-10-06 |
A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01001-2
PMID:38906985
|
研究论文 | 开发一种组织卷曲技术用于小鼠整个胃肠道的空间组学分析 | 提出简单易行的组织包埋技术，可在单张玻片上分析从口腔到直肠的完整胃肠道 | 需要具备小鼠手术技能和标准组织学方法的研究人员操作 | 开发最大化组织分析面积的空间组学技术 | 小鼠胃肠道组织 | 空间组学 | NA | 组织染色、免疫组织化学、原位杂交、多重抗体染色、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学 |
| 2731 | 2025-10-06 |
High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01007-w
PMID:38886529
|
研究论文 | 开发了一种名为microSPLiT的高通量细菌单细胞转录组测序方法 | 通过四轮组合条形码标记，无需专用设备即可在单次实验中分析数十万革兰氏阴性和阳性细菌的转录状态 | 需要基础分子生物学技术经验、细菌样本处理能力和DNA文库制备知识；数据分析需要计算资源、Unix命令行熟悉度及Python或R基础 | 开发适用于细菌的高通量单细胞转录组测序技术 | 革兰氏阴性和阳性细菌 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序，组合条形码标记 | NA | 转录组数据 | 单次实验最多100万个细菌细胞和96个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | microSPLiT | 微生物分裂池连接转录组学技术，采用96孔板进行四轮组合条形码标记 |
| 2732 | 2025-10-06 |
All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01005-y
PMID:38834919
|
研究论文 | 开发了一种结合全光学电压成像和单细胞转录组测序的新方法Voltage-Seq，用于靶向特定突触后反应类型的神经元分析 | 首次将基因编码电压指示器Voltron与单细胞RNA测序结合，实现基于特定突触后反应类型的神经元靶向采集和转录组分析 | 需要6周完成工作流程，包括4-5周的病毒传感器表达时间，且需要操作者具备微操作技能和分子生物学、生物信息学经验 | 开发高通量方法研究突触后神经元的连接特性和转录组特征 | 小鼠急性脑切片中的突触后神经元 | 神经科学 | NA | 全光学电压成像，单细胞RNA测序 | 分类器 | 图像，基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2733 | 2025-10-06 |
ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01002-1
PMID:38769144
|
研究论文 | 介绍ProBac-seq细菌单细胞RNA测序方法，利用液滴微流控和大规模寡核苷酸探针组解决细菌单细胞转录组分析的技术难题 | 开发了专门针对细菌的mRNA特异性探针方法，克服了细菌mRNA缺乏polyA尾、转录本不稳定和细胞形态不兼容等传统单细胞RNA测序技术的关键限制 | 协议完成时间较长（约7天），且需要针对不同生物体设计特异性探针组 | 建立适用于细菌的单细胞RNA测序方法 | 细菌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序、液滴微流控、原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 数千个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于液滴微流控的单细胞封装技术 |
| 2734 | 2025-10-06 |
Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model
2024-09-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2400053
PMID:39283647
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研究论文 | 通过受控人类感染模型研究皮肤对分枝杆菌的免疫反应 | 首次在BCG初治人群中系统分析皮肤分枝杆菌感染的免疫反应动态，发现非免疫细胞在免疫应答中的潜在作用 | 样本量较小（10名参与者），仅使用单一菌株（BCG Tice株），治疗组间未观察到显著差异 | 探究皮肤对分枝杆菌的免疫反应机制 | 人类参与者接种BCG后的皮肤免疫反应 | 免疫学 | 分枝杆菌感染 | 流式细胞术, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞计数数据 | 10名参与者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2735 | 2025-10-06 |
TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME
2024-08-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002379
PMID:38713581
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者外周血单核细胞亚群的转录组差异与临床结局的关系 | 首次在单细胞水平揭示不同临床结局脓毒症患者的经典与非经典单核细胞转录组差异，发现TNF-α产生相关的基因表达模式 | 样本量未明确说明，研究结果需要更大规模验证 | 阐明决定脓毒症患者不同临床轨迹的免疫学机制 | 脓毒症患者的外周血经典和非经典单核细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序，通路分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2736 | 2025-10-06 |
Scanorama: integrating large and diverse single-cell transcriptomic datasets
2024-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-00991-3
PMID:38844552
|
研究论文 | 介绍用于整合大型多样化单细胞转录组数据集的Scanorama工具及其使用流程 | 开发了能够有效整合来自不同实验、实验室和技术的单细胞RNA测序数据的工具，解决了数据集间技术变异问题 | 需要用户具备细胞生物学、转录组技术和生物信息学的基础知识 | 提高异质性单细胞RNA测序数据的质量和解释能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2737 | 2025-10-06 |
Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy
2024-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2557-x
PMID:38748354
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示猪胚胎着床过程中母胎对话的动态机制 | 开发了新型工具ExtraCellTalk构建母胎对话动态图谱，并发现保守的RBP4/STRA6信号通路 | 研究局限于猪模型，人类临床适用性需进一步验证 | 探究胚胎着床过程中的母胎对话机制 | 猪围植入期胚胎和对应母体子宫内膜 | 单细胞组学 | 生殖医学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2738 | 2025-10-06 |
DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS
2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002370
PMID:38662604
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研究论文 | 本研究通过分析脓毒症患者铜死亡相关基因表达，发现CD4+T细胞中GLS表达降低可作为预后指标 | 首次将铜死亡相关基因表达与脓毒症患者免疫细胞亚群分类和预后关联，并发现GLS表达变化与铜螯合治疗的独特响应模式 | GLS表达变化与铜关联机制尚未完全阐明，需要进一步研究 | 探索脓毒症患者铜死亡相关分子标志物以辅助分层和改善预后 | 脓毒症患者外周血样本和Jurkat细胞系 | 免疫学 | 脓毒症 | scRNA-seq, WGCNA, 免疫印迹, 流式细胞术, 免疫荧光, CFSE分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2739 | 2025-10-06 |
Leveraging single-cell RNA sequencing to unravel the impact of aging on stroke recovery mechanisms in mice
2023-06-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2300012120
PMID:37307473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老如何通过影响微glia/巨噬细胞与内皮细胞/少突胶质前体细胞间的相互作用来损害中风后脑修复机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老对中风后脑修复机制的影响，并证明年轻来源的MG/MΦ移植可部分恢复老年小鼠的脑修复功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中得到验证；机制研究仍需要进一步深入 | 探究衰老对中风后脑组织修复机制的影响 | 年轻和老年小鼠的中风后脑组织 | 单细胞转录组学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠在急性期（3天）和慢性期（14天）的中风后脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2740 | 2025-10-06 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本研究通过整合多组学纵向数据重建了肺发育调控网络 | 开发了首个结合mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学的肺泡发育动态调控网络模型，并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 揭示出生后肺泡肺发育的动态调控机制 | 小鼠和人类肺泡组织 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割, mRNA测序, microRNA测序, DNA甲基化测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学数据, 时间序列数据 | 14个预定时间点的小鼠肺泡样本和人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |