单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2721	2025-03-18	Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases 2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322558 PMID:40061311	研究论文	本文通过多组学分析研究了食管腺癌脑转移的分子特征及其临床意义	首次发现ERBB2在食管腺癌脑转移中的反复改变，并揭示了其在疾病进展早期的作用	样本量较小（10例），且仅针对脑转移病例进行研究	探索食管腺癌脑转移的分子机制及其治疗策略	食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤	数字病理学	食管腺癌	全基因组测序、单细胞空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	10例食管腺癌脑转移患者
2722	2025-03-18	Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639127 PMID:40060416	研究论文	本文系统研究了训练数据集组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响	首次系统探讨了训练数据组成对单细胞转录组学基础模型性能的影响，特别是在人类造血系统中的应用	研究主要集中于人类造血系统，可能不适用于其他细胞类型或生物系统	探讨训练数据组成对单细胞转录组学深度学习模型性能的影响	人类造血系统中的单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	深度学习模型	单细胞转录组数据	包括成人和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞
2723	2025-03-18	MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.638723 PMID:40060426	研究论文	本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子	MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子	单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战	开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞转录组学	深度生成模型	单细胞转录组数据	NA
2724	2025-03-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1 PMID:40034439	研究论文	本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制	人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机空间主成分分析（RASP）	PCA	空间转录组数据	多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
2725	2025-03-18	EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636688 PMID:39975086	研究论文	本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题	EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题	NA	开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	基础模型	单细胞ATAC-seq数据	100,000+单细胞
2726	2025-03-18	Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764 PMID:38983858	研究论文	本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响	揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响	小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞	免疫学	过敏性气道疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	NA
2727	2025-03-17	Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876 PMID:38934400	研究论文	本文通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性	首次在人类脊髓中应用高吞吐量单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞的分子异质性，并与小鼠数据进行了跨物种比较	研究主要局限于人类和小鼠的脊髓胶质细胞，未涉及其他物种或神经系统的其他部分	探索人类脊髓中胶质细胞的分子异质性及其在疾病中的作用	人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞	数字病理	神经退行性疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	人类和小鼠的脊髓样本
2728	2025-03-17	Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068 PMID:38993124	研究论文	本文研究了脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用，并发现这些外泌体通过诱导受体细胞中TSC2的上调参与细胞通讯	首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在脊髓损伤后细胞通讯中的具体机制，特别是TSC2的上调作用	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证这些发现	探讨脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用	神经干细胞及其外泌体	细胞生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、转录组测序	体外坏死性凋亡模型	RNA测序数据	16-17天胚胎小鼠的神经干细胞
2729	2025-03-17	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示了新的细胞状态，并提出了新的分类系统	通过单细胞RNA测序技术发现了少突胶质细胞谱系中的五种新细胞状态，并提出了新的分类系统，有助于更深入地理解少突胶质细胞在生理和病理环境中的作用	需要进一步的研究来验证这些新发现的细胞状态在不同疾病模型中的具体作用	研究少突胶质细胞在健康和疾病状态下的异质性，以及其在脱髓鞘疾病中的作用	少突胶质细胞谱系	生物医学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2730	2025-03-17	Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1 2025-Apr-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567 PMID:39978571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序轨迹分析重建了肝细胞癌（HCC）的克隆进化，揭示了LDHA-NDRG1轴在癌症进展中的关键作用，并提出了针对乳酸化介导的表观遗传调控的精准医学策略	揭示了LDHA-NDRG1轴通过乳酸化组蛋白H2B在K58位点的表观遗传机制，连接代谢重编程与衰老逃逸，为HCC异质性提供了新的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索肝细胞癌的克隆进化及其与肿瘤异质性和衰老抵抗的关系	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2731	2025-03-17	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，全面揭示了圆锥角膜的炎症特征及其空间分布	研究中未详细探讨其他可能的炎症通路及其在圆锥角膜中的作用	研究圆锥角膜的分子和细胞变化，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
2732	2025-03-17	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	研究论文	本文通过整合多组学网络，利用图扩散方法构建高质量网络，分析阿尔茨海默病（AD）基因的网络特性	挑战了AD基因主要是网络中枢纽基因的传统观点，揭示了AD基因在网络中的分布特性及其调控机制	需要进一步验证多组学网络整合方法的普适性及其在不同疾病中的应用	研究阿尔茨海默病基因在网络中的特性及其调控机制	阿尔茨海默病基因	生物信息学	阿尔茨海默病	微阵列、单细胞RNA测序、单核RNA测序、蛋白质相互作用、基因本体信息	图扩散	基因表达数据	NA
2733	2025-03-17	Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998 PMID:39855485	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了与猪肌肉内脂肪含量相关的三种脂肪细胞类型	首次在猪肌肉组织中鉴定出三种新型脂肪细胞类型，并揭示了它们的基因表达特征和转录因子富集模式	研究仅限于猪的肌肉组织，未涉及其他物种或组织类型	研究猪肌肉内脂肪的细胞组成和基因表达特征，以理解其对肌肉脂肪浸润和肉质的影响	成年猪的肌肉组织	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析, ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, ATAC-seq数据	成年猪的肌肉组织样本
2734	2025-03-17	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织中微血管内皮细胞（ECs）的影响及其机制，发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨衰老对微血管内皮细胞的影响及其机制	小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞	生物医学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	NA	图像、RNA测序数据	老年小鼠的皮下脂肪组织
2735	2025-03-17	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	本文通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制了人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织图谱	结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CODEX技术，首次揭示了人类骨髓中非造血细胞的转录异质性及其与造血细胞的相互作用，并构建了空间解析的多组学图谱	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全捕捉细胞间的动态相互作用和功能变化	研究人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织，以揭示其在造血过程中的作用	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的CODEX成像数据
2736	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2737	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
2738	2025-03-17	Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis 2023-07-08, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-023-03181-x PMID:37422651	研究论文	本研究通过计算模拟揭示了姜黄素治疗牙周炎的潜在作用机制	通过单细胞分析和批量RNA测序数据的整合，结合分子对接和分子动力学模拟，揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式	研究主要依赖于计算模拟，缺乏实验验证	揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制	牙周炎	生物信息学	牙周炎	单细胞分析, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	基因表达数据	数据集GSE164241、GSE10334和GSE16134
2739	2025-03-16	Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma 2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101214 PMID:40023134	研究论文	本研究揭示了CENPU在胶质母细胞瘤中对替莫唑胺（TMZ）耐药性的作用机制	首次发现CENPU通过促进RPS3的泛素化和降解来增强TMZ耐药性，并阐明了其分子机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明TMZ耐药的机制并探索提高胶质母细胞瘤对TMZ敏感性的方法	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤学	胶质母细胞瘤	转录组测序、免疫组化（IHC）、HE染色、单细胞测序、免疫荧光、慢病毒转导、共免疫沉淀、质谱分析、碱性彗星实验	NA	基因表达数据、组织病理学数据、单细胞测序数据	患者来源的GBM类器官、颅内和皮下胶质瘤小鼠模型
2740	2025-03-16	Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations 2025-Apr-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0216 PMID:39970536	研究论文	本文研究了在携带不同PTEN基因变异的甲状腺类器官模型中，电离辐射如何影响DNA损伤反应，特别是PTEN与p53的相互作用	首次揭示了不同PTEN基因变异在辐射诱导的DNA损伤反应中的差异，特别是PTEN M134R变异与甲状腺癌易感性的关联	研究仅基于体外类器官模型，未涉及体内环境或临床样本验证	探讨PTEN基因变异在甲状腺癌发生中的作用机制	携带不同PTEN基因变异的人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的甲状腺类器官	肿瘤生物学	甲状腺癌	CRISPR-Cas9基因编辑技术、RNA测序（RNA-seq）	甲状腺类器官模型	RNA测序数据	来自健康供体的hiPSC细胞系，携带PTEN WT/G132D和PTEN WT/M134R变异的类器官