单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2721	2025-07-17	Unveiling the impact of ferroptosis on diabetes-associated cognitive decline through comprehensive single-cell RNA sequencing and experimental studies 2025-Jul, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.70101 PMID:40254912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验研究揭示了铁死亡在糖尿病相关认知衰退中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术研究铁死亡在糖尿病相关认知衰退中对小胶质细胞和少突胶质细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明糖尿病相关认知衰退的发病机制	2型糖尿病小鼠的海马体样本	生物医学	糖尿病相关认知衰退	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 小干扰RNA敲除	小鼠T2DM模型	RNA测序数据	T2DM和对照小鼠的海马体样本
2722	2025-07-17	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	研究论文	本文介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域校正空间混杂，识别局部异常值和区域伪影，填补了现有方法在空间转录组学质量控制中的空白	未提及具体的样本量限制或技术适用范围	开发一种针对空间转录组学数据的质量控制方法，提高数据可靠性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	使用公开可用的Visium数据，具体样本量未说明
2723	2025-07-17	Cancer-Associated Fibroblasts: Heterogeneity, Cancer Pathogenesis, and Therapeutic Targets 2025-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70292 PMID:40656546	综述	本文系统回顾了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在癌症发病机制中的作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞多组学和空间转录组学的最新进展，识别了具有不同分子特征和空间分布的CAF亚型，并提出了针对这些亚型的精准治疗策略	治疗策略在调和CAF功能双重性方面仍面临挑战，阻碍了临床转化	系统分类CAF亚型并评估其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	癌症	单细胞多组学、空间转录组学	NA	分子特征数据、空间分布数据	NA
2724	2025-07-17	KIL transcription factors facilitate embryo growth in maize by promoting endosperm elimination via lytic cell death 2025-Jul-01, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaf162 PMID:40579219	research paper	该研究揭示了玉米中KIL转录因子通过促进胚乳溶解性细胞死亡来促进胚胎生长的机制	发现了KIL1和KIL2两个NAC转录因子在胚乳溶解性细胞死亡中的关键作用，并揭示了父本基因对胚乳细胞死亡的调控	研究仅聚焦于玉米中的特定转录因子，未探讨其他作物中类似机制的存在	探究玉米籽粒发育过程中胚乳细胞死亡的分子机制及其对胚胎生长的影响	玉米(Zea mays)籽粒发育过程中的胚乳细胞	植物发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用功能获得型和功能缺失型kil突变体进行分析
2725	2025-07-17	Exploring the sublayer formation process in layer V of the neocortex through two newly identified molecular markers 2025-Jul-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaf174 PMID:40668607	研究论文	本研究通过识别两个新的分子标记Pcp4和FoxO1，探索了大脑新皮层第五层亚层的形成过程	发现了两个新的分子标记Pcp4和FoxO1，用于定义第五层的两个亚层Va和Vb，并揭示了microRNA在神经元亚型特化中的关键作用	研究主要聚焦在第五层的神经元亚型，未涉及其他皮层层的分子机制	探索大脑新皮层第五层神经元亚型多样化的分子机制	哺乳动物新皮层第五层的兴奋性锥体神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Dicer条件性敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用两种Dicer条件性敲除小鼠模型进行研究
2726	2025-07-17	GPX1 and RCN1 as New Endoplasmic Reticulum Stress-Related Biomarkers in Multiple Sclerosis Brain Tissue and Their Involvement in the APP-CD74 Pathway: An Integrated Study Combining Machine Learning and Multi-Omics 2025-Jun-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136286 PMID:40650067	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析、单细胞测序和动物模型验证，鉴定了与多发性硬化症（MS）相关的13个内质网应激（ERS）相关生物标志物，并探讨了它们在APP-CD74通路中的作用	首次结合机器学习算法和多组学方法，鉴定了MS中新的ERS相关生物标志物GPX1和RCN1，并揭示了它们在APP-CD74通路中的参与机制	研究结果主要基于生物信息学分析和动物模型，需要在更大规模的临床样本中进行验证	探索多发性硬化症中内质网应激相关生物标志物的作用机制及其诊断和治疗潜力	多发性硬化症患者脑组织和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	生物信息学	多发性硬化症	加权基因共表达网络分析、机器学习算法、单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及MS患者和EAE小鼠模型
2727	2025-07-17	Epidermal γδ T cells, CD8 T cells and macrophages are increased in number in alopecia areata and express BST2 as part of an interferon-driven antiviral gene signature 2025-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661822 PMID:40667382	research paper	该研究探讨了斑秃中表皮γδ T细胞、CD8 T细胞和巨噬细胞数量的增加及其表达的BST2作为干扰素驱动的抗病毒基因特征的一部分	确定了表皮γδ T细胞和巨噬细胞在斑秃中的作用，并将BST2定位为干扰素驱动的免疫激活标志物	研究主要基于小鼠模型和公开的单细胞RNA测序数据，人类样本的研究相对有限	阐明斑秃发病机制中其他免疫细胞群的作用	斑秃患者和小鼠模型中的免疫细胞	免疫学	斑秃	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	C3H/HeJ小鼠和人类斑秃皮肤样本
2728	2025-07-17	Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics 2025-Jun-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136201 PMID:40649979	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞组学数据，从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析结合单细胞RNA测序，识别出与冠状动脉粥样硬化相关的11种蛋白质，并确认其中5种基因在平滑肌细胞中的特异性表达	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关治疗靶点	冠状动脉粥样硬化患者	生物医学	心血管疾病	孟德尔随机化分析(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	UK-PPP队列(54,219名参与者，2,923种蛋白质)和冰岛队列(35,559名参与者，4,907种蛋白质)
2729	2025-07-17	Strain-Specific Tropism and Transcriptional Responses of Enterovirus D68 Infection in Human Spinal Cord Organoids 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661907 PMID:40666885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类脊髓类器官中肠道病毒D68（EV-D68）感染的细胞趋向性和转录反应	首次在人类脊髓类器官模型中揭示了EV-D68不同毒株的细胞趋向性差异及其宿主转录反应	研究仅使用了体外类器官模型，可能无法完全模拟体内感染情况	探究EV-D68感染导致急性弛缓性脊髓炎（AFM）的潜在机制	人类脊髓类器官（hSCOs）	神经生物学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脊髓类器官模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种EV-D68毒株（B2和B3）感染的人类脊髓类器官
2730	2025-07-17	Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661525 PMID:40667036	研究论文	通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究可注射细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性	首次将单细胞和空间分辨转录组学应用于探究生物材料支架在心脏中的治疗活性	未提及具体样本量或实验设计的详细限制	揭示ECM水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性	心肌梗死模型中的细胞外基质生物材料	生物医学工程	心血管疾病	空间转录组学、单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
2731	2025-07-17	Personalized Gut-Liver Microphysiological System Maps Donor-Specific Tissue-Resident Immunity and Reveals a Conserved Metabolic Crosstalk 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.652244 PMID:40667172	研究论文	本研究构建了一个个性化的肠道-肝脏微生理系统（MPS），用于模拟个体特异的组织驻留免疫（TRI）特征，并揭示了一种保守的代谢互作	首次构建了个性化的肠道-肝脏微生理系统，结合原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞，揭示了TRI的个体差异和保守的代谢互作	研究仅涉及两名供体的样本，样本量较小	探索个体特异的组织驻留免疫特征及其在免疫代谢疾病中的作用	肠道和肝脏的组织驻留免疫细胞及其代谢互作	免疫代谢	免疫代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微生理系统（MPS）	单细胞转录组数据	两名供体的原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞
2732	2025-07-17	Stiffness sensing fuels matrix-driven metabolic reboot for kidney repair and regeneration 2025-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.22.660927 PMID:40667238	研究论文	该研究揭示了Mfap2在肾脏修复过程中作为细胞外基质动态和机械信号传导的关键调节因子，连接组织硬度与代谢重编程	首次将Mfap2定位为ECM动态和机械信号传导的关键调节因子，并揭示了其通过Esr2介导的转录抑制影响肾脏代谢和修复的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	探索急性肾损伤后肾脏修复的细胞外基质驱动机制	肾脏修复过程中的成纤维细胞、周细胞和肾小管细胞	组织工程与再生医学	急性肾损伤	组织工程、遗传和药理学模型、多组学分析、全局蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
2733	2025-07-17	A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.18.660479 PMID:40666853	研究论文	本研究揭示了在原始脊椎动物中，一种类似于对偶规则的转录网络如何协调神经管闭合的过程	发现了一个涉及特定基因的转录回路，该回路通过动态表达模式调控神经管闭合过程中的细胞行为	研究主要基于原始脊椎动物模型，结果在高等脊椎动物中的普适性尚待验证	探究神经管闭合过程中转录程序如何协调细胞行为	原始脊椎动物（被囊动物）的神经管闭合过程	发育生物学	NA	HCR杂交、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2734	2025-07-17	Tumor Cells Enriched for Interferon and Inflammatory Programs Pre-Exist in High Grade Serous Ovarian Cancer and are Proportionately Significantly Increased Post Chemotherapy 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661404 PMID:40667229	研究论文	通过单细胞RNA测序分析化疗前后高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞的转录组变化，揭示了干扰素和炎症基因特征在化疗后的显著增加	首次在HGSOC中发现了化疗前后干扰素和炎症基因特征的变化，并揭示了这些变化与内源性逆转录转座子LINE1的去抑制和先天免疫激活相关	样本量较小（7对匹配肿瘤），且仅关注了HGSOC，未涉及其他类型的卵巢癌	探索化疗后HGSOC肿瘤细胞的转录组变化及其潜在的生物学机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞	癌症生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光成像	NA	单细胞转录组数据、图像数据	7对匹配的化疗前后肿瘤样本，以及超过130个未经治疗的肿瘤样本
2735	2025-07-17	A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660757 PMID:40667350	研究论文	本研究构建了胰腺导管腺癌（PDAC）在放射治疗（RT）下的转录组景观，揭示了细胞亚型和空间解析的微环境，并开发了一种新的统计方法SpaCCI来分析细胞间相互作用	开发了SpaCCI方法用于空间数据中细胞类型混合物的分析，揭示了CXCL12/TGFβ驱动的持久性细胞生态位及其对RT的适应性机制	样本量相对较小（50例患者样本），且研究结果需要在更大的队列中进行验证	阐明PDAC对RT的适应性机制和细胞间相互作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	SpaCCI	转录组数据	50例患者样本（16例纵向匹配的单细胞RNA测序样本和34例空间转录组样本）
2736	2025-07-17	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	本研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并发现抑制性神经元在这一性别差异中起主要作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的关键因素	研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为幼年大鼠
2737	2025-07-17	Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma 2025-Jun-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132117 PMID:40647416	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤的免疫抑制微环境及其关键细胞类型和相互作用	首次在骨肉瘤中系统描述了免疫抑制微环境的细胞组成和相互作用机制，特别是MDSCs与其他细胞的相互作用导致NF-κB上调	样本量较小（12个活检样本），可能需要更大规模的研究验证发现	深入理解骨肉瘤的免疫微环境特征及其在肿瘤进展中的作用	骨肉瘤肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	细胞-细胞通讯模型	RNA测序数据	12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表）
2738	2025-07-17	Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.18.659743 PMID:40666832	research paper	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用	发现了正常和肿瘤组织中多激素神经内分泌细胞的存在，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的转录连续性和细胞起源的多样性，挑战了传统的分类方法	研究样本量虽大，但可能仍不足以涵盖所有类型的PitNETs，且空间转录组学的分辨率有限	解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用	人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤	digital pathology	pituitary neuroendocrine tumors	单核RNA测序（snRNA-seq）, 空间转录组学	NA	RNA序列数据, 空间转录组数据	419,874个细胞来自人类正常垂体和PitNETs
2739	2025-07-17	Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.10.02.508492 PMID:40667258	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元	结合单细胞RNA-seq、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，创建了健康和异常结肠细胞生态系统的详细空间图谱，并发现了细胞邻域的组织方式	研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据有相关性，但直接应用于人类疾病仍需进一步验证	揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能相互作用	健康和异常结肠细胞生态系统	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, Slide-seq空间转录组学, 多重RNA分析	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据	诱导性遗传CRC小鼠模型及人类CRC样本
2740	2025-07-17	Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.17.660224 PMID:40666928	研究论文	本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用	首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点	HER2阳性乳腺癌小脑转移	肿瘤学	乳腺癌	空间转录组学、MRI、光学成像	小鼠模型	影像数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量