单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
27201	2024-08-09	Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule 2013, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1003432 PMID:23818847	研究论文	本研究使用单细胞测序技术分析了来自HIV-1感染患者的淋巴结组织中的单个HIV-1 DNA分子，发现大多数CD4+ T细胞仅含有一个HIV-1 DNA分子。	本研究首次详细分析了感染细胞中前病毒的数量及其遗传关系，揭示了HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	研究样本仅来自五名未经治疗的慢性感染患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	来自HIV-1感染患者的淋巴结组织和外周血中的CD4+ T细胞。	数字病理学	HIV感染	单细胞测序	NA	DNA	五名未经治疗的慢性HIV-1感染患者
27202	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for drug target discovery 2013-Oct, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2013.04.011 PMID:23725882	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序技术在药物靶点发现中的应用	介绍了新的样本制备技术、测序平台和生物信息学工具，提高了数据的数量和质量	单细胞测序技术仍处于相对初级阶段	探索单细胞测序技术在识别新药物靶点中的应用	单细胞转录组测序技术及其在药物靶点发现中的应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
27203	2024-08-09	Investigating evolutionary perspective of carcinogenesis with single-cell transcriptome analysis 2013-Dec, Chinese journal of cancer DOI:10.5732/cjc.012.10291 PMID:23706768	研究论文	本文开发了相变微流控装置用于大量单细胞的分子谱分析，并探讨了单细胞转录组分析技术在从进化角度研究白血病中耐药性发展中的应用。	本文采用单细胞技术克服了传统细胞裂解物中基因表达测量的细胞异质性问题，能够获取大量单细胞转录组数据，从而从进化角度研究癌症发生。	NA	研究癌症发生的进化视角以及白血病中耐药性的发展。	单细胞转录组数据及其在癌症治疗中的应用。	数字病理学	白血病	RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞
27204	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals bimodality in expression and splicing in immune cells 2013-Jun-13, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature12172 PMID:23685454	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探究了小鼠骨髓来源的树突状细胞（BMDCs）对脂多糖反应中的异质性	发现了先前未观察到的信使RNA丰度和剪接模式的双峰变异，并验证了这些变异	NA	揭示细胞间的功能多样性并解析细胞状态和调控回路	小鼠骨髓来源的树突状细胞（BMDCs）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用来自敲除小鼠的细胞进行研究
27205	2024-08-09	Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology 2013-Sep, Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases IF:10.9Q1 DOI:10.1111/1469-0691.12217 PMID:23601179	综述	本文综述了高通量测序技术在临床微生物学中的应用及其革命性影响	高通量测序技术降低了测序成本并缩短了结果时间，使其在研究和诊断中更具吸引力	NA	探讨高通量测序技术如何革新临床微生物学及其未来潜力	包括目标DNA序列和抗原的快速鉴定、流行病学分型和病原体监测、以及抗生素抗性和毒力因子的研究	NA	NA	高通量测序	NA	基因组数据	NA
27206	2024-08-09	Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2013-Apr-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb-2013-14-4-r31 PMID:23594475	研究论文	本研究介绍了一种名为Quartz-Seq的新型单细胞RNA测序方法，该方法具有更简单的实验流程和更高的重复性和灵敏度	Quartz-Seq方法比现有方法更简单，重复性和灵敏度更高，能够定量检测各种非遗传细胞异质性	NA	开发一种高度可重复且敏感的单细胞RNA测序方法，以促进对非遗传细胞异质性的生物学角色和潜在机制的理解	单细胞RNA测序方法的开发及其在检测非遗传细胞异质性中的应用	基因组学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	单细胞
27207	2024-08-09	Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome 2013-May, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.142208.112 PMID:23493677	研究论文	本文通过凝胶微滴培养技术揭示了人类微生物组中物种内基因组多样性	使用凝胶微滴培养技术减少了MDA反应中的偏差，并显著提高了基因组测序和组装的准确性	MDA技术从单个染色体拷贝中存在放大偏差和大量特异性损失的问题	探索微生物基因组多样性，并改进基因组测序技术	人类口腔和粪便微生物组样本中的两种细菌物种	NA	NA	多重置换扩增(MDA)	NA	基因组数据	数百至数千个遗传上相同的细胞
27208	2024-08-09	Single-cell sequencing in its prime 2013-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2523 PMID:23471069	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
27209	2024-08-09	Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data 2013-Jan-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb-2013-14-1-r7 PMID:23360624	research paper	本文开发了一种统计框架，用于从单细胞RNA测序数据中研究随机基因表达的动力学	提出了一个新的统计模型，能够从单细胞RNA测序数据中推断基因表达的动力学参数，并发现组蛋白修饰对转录爆发的影响	NA	研究基因表达的动力学特性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	RNA-seq	统计模型	数据	小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据集
27210	2024-08-09	High-throughput sequencing for biology and medicine 2013, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/msb.2012.61 PMID:23340846	综述	本文综述了高通量测序技术在生物学和医学领域的广泛应用及其带来的新见解	介绍了高通量测序技术在转录组动态、基因组结构和基因组变异分析方面的创新方法	讨论了高通量测序在生物学和健康领域未来可能面临的障碍	探讨高通量测序技术在生物学和医学领域的新应用及其对复杂生物系统的洞察	涉及转录组、基因组结构、基因组变异、单细胞测序等多个生物学和医学研究对象	基因组学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	NA
27211	2024-08-09	BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing 2013, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-14-S1-S7 PMID:23368723	研究论文	本文介绍了一种基于汉明图和贝叶斯子聚类的新型错误校正工具BAYESHAMMER，用于单细胞测序中的错误校正	引入了基于汉明图和贝叶斯子聚类的新算法，这些算法在单细胞测序项目中表现出色，并且比现有的多细胞测序错误校正工具更快	NA	开发一种适用于单细胞测序的错误校正工具，并验证其在多细胞测序数据中的性能	单细胞测序数据和多细胞测序数据的错误校正	测序技术	NA	单细胞测序	贝叶斯聚类	测序读取数据	NA
27212	2024-08-09	Molecular characterization of heterogeneous mesenchymal stem cells with single-cell transcriptomes 2013 Mar-Apr, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2012.12.003 PMID:23266308	综述	本文综述了间充质干细胞（MSC）的潜在治疗应用，并讨论了使用单细胞转录组分析对异质细胞群进行分子表征的系统方法	提出了一种基于单细胞转录组分析的系统方法，用于在没有已知生物标志物的情况下对异质细胞群进行分子表征	NA	探讨间充质干细胞的分子表征及其在再生医学中的治疗应用	间充质干细胞及其在不同临床情况下的治疗价值	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	NA
27213	2024-08-09	Genome-wide detection of single-nucleotide and copy-number variations of a single human cell 2012-Dec-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1229164 PMID:23258894	研究论文	本文报道了一种新的扩增方法——多次退火和循环扩增环（MALBAC），用于单细胞全基因组测序，实现了高均匀性的基因组覆盖	提出了MALBAC扩增方法，提高了单细胞全基因组测序的覆盖率和均匀性	NA	开发和验证一种新的单细胞全基因组扩增方法，用于检测单细胞中的单核苷酸变异和拷贝数变异	单个人类细胞的基因组	基因组学	癌症	MALBAC	NA	DNA	三个相关细胞
27214	2024-08-09	Cancer genome sequencing: understanding malignancy as a disease of the genome, its conformation, and its evolution 2013-Nov-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2012.10.018 PMID:23111104	研究论文	本文探讨了癌症基因组测序技术的发展及其在理解癌症基因组结构和进化中的应用	介绍了高通量测序技术在癌症基因组和转录组变异分析中的新化学和计算技术，以及单细胞测序在研究肿瘤进化中的潜力	NA	研究癌症基因组测序技术，以更好地理解癌症作为基因组、其结构和进化的疾病	癌症基因组及其结构和进化	数字病理学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	涉及多种恶性肿瘤
27215	2024-08-09	DNA template strand sequencing of single-cells maps genomic rearrangements at high resolution 2012-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2206 PMID:23042453	研究论文	本文开发了Strand-seq技术，用于独立测序单个细胞中的父母DNA模板链，以高分辨率映射基因组重排	Strand-seq技术使得以比以往高几个数量级的分辨率映射姐妹染色单体交换（SCEs）成为可能	NA	开发新技术以高分辨率映射基因组重排并优化参考基因组	单个细胞中的DNA模板链和基因组重排	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	62个单个的小鼠胚胎干细胞（mES细胞）
27216	2024-08-09	CEL-Seq: single-cell RNA-Seq by multiplexed linear amplification 2012-Sep-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2012.08.003 PMID:22939981	research paper	本文介绍了一种名为CEL-Seq的单细胞RNA测序方法，通过条形码和样本池化，使用体外转录进行线性扩增，以克服RNA起始量小的限制。	CEL-Seq方法比基于PCR的扩增方法提供更可重复、线性和敏感的结果。	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序方法，以实现对复杂组织中多样细胞群体的转录组分析。	C. elegans早期胚胎发育的单细胞分辨率研究。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	NA
27217	2024-08-09	Genomic sequencing of uncultured microorganisms from single cells 2012-Sep, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/nrmicro2857 PMID:22890147	综述	本文综述了单细胞基因组测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	单细胞测序技术使得无需培养方法即可直接从环境样本或临床标本中测序细菌物种，且近期技术改进常能从这些难以接触的物种中近乎完整地组装基因组	NA	探讨单细胞测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	微生物基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	单个细胞
27218	2024-08-09	An automated microfluidic device for assessment of mammalian cell genetic stability 2012-Oct-21, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c2lc40437k PMID:22814625	研究论文	本文报道了一种集成微流控方法，用于快速测量单个细胞中的基因表达，以评估细胞群体的遗传稳定性	开发了一种集成系统，具有单独的控制器，用于有效的单细胞转录组分析，能够高回收率地将单个细胞操纵到纳升反应器中	NA	解决现有微流控平台无法有效处理单细胞进行常规分子分析的问题	单细胞转录组分析，遗传稳定性评估	生物技术	NA	微流控技术	NA	基因表达数据	大量HeLa细胞和293T细胞
27219	2024-08-09	Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells 2012-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2282 PMID:22820318	研究论文	本文介绍了一种名为Smart-Seq的稳健mRNA-Seq协议，适用于单细胞水平的转录组分析	Smart-Seq相较于现有方法，提高了转录本的读取覆盖率，增强了替代转录本和单核苷酸多态性的详细分析	尽管单细胞的基因表达估计增加了噪声，但仍能通过少量细胞类型识别数百个差异表达基因	开发和验证一种适用于单细胞转录组分析的新技术	单细胞水平的RNA和循环肿瘤细胞	基因组学	黑色素瘤	mRNA-Seq	NA	RNA	少量细胞类型
27220	2024-08-09	Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill 2012-Sep, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2012.59 PMID:22717885	研究论文	本研究通过宏基因组、宏转录组和单细胞测序技术，揭示了深水地平线石油泄漏事件中微生物群落对石油的响应	首次揭示了Oceanospirillales在石油降解中的功能角色，并通过单细胞测序技术阐明了其降解环己烷的完整途径	研究主要集中在石油泄漏初期的微生物响应，未涉及长期生态影响	确定Oceanospirillales和其他本地微生物群落成员在石油泄漏中的功能角色	深水地平线石油泄漏事件中的微生物群落	宏基因组学	NA	宏基因组测序、宏转录组测序、单细胞测序	NA	DNA、RNA	涉及石油泄漏区域的样本和未受污染的海水样本