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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2701 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法,用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集,增强目标数据集中有趣模式的识别,同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据,在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2702 | 2025-11-14 |
Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice
2023-12, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00515-w
PMID:37996758
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研究论文 | 本研究揭示了衰老过程中记忆CD8+ T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆性扩增及其促动脉粥样硬化作用 | 首次发现衰老相关的记忆CD8+ T细胞亚群在动脉粥样硬化斑块中克隆性扩增并具有促动脉粥样硬化功能 | 研究仅使用雌性小鼠,未涉及雄性动物模型 | 探究衰老对CD8 T细胞在动脉粥样硬化发生过程中的作用机制 | 年轻和年老雌性小鼠的CD8 T细胞及动脉粥样硬化斑块 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,适应性转移实验,细胞清除实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老雌性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2703 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
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研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱,用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱,基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据,尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2704 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析,揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏,未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 2705 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞,证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞,并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2706 | 2025-11-14 |
Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging
2023-06, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00431-z
PMID:37291218
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现皮肤老化与淋巴源性IL-17信号通路相关,并证明阻断该通路可延缓皮肤衰老特征 | 首次揭示皮肤衰老过程中T细胞、γδ T细胞和先天淋巴样细胞向IL-17表达表型的倾斜,并证明靶向IL-17信号可延缓皮肤老化 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类皮肤中得到验证 | 探究皮肤衰老的炎症机制及干预策略 | 小鼠皮肤真皮层细胞 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2707 | 2025-11-13 |
Single-cell immune landscape of acute kidney injury after cardiac surgery with cardiopulmonary bypass
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2581506
PMID:41199602
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了心脏手术后急性肾损伤患者的免疫细胞景观 | 首次整合单细胞RNA测序、流式细胞术和蛋白质微阵列技术研究心脏手术相关急性肾损伤 | 单中心研究,样本量较小(4名患者) | 阐明心脏手术后急性肾损伤的免疫细胞机制 | 接受心脏手术的成年患者 | 单细胞分析 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 蛋白质微阵列 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质微阵列数据 | 4名患者,42,362个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2708 | 2025-11-13 |
Breaking barriers: epithelial-mesenchymal transition role in melanoma invasion and resistance
2025-Nov-13, Melanoma research
IF:1.5Q4
DOI:10.1097/CMR.0000000000001068
PMID:41222312
|
综述 | 本文综述了上皮间质转化(EMT)在黑色素瘤侵袭和耐药性中的核心作用机制 | 系统整合了EMT在黑色素瘤中的多维度调控网络,包括转录因子、信号通路、表观遗传和非编码RNA等多层次机制,并提出了单细胞分析和空间转录组学等未来研究方向 | 存在EMT异质性和临床前模型不足的局限性 | 探讨EMT在黑色素瘤进展中的分子机制和临床意义 | 黑色素瘤细胞及其微环境 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞分析,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2709 | 2025-11-13 |
Integrated ERK-PKA-YAP/TAZ-SHH Signaling Orchestrates Cortical Radial Glia Identity and Lineage Diversification
2025-Nov-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513571
PMID:41221591
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研究论文 | 本研究揭示了ERK-PKA-YAP/TAZ-SHH信号网络如何协调小鼠皮层放射状胶质细胞的命运决定和谱系多样化 | 首次发现ERK和PKA信号通过抑制YAP/TAZ和SHH信号通路来维持皮层放射状胶质细胞的神经发生能力,并鉴定了一个三方信号网络 | 主要基于小鼠遗传模型,人类数据仅为已发表数据的重新分析 | 探索控制皮层放射状胶质细胞谱系进展的信号通路整合机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞和人类皮层外层放射状胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 小鼠遗传模型、单细胞RNA测序数据分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2710 | 2025-11-13 |
MCUB Inhibits PRKN-Dependent Mitophagic Degradation of PD-L1 to Promote Immune Evasion in Bladder Cancer
2025-Nov-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514764
PMID:41221601
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研究论文 | 本研究揭示了MCUB通过抑制PRKN依赖性线粒体自噬来稳定PD-L1蛋白,从而促进膀胱癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现MCUB-PRKN-PD-L1轴在膀胱癌免疫逃逸中的关键作用,并提出靶向MCUB-PRKN相互作用可作为精准治疗策略 | NA | 探讨MCUB在肌层浸润性膀胱癌免疫逃逸中的作用机制 | 肌层浸润性膀胱癌组织和细胞 | 癌症免疫学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2711 | 2025-11-13 |
Single-Cell Transcriptome Atlas Reveals the Underlying Mechanism of Kynurenic Acid in the Regulation of Tumor Immune Microenvironment in Glioblastoma
2025-Nov-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507705
PMID:41221633
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组图谱揭示了犬尿酸在胶质母细胞瘤中调节肿瘤免疫微环境的潜在机制 | 首次系统阐明犬尿酸通过重塑髓系免疫抑制细胞和逆转T细胞耗竭来增强抗肿瘤免疫反应的作用机制 | 研究主要依赖小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;T细胞缺陷模型虽证实适应性免疫的必要性,但具体机制细节仍需深入探索 | 探究犬尿酸在胶质母细胞瘤免疫微环境调节中的功能机制 | 胶质母细胞瘤组织样本和原位移植小鼠模型 | 单细胞组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,飞行时间质谱流式细胞术,蛋白质组学,流式细胞术,靶向代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,代谢组数据,流式细胞数据 | 临床队列组织样本和原位GBM小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,蛋白质组学,代谢组学 | NA | NA |
| 2712 | 2025-11-13 |
High-Resolution Multiplexed Sequencing of Single-Cell Full-length Transcriptome Via Combinational Barcoded Tn5 Transposon Insertion
2025-Nov-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516013
PMID:41218139
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研究论文 | 本文提出了一种名为CBTi-seq的新型单细胞全长转录组测序技术,通过组合条形码Tn5转座子插入实现高分辨率多重测序 | 利用Tn5转座酶介导的组合条形码和UMI分子组装,实现单细胞全长转录组的高分辨率测序,正交组合条形码设计在减少DNA条形码多样性的同时增强多重检测灵活性 | NA | 开发一种能够在单细胞水平实现全长转录组高分辨率测序的新方法 | 基因编辑细胞和人类睾丸细胞 | 单细胞测序技术 | 生殖发育疾病 | 单细胞全长转录组测序,组合条形码Tn5转座子插入测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间分辨组织微环境数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | CBTi-seq | 组合条形码Tn5转座子插入测序技术,兼容单细胞和空间分辨组织微环境分析 |
| 2713 | 2025-11-13 |
FAM135B Deficiency Inhibits Cytotoxic T-Cell Activity in Triple-negative Breast Cancer by Blocking the IFI16-dependent STING Pathway
2025-Nov-11, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0310
PMID:41218197
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研究论文 | 本研究揭示FAM135B通过调控IFI16依赖性STING通路激活细胞毒性T细胞,影响三阴性乳腺癌免疫治疗疗效 | 首次发现FAM135B作为抗肿瘤免疫调节因子,通过竞争性阻断TRIM21介导的IFI16泛素化降解来激活STING通路 | NA | 探究三阴性乳腺癌免疫检查点阻断治疗反应差异的分子机制 | 三阴性乳腺癌患者样本和免疫细胞 | 癌症免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序,功能实验 | NA | 单细胞测序数据,分子相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2714 | 2025-11-13 |
Multimodal learning enables chat-based exploration of single-cell data
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02857-9
PMID:41219484
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研究论文 | 开发了名为CellWhisperer的人工智能模型和软件工具,用于通过自然语言对话探索单细胞数据 | 建立了转录组与其文本注释的多模态嵌入,通过对比学习连接基因表达与文本描述,实现自然语言交互式探索单细胞数据 | NA | 解决单细胞测序数据解释的挑战,实现交互式单细胞数据探索 | 单细胞RNA测序数据和文本注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序,对比学习 | 多模态嵌入模型,大语言模型 | 基因表达数据,文本数据 | 100万个RNA测序图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2715 | 2025-11-13 |
Leveraging optimized oligonucleotide-tagged antigen assemblies and single-cell sequencing for multiplexed proteogenomic profiling of human B cell reactivities
2025-Nov-11, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf301
PMID:41220068
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研究论文 | 开发基于寡核苷酸标记抗原组装和单细胞测序的多重蛋白质基因组分析方法,用于分析人类B细胞反应性 | 建立结合寡核苷酸标记抗原组装和单细胞测序的新工作流程,实现并行分析不同抗原特异性B细胞 | 需要优化抗原与链霉亲和素比例,稀有细胞检测灵敏度仍需提高 | 开发多重蛋白质基因组分析方法以解析B细胞对抗原的反应性 | 人类B细胞,特别是外周血中的稀有抗原特异性B细胞 | 单细胞多组学 | 传染病(SARS-CoV-2、登革热) | 单细胞测序,流式细胞术,寡核苷酸标记 | NA | 单细胞多组学数据 | 人类外周血样本 | NA | 单细胞测序,流式细胞术 | NA | 寡核苷酸标记抗原组装与荧光标记抗原组装的双重标记方法 |
| 2716 | 2025-11-13 |
Identification of mitochondria-related hub genes and immune associations in acute myocardial infarction: A bioinformatic analysis
2025-Nov-07, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045611
PMID:41204556
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研究论文 | 通过生物信息学分析识别急性心肌梗死中线粒体相关枢纽基因及其与免疫系统的关联 | 首次系统性地识别了5个与线粒体相关的AMI诊断枢纽基因,并揭示了这些基因与免疫细胞的关联机制 | 这是一项探索性研究,需要严格的外部验证才能考虑临床应用 | 探索急性心肌梗死中线粒体代谢与免疫反应的相互作用机制 | 急性心肌梗死患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 差异表达分析、富集分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、单细胞测序、实时定量PCR | 机器学习、列线图模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2717 | 2025-11-13 |
Stress-NRF2 response axis polarizes tumor macrophages and undermines immunotherapy
2025-Oct-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013063
PMID:41176316
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研究论文 | 本研究揭示了NRF2转录因子在肿瘤相关巨噬细胞极化为免疫抑制状态中的关键作用及其对免疫疗法的负面影响 | 首次发现NRF2激活梯度将肿瘤相关巨噬细胞分为促炎CXCL9+和抗炎SPP1+亚群,并证明其通过沉默IFN-STAT1通路导致免疫抑制 | 研究主要基于小鼠模型,人类癌症中的验证仍需进一步临床研究 | 探索NRF2在肿瘤相关巨噬细胞极化中的作用及其对免疫疗法疗效的影响 | 肿瘤相关巨噬细胞、MC38结肠肿瘤模型、MMTV-PyMT乳腺肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、三维细胞培养、体内肿瘤模型 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠肿瘤模型及人类癌症样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2718 | 2025-11-13 |
Clonally expanded effector CD4+ cytotoxic T lymphocytes are associated with severe neurological adverse events after immune checkpoint inhibitor therapy
2025-Oct-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012350
PMID:41167637
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研究论文 | 本研究通过单细胞基因组学分析揭示了免疫检查点抑制剂治疗后神经系统不良事件与克隆扩增的CD4+细胞毒性T淋巴细胞之间的关联 | 首次在单细胞水平上揭示了n-irAEs患者体内存在特异性克隆扩增的CD4+CTLs,并发现其表达与神经炎症相关的效应基因谱 | 样本量较小(仅17例患者),且仅分析了外周血细胞而未直接研究中枢神经系统 | 探究免疫检查点抑制剂治疗诱发神经系统不良事件的免疫学机制和风险因素 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者,包括8例急性神经毒性患者 | 单细胞基因组学 | 癌症治疗相关神经系统并发症 | 单细胞RNA测序,T细胞受体谱分析 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据,TCR序列数据 | 17例癌症患者(8例n-irAEs患者),共186,435个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2719 | 2025-11-13 |
Acquisition of an immunosuppressive microenvironment after anti-CD19 CAR T-cell therapy is associated with T-cell dysfunction and resistance
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011768
PMID:41135951
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析,揭示了抗CD19 CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境获得免疫抑制特性与T细胞功能障碍和治疗抵抗的关联 | 首次在单细胞水平系统描述了CAR-T治疗后骨髓微环境的动态变化,发现髓系细胞激活、干扰素反应、缺氧和TGF-β信号通路在驱动免疫抑制中的关键作用 | 样本量有限,需要在更大队列中验证发现;机制研究主要基于相关性分析,需要进一步功能验证 | 探究CAR-T细胞治疗后肿瘤微环境变化与治疗反应的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病患者和造血干细胞人源化小鼠模型 | 单细胞生物学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | B-ALL患者治疗前后骨髓样本,人源化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2720 | 2025-11-13 |
TRIM28 drives immune evasion via PARP1 SUMOylation and NAD+ depletion in clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013025
PMID:41135953
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研究论文 | 本研究揭示了TRIM28通过PARP1 SUMO化和NAD+耗竭驱动透明细胞肾细胞癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现TRIM28通过双重免疫代谢机制促进免疫抵抗:稳定PARP1并促进其SUMO化,以及耗竭肿瘤微环境中的NAD+ | 研究主要基于细胞模型和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索透明细胞肾细胞癌中免疫逃逸的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌细胞系、CD8+ T细胞、患者来源异种移植模型 | 癌症免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组学、RNA-seq、质谱分析、代谢组学、虚拟筛选 | Geneformer、患者来源异种移植模型 | 转录组数据、代谢组数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE159115数据集 |