单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2701 - 2720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2701 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01826-5
PMID:40753315
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据识别与T细胞增殖相关的甲状腺乳头状癌预后基因 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值，发现KLRB1、TSHZ2和TRABD2A三个新的预后基因 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探索T细胞增殖相关基因在甲状腺乳头状癌中的预后价值和分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | Cox回归，机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2702 | 2025-10-06 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
|
研究论文 | 本研究通过多区域空间转录组学分析，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的特异性差异响应 | 首次在多个脑区同时进行匹配的空间转录组学和Aβ免疫荧光染色分析，揭示了区域特异性细胞类型和分子机制差异 | 研究仅基于两名Braak III和Thal 4期AD患者的样本，样本量较小 | 阐明阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异机制 | 阿尔茨海默病患者的内嗅皮质、颞枕皮质、背外侧前额叶皮质和纹状皮质 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | 2名Braak III和Thal 4期AD患者的四个脑区样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2703 | 2025-10-06 |
Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer
2025-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03434-9
PMID:40442475
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现巨噬细胞通过CHI3L1-HDAC3信号通路介导胰腺癌肌肉萎缩 | 首次通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是胰腺癌早期肌肉萎缩的关键介质，并揭示CHI3L1-HDAC3信号通路机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究肿瘤微环境中非癌细胞在癌症恶病质发生发展中的作用机制 | KPC转基因小鼠模型、PBMC细胞、小鼠源性同种移植肿瘤、C2C12成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | KPC GEMM小鼠模型 | 单细胞基因表达数据 | PBMC 29,615个细胞，MDST 23,151个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2704 | 2025-10-06 |
Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70410
PMID:40741894
|
综述 | 本文探讨肝细胞癌术后复发风险分层策略和生物标志物的最新进展 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检和人工智能驱动的组织学与影像组学分析等多组学方法 | 传统临床和病理学预测指标在准确识别高风险患者方面存在不足 | 开发肝细胞癌复发风险分层策略和生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、液体活检、AI驱动的组织学和影像组学分析 | 人工智能 | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、组织学图像、医学影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2705 | 2025-10-06 |
Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology
2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00565-3
PMID:40750599
|
观点论文 | 提出将动力系统理论作为单细胞生物学的组织原则，为理解单细胞基因表达数据提供理论框架 | 首次将动力系统理论系统性地应用于单细胞生物学领域，为单细胞数据提供可解释、因果性和定量化的分析视角 | NA | 建立单细胞生物学领域的统一理论框架 | 单细胞基因表达数据 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 动力系统理论 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2706 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues
2025-Aug-01, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00385-5
PMID:40750693
|
研究论文 | 利用单细胞空间转录组技术构建吸烟引起的人类牙龈组织变化的空间图谱 | 首次在单细胞分辨率下揭示吸烟通过破坏上皮屏障完整性、改变成纤维细胞功能及调控内皮细胞-巨噬细胞相互作用加剧牙周炎的机制 | 样本量相对有限（12名个体），需要更大规模研究验证发现 | 探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制 | 人类牙龈组织 | 空间转录组学 | 牙周炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 12名个体（包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD单细胞空间转录组 |
| 2707 | 2025-10-06 |
Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia
2025-Aug-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62187-x
PMID:40750773
|
研究论文 | 本研究通过22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者的脑类器官，揭示了皮质神经元发育异常的细胞类型特异性机制 | 首次在22q11.2DS患者来源的脑类器官中发现皮质神经元成熟延迟的细胞特异性发育异常，并揭示DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因导致这一表型 | 研究基于体外脑类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性 | 探究22q11.2缺失如何改变早期人类大脑发育过程 | 22q11.2缺失综合征伴精神分裂症患者来源的脑皮质类器官 | 神经发育生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序, microRNA分析, 蛋白质相互作用网络分析, 钙成像 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, microRNA表达数据, 蛋白质相互作用数据, 功能实验数据 | 22q11.2DS患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2708 | 2025-10-06 |
Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures
2025-Jul-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08568-w
PMID:40745217
|
研究论文 | 本研究通过共培养系统揭示了抗原特异性T细胞的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 首次系统研究了共培养后T细胞运动行为的演变，揭示了T细胞方向持久性增强和与癌细胞形成持久相互作用的新机制 | 研究基于2.5D共培养系统，可能与体内真实微环境存在差异 | 阐明T细胞在肿瘤微环境中的导航策略和癌细胞免疫逃逸机制 | 抗原特异性T细胞和癌细胞 | 癌症免疫学 | 癌症 | 定量细胞轨迹分析,计算建模,RNA测序 | 计算模型 | 细胞轨迹数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2709 | 2025-10-06 |
Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.28.667181
PMID:40766403
|
研究论文 | 通过单细胞技术绘制健康人类免疫系统在整个生命周期中的变化图谱，揭示婴儿期独特的免疫特征 | 首次在生命周期尺度上结合单细胞转录组和染色质可及性分析，系统揭示婴儿免疫系统的独特组成和SOX4+ naïve T细胞群的特征 | 样本量相对有限(95人)，仅分析外周血单个核细胞，未涉及组织驻留免疫细胞 | 阐明人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程 | 95名健康个体(2个月至88岁)的外周血单个核细胞，包括婴儿、儿童、成人和老年人 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 95名健康个体(婴儿27人, 儿童23人, 成人18人, 老年人27人) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2710 | 2025-10-06 |
Maternal opioid use with and without hepatitis C infection disrupts the structure and immune landscape of the maternal-fetal interface
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.30.667651
PMID:40766448
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示母体阿片类药物使用障碍对胎盘结构和免疫环境的破坏作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞转录组学系统分析OUD对母胎界面的影响，并考虑HCV感染的协同作用 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 探究母体阿片类药物使用障碍对胎盘组织结构和免疫功能的影响 | 胎盘组织及母胎界面细胞 | 空间生物学 | 成瘾性疾病与肝炎 | 流式细胞术,组织学,空间转录组学,单细胞转录组学,CellChat分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,流式细胞数据,组织学图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2711 | 2025-10-06 |
A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases
2025-Jul-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL40818
PMID:40765357
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，识别了一个与胞葬作用相关的14基因预后特征面板，用于预测胰腺癌预后 | 首次构建了基于胞葬作用的14基因预后特征面板，并通过深度学习建立了ER风险评分系统 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限，需要进一步的功能研究确认机制 | 探索胞葬作用在胰腺导管腺癌进展中的作用，并建立预后预测模型 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和肿瘤微环境中的细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 免疫组织化学, 细胞周期分析, 多重免疫荧光染色 | LASSO回归, 随机生存森林, 深度学习 | 基因表达数据, 临床生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包含167个ER特征 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 2712 | 2025-10-06 |
Targeting FGFR4 abrogates HNF1A-driven metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Jul-29, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02408-5
PMID:40731412
|
研究论文 | 本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌转移的机制，并证明FGFR4抑制剂可有效阻断该转移过程 | 首次发现HNF1A通过调控FGFR4促进PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在阻断转移中的治疗潜力 | 研究主要基于细胞系和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究HNF1A在胰腺导管腺癌转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略 | 胰腺导管腺癌细胞系、患者来源的PDAC细胞、小鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 组织芯片分析, UMAP空间分析, RNA干扰, 药物抑制实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据 | ATCC细胞系、患者来源细胞及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2713 | 2025-10-06 |
Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics
2025-Jul-29, ArXiv
PMID:40766882
|
研究论文 | 本研究评估了在空间转录组学中整合表型特征的策略，特别关注在现实实验约束条件下的多模态数据整合方法 | 使用最小调参的变分自编码器从细胞图像中提取信息丰富的低维表示，并与转录计数进行整合，展示了在受限条件下学习表示优于手工特征的优势 | 研究基于公开的小鼠回肠MERFISH数据集，数据集规模有限且存在类别不平衡问题，使用基于边界框的分割方法 | 评估在空间转录组学中整合表型特征和成像模态的最佳策略 | 小鼠回肠组织细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，成像分析 | 变分自编码器(VAE)，岭回归模型 | 空间转录组数据，细胞图像数据（核染色，膜染色） | 公开可用的MERFISH小鼠回肠数据集 | NA | 空间转录组学，MERFISH | NA | NA |
| 2714 | 2025-10-06 |
Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza
2025-Jul-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08507-9
PMID:40715353
|
研究论文 | 本研究开发了猪特异性T细胞和B细胞受体富集引物，利用单细胞测序技术分析流感感染猪的免疫受体库 | 开发了与10x Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，首次在猪模型中实现高通量单细胞免疫受体测序 | 研究样本量有限，仅针对特定基因型猪和流感感染模型 | 研究自然杀伤T细胞对肺T细胞和B细胞受体库的影响，追踪流感感染后克隆扩增 | CD1D表达和CD1D缺陷猪的肺细胞及肺液T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | NA | 单细胞测序数据 | CD1D表达和CD1D缺陷猪的肺细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | 10x Chromium | 10x Genomics VDJ测序协议 |
| 2715 | 2025-10-06 |
Identification and Mechanistic Studies of Key Genes in Thalamic Hemorrhage Pain by Multi-omics
2025-Jul-25, Journal of integrative neuroscience
IF:2.5Q3
DOI:10.31083/JIN38130
PMID:40767016
|
研究论文 | 通过多组学方法识别丘脑出血疼痛的关键基因并研究其机制 | 首次采用整合多组学方法（转录组学、蛋白质组学、代谢组学、核糖体分析和单细胞RNA测序）系统研究丘脑出血疼痛的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 阐明丘脑出血疼痛发病机制中的关键基因 | 丘脑出血疼痛小鼠模型 | 多组学分析 | 丘脑出血疼痛 | 转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 核糖体分析, 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 多组学数据 | THP组和对照组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 2716 | 2025-10-06 |
Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population
2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032
PMID:40669566
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析发现OR2A25基因中的rs61731397-C变异会增加中国人群慢性鼻窦炎的发病风险 | 首次在中国人群中鉴定出OR2A25基因变异与慢性鼻窦炎的关联，并通过功能实验证实该变异通过降低蛋白质稳定性影响基因表达 | 研究主要聚焦于中国人群，结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 识别中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其作用机制 | 中国人群（昆山队列和北京队列） | 遗传学 | 慢性鼻窦炎 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质结构预测, 体外表达研究, Western blot分析 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 两个独立队列（昆山基于人群队列和北京基于临床队列） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2717 | 2025-10-06 |
KMT2D Regulates Tooth Enamel Development
2025-Jul, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251320922
PMID:40103013
|
研究论文 | 本研究通过构建KMT2D条件性敲除小鼠模型，揭示了KMT2D在牙釉质发育中的关键调控作用 | 首次系统阐明KMT2D通过直接激活成釉细胞分化关键基因调控牙釉质发育的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究KMT2D基因在牙釉质发育过程中的具体功能机制 | KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙釉质组织 | 发育生物学 | 牙釉质发育不全 | 条件性基因敲除, micro-CT, 扫描电镜, RNA测序, CUT&RUN测序, 单细胞RNA测序 | 条件性敲除小鼠模型 | 影像数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | KMT2D条件性敲除小鼠及对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 表观遗传测序 | NA | NA |
| 2718 | 2025-10-06 |
Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898
PMID:40168796
|
研究论文 | 评估依那西普治疗老年COVID-19患者自身免疫样表现的作用机制和疗效 | 首次通过单细胞测序揭示老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制PF4和TNF-α发挥治疗作用 | 基于同情使用病例的观察性分析，样本量有限（仅7名治疗患者） | 评估TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果 | 老年COVID-19患者（特别是有自身免疫样表现者） | 医学研究 | COVID-19 | 单细胞测序，转录组分析，分子对接 | 观察性分析 | 临床指标数据，单细胞测序数据 | 7名依那西普治疗患者+2名未感染个体，共40万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2719 | 2025-10-06 |
Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907
PMID:40300424
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物 | 首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统识别缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物及其作用机制 | 缺血性心肌病患者组织样本和大鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA分析 | PPI网络分析, WGCNA | 基因表达数据 | 使用GSE46224和GSE116250数据集，并在大鼠模型中验证 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2720 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells
2025-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904
PMID:40305898
|
研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR谱分析识别病毒特异性T细胞的标志物 | 发现7个上调基因可作为早期识别增殖性抗原特异性T细胞的标志物，准确率达93.52% | 样本仅来自健康供体，未在患者群体中验证 | 鉴定用于识别抗原特异性T细胞的生物标志物 | 健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞 | 单细胞分析 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, TCR谱分析, CFSE染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | 健康供体外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |