单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
27061	2024-08-09	Culture-independent method for identification of microbial enzyme-encoding genes by activity-based single-cell sequencing using a water-in-oil microdroplet platform 2016-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep22259 PMID:26915788	研究论文	本文介绍了一种基于活性单细胞测序的非培养方法，用于识别环境微生物中编码代谢活性酶的基因	该方法通过在水-油微滴平台中封装环境微生物细胞并使用荧光底物筛选活性细胞，实现了对未培养细菌细胞中目标酶编码基因的识别	NA	开发一种非培养方法，用于识别环境微生物中编码工业价值酶的基因	环境微生物中的β-葡萄糖苷酶基因	NA	NA	活性单细胞测序	NA	基因组	从海洋样本中成功识别了14个新的β-葡萄糖苷酶基因
27062	2024-08-09	Resolving rates of mutation in the brain using single-neuron genomics 2016-Feb-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.12966 PMID:26901440	研究论文	本文通过单神经元基因组学方法重新分析了大脑中体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	提出了单细胞测序、生物信息学分析和验证方法中的问题，导致大量假阳性结果，重新分析结果显示突变频率远低于先前报道	文章未明确提及具体的研究局限性	探究体细胞突变是否为大脑细胞提供功能多样性，并通过单神经元基因组学方法直接测量人类大脑中的体细胞突变率	人类大脑中的体细胞突变率，特别是LINE-1元素的逆转座事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量
27063	2024-08-09	ROMA: Representation and Quantification of Module Activity from Target Expression Data 2016, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2016.00018 PMID:26925094	研究论文	本文介绍了ROMA（模块活动表示和量化）Java软件，用于快速和稳健地计算具有协调表达的基因集（或模块）的活动	ROMA算法实现了新的功能，包括几种主成分计算的方法修改，区分过度分散模块和协调模块，并计算估计模块过度分散或协调的统计显著性	NA	量化系统生物学中高通量数据分析中个体样本中一组基因的活动	基因集（或模块）的活动	系统生物学	NA	主成分分析	线性模型	基因表达数据	NA
27064	2024-08-09	Miniaturization Technologies for Efficient Single-Cell Library Preparation for Next-Generation Sequencing 2016-08, Journal of laboratory automation DOI:10.1177/2211068216630741 PMID:26891732	研究论文	本文应用新技术缩小了单细胞文库制备的反应体积，以降低下一代测序的成本	开发了一种新的流程，通过减少反应体积至2 µL和使用低至20 pg的输入cDNA，实现了高效且成本效益高的单细胞转录组测序	NA	降低单细胞RNA分析等高吞吐量应用中下一代测序的文库制备成本	体外分化的人胚胎干细胞，代表胰腺分化的两个阶段	数字病理学	NA	下一代测序	NA	RNA	多个生物学和技术重复
27065	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of endometrial tissue 2016-Apr, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/dew008 PMID:26874359	研究论文	本文介绍了通过开发和整合新的分析工具，对子宫内膜间质和上皮细胞进行单细胞转录组分析的方法	本文首次描述了针对人类子宫内膜的单细胞转录组分析协议，并开发了一套从临床采样到统计数据分析的完整流程	单个上皮细胞的转录组数据量较低，且仅对晚期分泌期的细胞进行了详细分析，需要进一步优化方法并扩大样本量	研究如何在单细胞水平上分析子宫内膜间质和上皮细胞的全转录组	子宫内膜间质和上皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	使用了两个子宫内膜活检样本，共检测了8622个基因
27066	2024-08-09	The heterogeneity of human CD127(+) innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing 2016-Apr, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3368 PMID:26878113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类CD127(+)固有淋巴细胞的异质性	通过单细胞RNA测序技术，揭示了固有淋巴细胞的四个不同群体及其转录组特征，并发现了ILC3细胞的三个转录和功能多样化的亚群	NA	探讨固有淋巴细胞在稳态和炎症中的生物学特性	人类CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数百个个体扁桃体CD127(+)固有淋巴细胞和自然杀伤细胞
27067	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Study as Big Data 2016-Feb, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2016.01.005 PMID:26876720	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中大数据技术的应用，提出了一种处理和分析scRNA-seq数据的工作流程	提出了一个针对scRNA-seq数据特性和单细胞研究目标的工作流程	NA	探讨如何有效存储、处理和分析scRNA-seq数据	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	NGS	NA	转录组数据	NA
27068	2024-08-09	Linking the T cell receptor to the single cell transcriptome in antigen-specific human T cells 2016-07, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1038/icb.2016.16 PMID:26860370	研究论文	本文提出了一种新方法（VDJPuzzle），用于从抗原特异性T细胞的单细胞RNA测序数据中重建天然TCRαβ，并将其与单个细胞的基因表达谱关联	开发了一种新方法VDJPuzzle，能够从单细胞RNA测序数据中重建抗原特异性T细胞的天然TCRαβ，并将其与基因表达谱关联	NA	研究抗原特异性T细胞的异质性及其与TCR多样性和转录组的关系	抗原特异性T细胞的TCRαβ及其基因表达谱	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	从一名清除丙型肝炎病毒感染的受试者外周血中分离的63个抗原特异性T细胞
27069	2024-08-09	TRONCO: an R package for the inference of cancer progression models from heterogeneous genomic data 2016-06-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw035 PMID:26861821	研究论文	介绍TRONCO，一个开源的R包，用于从异质性(epi)基因组突变数据中推断癌症进展模型	TRONCO实现了最先进的算法，能够从(epi)基因组突变数据中推断出癌症进展模型，并可用于提取群体水平模型和个体水平模型	NA	开发和实现一个开源工具，用于从基因组数据中推断癌症进展模型，以支持精准医学和个性化治疗	癌症进展模型	数字病理学	NA	NA	NA	基因组数据	NA
27070	2024-08-09	Epigenomics: Parallel single-cell sequencing 2016-Mar, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.5 PMID:26806414	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
27071	2024-08-09	Single-Cell Gene Expression Analyses Reveal Heterogeneous Responsiveness of Fetal Innate Lymphoid Progenitors to Notch Signaling 2016-Feb-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.01.015 PMID:26832410	research paper	本研究通过结合单细胞转录组学和克隆培养策略，揭示了胎儿先天淋巴细胞前体对Notch信号的异质性反应	本研究首次详细描述了ILC发育的过渡阶段多样性及其转录特征，并展示了它们对Notch信号的差异依赖性	NA	研究Notch信号在胎儿先天淋巴细胞发育中的作用	胎儿先天淋巴细胞前体及其对Notch信号的反应	digital pathology	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及αLP1和αLP2两种淋巴细胞前体群体
27072	2024-08-09	Assessment of megabase-scale somatic copy number variation using single-cell sequencing 2016-Mar, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.198937.115 PMID:26772196	研究论文	本文开发了一种方法，用于在单个体细胞中可靠地检测兆碱基尺度的体细胞拷贝数变异（CNVs）	本文首次严格测试了单细胞测序在CNV检测中的性能，并开发了一种新方法来可靠地检测兆碱基尺度的体细胞CNVs	NA	研究体细胞中兆碱基尺度的拷贝数变异是否被容忍或甚至被正向选择	体细胞中的兆碱基尺度拷贝数变异	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	跨组织的8%-9%的细胞
27073	2024-08-09	Characterizing transcriptional heterogeneity through pathway and gene set overdispersion analysis 2016-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3734 PMID:26780092	研究论文	本文开发了一种名为PAGODA的方法，用于通过分析基因集在测量细胞间的协调变异性来解析转录异质性的多个方面	提出了路径和基因集过度分散分析（PAGODA）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	NA	开发新方法以从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面	单细胞RNA-seq数据中的转录异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
27074	2024-08-09	Myelopoiesis Reloaded: Single-Cell Transcriptomics Leads the Way 2016-Jan-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2015.12.019 PMID:26789920	研究论文	本文探讨了髓系造血过程中的谱系承诺，指出在共同髓系祖细胞阶段之前就存在向特定谱系的早期承诺	提出髓系造血过程中谱系承诺发生的时间比以往认为的更早	NA	研究髓系造血过程中的谱系承诺时间点	髓系造血过程中的谱系承诺	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
27075	2024-08-09	OEFinder: a user interface to identify and visualize ordering effects in single-cell RNA-seq data 2016-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw004 PMID:26743507	research paper	本文介绍了一种名为OEFinder的统计方法和软件，用于识别和可视化单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	开发了OEFinder软件，提供了一个用户友好的图形界面，用于检测和处理由Fluidigm C1平台生成的单细胞RNA测序数据中的排序效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中排序效应导致的偏差问题	单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
27076	2024-08-09	Does mouse embryo primordial germ cell activation start before implantation as suggested by single-cell transcriptomics dynamics? 2016-Mar, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gav072 PMID:26740066	研究论文	本研究通过单细胞转录组动力学分析，探讨了小鼠胚胎原生殖细胞（PGC）在植入前是否开始激活，以及转录因子TCFAP2C对DNA甲基转移酶3-样（Dnmt3l）的潜在调控作用。	发现了小鼠PGC标记物在植入前至少在胚胎日3.25开始激活，并识别出新的稳定PE和EPI标记物，这些发现对从多能细胞中衍生生殖细胞具有重要意义。	由于Dnmt3l受TCFAP2C调控的结果基于计算预测的DNA甲基化基序、Chip-Seq和转录组数据，需要功能性研究来验证这一结果。	评估早期植入前事件的时间，并更好地理解内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	小鼠胚胎的原生殖细胞（PGC）和内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	基于三个独立的单细胞转录组数据集
27077	2024-08-09	Assessing similarity to primary tissue and cortical layer identity in induced pluripotent stem cell-derived cortical neurons through single-cell transcriptomics 2016-Mar-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddv637 PMID:26740550	研究论文	通过单细胞转录组学评估诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代组织的相似性及皮层层身份	首次使用单细胞多重逆转录定量PCR技术，在细胞水平上详细分析了诱导多能干细胞衍生的皮层神经元的基因表达，并与人类胎儿和成人脑的单细胞RNA测序数据进行比较	目前的层标记虽然有效，但可能无法在所有细胞中区分皮层层身份	探索诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代皮层神经元的相似性，并评估其在神经发育和神经疾病研究中的应用潜力	诱导多能干细胞衍生的皮层神经元及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞多重逆转录定量PCR	NA	基因表达数据	93.6%的单细胞来自诱导多能干细胞，其中68.4%的细胞表达至少一个层标记
27078	2024-08-09	Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics 2016-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4216 PMID:26727548	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类	首次构建了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类，并识别了49种转录组细胞类型	NA	揭示神经系统中细胞类型的多样性	成年小鼠的初级视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	49种转录组细胞类型，包括23种GABA能细胞、19种谷氨酸能细胞和7种非神经元细胞
27079	2024-08-09	A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages 2016-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10220 PMID:26732280	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，能够在受控培养条件下进行多代谱系追踪后，实现离体单细胞RNA测序。	该平台能够直接测量单细胞中谱系和细胞周期依赖的转录组特征，为免疫学、癌症和发育生物学等领域提供了新的研究工具。	NA	研究多代谱系追踪后单细胞的转录组特征。	小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的转录组。	数字病理学	淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的多代谱系。
27080	2024-08-09	Integration of electrophysiological recordings with single-cell RNA-seq data identifies neuronal subtypes 2016-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3443 PMID:26689544	研究论文	本文介绍了一种结合电生理记录和单细胞RNA测序数据识别神经元亚型的方法	提出了Patch-seq方法，该方法能够在进行全细胞膜片钳记录后，从单个新皮质锥体细胞和中间神经元中获取全转录组数据	NA	探索神经元身份参数与分子表型之间的直接关系	新皮质锥体细胞和中间神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠脑切片中的单个神经元