单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26981	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies diverse roles of epithelial cells in idiopathic pulmonary fibrosis 2016-12-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.90558 PMID:27942595	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了特发性肺纤维化（IPF）中的上皮细胞类型及其在疾病发病机制中的生物学过程	研究首次识别了IPF中三种不同的上皮细胞亚型，并揭示了这些细胞在病理过程中的作用	研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的组织或器官层面的分析	探索特发性肺纤维化中上皮细胞的多样性和其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化中的上皮细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及正常人肺上皮细胞和IPF细胞的单细胞RNA测序分析
26982	2024-08-09	Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq 2017-Jan-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.13666 PMID:27903987	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性	首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态	探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点	来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	基因表达数据	307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本
26983	2024-08-09	Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics 2017-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.154 PMID:27929523	research paper	本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。	inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。	NA	开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。	单个细胞的RNA测序。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
26984	2024-08-09	High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing 2016-12-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1617699113 PMID:27911841	研究论文	本文开发了一种用于FISH测量的样本清除方法，通过嵌入样本于聚丙烯酰胺中，固定RNA并清除细胞蛋白和脂质，以减少非特异性探针结合和细胞自发荧光，从而提高检测效率和灵敏度	提出了通过矩阵印迹和清除技术来减少FISH探针的非特异性结合和细胞自发荧光，从而提高多重荧光原位杂交技术的性能	NA	旨在提高多重荧光原位杂交技术在细胞培养和组织样本中的性能	研究对象包括FISH探针的非特异性结合、细胞自发荧光以及RNA的检测	数字病理学	NA	多重荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	在清除样本中测量了130种RNA物种的拷贝数，并使用矩阵印迹和清除方法对小鼠大脑复杂组织样本进行了MERFISH测量
26985	2024-08-09	Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing 2016-12-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1109-7 PMID:27931250	研究论文	本研究利用单细胞测序技术追踪乳腺癌中扩散肿瘤细胞的起源	首次通过单细胞测序技术详细分析了扩散肿瘤细胞的遗传变异，并追踪了其起源	研究样本仅来自六名非转移性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	揭示扩散肿瘤细胞的分子特性及其在肿瘤中的起源	乳腺癌患者的扩散肿瘤细胞及其遗传变异	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	DNA	63个单细胞来自6名非转移性乳腺癌患者
26986	2024-08-09	Macrophage Colony Stimulating Factor Derived from CD4+ T Cells Contributes to Control of a Blood-Borne Infection 2016-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006046 PMID:27923070	研究论文	本文研究了CD4+ T细胞分泌的巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）在控制血液传播感染中的作用	首次揭示了CD4+ T细胞作为体内生理相关的MCSF来源，并阐明了T辅助细胞通过调节髓系细胞限制血液传播的细胞内病原体生长的机制	NA	探讨CD4+ T细胞和MCSF在控制血液传播感染中的作用	CD4+ T细胞、MCSF、髓系细胞和血液传播的病原体	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及感染P. chabaudi的CD4+ T细胞和髓系细胞亚群
26987	2024-08-09	Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex 2017-03-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020 PMID:27889318	研究论文	本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元	首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元	NA	探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元	围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	围产期小鼠的脑膜细胞
26988	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells 2017-Mar, Biotechnology letters IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s10529-016-2260-7 PMID:27878653	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用	NA	研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用	Hela-S3细胞中的lincRNA	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	37个Hela-S3细胞
26989	2024-08-09	Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution 2017-02, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001 PMID:27888678	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在单细胞分辨率下研究大脑皮层神经元的多样性和发育的早期努力、未来挑战和机遇。	scRNA-seq技术为分类大脑皮层神经元的多样性提供了全基因组基因表达模式，有望揭示神经元身份在发育、分化、活动和疾病中的转变。	NA	探讨应用scRNA-seq技术阐明神经元亚型及其发育的未来挑战和机遇。	大脑皮层神经元的多样性和发育。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数百上千的单细胞转录组
26990	2024-08-09	Cancer genomics: Single-cell RNA-seq to decipher tumour architecture 2017-01, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.151 PMID:27890926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26991	2024-08-09	TRACING CO-REGULATORY NETWORK DYNAMICS IN NOISY, SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME TRAJECTORIES 2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing DOI:10.1142/9789813207813_0053 PMID:27897008	研究论文	本文介绍了一种名为SCIMITAR的框架，用于从静态单细胞转录组数据中推断进展轨迹及其相关调控	SCIMITAR通过在高维曲线中采用高斯混合的连续参数化，从数据中生成丰富的模型，突出与推断进展相关的基因表达和共表达模式	NA	探索复杂生物过程如分化和肿瘤发生的分子基础	单细胞转录组数据中的基因调控网络重构	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	高斯混合模型	转录组数据	单细胞人类胎儿神经元数据集
26992	2024-08-09	Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas 2016-Nov-25, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20166969 PMID:27888226	研究论文	本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤	开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上	NA	评估克隆异质性对基因表达的影响	PDGF和EGF驱动的胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	288个单细胞
26993	2024-08-09	Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data 2016-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37767 PMID:27883053	研究论文	本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平	提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性	NA	研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性	肿瘤样本的RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证
26994	2024-08-09	p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway 2016-11-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007 PMID:27880895	研究论文	本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用	首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控	NA	探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制	气道上皮祖细胞的增殖和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26995	2024-08-09	Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes 2017-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.212720.116 PMID:27864352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰岛细胞的特征以及2型糖尿病中细胞类型特异性的表达变化	首次报道了来自非糖尿病和2型糖尿病人类胰岛样本的638个细胞的单细胞转录组，并识别了delta和PP/gamma细胞类型中与胰岛功能障碍和糖尿病相关的基因	研究主要集中在胰岛细胞的转录组分析，未涉及细胞功能的具体实验验证	识别胰腺胰岛功能障碍的基本细胞类型特异性特征，并提供理解胰岛生物学和糖尿病发病机制的关键资源	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的表达变化	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组	NA	转录组数据	638个细胞
26996	2024-08-09	Reply from Authors re: Xue-Ru Wu. Attention to Detail by Single-cell sequencing. Eur Urol 2017;71:13-4 2017-01, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2016.11.003 PMID:27842721	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26997	2024-08-09	Single-Cell Sequencing for Drug Discovery and Drug Development 2017, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/1568026617666161116145358 PMID:27848892	综述	本文综述了单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的应用现状	单细胞测序技术提供了更强大和精确的方法来分析药物对处理过的细胞和组织的影响	NA	探讨单细胞测序技术在药物发现和药物开发中的潜在应用	单细胞全基因组/外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞亚硫酸氢盐测序等	基因组学	NA	NGS（下一代测序技术）	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	单细胞级别
26998	2024-08-09	Genome evolution in ductal carcinoma in situ: invasion of the clones 2017-Jan, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.4840 PMID:27861897	综述	本文综述了导管原位癌（DCIS）向浸润性导管癌（IDC）进展过程中肿瘤内异质性的作用及其在诊断和治疗中的相关性	讨论了新兴技术如单细胞测序、STAR-FISH和成像质谱技术在理解DCIS演化中的潜在应用	NA	探讨DCIS向IDC进展的分子和基因组基础	导管原位癌（DCIS）及其向浸润性导管癌（IDC）的进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	NA	NA
26999	2024-08-09	Pinpointing Cancer Stem Cells in Oligodendroglioma 2017-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-NB2016-149 PMID:27864226	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究低级别少突胶质瘤，识别出具有神经干细胞和祖细胞基因表达特征的细胞群体	首次通过单细胞RNA测序技术在低级别少突胶质瘤中识别出具有神经干细胞特征的癌症干细胞	NA	识别并研究少突胶质瘤中的癌症干细胞	低级别少突胶质瘤中的单个细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
27000	2024-08-09	Single-cell isolation by a modular single-cell pipette for RNA-sequencing 2016-11-29, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c6lc01241h PMID:27841430	research paper	本文报道了一种模块化单细胞移液管（mSCP），由SCP-Tip、空气置换移液管（ADP）和ADP-Tips三个模块化组件组成，可快速、方便且可靠地从细胞悬液中分离单个活细胞，并适用于单细胞转录组测序。	mSCP通过组装含有流体动力陷阱的SCP-Tip，能够从每微升5-10个细胞的悬液中分离单细胞，并实现100%的单细胞分离效率。	NA	开发一种方便、快速且高效的单细胞分离方法，以满足单细胞转录组测序的需求。	单细胞分离技术及其在单细胞转录组测序中的应用。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	每微升5-10个细胞