单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2681	2025-07-02	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在炎症和纤维化中的作用	首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群，包括经典单核细胞来源的巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞，并揭示了它们在炎症和纤维化中的不同作用	样本量较小（仅5名AGN患者），且未探讨这些巨噬细胞亚群在其他肾脏疾病中的普遍性	探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在疾病进展中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏CD45+免疫细胞	免疫学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞转录组分析，免疫染色，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，流式细胞数据	5名活动期AGN患者，1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照的25,485个新鲜肾脏CD45+免疫细胞
2682	2025-07-02	Identification of key genes and development of an identifying machine learning model for sepsis 2025-Jun-30, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02068-7 PMID:40583108	研究论文	本研究旨在通过整合多器官单细胞RNA测序和机器学习，识别脓毒症的关键基因并构建脓毒症识别模型	结合多器官scRNA-seq数据和机器学习方法识别脓毒症关键基因并构建高精度识别模型	需要进一步研究验证发现的关键基因和模型	脓毒症关键基因识别和诊断模型开发	脓毒症小鼠心脏和肺组织样本	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE207363, GSE207651, GSE185263, GSE69063, GSE134347)
2683	2025-07-02	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析羊的植入前胚胎，捕获了不同多能性状态的干细胞，并建立了羊的形成性和原始多能性干细胞系	首次在羊模型中建立了能够维持超过100代并分化为三个胚层的形成性和原始多能性干细胞系，并揭示了不同物种间早期胚胎发育的保守性和差异性	研究主要聚焦于羊模型，可能不完全适用于其他物种	研究羊植入前胚胎的多能性变化及其调控机制	羊的植入前胚胎（E1至E14）	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	羊植入前胚胎（具体数量未明确说明）
2684	2025-07-02	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术，发现MYC在调控糖酵解和T细胞反应中的核心作用，并提出其作为治疗靶点	研究样本量有限，且动物模型(EAU小鼠)与人类疾病存在潜在差异	探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者的代谢组与转录组数据，以及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	贝赫切特葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照者(具体数量未明确)，以及EAU小鼠模型
2685	2025-07-02	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Jun-30, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	研究发现lncRNA TRAF3IP2-AS1的缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移	首次揭示TRAF3IP2-AS1通过调节坏死性凋亡和免疫抑制微环境在胰腺癌肝转移中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探究胰腺癌肝转移的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	患者来源类器官模型、TGFβ1条件性敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	PDAC患者样本和动物模型
2686	2025-07-02	Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer 2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02841-y PMID:40586938	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了MIR17HG在恶性肿瘤中的作用，并验证了其在结直肠癌中作为SIRT1促进因子的功能	发现HSF1介导的增强子活性是MIR17HG过表达的新驱动因素，促进SIRT1依赖的结直肠癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的体内机制验证	探究MIR17HG在多种癌症中的致癌作用及其在结直肠癌中的调控机制	MIR17HG基因及其在23种肿瘤类型中的表达模式	癌症基因组学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞测序数据分析、敏感性分析、虚拟筛选	NA	基因表达数据、临床样本数据、小鼠样本数据	23种肿瘤类型的表达数据及临床和小鼠样本
2687	2025-07-02	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Jun-30, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	通过转录组学和单细胞测序技术，筛选出与非梗阻性无精子症相关的自噬相关生物标志物	首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法，鉴定出四个自噬相关基因作为NOA的生物标志物，并通过单细胞水平分析揭示了这些基因的表达模式	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用及其作为诊断工具和治疗靶点的潜力	非梗阻性无精子症患者	生物信息学	男性不育症	转录组测序、单细胞测序、RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467）
2688	2025-07-02	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Jun-30, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	介绍了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调	提出LaGrACE方法，能够结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号	未明确提及具体局限性	估计基因程序的失调，以增强对疾病亚群潜在分子机制的发现	基因表达程序及其调控网络	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病(COPD)	RNA-seq	LaGrACE	组学数据、临床数据	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）、单细胞RNA-seq药物扰动数据集
2689	2025-07-02	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Jun-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病和缺血性中风之间的共享诊断基因和机制	首次使用综合生物信息学和机器学习方法识别克罗恩病和缺血性中风的共享诊断基因，并揭示TLR介导的炎症反应在两者共病中的关键作用	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量可能限制结论的普适性	探索克罗恩病和缺血性中风共病的共享机制和诊断标志物	克罗恩病和缺血性中风患者的基因表达数据	生物信息学	克罗恩病和缺血性中风	WGCNA、机器学习算法、单细胞RNA测序、CIBERSORT、Mendelian随机化、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
2690	2025-07-02	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	research paper	介绍了一种名为FemXpress的计算工具，用于在女性单细胞RNA测序数据中基于X染色体失活（XCI）的起源对细胞进行分类	FemXpress无需父母基因组信息即可稳健地对单细胞样本中的XCI起源进行分类，并能识别逃逸XCI的基因	NA	开发一种计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	女性单细胞RNA测序数据，特别是X染色体失活的异质性	computational biology	NA	scRNA-Seq	NA	RNA sequencing data	多个组织的食蟹猴单细胞RNA测序数据，以及胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集
2691	2025-07-02	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Jun-28, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了致命和非致命败血症中的免疫机制和特征	利用单细胞RNA测序技术，发现了败血症中单核细胞亚群Mono2的动态变化及其与疾病严重程度的相关性，并验证了多个基因标记在患者诊断中的潜在应用	研究基于小鼠模型，虽然验证了患者数据，但临床转化仍需进一步研究	探索败血症的免疫机制和分子特征，以改善诊断和治疗策略	小鼠模型中的外周血单个核细胞及公开的患者数据	单细胞转录组学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及公开的患者数据
2692	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞
2693	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
2694	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
2695	2025-07-02	Distinct expression of CD56 and CD19 marks molecular and functional endotypes of tetanus- versus RBD-specific human bone marrow plasma cells 2025-Jun-24, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf059 PMID:40581803	研究论文	本研究探讨了CD19和CD56在抗原特异性和总人类骨髓浆细胞(BMPC)上的共表达，揭示了它们在分子和功能上的差异	首次详细比较了破伤风类毒素(TT)和SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)特异性BMPC的CD56和CD19表达模式，并发现了它们在转录特征和功能上的显著差异	研究主要基于流式细胞术和单细胞RNA测序数据，缺乏直接的体内功能验证实验	探究不同抗原特异性骨髓浆细胞亚群的表型和转录特征差异	人类骨髓浆细胞(BMPC)，特别是TT特异性和RBD特异性BMPC亚群	免疫学	传染病(破伤风和COVID-19)	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类骨髓浆细胞
2696	2025-07-02	Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection 2025-Jun-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf103 PMID:40581066	研究论文	开发了一种名为DIRECT LS-TA的新型比率生物标志物，用于直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达，无需细胞分选	提出了无需细胞分选即可定量单核细胞特异性基因表达的新方法，并鉴定了两个新的单核细胞参考基因PSAP和CTSS	方法在多数据集中的验证结果未提及样本的具体多样性或潜在的混杂因素	开发一种直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达的方法，用于细菌感染的检测	外周血中的单核细胞	基因表达分析	细菌感染	单细胞RNA测序的替代方法，比率生物标志物分析	数学模型的ICEBERG图	基因表达数据	多个数据集，具体样本数量未明确说明
2697	2025-07-02	Shedding light on patterns of unconventional expression of opsin genes in Hydra vulgaris 2025-Jun-23, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析Hydra vulgaris的单细胞RNA测序和ATAC测序数据，探讨了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非传统表达模式	揭示了Hydra vulgaris中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达及其在细胞分化状态中的多样性，为视蛋白在非传统光感受功能中的作用提供了新见解	研究主要基于已发表的测序数据，缺乏实验验证	探究刺胞动物中非神经元视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	Hydra vulgaris（水螅）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA
2698	2025-07-02	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	首次引入贝叶斯融合建模框架，用于同时估计局部和全局水平的分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	未提及具体的样本量限制或技术限制	开发一种更强大的方法来检测分子对之间的空间变化共表达	空间转录组学和质谱成像数据中的分子（基因、肽、脂质、N-聚糖）	空间组学	多种癌症	空间转录组学, 质谱成像	Bayesian fused modeling framework (SpaceBF)	空间组学数据	NA
2699	2025-07-02	Plasmablast-like lymphoma cells as a distinct subpopulation confers multidrug resistance in PCNSL 2025-Jun-21, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf154 PMID:40580931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序等方法，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞（PBLCs）的独特亚群及其在多药耐药中的作用	首次在PCNSL中鉴定出PBLCs这一独特B细胞亚群，并阐明其通过特定基因表达模式导致多药耐药的分子机制	样本量相对有限（56例患者），且PBLCs在肿瘤中的比例较低（1.3%-8.1%）	探究PCNSL的分子特征和多药耐药机制	56例新诊断的PCNSL患者的肿瘤样本	肿瘤生物学	淋巴瘤	单细胞转录组学、B细胞受体测序、转录组信息多重免疫组化、离体药物反应试验	NA	转录组数据、免疫组化数据、药物反应数据	56例PCNSL患者活检样本
2700	2025-07-02	SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development 2025-Jun-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI190374 PMID:40587339	研究论文	本研究探讨了SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用及其在Barrett食管发展中的缺失	建立了人类BE类器官生物库，揭示了BE分化中SOX2和CDX2转录因子的平衡作用，并通过小鼠模型验证了SOX2在鳞状上皮分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外类器官，人类样本的验证仍需进一步研究	探究Barrett食管（BE）发展的分子机制，特别是SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用	人类BE类器官和小鼠模型	分子生物学	食管腺癌	单细胞转录组学、CUT&RUN分析	小鼠模型（Krt5CreER/+; Sox2∆/∆; ROSA26tdTomato/+）	转录组数据、组织分析数据	人类BE类器官生物库和小鼠模型