单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2681	2025-05-08	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究利用人类单细胞RNA测序数据评估了X染色体与常染色体基因剂量补偿模型的假设，并探讨了scRNA-seq数据在此类分析中的潜在偏差	揭示了scRNA-seq数据在计算X:AA表达比时的固有偏差，并首次利用该数据检测到X染色体与常染色体间表达噪声的微小差异（10%-15%）	研究仅基于Smart-seq2平台数据，未涵盖其他单细胞测序技术；模拟数据集可能无法完全反映真实生物复杂性	验证基因剂量补偿模型的适用性并评估scRNA-seq数据在此类分析中的可靠性	人类X染色体与常染色体的基因表达模式	基因组学	NA	scRNA-seq（Smart-seq2平台）和bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集和人类Smart-seq2实证数据（具体样本量未明确说明）
2682	2025-05-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	review	本文总结了单细胞测序在多发性骨髓瘤（MM）进展研究中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新的预后和治疗策略	利用单细胞测序技术解析MM的克隆进化、微环境转变和表观遗传变化，为MM的预后和治疗策略提供新方向	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨单细胞测序在解析多发性骨髓瘤进展机制中的应用	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	digital pathology	multiple myeloma	single-cell sequencing	NA	genomic data	NA
2683	2025-05-08	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	research paper	本文提出了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较高维数据集中的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）的局限性，能够对称比较两个实验条件	虽然gcPCA在多种高维生物数据中展示了实用性，但未提及其在其他领域或更大规模数据集上的表现	开发一种能够有效比较高维数据集中低维模式的通用方法	高维生物数据集，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据	machine learning	type II diabetes	single-cell RNA sequencing	gcPCA	high-dimensional biological data	NA
2684	2025-05-08	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	research paper	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了ITGA5+滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎（RA）炎症反应中的关键作用	发现了一种新型的ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，该亚群通过分泌TGF-β1诱导CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）的分化，重塑促炎微环境	研究结果主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	探究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在RA炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞、CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）	digital pathology	rheumatoid arthritis	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, immunohistology, multiplex immunofluorescence, flow cytometry, bulk RNA sequencing	NA	transcriptomics data, imaging data	来自骨关节炎、持续缓解期和活动期RA患者的滑膜组织样本，以及胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型
2685	2025-05-08	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39919907	研究论文	本研究采用多组学方法，揭示了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态中的差异	首次全面绘制了人类IFP的细胞和转录组多样性图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小（21个IFP），且未探讨不同治疗干预对IFP细胞和转录组的影响	探究膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其与KOA、性别和肥胖状态的关系	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA供体）	生物信息学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	82,924个核（来自21个IFP样本）
2686	2025-05-08	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制作用	首次全面证明DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞的早期减数分裂进程	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响机制	出生后雄性小鼠的睾丸细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics）	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
2687	2025-05-08	Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70402 PMID:39928535	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术，识别了特发性肺纤维化（IPF）患者肺部细胞亚群的变化	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了IPF患者肺部多种细胞亚群的比例变化及其相互作用	未深入探讨细胞亚群比例变化的具体分子机制	探究特发性肺纤维化的发病机制	IPF患者肺部的细胞亚群	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	IPF患者肺部组织样本
2688	2025-05-08	Dynamic Activation of NADPH Oxidases in Immune Responses Modulates Differentiation, Function, and Lifespan of Plasma Cells 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350975 PMID:39931760	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶（NOX）在B细胞免疫应答中的动态激活及其对浆细胞分化、功能和寿命的影响	首次结合单细胞转录组学和单细胞NOX活性检测，揭示了NOX1和NOX2在B细胞亚群中的动态表达及其与代谢途径、乳酸产生、IgG分泌率和细胞寿命的关系	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类B细胞中进行验证	探究NOX活性及ROS产生在B细胞活化过程中的作用机制	小鼠B细胞在二次免疫后的反应	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞NOX活性检测	NA	单细胞转录组数据、NOX活性数据	NA
2689	2025-05-08	Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70153 PMID:39931830	研究论文	通过单细胞RNA测序构建桥本甲状腺炎组织和外周血的单细胞图谱	构建了桥本甲状腺炎的单细胞图谱，发现了新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1	样本量较小，仅包括6名HT患者的甲状腺组织和4名HT患者的外周血单个核细胞	探索桥本甲状腺炎的发病机制	桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单个核细胞	单细胞转录组学	桥本甲状腺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6名HT患者的甲状腺组织、4名HT患者的外周血单个核细胞和1名健康对照的甲状腺组织
2690	2025-05-08	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制及关键分子靶点	首次发现POLE和LRAT作为白消安的关键作用蛋白，揭示了其导致基因组不稳定和生殖细胞凋亡的机制，并分析了NOA睾丸中免疫细胞浸润的变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，对其他化疗药物的生殖毒性未进行比较研究	阐明白消安导致非梗阻性无精子症的分子机制并寻找潜在治疗靶点	白消安对精原干细胞的影响及睾丸微环境变化	生殖毒理学	非梗阻性无精子症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用体内实验模型
2691	2025-05-08	Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70175 PMID:39934971	研究论文	该研究通过多组学技术揭示了结直肠癌宏观免疫环境中免疫细胞的系统功能障碍和可塑性	首次系统描绘了CRC宏观免疫环境中的免疫分型，发现了三级淋巴结构(TLS)对免疫治疗的预测价值，并鉴定了血液中PD-1和CD69作为预测标志物	研究样本量有限，需要更大队列验证标志物的临床适用性	解析结直肠癌宏观免疫环境特征及其对免疫治疗反应的预测价值	结直肠癌患者的肿瘤组织、血液和肠道不同解剖结构的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	CyTOF、RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组、多重免疫荧光染色	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据、流式细胞数据	包含发现队列和验证队列的结直肠癌患者样本
2692	2025-05-08	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	review	探讨压力与食欲之间的相互作用及其对饮食失调（EDs）发展的影响	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，以及单细胞测序和先进人类成像技术在揭示ED患者大脑相关区域变化中的应用	未解决的问题包括为什么某些个体对压力具有抵抗力而其他个体则容易发展为饮食失调	研究压力如何影响食欲和饮食失调的神经机制	压力、食欲、饮食失调（EDs）的神经机制	神经科学	饮食失调	单细胞测序、先进人类成像	NA	NA	NA
2693	2025-05-08	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究揭示了缺氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其在特发性肺纤维化（IPF）治疗中的潜在应用	首次发现HIF2在异常上皮细胞群出现中的驱动作用，并验证HIF2抑制剂PT-2385在促进功能性肺泡修复中的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞群形成机制及潜在治疗策略	特发性肺纤维化患者样本、小鼠模型、小鼠和人源肺泡类器官	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、类器官培养	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、转录组数据	IPF患者样本、小鼠模型、人类和小鼠肺泡类器官（具体数量未明确说明）
2694	2025-05-08	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	research paper	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，研究哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性及其关键调控基因	首次系统性地探索了哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	揭示哮喘急性发作的细胞和分子机制	上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
2695	2025-05-08	Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318501 PMID:39919065	研究论文	本研究通过整合分析SEPN1在胶质瘤中的表达、预后意义及肿瘤微环境相关性，揭示了其作为新型生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SEPN1在泛癌（特别是胶质瘤）中的预后价值，开发了基于SEPN1相关lncRNA的风险评分模型（SRS），并筛选出潜在抗胶质瘤药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的分子机制和临床转化价值	探究SEPN1在胶质瘤中的生物学功能及临床意义	胶质瘤患者样本（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC队列）和胶质母细胞瘤细胞系	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、药物敏感性分析、连接图谱分析	SEPN1相关风险评分模型（SRS）	RNA-seq数据、临床生存数据	多中心队列（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC）的胶质瘤样本
2696	2025-05-08	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	通过单细胞转录组学分析支气管肺泡灌洗液，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调的关系	首次全面分析了COVID-19患者不同严重程度下的免疫细胞变化，并揭示了巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在疾病严重程度中的关键作用	研究基于二次数据分析，可能受原始数据收集方法和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度的免疫学机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同严重程度的COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
2697	2025-05-08	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	research paper	该研究提出了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从scRNA-seq数据中检测病毒mRNA	仅针对产生带poly-A尾病毒mRNA的病毒有效	开发从单细胞RNA测序数据中检测病毒的方法	慢性HBV感染患者的肝脏样本	生物信息学	乙型肝炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	慢性HBV感染患者（有/无HBsAg消失）的肝脏样本
2698	2025-05-08	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因表达数据和机器学习技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎的生物标志物	首次将泛素化相关基因与机器学习相结合，用于早期骨关节炎的生物标志物识别	研究样本量有限，且仅针对膝关节骨关节炎	提高早期骨关节炎的诊断和预后评估	骨关节炎患者	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组织化学	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集和人膝关节标本
2699	2025-05-08	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了这些创新多靶点策略的未来以改善患者预后	提出了多靶点策略如逻辑门控CAR和适配器CAR，以克服单靶点CAR-T疗法中的免疫逃逸问题	需要更大规模的临床试验来验证这些多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的治疗效果和持久性	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤和多发性骨髓瘤	NGS, dSTORM, 多参数流式细胞术, CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	逻辑门控CAR, 适配器CAR	NA	NA
2700	2025-05-08	Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3530098 PMID:40321316	研究论文	通过多组学方法识别SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子	利用单细胞RNA转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，首次将SPTBN4鉴定为睾丸精原细胞瘤的关键生物标志物，并揭示其与疾病进展、免疫抑制微环境和化疗敏感性的关联	研究主要基于公共数据集和体外分析，缺乏临床样本的验证实验	探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并识别关键诊断和预后生物标志物	睾丸精原细胞瘤组织	生物信息学	睾丸精原细胞瘤	scRNA-seq, hdWGCNA	NA	基因表达数据	公共数据集中的睾丸精原细胞瘤样本