单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2681	2025-03-08	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	揭示了TNBC肝转移肿瘤化疗效果较差的免疫相关机制，并提出了通过增强巨噬细胞活性或使用NET抑制剂来改善化疗效果的新策略	研究主要依赖于小鼠模型和公开数据库的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映人类患者的复杂情况	研究TNBC肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）的肝转移肿瘤和原发性肿瘤	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、伤口愈合实验、集落形成实验、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	NA
2682	2025-03-08	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Mar-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本中的免疫细胞，揭示了年龄对睾丸免疫细胞的影响	首次系统地描述了人类睾丸在衰老过程中免疫细胞的变化，特别是单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的年龄相关变化	样本量相对较小，且仅涵盖了21至69岁的年龄范围，可能无法全面反映所有年龄段的免疫变化	研究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸样本中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本
2683	2025-03-08	Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04144-5 PMID:40038808	研究论文	本研究探讨了脂肪来源干细胞（ADSCs）通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿性关节炎（RA）的机制	揭示了ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞的能量代谢特征，并促进屏障恢复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨ADSCs在RA治疗中的作用机制，特别是其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用	血清转移诱导的关节炎模型小鼠	细胞治疗	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	血清转移诱导的关节炎模型小鼠
2684	2025-03-08	Discovering root causal genes with high-throughput perturbations 2025-Mar-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100949 PMID:40042510	研究论文	本文提出了一种利用高通量扰动技术（Perturb-seq）识别根因基因的新方法，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	首次提出利用Perturb-seq技术从单细胞RNA-seq数据中学习基因间的因果顺序，并将其应用于批量RNA-seq数据以识别特定患者的根因基因	RNA-seq数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计	识别根因基因，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	基因表达水平	生物信息学	黄斑变性和多发性硬化症	Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
2685	2025-03-08	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	研究论文	本文提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GCLink引入了图对比学习策略，通过聚合基因的特征和邻域信息来学习其表示，减少了对样本量的依赖，并提高了预测潜在基因调控相互作用的能力	尽管GCLink在大多数情况下优于其他最先进的方法，但其在数据集有限的情况下表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的新方法	研究对象是基因调控网络及其在单细胞RNA测序数据中的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	单细胞RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集
2686	2025-03-08	Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf076 PMID:40037644	研究论文	本文评估了五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的最先进方法，并提供了选择合适方法的指南	首次全面评估了从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的五种方法的性能，并提供了详细的性能比较	研究仅限于五种方法，可能未涵盖所有现有工具	评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2687	2025-03-08	Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57361-0 PMID:40038288	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了类风湿性关节炎患者滑膜液中的免疫细胞特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗前后的变化	首次在单细胞水平上揭示了滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用	研究样本量有限，且仅针对特定药物（阿达木单抗和托法替尼）进行了分析	探讨类风湿性关节炎患者滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜液	单细胞测序	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	类风湿性关节炎患者的滑膜液样本
2688	2025-03-08	E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57404-6 PMID:40038329	研究论文	本文研究了E3泛素连接酶RNF128在巨噬细胞中对SRB1的Lys63连接的多泛素化作用及其在动脉粥样硬化中的促进作用	首次揭示了RNF128在巨噬细胞中的特异性表达及其通过促进SRB1的Lys63连接的多泛素化来加剧动脉粥样硬化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RNF128在动脉粥样硬化中的作用机制	巨噬细胞和SRB1受体	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ApoE和LDLR缺陷的雄性和雌性小鼠
2689	2025-03-08	Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06263-2 PMID:40038714	研究论文	本文提出了一种基于自然语言处理（NLP）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，通过将基因类比为单词，生成基因、细胞和组织的向量表示，用于研究细胞发育轨迹和组织结构网络	创新点在于将NLP技术应用于scRNA-seq数据分析，使用word2vec生成基因的向量表示，并通过聚合基因和细胞向量来构建组织网络，提供了一种计算效率高的单细胞数据分析方法	未提及具体局限性	研究目的是通过NLP技术分析scRNA-seq数据，揭示细胞发育轨迹和组织结构网络	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因、细胞和组织	自然语言处理	NA	scRNA-seq	word2vec	基因表达数据	未提及具体样本数量
2690	2025-03-08	Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06318-4 PMID:40038725	综述	本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学中的应用，特别是整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑技术	强调了新兴单细胞谱系追踪技术在揭示正常和病理状态下复杂细胞行为和谱系动态方面的巨大潜力	NA	探讨单细胞谱系追踪技术在血液学系统中的应用	血液系统中的细胞，特别是造血干细胞和恶性肿瘤细胞	生物信息学	血液系统疾病	单细胞测序技术、整合条形码、CRISPR条形码、碱基编辑	NA	单细胞数据	NA
2691	2025-03-08	Histidine metabolism drives liver cancer progression via immune microenvironment modulation through metabolic reprogramming 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06267-y PMID:40038727	研究论文	本研究探讨了组氨酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的作用，特别是其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示了组氨酸代谢如何通过代谢重编程和免疫微环境调节促进肝癌进展，并鉴定了关键基因BUD23	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据库分析，需要进一步实验验证组氨酸代谢和BUD23在肝癌中的具体机制	探讨组氨酸代谢在肝细胞癌中的作用及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）样本中的不同细胞类型	癌症生物学	肝癌	单细胞RNA测序	多变量Cox回归模型	RNA测序数据	HCC样本中的不同细胞类型
2692	2025-03-08	Benchmarking single-cell cross-omics imputation methods for surface protein expression 2025-Mar-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03514-9 PMID:40038818	研究论文	本文对十二种最先进的单细胞跨组学表面蛋白表达数据插补方法进行了全面基准测试	首次对多种单细胞跨组学数据插补方法进行了全面的基准测试，提供了关于这些方法在单细胞组学研究中的性能和适用性的宝贵见解	研究依赖于现有的数据集和实验条件，可能无法完全覆盖所有实际应用场景	评估单细胞跨组学数据插补方法在表面蛋白表达预测中的准确性和适用性	单细胞转录组和表面蛋白组数据	单细胞组学	NA	CITE-seq, REAP-seq, scRNA-seq	PCA	单细胞转录组和表面蛋白组数据	十一个数据集
2693	2025-03-08	Cellular interactions within the immune microenvironment underpins resistance to cell cycle inhibition in breast cancers 2025-Mar-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56279-x PMID:40032842	研究论文	本文研究了乳腺癌中免疫微环境内的细胞相互作用如何导致对细胞周期抑制剂的耐药性	揭示了在治疗过程中，癌细胞通过上调细胞因子和生长因子刺激免疫抑制性髓系分化，从而减少髓系细胞与CD8+ T细胞之间的IL-15/18信号传导，导致T细胞活化和招募减少的机制	研究主要基于单细胞RNA测序分析，可能无法完全反映体内复杂的细胞相互作用	探讨乳腺癌中免疫微环境内的细胞相互作用如何影响对细胞周期抑制剂的耐药性	II期和III期高风险雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌患者	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	纵向收集的II期和III期高风险ER+乳腺癌患者的样本
2694	2025-03-08	The Hydractinia cell atlas reveals cellular and molecular principles of cnidarian coloniality 2025-Mar-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57168-z PMID:40032860	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，构建了Hydractinia symbiolongicarpus的细胞图谱，揭示了刺胞动物群体性的细胞和分子机制	发现了与生物矿化和几丁质合成相关的新型匍匐茎特异性细胞类型，以及介导自我/非自我识别的新细胞类型	NA	探究刺胞动物群体性结构的功能和生成机制	Hydractinia symbiolongicarpus的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	约200,000个Hydractinia细胞
2695	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
2696	2025-03-08	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	研究论文	本文研究了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的功能	首次确定SLC22A15为少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键转运蛋白，填补了脑内肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外实验，尚未在体内验证SLC22A15的功能	探索肌酸从产生细胞释放的机制	少突胶质细胞和SLC22A15转运蛋白	生物医学	NA	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、质谱数据	293细胞、人类和小鼠的mRNA数据
2697	2025-03-08	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	总结空间转录组学领域的最新发展及其在过敏和炎症研究中的应用	过敏和炎症相关疾病	数字病理学	过敏和炎症	空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	NA
2698	2025-03-08	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本文描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，特别是R396Q突变对正常造血功能的影响	本研究首次创建了一种模拟GATA2缺陷中与白血病进展相关的R396Q突变的小鼠模型，揭示了该突变对造血干细胞功能和特定干细胞亚群的内在偏好的影响	尽管该模型揭示了GATA2缺陷的一些关键机制，但仍需进一步研究以验证这些发现是否适用于人类患者	研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血功能的影响及其与白血病进展的关联	GATA2缺陷小鼠模型	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
2699	2025-03-08	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	本研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的疗效及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、ChIP-qPCR	NA	基因表达数据、细胞表型数据	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞
2700	2025-03-08	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	scMultiomeGRN通过独特整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了转录因子网络图结构，并利用模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能影响基因调控网络的推断	开发一种深度学习框架，以从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	深度学习框架	单细胞多组学数据	多个基准数据集