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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2681 | 2025-10-06 | Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein 
          2025-May-14, NPJ Parkinson's disease
          
         
          DOI:10.1038/s41531-025-00981-6
          PMID:40368950
         | 研究论文 | 本研究探讨帕金森病患者中对α-突触核蛋白有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异 | 首次发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中高表达,并揭示Granulysin CD4细胞毒性T细胞在PD_R患者中减少 | 样本量有限,未涵盖所有PD患者亚型,机制研究尚不完善 | 深入理解对α-突触核蛋白有反应的帕金森病患者T细胞亚群的病理变化 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞 | 免疫学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 帕金森病患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2682 | 2025-10-06 | Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 
          2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.05.08.652924
          PMID:40463031
         | 研究论文 | 本研究探讨肽酰精氨酸脱亚氨酶对脊髓损伤后中性粒细胞功能和长期预后的性别依赖性影响 | 首次描述脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能存在性别差异,强调临床前研究需纳入两性样本的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动功能恢复的影响,组织保护效应存在性别差异但机制尚不明确 | 探究PADs在脊髓损伤恢复中的作用及性别差异 | 小鼠脊髓损伤模型中的中性粒细胞功能 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除模型,pan-PAD抑制剂处理 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织学数据,行为学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2683 | 2025-10-06 | BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies 
          2025-05, Spinal cord
          
          IF:2.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41393-025-01077-x
          PMID:40229538
         | 研究论文 | 通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤修复中的作用机制及间充质干细胞治疗的潜在价值 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和bulk RNA-seq数据,系统揭示BDNF调控的GABA信号通路在星形胶质细胞介导的神经修复中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索脊髓损伤后星形胶质细胞的变化及其在间充质干细胞治疗中的作用机制 | 星形胶质细胞、间充质干细胞、诱导多能干细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, GSEA | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 2684 | 2025-10-06 | Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 
          2025-Mar-01, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
          PMID:40025015
         | 研究论文 | 提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法,用于临床单细胞转录组学中基因特征的差异表达分析 | 开发了能够处理临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的新方法 | NA | 解决临床癌症单细胞RNA测序研究中差异表达分析方法假阳性高的问题 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2685 | 2025-10-06 | Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 
          2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.)
          
         
          DOI:10.1126/science.adr0932
          PMID:39847624
         | 研究论文 | 开发了细菌-MERFISH方法,实现细菌中数千个操纵子的高通量空间解析分析 | 将1000倍体积膨胀与多重错误鲁棒荧光原位杂交技术结合,克服了细菌mRNA高密度带来的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, 荧光原位杂交 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA分析 | NA | 细菌-MERFISH | 
| 2686 | 2025-10-06 | Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells 
          2025-Jan, Nature immunology
          
          IF:27.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41590-024-02027-0
          PMID:39702858
         | 研究论文 | 本研究揭示了CTLA-4检查点疗法通过IL-21信号通路介导PD-1+CD8+T细胞的细胞毒性重编程机制 | 首次发现IL-21信号对CTLA-4阻断疗法疗效的关键作用,并揭示了与抗PD-1单药治疗的信号通路差异 | 研究主要基于晚期黑色素瘤患者和小鼠模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明CTLA-4检查点抑制剂治疗的作用机制 | 晚期黑色素瘤患者和小鼠B16F10黑色素瘤模型 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序, T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, T细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 2687 | 2025-10-06 | Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing 
          2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
          
         
          DOI:10.4049/jimmunol.2400172
          PMID:38940624
         | 研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了转录因子在皮肤伤口愈合过程中调控巨噬细胞异质性的机制 | 改进了贝叶斯推断TF活性模型,首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据推断伤口愈合过程中Mos/Mϕs的转录因子活性,并验证了NR4A1在炎症调控中的关键作用 | 转录因子活性与mRNA或蛋白表达并不总是相关,可能存在其他调控机制未被充分探索 | 研究皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞异质性的转录因子调控机制 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞多组学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因敲除 | 贝叶斯推断模型, 网络分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | Nr4a1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA | 
| 2688 | 2025-10-06 | Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice 
          2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
          
         
          DOI:10.4049/jimmunol.2300459
          PMID:38912868
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析载脂蛋白A-I缺失对急性肺部炎症中中性粒细胞异质性的影响 | 首次揭示Apoa1缺失通过改变中性粒细胞和巨噬细胞亚群分布及促炎基因表达来调控急性气道炎症 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探讨载脂蛋白A-I调节急性气道炎症的分子机制 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部炎症 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析,轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠经LPS+屋尘螨诱导的炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2689 | 2025-10-06 | Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 
          2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine
          
          IF:19.3Q1
          
         
          DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC
          PMID:38717443
         | 研究论文 | 通过单细胞测序揭示特发性肺纤维化患者外周免疫系统的异常变化 | 首次在单细胞分辨率上系统描绘IPF患者外周免疫细胞图谱,发现经典单核细胞和调节性T细胞的预后预测价值 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 构建特发性肺纤维化患者外周免疫系统的单细胞图谱 | 特发性肺纤维化患者和对照受试者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质浓度测量 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,蛋白质浓度数据 | 38个PBMC样本(25名IPF患者,13名对照受试者),共149,564个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 5'单细胞RNA测序 | 
| 2690 | 2025-10-06 | Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics 
          2024-Aug-14, American journal of respiratory cell and molecular biology
          
          IF:5.9Q1
          
         
          DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
          PMID:39141563
         | 综述 | 本文探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的新兴作用及其对疾病理解的贡献 | 通过单细胞转录组学揭示肺动脉高压中肺细胞生态系统的复杂性,超越传统批量分析的局限,识别新型治疗靶点 | 需要提高scRNA-seq分辨率以捕获更精细的细胞变化,克服人体组织样本处理的技术障碍,整合多种组学方法 | 阐明单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用前景和挑战 | 肺动脉高压相关的肺细胞生态系统,包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2691 | 2025-10-06 | Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq 
          2024-Aug, Nature biotechnology
          
          IF:33.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41587-023-01964-9
          PMID:37872410
         | 研究论文 | 本研究开发了一种压缩Perturb-seq方法,通过算法优化显著降低了单细胞CRISPR筛选技术的成本 | 将压缩感知算法应用于Perturb-seq技术设计,实现了在单个细胞或液滴中测量多个随机扰动 | NA | 开发可扩展的基因调控回路筛选方法 | 598个与细菌脂多糖免疫反应相关的基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 | 压缩感知算法 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Perturb-seq(CRISPR扰动与单细胞RNA测序结合技术) | 
| 2692 | 2025-10-06 | Identification of a clinically efficacious CAR T cell subset in diffuse large B cell lymphoma by dynamic multidimensional single-cell profiling 
          2024-Jul, Nature cancer
          
          IF:23.5Q1
          
         
          DOI:10.1038/s43018-024-00768-3
          PMID:38750245
         | 研究论文 | 通过动态多维单细胞分析鉴定弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有临床疗效的CAR T细胞亚群 | 整合时间推移成像显微镜、亚细胞分析和单细胞RNA测序技术,首次鉴定出具有多重功能的CD8-fit T细胞亚群 | 研究样本仅限于大B细胞淋巴瘤患者,需要进一步验证在其他恶性肿瘤中的适用性 | 鉴定CAR T细胞治疗中具有优越临床活性的T细胞亚群 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 单细胞分析 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 时间推移成像显微镜, 亚细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 显微镜图像数据 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2693 | 2025-10-06 | Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas 
          2024-Jun-13, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.178767
          PMID:39133651
         | 研究论文 | 本研究探讨了TLR9激动剂CpG联合放疗在自体小鼠肉瘤模型中的免疫增强机制 | 首次在自体发生的高肿瘤突变负荷肉瘤模型中证实CpG联合放疗通过CD8+T细胞依赖性机制增强抗肿瘤免疫应答 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明TLR9激动剂增强放疗疗效的免疫机制 | 自体发生的小鼠软组织肉瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, TCR克隆性分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 自体发生小鼠肉瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 2694 | 2025-10-06 | Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections 
          2024-Apr-25, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-024-47883-4
          PMID:38664422
         | 研究论文 | 开发了一种使用图像变差形式将组织尺度图谱与分子尺度测量对齐的跨模态映射方法 | 提出将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征(基因、细胞类型)身份的广义函数,通过LDDMM同时求解坐标的最小化测地线微分同胚和潜在特征密度 | NA | 建立分子尺度转录组学与组织尺度图谱之间的对应关系 | 小鼠脑图谱、基因和细胞转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | LDDMM | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, BARseq | NA | 
| 2695 | 2025-10-06 | CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis 
          2024, Frontiers in cardiovascular medicine
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865
          PMID:39156133
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了CD36在动脉粥样硬化过程中调控白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的新机制 | 首次在动脉粥样硬化模型中定义了白色脂肪组织中'不健康巨噬细胞'亚群,并发现CD36缺失通过促进LAM积累来平衡脂质代谢与炎症 | 研究基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞测序样本量有限 | 探究CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织巨噬细胞异质性和功能的调控作用 | 饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型及其白色脂肪组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 细胞代谢分析, 功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 动脉粥样硬化小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2696 | 2025-10-06 | Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues 
          2023-12-18, The international journal of neuropsychopharmacology
          
         
          DOI:10.1093/ijnp/pyad057
          PMID:37774423
         | 研究论文 | 通过整合分析抑郁症自杀患者脑组织的单细胞RNA测序、批量mRNA测序和DNA甲基化数据,揭示自杀行为的生物学机制 | 首次整合单细胞转录组、批量转录组和DNA甲基化数据,在抑郁症自杀患者脑组织中进行跨组学分析,并发现少突胶质前体细胞在自杀行为中的关键作用 | 样本量有限,仅分析了特定脑区组织,动物模型与人类样本的对应关系需要进一步验证 | 探索自杀行为的生物学机制和表观遗传调控 | 抑郁症自杀患者的脑组织样本和氟西汀处理的大鼠脑组织 | 生物信息学 | 抑郁症 | scRNA-seq, bulk mRNA-seq, DNA甲基化微阵列 | 差异表达分析, 差异甲基化分析, 反卷积分析 | 基因组学数据, 表观基因组学数据 | 抑郁症自杀患者脑组织样本和氟西汀处理大鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 批量mRNA测序, DNA甲基化分析 | NA | NA | 
| 2697 | 2025-10-06 | Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 
          2020-11-25, Cell
          
          IF:45.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018
          PMID:33152263
         | 研究论文 | 本研究将畸胎瘤确立为研究人类多谱系发育过程的模型平台 | 首次系统论证畸胎瘤作为多谱系发育模型的可行性,并展示了其在全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力 | 研究仅基于4个细胞系产生的23个畸胎瘤,样本来源相对有限 | 探索畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型平台 | 畸胎瘤中的细胞类型和发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除筛选, 微RNA调控 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 179,632个细胞,来自4个细胞系产生的23个畸胎瘤 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 2698 | 2025-10-06 | Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 
          2025-09, Neoplasia (New York, N.Y.)
          
         
          DOI:10.1016/j.neo.2025.101199
          PMID:40554953
         | 研究论文 | 本研究揭示了G蛋白偶联雌激素受体通过调控Hippo/YAP信号轴在胃印戒细胞癌中的致癌机制 | 首次在胃印戒细胞癌中发现GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化,并揭示GPER与YAP之间存在的正反馈循环机制 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,缺乏临床患者样本的验证 | 阐明GPER在胃印戒细胞癌中调控Hippo/YAP信号轴的功能机制 | 胃印戒细胞癌细胞系和裸鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序,体外细胞功能实验,体内异种移植模型 | NA | 测序数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 2699 | 2025-10-06 | Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 
          2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases
          
          IF:4.5Q1
          
         
          DOI:10.1093/ibd/izaf021
          PMID:39977234
         | 研究论文 | 本研究通过转录组学分析探索克罗恩病纤维狭窄的分子特征,识别关键生物标志物和治疗靶点 | 首次系统揭示克罗恩病纤维狭窄的独特转录组特征,结合机器学习方法识别特异性基因表达模式 | 样本量较小(仅9例患者),需要在更大队列中验证发现 | 探索克罗恩病纤维狭窄的转录组特征及其生物学机制 | 克罗恩病患者手术切除的纤维狭窄肠道组织 | 转录组学 | 克罗恩病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR | 随机森林 | RNA测序数据 | 9例克罗恩病患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | 10x Chromium Controller | 10x Chromium单细胞测序平台 | 
| 2700 | 2025-10-06 | Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma 
          2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
          
         
          DOI:10.1016/j.neo.2024.101119
          PMID:39733690
         | 研究论文 | 通过多组学测序比较中枢神经系统内和中枢神经系统外大B细胞淋巴瘤的转录和遗传特征差异 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子测序系统揭示PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群、免疫抑制微环境和BCR-NFkB/TLR通路突变特征 | 样本量相对有限(93例患者),且为观察性研究 | 探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点 | PCNS-DLBCL、继发性CNS-DLBCL和颅外DLBCL患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 多组学测序 | NA | 转录组数据, 基因组数据 | 93例患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |